Protein Alignment Msp300 and syne3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001188695.1
• Gene: Msp300 / 3771968
• FlyBaseID: FBgn0261836
• Length: 13540
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001076483.2
• Gene: syne3 / 100009645
• ZFINID: ZDB-GENE-070209-271
• Length: 1100
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1408
• Identity: 296/1408 - (21%)
• Similarity: 509/1408 - (36%)
• Gaps: 442/1408 - (31%)

  Fly 12266 TFQEYHRLSTRLARSQNSSEALRLWRQYLQH----------VQSFLSCAIPEDYSSLREQQQLCA 12320
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Zfish     2 TQQEQHEF-------RESLEEARSWMQAIQERLKQNDDTKGPRSALEV-------RLRETEKIHS 52

  Fly 12321 IHQNLLISQQSVL--SETPL---ESELSEQ----YKALTNLHNETLSRIMQRNGELERRVSGWNA 12376
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Zfish    53 LEPDGQVKMDRVLVASEALLRNGDEELKNQTHCKLKDLKAFYDDTLTYIIHCHSRIE-----W-- 110

  Fly 12377 YRQQLAALLDWLRQREA-ERNALQLRYIHLKRVPHLKHR--LDAMIQQLDQGEQQSKALQEQQQE 12438
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Zfish   111 ------VWLHWSEYLKAHEEFGLWLEKMHRSLEPLLEMQLGLQEKLWQVDHLRVLHSDIQGQAQF 169

  Fly 12439 LARHCDDALATAMRMEQASIGQRISNLRAALKTWQGFLQRVTQLSESYEQRVNQLQQEFGAAQKL 12503
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Zfish   170 LERLLDEAAALFNRTGDPSVDE---------QTQQG-------LQEAYNHIRDRAQERLTLAQKI 218

  Fly 12504 -----------------LDANSESLPTQPAAIEQLLGSLRAQRVQLGAQVSALESLTVTQ-EELK 12550
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Zfish   219 AEEHQQYQSCVHKFQSWLVSKTEEVSRFSDVDDSTQNRLKALQ-DLGASI-AKEELTLQHIEKLS 281

  Fly 12551 ECI----SPHDMKTIRQ---RNWLLWQQHADLDYQLANLINSIEERLSLLSNYQIRYDRISQWLQ 12608
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Zfish   282 EAVKANTSPAGAEKITQEIEELRLAWQ-------RLRQTLLELKEEL------QISLDSENEYSE 333

  Fly 12609 RLEQRVEKDADVTAMTNPEQAAKQLEQQVNSELQLRDKEREWLLSTSRELLTLYSEPEVRSQVQQ 12673
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Zfish   334 RCK---ELWADLAKL-------RTLVQKLSGDLESRDGER------------------------- 363

  Fly 12674 QSDSLIDRWQ-----RLKYLAKQKATKIGELKMTLLRLEERIALIRAWLFEVESQLDKPLNFESY 12733
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Zfish   364 TEEHMVAQWKMHTGVRNKLIAQEPS--VEELKS---RLKE--------LFRF------PQDSKSL 409

  Fly 12734 TPNVIEAKLKEHEQIQ-RSIEHHSSNVGEVLNLVEMLLNDADSWRTQVNT-----------SGLA 12786
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Zfish   410 SDEVL-AVVKEYQSVKGRSFRLSSESETALRQILQDPLHGFSQWSQLVSQVLEASSDVTEFSHIA 473

  Fly 12787 ASAQNLEQRWKNVCSQSAERKARILTIWNLLQQLIKLTAEHKNWLGKQESQIAGFERDQKSHSKH 12851
            ...||:|:..||    |.:.:.|:    :|||....|.           |.:.|
Zfish   474 LLVQNIEKLLKN----SVQLQERL----SLLQVKSDLL-----------SAVFG----------- 508

  Fly 12852 KLEERQMELRAKLEELESQSVNLRQLEQIYAKLAMSAGVEPENIQKLTLPTKVMVSMWRQLTPRC 12916
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Zfish   509 --QEKAEDLLGEL------SGDMRKRELLHS----------------------------QLQQRK 537

  Fly 12917 HALLDAIDKDAKLMREFNNAQLEATNSLNAIQKALEQLPSAENQQTSKAEPKAVLQRLESLEKKL 12981
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Zfish   538 NRLQGLISK----TKDFSNAYDSIHTKLSSIK---DQFVSTDGLQPDILAKKSQADQLRVIRKDL 595

  Fly 12982 QDAQQHVQQADNLAQEAKT-RTKQQPQLKQLLELVSAYTTLWQTVQTRI---------------- 13029
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Zfish   596 EECEAHIIALETLVSSNPTNRTKFE-------RLYADWRLLYKALRMKVNESEENIGEHESFHEN 653

  Fly 13030 VTLKTTWLTRAAQAAASLPVSEAANAAVQVNTLSQRKLRQAQQMQRETSITAKDAYIMELQTAIT 13094
            :.....||....|...|...||...:.......::|.|.:..:              .|||...|
Zfish   654 ILNMEKWLMIMKQKLDSFRGSEGEWSIDNRQHEAERALGEFPE--------------KELQLHQT 704

  Fly 13095 ECQNNLDELQRTVVDKTRKPGPQKIAKLLGNAQSSTELVKHLS---HLLLTECKADDQAAE---- 13152
            |.|.:      ||:.||.:.|...|.:.|...:.|...:..||   :.||...:..|:.|:
Zfish   705 EAQGH------TVLAKTSEEGKVHILQDLKRLRESWMSLHTLSLNLYRLLQTTEFQDRWADGHQQ 763

  Fly 13153 ------------VDTVAELTLRF-----DTLQSQWKARQQHDQN---ASEVGRLTCPLCTQRNWQ 13197
                        .|...:..|||     .|...:.:...:.||:   |..:|.:..|.
Zfish   764 GLSSDFEEGFITGDKRPDPLLRFHHEAESTGLQELERSTEADQDLIPAIVLGSIPSPR------- 821

  Fly 13198 QIDNDLWRLEQWLQFAESTQKAQSAPPSNIELLEDVTQDHREFLLDLESHKSIISSLNVVGD--- 13259
              |:::||.|:.: ..:|......|..|.:    :.|.:.::..::::....::.|....||
Zfish   822 --DSEVWRRERSV-LDQSLDDEVDAVTSGV----NRTVNRKKMQMEMKGGGDLVGSAGWTGDWVT 879

  Fly 13260 -HLATHTLD---------TE----KARQLRSRLEADNERWNNVCINATKWQGLLQTALMGNSEFH 13310
             |:.:..:|         ||    :.|...|::..|:        ..|..||..:.|   ::|..
Zfish   880 EHMTSSGIDELDMHGRYETEPEVAQKRMKPSQIRHDD--------TLTGSQGPRRPA---DTEAQ 933

  Fly 13311 QTIGELVEWLQRTEQNIKASEPVDLTEERSV----LETKFKKFKDLRAELERCEPRVVSLQDAAD 13371
            ::  :...||.:  ||.|.:.  .|:.:||:    |..:....|||||.:...:.:...|.:  |
Zfish   934 RS--QFEAWLHK--QNDKLTG--ILSNQRSLSAKELRIRQNTLKDLRAGVVWGQSQFQKLLE--D 990

  Fly 13372 QLLRSVEGSEQQSQHTYERTLSRLTDLRLRLQSLRRLSGIYIVKLGAVLGYEGDNLGVPLHMLSS 13436
            |..||||..|             |.:||.|..
Zfish   991 QQHRSVEDME-------------LEELRYRWM--------------------------------- 1009

  Fly 13437 ELLDNTTLSTSSMQAAAPNTENANNTDGGDAVDGDV---INTTVLARGARFLGRVARASLPIQAL 13498
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Zfish  1010 -------LYKSKLKEAA---------DLKESVGGQIQEHVRSGKASSGPGFLYRVCRVALPLQLL 1058

  Fly 13499 MLLLLGVATLVPHGEDYT-CMFSNTFARSLEPMLSYPHGPPPT 13540
            :|.||.:|.|:|..::.| |..:|.||||...||.| .|||||
Zfish  1059 LLALLLLAFLLPMMDEGTSCSLANNFARSFNIMLRY-DGPPPT 1100

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Msp300	NP_001188695.1	SPEC	17..220	CDD:238103
		EnvC	194..>393	CDD:443969
		PTZ00121	<1704..1881	CDD:173412
		SPEC	9546..9732	CDD:413338
		rne	<10668..10827	CDD:236766
		SMC_prok_B	11268..12195	CDD:274008
		YhaN	11930..12426	CDD:443752	42/181 (23%)
		SMC_prok_B	<12205..12954	CDD:274008	156/751 (21%)
		YhaN	12817..>13241	CDD:443752	83/467 (18%)
		SPEC	13196..13374	CDD:238103	40/198 (20%)
		KASH	13484..13540	CDD:463142	28/56 (50%)
syne3	NP_001076483.2	SPEC	114..322	CDD:413338	55/238 (23%)
		SMC_prok_B	<298..606	CDD:274008	85/448 (19%)
		KASH	<1070..1100	CDD:463142	14/30 (47%)