DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment l(3)72Ab and snrp-200

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_648818.3 Gene:l(3)72Ab / 39737 FlyBaseID:FBgn0263599 Length:2142 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001366952.1 Gene:snrp-200 / 174901 WormBaseID:WBGene00012896 Length:2145 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:2168 Identity:1291/2168 - (59%)
Similarity:1678/2168 - (77%) Gaps:49/2168 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     1 MADAAARQLQYEYKANSNLVLQADVRLIERPRRDEATGEVCSLVGK-LDGTRMGDRYQRTKPEKT 64
            |||..||..||||:.||||||..|..|.:|..|:|.||||..:..| :...:||||..:.|....
 Worm     1 MADELARIQQYEYRQNSNLVLSVDYNLTDRRGREEPTGEVLPITDKEMRKMKMGDRAIKGKAPVQ 65

  Fly    65 EERKVKRQKRDEAQYDFERMKGATLLSEGIDEMVGIVYRPKTQETRQTYEVLLSFIQEALGDQPR 129
            :::|.:::|.||....|    |..:|.:. :|::| .|:|:||||:|||||:||||.:||||.||
 Worm    66 DQKKKRKKKDDEKAQQF----GRNVLVDN-NELMG-AYKPRTQETKQTYEVILSFILDALGDVPR 124

  Fly   130 DILCGAADEILAVLKNDRLKDRERKKDIDSLLGAVTDERFALLVNLGKKITDFGSDAVNALTAAP 194
            ::|||||||:|..||||:.:|:|:||::::|||.:||:|.|:|:||.|||:||..:..|    .|
 Worm   125 EVLCGAADEVLLTLKNDKFRDKEKKKEVEALLGPLTDDRIAVLINLSKKISDFSIEEEN----KP 185

  Fly   195 NNEEQIDETYGINVQFEESEEESDNDMYGEIRDDDAQDEGEEARIDHTLHAENLANEEAANNVKK 259
            ..:..|.|..|:||||:..|||.|..|..||:.|..::..||..:|....|....:.....:.:|
 Worm   186 EGDGDIYENEGVNVQFDSDEEEDDGGMVNEIKGDSEEESEEEEGVDTDYTATLKGDGHLTEDEQK 250

  Fly   260 ERS-LHPLDIDAYWLQRCLSKFYKDAMVSQSKAADVLKILKDAADDRDCENQLVLLLGYDCFDFI 323
            .|. |||.||||:|:||.|:|::||.:::|.|..:|:.|||:||||||.|||||||||:|.|:||
 Worm   251 ARGILHPRDIDAHWIQRSLAKYFKDPLIAQQKQTEVIGILKNAADDRDAENQLVLLLGFDQFEFI 315

  Fly   324 KQLKLNRQMVLYCTMLASAQTDSERQRIREKMRGNSALAKILRQLDTGKSEDQEEGEARGSKRGK 388
            |.|:.||.|:||||:|..| .:.||.:|.:.||....|..||..|     ::.:||.....::.|
 Worm   316 KCLRQNRLMILYCTLLRQA-NEKERLQIEDDMRSRPELHPILALL-----QETDEGSVVQVEKSK 374

  Fly   389 GDAEDGGAAA--------AGQVAGVRQLLELEEMAFTQGSHFMANKRCQLPDGSYRKQRKGYEEV 445
            .|||....||        |||....|::|:|.::.|:||||.|:||||:|||||||:|:|.|||:
 Worm   375 RDAEKSKKAATAANEAISAGQWQAGRKMLDLNDLTFSQGSHLMSNKRCELPDGSYRRQKKSYEEI 439

  Fly   446 HVPALKPVPFDANEELQPVDKLPKYVQPVFEGFKTLNRIQSRLYKAALDSDENMLLCAPTGAGKT 510
            |||||||.||...|:|..|.:|||:.||.|:|:|:||||||||..:||.|.|::|||||||||||
 Worm   440 HVPALKPRPFAEGEKLVSVSELPKWAQPAFDGYKSLNRIQSRLCDSALRSKEHLLLCAPTGAGKT 504

  Fly   511 NVALLTMMREIGKHINEDGTINAQDFKIIYVAPMKSLVQEMVGNFGRRLACYNLTVSELTGDHQL 575
            |||||||::|||.|:.|||::...:|||:|:||||||||||||:|.:|||.:.:||.|:|||.|:
 Worm   505 NVALLTMLQEIGNHLAEDGSVKLDEFKIVYIAPMKSLVQEMVGSFSKRLAPFGITVGEMTGDAQM 569

  Fly   576 TREQIAATQVIVCTPEKWDIITRKGGERTFVSLVRLVIIDEIHLLHDERGPVLEALVARTIRNIE 640
            ::||..|||||||||||:|::|||||||.:..:|||:||||||||||:||||||::|.||||.:|
 Worm   570 SKEQFMATQVIVCTPEKYDVVTRKGGERAYNQMVRLLIIDEIHLLHDDRGPVLESIVVRTIRQME 634

  Fly   641 TTQEEVRLVGLSATLPNYQDVATFLRVKPDKGLFYFDNSYRPVSLEQQYIGVTEKKALKRFQVMN 705
            ...:|.|||||||||||||||||||||||:. |.:||||||||.||||||||||||||||||.||
 Worm   635 QNHDECRLVGLSATLPNYQDVATFLRVKPEH-LHFFDNSYRPVPLEQQYIGVTEKKALKRFQAMN 698

  Fly   706 EIVYEKTMEHAGRNQVLVFVHSRKETGKTARAVRDMCLEQDTLGSFLKEGSASMEVLRTEAEQVK 770
            |:||:|.|||||::||||||||||||.|||:|:||.|||:|||.:|::|||||.|:|||||||.|
 Worm   699 EVVYDKIMEHAGKSQVLVFVHSRKETAKTAKAIRDACLEKDTLSAFMREGSASTEILRTEAEQAK 763

  Fly   771 NTELKELLPYGFAIHHAGMTRVDRTLVEDLFADRHIQVLVSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQVYN 835
            |.:||:|||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||:||
 Worm   764 NLDLKDLLPYGFAIHHAGMNRVDRTLVEDLFADRHIQVLFSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQIYN 828

  Fly   836 PEKGRWVELSALDVLQMLGRAGRPQYDTKGEGILITNHSELQFYLSLLNQQLPIESQFISKLPDM 900
            ||||||.||.|||::||||||||||||.:|||||||||||||:||||:|||||:|||.:|:|.||
 Worm   829 PEKGRWTELGALDIMQMLGRAGRPQYDDRGEGILITNHSELQYYLSLMNQQLPVESQMVSRLTDM 893

  Fly   901 LNAEIVLGTVQHLQDAVNWLGYTYLYIRMLRNPTLYGVSHDAIKADPLLEQHRADLLHTAACCLE 965
            ||||:|||||..:.:|.||||||:|::|||:||||||::|:..:|||||||.||||:|||...|:
 Worm   894 LNAEVVLGTVSSVSEATNWLGYTFLFVRMLKNPTLYGITHEQARADPLLEQRRADLIHTACVLLD 958

  Fly   966 RSGLIKYDRKTGHFQVTDLGRIASHYYLTHETMLTYNQLLKQTLSEIELFRVFSLSSEFRHISVR 1030
            ::||||||:::|..|.|:|||||||:|.|:|:|.|||:||.:|.|:|:|||:||:||||:.:|||
 Worm   959 KAGLIKYDKRSGIIQATELGRIASHFYCTYESMQTYNKLLVETCSDIDLFRIFSMSSEFKLLSVR 1023

  Fly  1031 EEEKLELQKLMERVPIPIKESIEEHSAKVNVLLQAYISQLKLEGFALMSDMVFITQSAARLMRAI 1095
            :||||||||:.|..||||||:::|.|||.||||||||||||||||||.:||||:.|||.||.||:
 Worm  1024 DEEKLELQKMAEHAPIPIKENLDEASAKTNVLLQAYISQLKLEGFALQADMVFVAQSAGRLFRAL 1088

  Fly  1096 FEIVLTRGWAQLADKTLTLCKMIDRRMWQSMTPLRQFKKMPDEIAKKLEKKHFPWGRLYDLEPHE 1160
            |||||.||||.||.|.||||||:.:|.|.|:.||.||||:|.|:.:.::||::.:.|||||:.|:
 Worm  1089 FEIVLWRGWAGLAQKVLTLCKMVTQRQWGSLNPLHQFKKIPSEVVRSIDKKNYSFDRLYDLDQHQ 1153

  Fly  1161 LGELIRVPKLGKTIHKFVHQFPKLELSTHIQPITRGTLRVELTITPDFQWDEKVHGQSEGFWVLI 1225
            ||:||::||:||.:.||:.||||||::|.||||||.|:|:||||||||:|||||||.:||||:.|
 Worm  1154 LGDLIKMPKMGKPLFKFIRQFPKLEMTTLIQPITRTTMRIELTITPDFKWDEKVHGSAEGFWIFI 1218

  Fly  1226 EDVDSELILHHEFFLLKQKYSQDEHQLKFFVPVFEPLPPQYFLRIVSDRWIGAETQLPVSFRHLI 1290
            ||.|.|.||||||||||||:..|||.:|..||:|:|:||.|::||||||||||||.||:||||||
 Worm  1219 EDTDGEKILHHEFFLLKQKFCSDEHVVKMIVPMFDPMPPLYYVRIVSDRWIGAETVLPISFRHLI 1283

  Fly  1291 LPEKNMPPTELLDLQPLPISALRQPKFESFYSQR-FPQFNPIQTQVFNAVYNSDENVFVGAPTGS 1354
            ||||..|||||||||||||||:...:|::.:::. |..|||||||||..|:.|:|||.|.||.||
 Worm  1284 LPEKYPPPTELLDLQPLPISAVTNKEFQTVFAESGFKVFNPIQTQVFRTVFESNENVIVCAPNGS 1348

  Fly  1355 GKMTIAEFAIMRLFTTQSDARCVYLVSEEALADLVFADWHSKF-GSLDIKVVKLTGETGTDLKLI 1418
            ||..|||.|::|.|....:|:.||:...|.:|..|:|||..:. .::...:|.||||...||||.
 Worm  1349 GKTAIAELAVLRHFENTPEAKAVYITPMEDMATKVYADWKRRLEPAIGHTIVLLTGEQTMDLKLA 1413

  Fly  1419 AKGQLVITTADKWDVLSRRWKQRKNVQLVNLFIVDELQLVGGEEGPVLEIVCSRMRYISSQIEKQ 1483
            .:|||:|:|.::||.:||||||||:||.|.|||.|:|.::|...|.|.|:||||.||||||:|..
 Worm  1414 QRGQLIISTPERWDNISRRWKQRKSVQNVKLFIADDLHMIGASNGAVFEVVCSRTRYISSQLESA 1478

  Fly  1484 IRIVALSASLTDARDVAQWLGCNPNATFNFHPSVRPIPLELHIQGYNVTHNATRIATMSKPVYNA 1548
            :|:||||:|||:|||:..||||:.:|||||.||.||:||:|.|:.:|::|||:|.|.|.:|||.|
 Worm  1479 VRVVALSSSLTNARDLGMWLGCSASATFNFMPSTRPVPLDLEIKSFNLSHNASRFAAMERPVYQA 1543

  Fly  1549 ILKYSAH---KPVIVFVSSRKQARLTAIDVLTYAASDLQPNRFFHAEEED--IKPFLERMTDKTL 1608
            |.:::..   ||.:|||..|:|.|..|:.:||.|.:|..|.||....|.|  .:..|..:.|::|
 Worm  1544 ICRHAGKLEPKPALVFVPVRRQTRPVAVALLTMALADGAPKRFLRLAEHDDTFQALLADIEDESL 1608

  Fly  1609 KETLAQGVAYLHEGLSASDHRLVEQLFDSGAVQVAVISRDLCWGMSISAHLVIIMDTQFYNGKNH 1673
            :|:::.||.:||||.:..|..:|:|||:|.|:||.|:.|.:|:.:.:||:||::|||||||||.|
 Worm  1609 RESVSCGVGFLHEGTAPKDVHIVQQLFESNAIQVCVVPRGMCYQIEMSAYLVVVMDTQFYNGKYH 1673

  Fly  1674 SYEDYPITDVLQMIGRANRPNEDADAKCVLMCQSSKKDFFKKFINEPLPIESHLDHRMHDHFNAE 1738
            .||||||.|:|.|:|.||||..|:|||||:|||:||:.::|||:.:|||:||||||.:|||||||
 Worm  1674 VYEDYPIADMLHMVGLANRPILDSDAKCVVMCQTSKRAYYKKFLCDPLPVESHLDHCLHDHFNAE 1738

  Fly  1739 VVTKTIENKQDAVDYLTWTFLYRRLTQNPNYYNLQGVTHRHLSDHLSELVENTLSDLEQSKCISV 1803
            :|||||||||||:||||||.||||:|||||||||||.|||||||.||||||.||.|||.||||:|
 Worm  1739 IVTKTIENKQDAIDYLTWTLLYRRMTQNPNYYNLQGTTHRHLSDALSELVELTLKDLENSKCIAV 1803

  Fly  1804 EDDMDTLPLNLGMIAAYYYINYTTIELFSLSLNSKTKVRGLLEIISSAAEYEDVVVRHHEEQVLR 1868
            :|:|||:.|||||||:||||:|.||||||:||..|||.|.|:||||:::|:.:|.:||.|:.:||
 Worm  1804 KDEMDTVSLNLGMIASYYYISYQTIELFSMSLKEKTKTRALIEIISASSEFGNVPMRHKEDVILR 1868

  Fly  1869 TLSQRLPNKLTGPNETAPKFNDPHIKTNLLLQAHLSRLQLGPELQGDTEQILSKAIRLIQACVDV 1933
            .|::|||.:|..     .||.|||:|.|||:.|||||::|..||..|||.|:.:|.||:||||||
 Worm  1869 QLAERLPGQLKN-----QKFTDPHVKVNLLIHAHLSRVKLTAELNKDTELIVLRACRLVQACVDV 1928

  Fly  1934 LSSNGWLSPAVAAMELAQMVTQAMWSKDSYLKQLPHFSPEIVKRCTEKKIETVFDIMELEDEDRT 1998
            ||||||||||:.||||:||:||||:|.:.|||||||.|..:::|...|::.:||:::|||::||:
 Worm  1929 LSSNGWLSPAIHAMELSQMLTQAMYSNEPYLKQLPHCSAALLERAKAKEVTSVFELLELENDDRS 1993

  Fly  1999 RLLQLSDLQMADVARFCNRYPNIELNYEVVDKDRINSGSTVNVVVQLEREDEVTG---PVIAPFF 2060
            .:||:...::||||||||.||:||:..| ::.|.:.|...:.:.|.|||::::.|   ||:||.|
 Worm  1994 DILQMEGAELADVARFCNHYPSIEVATE-LENDVVTSNDNLMLAVSLERDNDIDGLAPPVVAPLF 2057

  Fly  2061 PQKR-EEGWWVVIGDPKTNSLLSIKRLTLQQKAKVKLDFVAPSPGKHDYTLYYMSDSYLGCDQEY 2124
            |||| |||||:||||.::|:||:||||.:.:|:.|:|||.||.||.|.:.|:::||||||.|||:
 Worm  2058 PQKRKEEGWWLVIGDSESNALLTIKRLVINEKSSVQLDFAAPRPGHHKFKLFFISDSYLGADQEF 2122

  Fly  2125 KFSIEV-----GDFQSESESESD 2142
            ..:.:|     .:.:.:.|.|.|
 Worm  2123 DVAFKVEEPGRSNRKRKHEKEED 2145

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
l(3)72AbNP_648818.3 BRR2 466..1241 CDD:224125 553/774 (71%)
DEAD 482..661 CDD:278688 123/178 (69%)
HELICc 773..859 CDD:197757 76/85 (89%)
Sec63 982..1285 CDD:280962 203/302 (67%)
DEXDc 1320..1506 CDD:214692 98/187 (52%)
DEAD 1329..1495 CDD:278688 89/166 (54%)
HELICc 1615..1694 CDD:197757 45/78 (58%)
Sec63 1811..2127 CDD:280962 176/319 (55%)
snrp-200NP_001366952.1 Helicase_PWI 254..359 CDD:407980 58/105 (55%)
BRR2 438..1234 CDD:224125 566/796 (71%)
PRK00254 1313..>1878 CDD:234702 321/564 (57%)
DEXHc_Brr2_2 1319..1509 CDD:350779 103/189 (54%)
SEC63 1808..2127 CDD:214744 178/324 (55%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 1 1.000 441 1.000 Domainoid score I276
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG1204
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H5859
Inparanoid 1 1.050 2586 1.000 Inparanoid score I7
Isobase 1 0.950 - 0 Normalized mean entropy S560
OMA 1 1.010 - - QHG54133
OrthoDB 1 1.010 - - D154891at2759
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0001085
OrthoInspector 1 1.000 - - oto20742
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100305
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR24075
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 1 1.030 - avgDist Average_Evolutionary_Distance R148
SonicParanoid 1 1.000 - - X2806
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1716.820

Return to query results.
Submit another query.