DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG42816 and Abca3

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_730301.3 Gene:CG42816 / 39977 FlyBaseID:FBgn0261998 Length:1459 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001382963.1 Gene:Abca3 / 302973 RGDID:1307174 Length:1704 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1585 Identity:458/1585 - (28%)
Similarity:763/1585 - (48%) Gaps:232/1585 - (14%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     5 DGSYPLY-KTGFLAVQQALSQVHIKHKCKEFNKTQGDIKFPPI-KDLPSPPIFKSDNSSTLQDVG 67
            ||..|.| :.||||||.|:.:. |.|.....:..|...|...| |..|.||.........:|...
  Rat   200 DGGEPGYIREGFLAVQHAVDKA-IMHYHANASAHQLFQKLTVITKRFPFPPYISDPFLIAIQYQL 263

  Fly    68 IMIIVIIIFFVVVSLTKSIVEEKELQLKVTLNLMGVGSCLQWVAWYIQTFIIFLIGSSIITLFWK 132
            .:::::...:..:::.:::|:|||.:||..:.:||:.|.|.|.||    |::||:.|.|:..|..
  Rat   264 PLLLMLSFTYTSLTIIRAVVQEKEKKLKEYMRMMGLSSWLHWSAW----FLMFLLFSLIVVSFMT 324

  Fly   133 L---VLPNSEISFMPFTHWSMALFVLLVLSHCTICFSFLMSSLISTTYRISLVTFLALIATYLPF 194
            |   |....:|:.:..:..|:.|..||..:..:|.|||::|:..|.....:.|.......||.|:
  Rat   325 LLFCVKVKKDIAVLSNSDPSLVLAFLLCFAISSISFSFMVSTFFSKANMAATVGGFLYFFTYTPY 389

  Fly   195 LILHSKGCSEGLNVFLSLFLLSGLQVLVVG---ICMWEDYGEGLQWGNLFETSWPGGTLSVGYIL 256
            ..:..:.....|:..|...|||.: .:.:|   |..:|..|.|:||.:|............|.:|
  Rat   390 FFVAPRYNWMTLSQKLLSCLLSNV-AMAMGAQLIGKFEAKGTGIQWCDLLNPVNVDDDFCFGQVL 453

  Fly   257 LVMILASFLSLLLCLYLEKIRPGPYGVPQPWHF---PCTRCCSTESLLPYSRLFNRIFGIYSAAP 318
            .:::|.|.|..|:..|:|.:.||.:||||||:|   |...|.:..:::               ..
  Rat   454 GMLLLDSVLYGLVTWYVEAVFPGQFGVPQPWYFFLMPSYWCGNPRTVV---------------GK 503

  Fly   319 DEERPD------LQLIEPDPVDKIAGVQIRGLSKTF-----GKMEVVKNVSFDMFEGQITVLMGH 372
            :||..|      .:..|.:|.|..||::|:.|||.|     .||. :::::.:::|||||||:||
  Rat   504 EEEGGDPEKAFRTEYFEAEPEDLAAGIKIKHLSKVFQVGNKDKMG-IRDLTLNLYEGQITVLLGH 567

  Fly   373 NGAGKTTLISMLAGFISPTSGTALINGFDIRQERRQAQRCIGLCPQQNVLFKHLSSVSHIQLFSR 437
            |||||||.:|||.|...||||.|.|.|::|.|:..|.::.:|||||.:|||.:|:...|:..:::
  Rat   568 NGAGKTTTMSMLTGLFPPTSGHAYIRGYEISQDMVQIRKSLGLCPQHDVLFDNLTVAEHLYFYAQ 632

  Fly   438 LRGLRGAEVKSEVQNYLKKLNLQEKKRLAARNLSGGTQRRLSVACSLCGGVKVLICDEPSTGLDP 502
            |:||...:...||:..|..|.|::|:...::.||||.:|:|::..:|..|.|||:.|||::|:|.
  Rat   633 LKGLSVQKCPEEVKQMLHTLGLEDKRDSRSKFLSGGMKRKLAIGIALIAGSKVLMLDEPTSGMDA 697

  Fly   503 SARRELWRLILEAKEGCTILLTTHQLDDGEVLGDRVVIISDGQLRCIGSLPFLKKQVDASCLITC 567
            .:||.:|.|:.:.|...|:|||||.:|:.::||||:.|::.|:|:|.||..|||::..|...:|.
  Rat   698 VSRRAIWDLLQQQKSDRTVLLTTHFMDEADLLGDRIAILAKGELQCCGSSLFLKQKYGAGYHMTL 762

  Fly   568 EARKRCDLEKLTSLISRHVGTIQPFSIKGRDVCYKLPLSKSKYFSSLFRDLESQMNILGVRGFSL 632
            .....|:.|.::.|:..||......|..|.::.:.||...:..|.|||..||.:...||:..|..
  Rat   763 VKEPHCNPEGISQLVHHHVPNAMLESHAGAELSFILPKESTHRFESLFAKLEKKQKELGIASFGA 827

  Fly   633 SSVSLEEIFMSFG-----AEDLNSRQSGGA----EKRDDDDRDDD----------------EENE 672
            |..::||:|:..|     :.|:.:.|....    |:|..|...|.                ||.|
  Rat   828 SVTTMEEVFLRVGKLVDTSMDIQAIQLPALQYQHERRASDWALDSNLCGVMDPTNGIGALIEEEE 892

  Fly   673 V----QDGNVRSCKKQWRAMMTKKVMALYDNKVYFLLL--LLTPIVYYITTLMMA---TKPHHSG 728
            |    ..|....|::.| ||..||  |.|..:.:.::.  :|.|:. .:|..::|   |......
  Rat   893 VLVKLNTGLALHCQQFW-AMFLKK--AAYSWREWRMVAAQILVPVT-CLTLALLAINYTSEIFDD 953

  Fly   729 RP-TFNISDYGVDKFTILLSVPVSKSYTEERRADSIASLIKGKLKLIVVSEQIKDYVD-DKWKSR 791
            .| ..::::||..  .:..|||.:....::                  :||.::|.:. ::.:.|
  Rat   954 PPLKLSLNEYGTT--VVPFSVPGTSRLGQQ------------------LSEHLRDMLQAERQEPR 998

  Fly   792 E------------------GRREINFVSMAI-DTGDRTGLIGWVGPRHYVHAAPMILNLVYNALA 837
            |                  |..|...|:.:. |:|:||.:......:.| |:....|.:|.|.|.
  Rat   999 EVLGDLEEFLVFRASVEGGGFNERCLVATSFKDSGERTVVTALFNNQAY-HSPATALAIVDNLLF 1062

  Fly   838 QELIGPKISIEVTSVP---FTLR-KKEDFLISNNG-DIPIYVIGYVSIAMIIFSSAVIQERVSHM 897
            :.|.||:.|||:::.|   .||: .|:.|.....| ||.:.::..::.....||...:.||....
  Rat  1063 KLLCGPRASIEISNYPQPRSTLQVAKDQFNEGRKGFDIALNLLIAMAFLASTFSILAVSERAVQA 1127

  Fly   898 KMLQEVSGLEMITYWLSHLAFDMVVFFI-----LV------------------LALLLPLYGYAP 939
            |.:|.|||:.:.|:|||.|.:|::.|.:     ||                  |.|||.|||:|.
  Rat  1128 KHVQFVSGVHVATFWLSALLWDLISFLVPSLLLLVVFRAFDVHAFTRDGHMADLLLLLMLYGWAI 1192

  Fly   940 WYLLLCVLFFTGLAGLIFIYFLI-SMLS--ATFLAVSMILLSVIIGSLILMILGALALIFKMVYV 1001
            ..|:..:.||...|...:....| ::||  |||:.|:::.:..:....:...|..:.|:.....:
  Rat  1193 IPLMYLLSFFFSAASTAYTRLTIFNILSGIATFIVVTIMRIPAVKLEELSRTLDHVFLVLPNHCL 1257

  Fly  1002 AIYVANMHPLIAGYNCIQKC------FHYMSLCGSYISEAQNPLSENLTSDEMYCINPLAFLEPR 1060
            .:.|:|.:   ..|...:.|      .||   |..|          |:...|             
  Rat  1258 GMAVSNFY---ENYETRRYCTSSEVATHY---CKKY----------NIQYQE------------- 1293

  Fly  1061 CVCVNPMTWP-----DMLVMLGTAIILFLLIMFFEYGSCVWYRCKGCCPYSSKGSI--------- 1111
                |...|.     ..:..:..:..::|.::|....:.:|......|.:..:.::         
  Rat  1294 ----NFYAWSTPGIGKFVTSMAASGGIYLTLLFLIETNLLWRLRTFVCAFRRRWTLAELQNRTSV 1354

  Fly  1112 --EDPKVSREAEKIRAMDADQIGTRALVVNGVSKKYGCDQ----LAVNNISFALKPSHCVGLLGP 1170
              ||..|:.|..::.....|.:....|::|.:||.|  ||    |||:.||.|::...|.||||.
  Rat  1355 LPEDQDVADERSRVLVPSLDSMLDTPLIINELSKVY--DQRAPLLAVDRISLAVQKGECFGLLGF 1417

  Fly  1171 NGAGKTTTFKMIVGEHSIDKGNIYISGYSMRMKRNKAMKELGYCPQSDSFFEFLTGRQLLKVFLL 1235
            |||||||||||:.||.:|..|:.::.|||:.....|..:.:|||||.|:..:.:|||::|.::..
  Rat  1418 NGAGKTTTFKMLTGEETITSGDAFVGGYSISSDIGKVRQRMGYCPQFDALLDHMTGREMLVMYAR 1482

  Fly  1236 IWGFPSKDLNKRCEKLADQFGFRKHLDKKITYYSGGTKRKINAAVA-CGANSLICLDEPSAGVDP 1299
            :.|.|.:.::...|..........|.:|.:..||||.|||::..:| .|..::|.|||||.|:||
  Rat  1483 LRGIPERLIDACVENTLRGLLLEPHANKLVKTYSGGNKRKLSTGIALIGEPAVIFLDEPSTGMDP 1547

  Fly  1300 ASRRHVWTIINEVAQQGKAVLLTSHNMDEINALCSKSVILVDGSIYAMGSVQHVKNKIAKGMTLK 1364
            .:||.:|..:....:.|||:::|||:|:|..|||::..|:|.|....:||.||:|:|...|.:|:
  Rat  1548 VARRLLWDTVARARESGKAIVITSHSMEECEALCTRLAIMVQGQFKCLGSPQHLKSKFGSGYSLQ 1612

  Fly  1365 LVVNVQPDNMVAMLTKIEDDIYMTYPNAELKEK------YEFSGRLTFQISKDTSWSEIFEYVEG 1423
              ..|:.:....:|.:.:..:.:|:|.:.|:::      |...|       .|.||:::|..:|.
  Rat  1613 --AKVRSEGKQEVLEEFKAFVDLTFPGSVLEDEHQDMVHYHLPG-------CDLSWAKVFGILEK 1668

  Fly  1424 NRSSWHLEDYSLSQPSLEDAFEEIA 1448
            .:..:.::|||:||.|||..|...|
  Rat  1669 AKEKYGVDDYSVSQISLEQVFLSFA 1693

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG42816NP_730301.3 rim_protein <81..1451 CDD:130324 437/1507 (29%)
Abca3NP_001382963.1 rim_protein <206..1699 CDD:130324 455/1579 (29%)

Return to query results.
Submit another query.