DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment LLGL1 and Llgl1

DIOPT Version :9

Sequence 1:XP_011522151.1 Gene:LLGL1 / 3996 HGNCID:6628 Length:1105 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001291542.1 Gene:Llgl1 / 54265 RGDID:3012 Length:1067 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1091 Identity:945/1091 - (86%)
Similarity:982/1091 - (90%) Gaps:27/1091 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MMKFRFRRQGADPQREKLKQELFAFNKTVEHGFPNQPSALAFDPELRIMAIGTRSGAVKIYGAPG 65
            |||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat     1 MMKFRFRRQGADPQREKLKQELFAFHKTVEHGFPNQPSALAFDPELRIMAIGTRSGAVKIYGAPG 65

Human    66 VEFTGLHRDAATVTQMHFLTGQGRLLSLLDDSSLHLWEIVHHNGCAHLEEALSFQLPSRPGFDGA 130
            |||||||||||||||||||.||||||:||||||||||||:..||||||||.|||..||||.||.|
  Rat    66 VEFTGLHRDAATVTQMHFLPGQGRLLTLLDDSSLHLWEIIQRNGCAHLEEGLSFHPPSRPSFDNA 130

Human   131 SAPLSLTRVTVVLLVAASDIAALGTEGSSVFFLDVTTLTLLEGQTLAPGEVLRSVPDDYRCGKAL 195
            |.|..||||||||| ||.|...||||..|:|||||.||.|||||||:|.||||||||||||||||
  Rat   131 SFPAGLTRVTVVLL-AAGDTVVLGTESGSIFFLDVATLALLEGQTLSPDEVLRSVPDDYRCGKAL 194

Human   196 GPVESLQGHLRDPTKILIGYSRGLLVIWNQASQCVDHIFLGNQQLESLCWGRDSSTVVSSHSDGS 260
            ||||||||||:||:||||||||||||||:||:|.|:|:||||||||||||||..|.::|||||||
  Rat   195 GPVESLQGHLQDPSKILIGYSRGLLVIWSQATQSVEHVFLGNQQLESLCWGRGGSNIISSHSDGS 259

Human   261 YAVWSVDAGSFPTLQPTVATTPYGPFPCKAINKILWRNCESGGHFIIFSGGMPRASYGDRHCVSV 325
            ||:||.|.||.|||||||.||||||||||||||||||:||||.||||||||||||||||||||||
  Rat   260 YAIWSTDTGSPPTLQPTVVTTPYGPFPCKAINKILWRSCESGDHFIIFSGGMPRASYGDRHCVSV 324

Human   326 LRAETLVTLDFTSRIIDFFTVHSTRPEDEFDDPQALAVLLEEELVVLDLQTPGWPAVPAPYLAPL 390
            ||||||||||||||:|||||||||:|||.||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   325 LRAETLVTLDFTSRVIDFFTVHSTQPEDGFDNPQALAVLLEEELVVLDLQTPGWPAVPAPYLAPL 389

Human   391 HSSAITCSAHVASVPAKLWARIVSAGEQQSPQPVSSALSWPITGGRNLAQEPSQRGLLLTGHEDG 455
            ||||||||||||:||:|||||||||||:|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   390 HSSAITCSAHVANVPSKLWARIVSAGERQSPQPASSALSWPITGGRNLAQEPSQRGLLLTGHEDG 454

Human   456 TVRFWDASGVALRPLYKLSTAGLFQTDCEHADSLAQAAEDDWPPFRKVGCFDPYSDDPRLGVQKV 520
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||:|||
  Rat   455 TVRFWDASGVALRPLYKLSTAGLFQTDCEHADSLAQAVEDDWPPFRKVGCFDPYSDDPRLGIQKV 519

Human   521 ALCKYTAQMVVAGTAGQVLVLELSDVPVEQAVSVAIIDLLQDREGFTWKGHERLSPRTGPLPWPA 585
            |||||||||||||||||||||||||||.|..||||.:|||||||||||||||||||.||||||||
  Rat   520 ALCKYTAQMVVAGTAGQVLVLELSDVPGEHTVSVASVDLLQDREGFTWKGHERLSPHTGPLPWPA 584

Human   586 GFQPRVLVQCLPPAAVTAVTLHTEWSLVAFGTSHGFGLFDYQRKSPVLARCTLHPNDSLAMEGPL 650
            |||||||:|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   585 GFQPRVLIQCLPPAAVTAVALHAEWSLVAFGTSHGFGLFDYQRKSPVLARCTLHPNDSLAMEGPL 649

Human   651 SRVKSLKKSLRQSFRRIRKSRVSGKKRAANASSKLQEANAQLAEQACPHDVEMTPVQRRIEPRSA 715
            ||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||.|||||||||||||||||||
  Rat   650 SRVKSLKKSLRQSFRRIRKSRVSGKKRATTASSKLQEANAQLAEQTCPHDVEMTPVQRRIEPRSA 714

Human   716 DDSLSGVVRCLYFADTFLRDGAHHGPTMWAGTNSGSVFAYALEVPAAAVGGEKRPEQAVEAVLGK 780
            ||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||
  Rat   715 DDSLSGVVRCLYFADTFLRDATHHGPTMWAGTNSGSVFAYALEVPAATAGGEKRPEQAVEAVLGK 779

Human   781 EVQLMHRAPVVAIAVLDGRGRPLPEPYEASRDLAQAPDMQGGHAVLIASEEQFKVFTLPKVSAKT 845
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   780 EVQLMHRAPVVAIAVLDGRGRPLPEPYEASRDLAQAPDMQGGHAVLIASEEQFKVFTLPKVSAKT 844

Human   846 KFKLTAHEGCRVRKVALATFASVACEDYAETCLACLTNLGDVHVFSVPGLRPQVHYSCIRKEDIS 910
            |||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||
  Rat   845 KFKLTAHEGCRVRKVALATFASVISEDYAETCLACLTNLGDVHVFSVPGLRPQVHYACIRKEDIS 909

Human   911 GIASCVFTRHGQGFYLISPSEFERFSLSARNITEPLCSLDINWPRDATQASYRIRESPKLSQANG 975
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|.|:|||.|:|::||||||||||
  Rat   910 GIASCVFTRHGQGFYLISPSEFERFSLSARNITEPLCSLDISWSRNATQPSHRLQESPKLSQANG 974

Human   976 TPSILLAPQSLDG---SPDPAHSMGPGPQVQRVLRVLVGADDLLPVDTPEPPEAALSPMSIDSAT 1037
            |.:|:|||:|.:|   ||..|||.                    ..||.||.||.|||:|||||.
  Rat   975 TRNIILAPESCEGSPRSPSSAHSK--------------------LADTTEPLEATLSPVSIDSAA 1019

Human  1038 SADTTLDTTGDVTVEDVKDFLGKARTIPTSTCPARSWSAGSLAPAWPLNIE 1088
            |.||.||||||||.|.||||||...   .|....|:..|.....|:.|.||
  Rat  1020 SGDTMLDTTGDVTAEYVKDFLGSPE---DSEKNLRNLGADDAGRAYTLLIE 1067

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
LLGL1XP_011522151.1 LLGL 280..379 CDD:285555 92/98 (94%)
Llgl1NP_001291542.1 WD40 repeat 38..73 CDD:293791 34/34 (100%)
WD 1 38..71 32/32 (100%)
WD 2 78..119 34/40 (85%)
WD40 repeat 116..174 CDD:293791 40/58 (69%)
WD 3 139..175 26/36 (72%)
WD40 repeat 182..234 CDD:293791 44/51 (86%)
WD 4 199..233 27/33 (82%)
WD40 repeat 239..282 CDD:293791 32/42 (76%)
WD 5 239..271 23/31 (74%)
LLGL 279..378 CDD:285555 92/98 (94%)
WD 6 289..331 39/41 (95%)
WD 7 339..373 29/33 (88%)
WD 8 395..473 73/77 (95%)
WD 9 517..592 68/74 (92%)
WD 10 601..662 58/60 (97%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 669..694 22/24 (92%)
WD 11 722..782 55/59 (93%)
WD 12 791..843 51/51 (100%)
WD 13 848..901 50/52 (96%)
WD 14 915..938 22/22 (100%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C83691808
Domainoid 1 1.000 702 1.000 Domainoid score I3563
eggNOG 1 0.900 - - E1_KOG1983
HGNC 1 1.500 - -
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H31220
Inparanoid 1 1.050 1901 1.000 Inparanoid score I1635
NCBI 1 1.000 - -
OMA 1 1.010 - - QHG48039
OrthoDB 1 1.010 - - D10661at314146
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000702
OrthoInspector 1 1.000 - - oto138778
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_104800
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR10241
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X453
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1818.270

Return to query results.
Submit another query.