DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG42816 and Abca8

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_730301.3 Gene:CG42816 / 39977 FlyBaseID:FBgn0261998 Length:1459 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001417137.1 Gene:Abca8 / 303637 RGDID:1307069 Length:1620 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1591 Identity:394/1591 - (24%)
Similarity:678/1591 - (42%) Gaps:315/1591 - (19%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    11 YKTGFLAVQQALSQVHIK----HKCKE-FNKTQGDIKFPPIKDLPSPPIFKSDNSSTLQDVGIMI 70
            :|.||:|:|.|::...|:    |...| .....|  ||..|.     |..:.:  ..|.|..|..
  Rat   172 WKKGFVALQAAINAAIIETTTNHSVMEKLLSVSG--KFMKIH-----PFVRQE--GILTDFFIFT 227

  Fly    71 IVI----IIFFVVVSLTKSIVEEKELQLKVTLNLMGVGSCLQWVAWYIQTFIIFLIGSSIITLFW 131
            .::    |.:||.:|:.:   |.|  ::|..:.:||:.....|::|.:      |....:..:..
  Rat   228 CIVSFSPITYFVSISVAR---ERK--KMKGLMMMMGLRDSAFWLSWGL------LYAGFVFVMAL 281

  Fly   132 KLVLPNSEISFMPFTHWSMALFVLLVLSHCTICFSFLMSSLISTTYRISLVTFLALI-------- 188
            .|.|....:.|:..|.:::...:.|:.....|..:||||.|:..:....|..||..|        
  Rat   282 SLALVIKSVQFLILTSFTVVFSLFLLYGLSMISLAFLMSVLVRKSVLTGLTVFLLTIFWGSLGFT 346

  Fly   189 --ATYLPFLILHSKGCSEGLNVFLSL-----FLLSGLQVLVVGICMWEDYGEGLQWGNLFETSWP 246
              ..|||          ..|...|||     |.|...|:|.|      ||       :|...:.|
  Rat   347 ALYRYLP----------APLEWTLSLFSPFAFTLGMAQLLRV------DY-------DLNSNAPP 388

  Fly   247 GGTLSVGYILLVMILASF---LSLLLCLYLEKIRPGPYG---------VPQPWHFPCTRCCSTES 299
            ....|...|.....:.:|   |.|.|.:|.||:.|..||         .|..|..|         
  Rat   389 DPAGSSNLIAATNFMLAFDALLYLALTMYFEKVLPNEYGHQRSPLFFLKPSFWVQP--------- 444

  Fly   300 LLPYSRLFNRIFGIYSAAPDEERPDLQLIEP--DPVDKIAG--------------VQIRGLSKTF 348
                                 .:|...::|.  ||.....|              ::||.:||.:
  Rat   445 ---------------------RKPAHVILEDGIDPAPLSGGSFEPVSPEFHGKESIRIRNISKEY 488

  Fly   349 ----GKMEVVKNVSFDMFEGQITVLMGHNGAGKTTLISMLAGFISPTSGTALI--NGFDIRQERR 407
                .|:|.:|:::.|::|||||.|:||:||||:||:::|:|...||.|:..|  |......:..
  Rat   489 KGKPSKIEALKDLTLDIYEGQITALLGHSGAGKSTLLNILSGLSVPTKGSVTIYNNRLSEMADLE 553

  Fly   408 QAQRCIGLCPQQNVLFKHLSSVSHIQLFSRLRGLRGAEVKSEVQNYLKKLNLQEKKRLAARNLSG 472
            ...|..|:|||.||.|..|:...:::||:::||:...||:.|||..|.:|.::..:.:.||||||
  Rat   554 SVFRISGVCPQSNVQFDFLTVRENLRLFAKIRGVPPQEVEKEVQRVLLELEMKNIQDILARNLSG 618

  Fly   473 GTQRRLSVACSLCGGVKVLICDEPSTGLDPSARRELWRLILEAKEGCTILLTTHQLDDGEVLGDR 537
            |.:|:|:...::.|..::.:.|||:.||||.:|..:|.|:.|.|....:|.:|..:|:.::|.||
  Rat   619 GQKRKLTFGTAILGDSQIFLLDEPTAGLDPFSRHRVWNLLKERKADRVVLFSTQFMDEADILADR 683

  Fly   538 VVIISDGQLRCIGSLPFLKKQVDASCLITCEARKRCDLEKLTSLISRHVGTIQPFSIKGRDVCYK 602
            .|.||.|:|:|.||..||||:......::.:.::.|..|.:|||:.:|:...:..:.:.|.:.|.
  Rat   684 KVFISRGKLKCAGSSLFLKKKWGVGYHLSLQLKEVCVPENITSLVKQHIPEAKLSAERERTLVYT 748

  Fly   603 LPLSKSKYFSSLFRDLESQMNILGVRGFSLSSVSLEEIFMSFGAE------DLNSRQSGGAEKRD 661
            |||..:..|..|.:.|:|... ||:..:.:|..:|.|:|:....:      :::....|..|:..
  Rat   749 LPLETTYRFPELCQSLDSCPG-LGIDSYGVSMTTLNEVFLKLEGKSAIEEPEVDIVGEGQTERSG 812

  Fly   662 DDDR--------DDDEENEVQDGNVRSCKKQWRAMMTKKVMAL-YDNKVYFLLLL-----LTPIV 712
            |.:|        ....|.:.:.|::...::|..|:...:::.| ::.|....:||     |.|::
  Rat   813 DTERLMEMEQTLSTLTETKKKTGSLALWRQQTCAIAKARLLKLKHERKTLLSVLLVLGVALCPLL 877

  Fly   713 YYITTLMMATKPHHSGRPTFNISDYGV---------DKFTILLSVPVSKSYTEERRADSIASLIK 768
            :....:.:....:     |:::|.:..         ...|.||.:    :.||....|.|.|:.:
  Rat   878 FESIKMKILQSAY-----TWDLSPHSYFLAPGQQPHGMLTQLLII----NKTEASIDDFIQSVER 933

  Fly   769 GKLKLIVVSEQIKDYVDDKWKSREGRREINFVSMAIDTGDRTGLIGWVGPRHYVHAAPMILNLVY 833
            ..:.|.|.:...:|..||  .|..|       ::.:..|::............::..|::::::.
  Rat   934 QNIALEVDASGARDGTDD--PSFNG-------ALTVSGGEKNHSFSLACNTKRLNCFPVLMDVLS 989

  Fly   834 NALAQELIGPKISI----------EVTSVPFTLRKKEDFLISNNGDIPIYVIGYVSIAMIIFSSA 888
            |.|. .::.|...|          |:|: |.....|..|.::.....|.|      |||    |:
  Rat   990 NGLL-GMVKPSARIRTDRSTYFVDEITN-PLQQLGKTTFWLTLTSACPPY------IAM----SS 1042

  Fly   889 VIQERVSHMKMLQEVSGLEMITYWLSHLAFD--MVVFFILVLALLLPLYGYAPWYLLLCVLFFTG 951
            |...:......|: ||||....||......|  :..|..|.::|:..|.|:..            
  Rat  1043 VTDYKNKVWFQLR-VSGLFPSAYWFGQALVDIPLYCFVFLFMSLMDYLLGFPD------------ 1094

  Fly   952 LAGLIFIYFLISMLSATFLAVSMILLSVIIGSLI---LMILGALALIFKMVYVAIYVANMHPLIA 1013
             |.||.|..::.:..:...|:|:|.|:.:|..:.   ....|..:|.|       |:..|..::|
  Rat  1095 -ATLIVITHVLQIPCSVGYAISLIFLTYVISFISRKGKKNSGIWSLCF-------YIITMFSVVA 1151

  Fly  1014 -----GYNCIQKCFHYM----SLCGSYISEAQNPLSENL----TSDEMYCINP-LAFLEPRCVCV 1064
                 ..:.|..|..::    :|.|..|      ||.:|    .|.|...:.| |.||.|     
  Rat  1152 MLLDFNVDAILYCIIFLLPPSTLIGCLI------LSMHLFIYRISREESIVEPFLVFLIP----- 1205

  Fly  1065 NPMTWPDMLVMLGTAIILFLLIMFFEYGSCVWYRCKGCC------------------PYSSKGSI 1111
                            :|.:.|..|......|...|...                  |...:|..
  Rat  1206 ----------------LLHVFIFIFTLRCLEWKFGKKTMRKDPIFRISPRNNDVHQNPEEPEGED 1254

  Fly  1112 EDPKVS--REAEKIRAMDADQIGTRALVVNGVSKKYG-----C-----DQLAVNNISFALKPSHC 1164
            ||.::.  |.|..:.:...|:  ...:|.:.:.|:|.     |     .::|..|:||.::....
  Rat  1255 EDVQMERMRTASALASTSFDE--KPVIVASCLRKEYAGKWKHCLSKKKAKIATRNVSFCVRKGEI 1317

  Fly  1165 VGLLGPNGAGKTTTFKMIVGEHSIDKGNIYISGYSMRMKRNKAMKELGYCPQSDSFFEFLTGRQL 1229
            :||||.|||||:|:.|||.|:.....|.:.:.|    .:...|:..||||||.::.:..||.::.
  Rat  1318 LGLLGHNGAGKSTSLKMISGDTKSTAGQVLLKG----SREGDALGFLGYCPQENALWPNLTVKEH 1378

  Fly  1230 LKVFLLIWGFPSKDLNKRCEKLADQFGFRKHLDKKITYYSGGTKRKINAAVA-CGANSLICLDEP 1293
            |:||..:.|...........:|||....:..|...:...|.|.|||:...:: .|..|::.||||
  Rat  1379 LEVFATVLGLSKSHAAVTITRLADALQLQDQLKSPVKTLSEGVKRKLCFVLSILGNPSILLLDEP 1443

  Fly  1294 SAGVDPASRRHVWTIINEVAQQ-GKAVLLTSHNMDEINALCSKSVILVDGSIYAMGSVQHVKNKI 1357
            |.|:||..::.:|..|..:.:. .:..|||:|.|.|..|||.:..|||.|.:..:||:||:|:|.
  Rat  1444 STGLDPEGQQQIWQAIRAIIKNTDRGALLTTHYMAEAEALCDRVAILVSGRLRCIGSIQHLKSKF 1508

  Fly  1358 AKGMTLKLVVNVQPDNMVAMLTKIEDDIYMTYPNAELKEKYEFSGRLTFQISKD--TSWSEIFEY 1420
            .|...|::.|..     :..:..:..::...:|.|..:|:|  |..:.:::..:  ...|:.|..
  Rat  1509 GKDYLLEMKVKT-----LEQVELLNTEVLRLFPQAARQERY--SPLMVYKLPVEDVQPLSQAFFK 1566

  Fly  1421 VEGNRSSWHLEDYSLSQPSLEDAFEEIAEER 1451
            :|..:.::.||:|||||.:||..|.|:::|:
  Rat  1567 LEKVKQTFDLEEYSLSQSTLEQVFLELSKEQ 1597

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG42816NP_730301.3 rim_protein <81..1451 CDD:130324 373/1510 (25%)
Abca8NP_001417137.1 None

Return to query results.
Submit another query.