DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment LAMB1 and lamb1a

DIOPT Version :10

Sequence 1:XP_054214165.1 Gene:LAMB1 / 3912 HGNCID:6486 Length:1810 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_775382.1 Gene:lamb1a / 286830 ZFINID:ZDB-GENE-021226-1 Length:1785 Species:Danio rerio


Alignment Length:1785 Identity:1193/1785 - (66%)
Similarity:1449/1785 - (81%) Gaps:6/1785 - (0%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human    30 LLPVLPAALCRARVRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCGLHKPEPYCIVSHL 94
            ||.:...::..|...|..||....|.|||||||||||||||||:|..|||||:|||||:||||||
Zfish     2 LLQLAALSILGAWALADVPELGDVCTEGSCYPATGDLLIGRAQQLLATSTCGVHKPEPFCIVSHL 66

Human    95 QEDKKCFICNSQDPYHETLNP-DSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSENGVENVTIQLDLEAEFHFT 158
            ||:||||:|:|:..|:||.:. .||.||||||||||||||.|||||||:||||||||||||||||
Zfish    67 QEEKKCFVCDSRQAYNETAHQVTSHSIENVVTTFAPNRLKTWWQSENGLENVTIQLDLEAEFHFT 131

Human   159 HLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPGISTGPMKKVDDIICDSRYSDIEP 223
            ||||||||||||||:||||:|||.||.||||||||||:|||.:|.|||.||||:|||:|||||||
Zfish   132 HLIMTFKTFRPAAMVIERSADFGNTWQVYRYFAYDCESSFPSVSHGPMTKVDDVICDTRYSDIEP 196

Human   224 STEGEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLRIKFVKLHTLGDNLLDSRMEIREKYYYAVYD 288
            |||||||||.|||||:|||||||||||:|||||||:||.|||||||||||||:||:||||||:||
Zfish   197 STEGEVIFRVLDPAFRIEDPYSPRIQNMLKITNLRVKFTKLHTLGDNLLDSRIEIKEKYYYAIYD 261

Human   289 MVVRGNCFCYGHASECAPVDGFNEEVEGMVHGHCMCRHNTKGLNCELCMDFYHDLPWRPAEGRNS 353
            |||||||||||||||||||||..|.|||||||||||.|||.|||||.|.|||||||||||||||:
Zfish   262 MVVRGNCFCYGHASECAPVDGTGEAVEGMVHGHCMCNHNTIGLNCERCQDFYHDLPWRPAEGRNT 326

Human   354 NACKKCNCNEHSISCHFDMAVYLATGNVSGGVCDDCQHNTMGRNCEQCKPFYYQHPERDIRDPNF 418
            ||||||:||.||.|||||||||.|:|||||||||||||||||.||||||||::||||:||||||.
Zfish   327 NACKKCHCNHHSHSCHFDMAVYRASGNVSGGVCDDCQHNTMGHNCEQCKPFFHQHPEKDIRDPNI 391

Human   419 CERCTCDPAGSQNEGICDSYTDFSTGLIAGQCRCKLNVEGEHCDVCKEGFYDLSSEDPFGCKSCA 483
            ||.|.|||.||.|.|:||..||.|.|||:||||||.|||||.||.||:|.|.| ||||.||:.|.
Zfish   392 CEPCNCDPVGSLNGGVCDPMTDVSLGLISGQCRCKPNVEGERCDQCKQGHYGL-SEDPLGCQPCT 455

Human   484 CNPLGTIPGGNPCDSETGHCYCKRLVTGQHCDQCLPEHWGLSNDLDGCRPCDCDLGGALNNSCFA 548
            ||.|||:|||:|||:::|:|||||||||::||||||:|||||||:|||||||||.|||:||:|..
Zfish   456 CNALGTVPGGSPCDTDSGNCYCKRLVTGRNCDQCLPQHWGLSNDMDGCRPCDCDHGGAINNNCSP 520

Human   549 ESGQCSCRPHMIGRQCNEVEPGYYFATLDHYLYEAEEANLGPGVSIVERQYIQDRIPSWTGAGFV 613
            .||||.||.||.||:|::||.|:||..||||.||||||..||||::|.|.:.|||.|:|||.|||
Zfish   521 VSGQCQCREHMFGRRCDQVESGFYFIALDHYTYEAEEAKFGPGVTVVPRNHPQDRSPTWTGIGFV 585

Human   614 RVPEGAYLEFFIDNIPYSMEYDILIRYEPQLPDHWEKAVITVQRPGRIPTSSRCGNTIPDDDNQV 678
            .|||||:|||.|||||||||||::||||||||:.||:.::||.||..|...|||.||:||||||:
Zfish   586 NVPEGAFLEFSIDNIPYSMEYDLIIRYEPQLPEQWEEVLMTVIRPRVITADSRCANTMPDDDNQM 650

Human   679 VSLSPGSRYVVLPRPVCFEKGTNYTVRLELPQYTSSDSDVESPYTLIDSLVLMPYCKSLDIFTVG 743
            |||.|||||||||||||||:|.||||||.|..| |:.|||:||||||||:||||:||:||||:..
Zfish   651 VSLHPGSRYVVLPRPVCFEEGLNYTVRLSLSLY-SALSDVQSPYTLIDSIVLMPHCKNLDIFSGS 714

Human   744 GS-GDGVVTNSAWETFQRYRCLENSRSVVKTPMTDVCRNIIFSISALLHQTGLACECDPQGSLSS 807
            |: |..:|||||||.||||||||||::||||||||:|||.|||:||||||...||:||||||||:
Zfish   715 GTEGGNLVTNSAWENFQRYRCLENSQAVVKTPMTDICRNYIFSVSALLHQGVKACQCDPQGSLST 779

Human   808 VCDPNGGQCQCRPNVVGRTCNRCAPGTFGFGPSGCKPCECHLQGSVNAFCNPVTGQCHCFQGVYA 872
            ||||:|||||||||||||.|:||||.||.|.|.||:||:|..:|||:::|:..||||.|..|.|.
Zfish   780 VCDPSGGQCQCRPNVVGRNCDRCAPATFLFXPQGCRPCDCSPEGSVHSYCHEATGQCECIAGAYG 844

Human   873 RQCDRCLPGHWGFPSCQPCQCNGHADDCDPVTGECLNCQDYTMGHNCERCLAGYYGDPIIGSGDH 937
            |||||||||:||||:|:||.|||||:.|||.||:||:|:|:|.||||||||.||||||::|||||
Zfish   845 RQCDRCLPGYWGFPNCRPCTCNGHAEQCDPQTGQCLSCRDHTTGHNCERCLGGYYGDPVLGSGDH 909

Human   938 CRPCPCPDGPDSGRQFARSCYQDPVTLQLACVCDPGYIGSRCDDCASGYFGNPSEVGGSCQPCQC 1002
            ||||.|||||.|||||:.:||:.|.:.|:.|||:.||.|:||::||.||:|||.||||.|:||||
Zfish   910 CRPCMCPDGPGSGRQFSGACYKSPDSSQVFCVCNQGYKGARCEECAPGYYGNPHEVGGECRPCQC 974

Human  1003 HNNIDTTDPEACDKETGRCLKCLYHTEGEHCQFCRFGYYGDALRQDCRKCVCNYLGTVQEHC-NG 1066
            ::|||..|||:||..||.|:|||||||||.|..||.||||:||.|.|||||||.:|||:|.| :.
Zfish   975 NSNIDMMDPESCDARTGACVKCLYHTEGESCNRCRLGYYGNALTQSCRKCVCNQMGTVEEMCPSP 1039

Human  1067 SDCQCDKATGQCLCLPNVIGQNCDRCAPNTWQLASGTGCDPCNCNAAHSFGPSCNEFTGQCQCMP 1131
            .:|.||..:|||||||||:||:||:|||:||.:|||.||:.|:|:..||||.||||..|||.|.|
Zfish  1040 GNCNCDLTSGQCLCLPNVVGQHCDQCAPDTWNMASGKGCEDCDCDPNHSFGSSCNEIMGQCSCKP 1104

Human  1132 GFGGRTCSECQELFWGDPDVECRACDCDPRGIETPQCDQSTGQCVCVEGVEGPRCDKCTRGYSGV 1196
            |||||||.||:|||||:|:|:|.|||||||||...||::.||.|||||||.|||||.|.|||:|.
Zfish  1105 GFGGRTCRECRELFWGNPEVKCHACDCDPRGIAEQQCNKVTGHCVCVEGVSGPRCDTCARGYTGE 1169

Human  1197 FPDCTPCHQCFALWDVIIAELTNRTHRFLEKAKALKISGVIGPYRETVDSVERKVSEIKDILAQS 1261
            ||.|..||||||.||:|:.:|||:|||.::|...:|.:|:.|||:.|:::||...:.|::||||:
Zfish  1170 FPQCERCHQCFAEWDIIVGDLTNQTHRLVQKVNTIKATGITGPYQATINNVENSANSIRNILAQN 1234

Human  1262 PAAEPLKNIGNLFEEAEKLIKDVTEMMAQVEVKLSDTTSQSNSTAKELDSLQTEAESLDNTVKEL 1326
            ||.:||..|..|.|:|..|:.::...:...|..||:.:|.:|||..:|.||:.||:.|:.|||:|
Zfish  1235 PATQPLTEIQGLLEQATALMAEMNSNLNLTEETLSEISSDNNSTDTKLKSLKEEAQKLEQTVKDL 1299

Human  1327 AEQLEFIKNSDIRGALDSITKYFQMSLEAEERVNASTTEPNSTVEQSALMRDRVEDVMMERESQF 1391
            .||:||:||||||||..|:|:|::.|..||.|.|||||:|.:.|.|||.:|...|::|.:.:.:|
Zfish  1300 REQVEFVKNSDIRGARASVTRYYEQSQNAEIRANASTTDPYNLVNQSATLRTETEELMNQTKEEF 1364

Human  1392 KEKQEEQARLLDELAGKLQSLDLSAAAEMTCGTPPGA-SCSETECGGPNCRTDEGERKCGGPGCG 1455
            .::|:|.::.||.|||:|::||||..:|.|||:|.|: :|:::.|||.:|...:|.|||||.||.
Zfish  1365 NQRQDEFSKKLDNLAGQLETLDLSELSEKTCGSPAGSENCADSRCGGLSCVDMQGSRKCGGEGCD 1429

Human  1456 GLVTVAHNAWQKAMDLDQDVLSALAEVEQLSKMVSEAKLRADEAKQSAEDILLKTNATKEKMDKS 1520
            ||.|:||||||||.|.|.:::||:.||::|||||||||::|||||.:|:::|.|||.||:::|.|
Zfish  1430 GLTTLAHNAWQKAKDFDLEIISAMEEVDKLSKMVSEAKVKADEAKLNAQEVLAKTNETKKRVDSS 1494

Human  1521 NEELRNLIKQIRNFLTQDSADLDSIEAVANEVLKMEMPSTPQQLQNLTEDIRERVESLSQVEVIL 1585
            |||||.||||||:|||||.|||:||||||||||:|:||:||.|||||||:|||||.||:.||.||
Zfish  1495 NEELRQLIKQIRDFLTQDGADLESIEAVANEVLQMQMPTTPAQLQNLTEEIRERVGSLTDVEDIL 1559

Human  1586 QHSAADIARAEMLLEEAKRASKSATDVKVTADMVKEALEEAEKAQVAAEKAIKQADEDIQGTQNL 1650
            ..|||||.|||.|||:|::|.|.|:|||.||:||||||:.||:||.:..:|:|||..||:|||:|
Zfish  1560 NQSAADILRAESLLEQARKARKEASDVKSTAEMVKEALQHAERAQNSVAEALKQAAVDIKGTQDL 1624

Human  1651 LTSIESETAASEETLFNASQRISELERNVEELKRKAAQNSGEAEYIEKVVYTVKQSAEDVKKTLD 1715
            |.|:||||:.||..|.||::|:.:||.:|..||.||...|..|...||...::...||.:||.||
Zfish  1625 LVSVESETSDSELKLSNATRRLLKLESDVALLKEKALNTSISANSTEKEAESINALAEQLKKDLD 1689

Human  1716 GELDEKYKKVENLIAKKTEESADARRKAEMLQNEAKTLLAQANSKLQLLKDLERKYEDNQRYLED 1780
            .||.:||..||.||.:|.|..|:|:::||.||.||:.||.||:.||||||:||:.|:.||:.|||
Zfish  1690 SELKDKYSTVEELITQKAEGVAEAKKRAEKLQEEARNLLLQASEKLQLLKNLEKNYDQNQKLLED 1754

Human  1781 KAQELARLEGEVRSLLKDISQKVAVYSTCL 1810
            ||.||..||..|:.||::||.||.||||||
Zfish  1755 KANELVDLEKAVKELLQEISHKVTVYSTCL 1784

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
LAMB1XP_054214165.1 Laminin_N 59..293 CDD:459653 195/234 (83%)
EGF_Lam 295..347 CDD:238012 44/51 (86%)
EGF_Lam 359..411 CDD:238012 43/51 (84%)
Laminin_EGF 422..479 CDD:395007 38/56 (68%)
Laminin_EGF 482..536 CDD:395007 41/53 (77%)
EGF_Lam 533..>572 CDD:238012 25/38 (66%)
EGF_Lam 797..842 CDD:214543 35/44 (80%)
Laminin_EGF 845..893 CDD:395007 29/47 (62%)
Laminin_EGF 891..938 CDD:395007 34/46 (74%)
Laminin_EGF 941..997 CDD:395007 34/55 (62%)
Laminin_EGF 1000..1044 CDD:395007 30/43 (70%)
Laminin_EGF 1052..1106 CDD:395007 34/54 (63%)
Laminin_EGF 1108..1156 CDD:395007 32/47 (68%)
Laminin_EGF 1156..>1195 CDD:395007 28/38 (74%)
PTZ00121 <1248..1802 CDD:173412 304/554 (55%)
cc_LAMB1_C 1738..1810 CDD:411971 42/71 (59%)
lamb1aNP_775382.1 Laminin_N 31..266 CDD:459653 195/234 (83%)
EGF_Lam 268..320 CDD:238012 44/51 (86%)
Laminin_EGF <353..382 CDD:395007 25/28 (89%)
EGF_Lam 394..452 CDD:238012 39/58 (67%)
EGF_Lam 453..504 CDD:238012 37/50 (74%)
EGF_Lam 505..548 CDD:238012 27/42 (64%)
EGF_Lam 769..814 CDD:214543 35/44 (80%)
Laminin_EGF 817..865 CDD:395007 29/47 (62%)
EGF_Lam 862..907 CDD:238012 32/44 (73%)
Laminin_EGF <934..969 CDD:395007 20/34 (59%)
Laminin_EGF 972..1018 CDD:395007 31/45 (69%)
Laminin_EGF 1024..1078 CDD:395007 33/53 (62%)
Laminin_EGF 1081..1129 CDD:395007 32/47 (68%)
Laminin_EGF 1129..>1168 CDD:395007 28/38 (74%)
Myosin_tail_1 1247..>1756 CDD:460256 281/508 (55%)
cc_LAMB1_C 1712..1784 CDD:411971 42/71 (59%)

Return to query results.
Submit another query.