DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Sf3b3 and teg-4

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_728546.1 Gene:Sf3b3 / 38093 FlyBaseID:FBgn0035162 Length:1227 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_491953.1 Gene:teg-4 / 172406 WormBaseID:WBGene00019323 Length:1220 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1241 Identity:708/1241 - (57%)
Similarity:912/1241 - (73%) Gaps:35/1241 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     1 MYLYNLTLQKATGVTHAVHGNFSG-GKQQEVLLSRGKSLELLRPDSNTGKVHTLLSTEIFGCVRA 64
            |:|||||||..:.:..|:.||||| .|.||:::.||.:||||..|:.|||:..:...:|||.||:
 Worm     1 MHLYNLTLQGQSAINQAIQGNFSGTPKAQEIVVGRGSALELLTLDTVTGKIKVMCHQDIFGIVRS 65

  Fly    65 LMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYNPSKNALEKVHQETFGKSGCRRIVPGQYFAIDPKGRA 129
            |:|||||.||:|:|.|||||||||||:||..|...|::|||||||:||||||||.:...||:|||
 Worm    66 LLAFRLTAGTRDFIAVGSDSGRIVILQYNAEKTCFERLHQETFGKTGCRRIVPGHFLVGDPRGRA 130

  Fly   130 VMIGAVEKQKLAYIMNRDTQARLTISSPLEAHKSNTLTYHMVGVDVGFDNPMFACLEIDYEEADM 194
            :||||||:|||.||||||::|.|||||||||||.:||.|.|||:||||:||.|||||.|||:||.
 Worm   131 LMIGAVERQKLVYIMNRDSEAHLTISSPLEAHKHHTLCYAMVGIDVGFENPTFACLEFDYEDADN 195

  Fly   195 DPSGDAAQRTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHANFLVSVPGGNDGPSGVLICSENYLTYK 259
            ||:|:||:||||||||||||||||||||||:|||.:..|.|::|||||||||||::|.||||.||
 Worm   196 DPTGEAAKRTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYAEPLNDPGNLLIAVPGGNDGPSGVIVCCENYLVYK 260

  Fly   260 NLGDQHDIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFICSATHRTKSMYFFLLQTEQGDIFKITLETDDDVVSE 324
            |||||.|||||||||||:|||.:|.|:.|.:|||:||:|||||:|.|.|||||:|||||:|:|||
 Worm   261 NLGDQPDIRCPIPRRRNELDDADRTMLIIATATHKTKNMYFFLVQAENGDIFKVTLETDEDLVSE 325

  Fly   325 IKLKYFDTVPPATAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQIAHLGDDDDEPEFSSAMPLEEGETFFFAP 389
            :|||||||||||.|:|:||:||||||:|||||.|||||.||:.||: ||||||...|.:..||.|
 Worm   326 MKLKYFDTVPPANALCILKSGFLFVAAEFGNHELYQIASLGEGDDD-EFSSAMGFGENDAAFFEP 389

  Fly   390 RALKNLVLVDELPSFAPIITSQVADLANEDTPQLYVLCGRGPRSTLRVLRHGLEVSEMAVSELPG 454
            ..||:|:.:|.:.|.:|:..:.:.|:|.||..|:|.|.|||.||:|:|||:|||:||||||:|||
 Worm   390 HELKSLIPIDSMDSLSPLTDAVIGDIAREDAAQIYSLVGRGARSSLKVLRNGLEISEMAVSDLPG 454

  Fly   455 NPNAVWTVKKRADDEFDAYIIVSFVNATLVLSIGETVEEVTDSGFLGTTPTLCCAALGDDALVQV 519
            ||||||||||..:|::|:||:||||||||.|:||:||||.:|||||.||||:.||.:|||:|||:
 Worm   455 NPNAVWTVKKNIEDQYDSYIVVSFVNATLALTIGDTVEEASDSGFLPTTPTIGCAMIGDDSLVQI 519

  Fly   520 YPDGIRHIRSDKRVNEWKAPGKKSITKCAVNQRQVVITLSGRELVYFEMDPTGELNEYTERSEMP 584
            |.:||||||:|||:||||||.::.|.|||||:|||.:.|:|.||||||:|..|.|||:|||....
 Worm   520 YSEGIRHIRADKRINEWKAPPRRQIVKCAVNRRQVAVALTGGELVYFELDLNGTLNEFTERKLFN 584

  Fly   585 AEIMCMALGTVPEGEQRSWFLAVGLADNTVRILSLDPNNCLTPCSMQALPSPAESLCLVEMGHTE 649
            |:|.||....:.|||..|.|||:|..||.|||:|||||:.|.|.|.|:||.|.||:.|:      
 Worm   585 ADIACMTFSEISEGELNSRFLALGTVDNAVRIISLDPNDMLMPLSTQSLPCPPESILLI------ 643

  Fly   650 STTQGGLDDDAPAQRSGNNKGTIYLNIGLSNGVLLRTVLDPVSGDLADTRTRYLGSRPVKLFRIK 714
                     |.| ...|.....::|||||.||.|.|..:|.|:|.:.||||||||:||||||:::
 Worm   644 ---------DTP-NEDGKGVAAVHLNIGLQNGCLFRNTVDNVTGAIMDTRTRYLGTRPVKLFKVQ 698

  Fly   715 MQGSEAVLAMSSRTWLSYYHQNRFHLTPLSYETLEYASGFSSEQCSEGIVAISTNTLRILALEKL 779
            .||..|:|..|||:||.|:.|.|||||||||..||||:.|.|.||||||||||.:||||:|.|||
 Worm   699 CQGRSAILCTSSRSWLLYHFQRRFHLTPLSYANLEYAASFCSNQCSEGIVAISASTLRIIAAEKL 763

  Fly   780 GAVFNQVAFPLQYTPRTFVIHPDTGRMLIAETDHNAYTEDTKSARKEQMAEEMRSAAGDE-EREL 843
            |..||..:|..:.|||...:||....:::.||||.:|||.||:.::.|||.::.:.|.|| |.:|
 Worm   764 GVAFNVQSFEHKMTPRRVAVHPSMPCLIVIETDHASYTEVTKNIKRNQMAADVEAMASDETEAQL 828

  Fly   844 AREMANAFINEVLPEDVFSSPKAGLGLWASQIRCLDAMHGQTMFSVPLTQNEAIMSMAMLKFSIA 908
            |:|:|.......|.|.|:.:|:|..|.|||.|..:.|..|..:....|.|:|....:|:::||..
 Worm   829 AQEIATNLRERRLDERVYGAPRAARGKWASAISLISATSGDKLSYFELPQDENAKCVALVQFSKH 893

  Fly   909 ADGRYYLAVGIA------------KDLQLNPRISQGGCIDIYKIDPTCSSLEFMHRTDIDEIPGA 961
            .:....| ||..            .|..:.|   ..||:..:.:.......:|:|||:.....||
 Worm   894 PNEAMVL-VGCGVNEVLNVHDIDPNDTSIRP---TRGCVYTFHLSANGDRFDFLHRTETPLPVGA 954

  Fly   962 LCGFQGRLLAGCGRMLRIYDFGKKKMLRKCENKHIPYQIVNIQAMGHRVYVSDVQESVFFIRYRR 1026
            :..|:|..|.|.||.||:||.|:||:|.|||||:.|..|||||:.|.|:.|||.||||.|:|||:
 Worm   955 IHDFRGMALVGFGRFLRMYDIGQKKLLAKCENKNFPVSIVNIQSTGQRIIVSDSQESVHFLRYRK 1019

  Fly  1027 AENQLIIFADDTHPRWVTATTLLDYDTIAIADKFGNLSIQRLPHSVTDDVDEDPTGTKSLWDRGL 1091
            .:|||::|||||.||:||...:|||.|:|:|||||||::.|||..|.:||.:|||.:||:||||.
 Worm  1020 GDNQLVVFADDTTPRYVTCVCVLDYHTVAVADKFGNLAVVRLPERVNEDVQDDPTVSKSVWDRGW 1084

  Fly  1092 LSGASQKSENICSFHVGEIIMSLQKATLIPGGSEALIYATLSGTVGAFVPFTSREDYDFFQHLEM 1156
            |:|||||.|.:.:|.:|:.|.||||.:|:||.:|||:|.|:.|.:|..|.|.|:::.|||.:|||
 Worm  1085 LNGASQKVELVSNFFIGDTITSLQKTSLMPGANEALVYTTIGGAIGCLVSFMSKDEVDFFTNLEM 1149

  Fly  1157 HMRNENPPLCGRDHLSYRSSYYPVKNVLDGDLCEQYLSIEAAKQKSIAGDMFRTPNQICKKLEDI 1221
            |:|:|.|||||||||:|||.|.|.|:|:|||:|||:..::..|||.:|.::.:|.::|.||||||
 Worm  1150 HVRSEYPPLCGRDHLAYRSYYAPCKSVIDGDICEQFSLMDTQKQKDVAEELGKTVSEISKKLEDI 1214

  Fly  1222 RTRYAF 1227
            ||||||
 Worm  1215 RTRYAF 1220

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Sf3b3NP_728546.1 MMS1_N 76..592 CDD:402179 354/515 (69%)
CPSF_A 872..1194 CDD:397339 159/333 (48%)
teg-4NP_491953.1 MMS1_N 77..591 CDD:371047 353/514 (69%)
CPSF_A 857..1185 CDD:367377 158/331 (48%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C160167655
Domainoid 1 1.000 745 1.000 Domainoid score I36
eggNOG 1 0.900 - - E1_KOG1898
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H6579
Inparanoid 1 1.050 1430 1.000 Inparanoid score I50
Isobase 1 0.950 - 0 Normalized mean entropy S1325
OMA 1 1.010 - - QHG54483
OrthoDB 1 1.010 - - D57158at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0004388
OrthoInspector 1 1.000 - - oto17890
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_102496
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR10644
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 1 1.030 - avgDist Average_Evolutionary_Distance R1253
SonicParanoid 1 1.000 - - X3106
SwiftOrtho 00.000 Not matched by this tool.
TreeFam 1 0.960 - -
1716.750

Return to query results.
Submit another query.