Protein Alignment GluRIA and clumsy

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_476855.1
• Gene: GluRIA / 38742
• FlyBaseID: FBgn0004619
• Length: 991
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001036373.1
• Gene: clumsy / 35394
• FlyBaseID: FBgn0026255
• Length: 1002
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 952
• Identity: 288/952 - (30%)
• Similarity: 460/952 - (48%)
• Gaps: 157/952 - (16%)

  Fly    12 HFICASSIFWPEFSSAQQQQQTVSLTEKIPLGAIFEQGTDDVQSAFKYAMLNHNLNVSSRRFELQ 76
            ||:.   |..|..:...:.|..|        |:||....|:.:.||:.|:  ...|:..|..||.
  Fly     8 HFLL---IALPVLADIDRSQFMV--------GSIFTSDKDESEIAFRTAV--DRANILERNVELV 59

  Fly    77 AYVDVINTADAFKLSRLICNQFSRGVYSMLGAVSPDSFDTLHSYSNTFQMP-FVTPWFPEKVLAP 140
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  Fly    60 PIVVYANTDDSFIMEKMVCNLISQGVIAIFGPSTGSSSDIIASICDTLDIPHIVYDWIPNESI-P 123

  Fly   141 SSGLLDFAISMRPD---YHQAIIDTIQYYGWQSIIYLYDSHDGLLRLQQIYQELKPGNETFRVQM 202
            ........:::.||   ..|.:.:.:|.:.|:|...:|::...|.:||.|.|..:|
  Fly   124 DREHSTMTLNVHPDNLLLSQGLAEIVQSFAWRSFTVVYETDKELQQLQDILQVGEP--------- 179

  Fly   203 VKRIANVTMAIEFLHTLEDLGRFSKKR-------------IVLDC-PAEMAKEIIVQHVRDIK-L 252
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  Fly   180 ---ISNPT-------TVKQLGPGDDHRPFLKEIKLSTDNCLILHCAPDNLLK--ILQQANELKML 232

  Fly   253 GRRTYHYLLSGLVMDNHWPSDVVEFGAI-----NITGFRIVDSNRRAVRD-FHDSRKRLEPSGQS 311
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  Fly   233 GE--YQSVFIPL-LDTH----SIDFGELSGVEANITTVRLMDPSDFHVKNVVHDWEEREKREGRY 290

  Fly   312 QSQNAGGPNSLPAISAQAALMYDAVFVLVEAFNRILRK--------KPDQFRSNHLQRRSHGGSS 368
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  Fly   291 FKVD---PN---RVKSQMILLNDAVWL----FSKGLTELGIFEELTAPD---------------- 329

  Fly   369 SSSATGTNESSALLDCNTSKGWVTPWEQGEKISRVLRKVEIDGLSGEIRFDEDGRRINYTLHVVE 433
                         |:|...|    ||..|::|...::....:..:|.|.|:|:|:|..:||..:|
  Fly   330 -------------LECRRKK----PWPFGKRIIEFIKARSEETSTGRIDFNENGQRSFFTLRFME 377

  Fly   434 MSVNSTLQQVAEWRDDAGLLPLHSHNYASSSRSASASTGDYDRNHTYIVSSLLEEPYLSLKQYTY 498
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  Fly   378 LNSDGFL-DLATWD------PVNGLDVLNDDEESEKRVGQKLSNKTFIVSSRLGAPFLTLREPQE 435

  Fly   499 GESLVGNDRFEGYCKDLADMLAAQLGIKYEIRLVQDGNYGAENQYAPGGWDGMVGELIRKEADIA 563
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  Fly   436 GEILTGNSRYEGYSIDLINEIAKMLNFKFEFRMSPDGKYGALNKVTQ-TWDGIVRQLIDGNADLG 499

  Fly   564 ISAMTITAERERVIDFSKPFMTLGISIMIKKPVKQTPGVFSFLNPLSQEIWISVILSYVGVSFVL 628
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  Fly   500 ICDLTMTSSRRQAVDFTPPFMTLGISILFSKPPTPPTDLFSFLSPFSLDVWIYMGSAYLFISLLL 564

  Fly   629 YFVTRFPPYEWRIVRRPQADSTAQQPPGIIGGATLSEPQAHVPPVPPNEFTMLNSFWYSLAAFMQ 693
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  Fly   565 FALARMAPDDW------ENPHPCKEPEEV-----------------ENIWSIMNTTWLSIGSLMG 606

  Fly   694 QGCDITPPSIAGRIAAAVWWFFTIILISSYTANLAAFLTVERMVAPIKTPEDLTMQTDVNYGTLL 758
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  Fly   607 QGCDILPKAASTRLVTGMWWFFALMMLNSYTANLAAFLTNSRQANSINSAEDLAAQSKIKYGAMA 671

  Fly   759 YGSTWEFFRRSQIGLHNKMWEYM-NANQHHSVHTYDEGIRRVRQSKGKYALLVESPKNEYVNARP 822
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  Fly   672 GGSTMGFFRDSNFSTYQKMWTAMESASPSVFTKTNDEGVERVQKGKNLYAFLMESTTLEY-NVER 735

  Fly   823 PCDTMKVGRNIDTKGFGVATPIGSPLRKRLNEAVLTLKENGELLRIRNKWWFDK---TECNLDQE 884
            .||.:::|..:|.|.:|:|.|..||.||:::.|||.|.|.|:|..::.|||.:.   ..|....|
  Fly   736 KCDLVQIGGWLDYKSYGIAMPFNSPYRKQISAAVLKLGELGQLAELKRKWWKEMHGGGNCEKSDE 800

  Fly   885 T--STPNELSLSNVAGIYYILIGGLLLAVIVAIMEFFCRNKT 924
            .  .|| ||.|.||.|::.:|..|||.|:::...||....|:
  Fly   801 DGGDTP-ELGLENVGGVFLVLGLGLLSAMVLGCTEFLWNVKS 841

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIA	NP_476855.1	PBP1_iGluR_AMPA	41..456	CDD:380603	107/447 (24%)
		PBP2_iGluR_AMPA	477..879	CDD:270433	156/405 (39%)
		Lig_chan	610..906	CDD:459656	105/301 (35%)
clumsy	NP_001036373.1	PBP1_iGluR_Kainate	27..397	CDD:380605	108/458 (24%)
		PBP2_iGluR_Kainate	414..787	CDD:270432	155/397 (39%)