Protein Alignment rad50 and rad-50

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_726199.3
• Gene: rad50 / 37564
• FlyBaseID: FBgn0034728
• Length: 1318
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001122999.1
• Gene: rad-50 / 179678
• WormBaseID: WBGene00004296
• Length: 1312
• Species: Caenorhabditis elegans
• Alignment Length: 1393
• Identity: 355/1393 - (25%)
• Similarity: 631/1393 - (45%)
• Gaps: 244/1393 - (17%)

  Fly     1 MSSIESLSIQGIRSFGTYADDLQSIKFSSPVTLILGENGCGKTTVVECLKYALTGECPPGSDRGK 65
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 Worm    15 MAKFLRLHIRGIRSVGDEDHDVHKIDFLSPCTLISGPNGTGKTTTIEALNFVTTGQMP--TQKKQ 77

  Fly    66 SFVHDPKIFGLNEVLAQIKMQVRDRRGAQVSICRTMKVSK--------KRNKMSFETMDSTINFL 122
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 Worm    78 NFIHSTDVARKTRVDASVTLEFIDVKGRECTAVRRLVVTSGTKAAALAEEHTLAIKYPDGTVN-- 140

  Fly   123 TGAGQSKREKQDSLSGRSVDIDVAISDFMGVSKAIINNVLFCHQEDSSWPLDESKKLKEKFDAIF 187
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 Worm   141 ------------TLSSKVCDFNTALLKHLGVPRAVFKYVIFCHQEDSTWPLSEPKELKKRFDDIF 193

  Fly   188 GITEYNKALDKIIKL----RKEAMEELKIKEANIKHVAYLKQEMEVKTLNLQKAQRKCDAIKAQC 248
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 Worm   194 QLTKFVKAQERMKKIVLDFKKEMQTHEMSKQLYETHV----RDKLVARQNQEECERKISKRKEET 254

  Fly   249 SECEEE----MKPIEARLVEIRNVEFEIGKYQAQKVEMDTKHKNCKDQISTLTLKIKKPFRGTLD 309
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 Worm   255 DELKERKANGQKKIEEMRTSIHELEDTLTSFKKTELE----RQNLKKQLSLIRV---EPYFGTEE 312

  Fly   310 ELDQEISNF----------------------DQRMLEMRQKRTEVEGDLSQIKRSSVAEQEKLGT 352
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 Worm   313 ELKREIEEFRGSEGRSYGEERARIQKKIGKNNQERQELSQKKTEFENRISSLK------AEVIHC 371

  Fly   353 QDRKHCLAKQRHQSELACRAQLLKRVKEFCRELHIPIDCDLVEQPEKMGEVLRDIEAMIITKHC- 416
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 Worm   372 QSLKYDL--ERLENQLRSELDL-----EHDADIDIEIDNAITLKIRGMSD-----KARMIAKNCA 424

  Fly   417 EITEIVEQNEKADRSRQVKIDELRIELTKSEQSVTAQEKQRESSKRESETLGVE--IKKIET--- 476
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 Worm   425 ELQSNLRTAQEAATKIEVEMKTLQNEKVKLEKEV--EQLKFKIKQGQNATAGMKDLLKKEEALRK 487

  Fly   477 SMQDLKKL-EKEINEVNELYESATKNIDQQAIKDAIARKKASIAENQIQFKKLDEQLTFLGSMAK 540
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 Worm   488 SLADLPLLDENALTECKLKREKYLKQLD-------ILKKKCAEAEKNAEKDREKESLKQTLSIAR 545

  Fly   541 LVAECSLKQKELDKKNQEVHRVRSRHSDHFGKLFKEPITCNYRRSMQVVYEKLRREIQELNE--- 602
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 Worm   546 -------------KKMTAYQRI---YDNNWQGLIGQAPDFPWTPILSKTFHKLRNDKKIMEEDLR 594

  Fly   603 --KANTQKLKEQSYEIKRKNLISDISRMEKELKDSEELIYQ-KCRSTPYDDLLERSKTTISKLQF 664
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 Worm   595 DVQLNVQKLETMQHQYRKQ----EESLTAQELKLSENIFEACSCEAEEVSEKLENLRKRLKKARK 655

  Fly   665 DHGALKSSEALYKKYIQKMDEEPSCPLCHHNM-TSDEACDLTSEL----------TDEIQKLPDN 718
            |...|.:...||..||::......||||..:. |..|..:.:.:|          .:|::||...
 Worm   656 DLAPLSAKSNLYDSYIEESKSSGCCPLCDRDFKTKKEINEFSKKLENMTLSFPTEQEELEKLVSK 720

  Fly   719 ITRAEKAL-KAEQIKYENLLQ-----LKPTILKVKELKDSLPQKKEELKKVEELLGDSVSEYETL 777
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 Worm   721 LEKEEIIIVKAE--GQANELQRIVKELKEVREKNRKLSTEMAEEKSNLSKNEKQL-------ETV 776

  Fly   778 IALIGEPTHNMELANSMMGDMSLLDEALKDSARLTKDLDLQKGQLPASYDSSVSMDDLQAEKSKV 842
            .|       .::||..:..|:.::.:..:.    |::.:.:..||.:..|||..:...:..| ||
 Worm   777 NA-------KLKLAEDLQTDVGVIQQLYEQ----TEENEKRYEQLVSESDSSDGLSYTELRK-KV 829

  Fly   843 SKELETERKELESAQNAVQQQMDALNRLREKKNSLKDRQIHLREGLQS----LPQLKERLEKLNS 903
            ..:.|..||.::..:. :|:..:..|:|:.|.|.|...::.|.|....    ..||:.:::::..
 Worm   830 EDKDEEYRKIVQEGEE-LQKCSEERNKLQSKLNELGTHRVSLGEAAAQAGAFAEQLETKIKEIQE 893

  Fly   904 FLTTVA----SEISELKAKIQPLKLNLRAAIEEKERLKKSESEKLAQLNSKYNSYKSTDHDIQRL 964
            .:|.::    .::.:.:.|...|..|:.:..|||   ||:|.|                  :|.:
 Worm   894 CITAISQKRNEDLPDAQFKKDDLTRNVSSKEEEK---KKAEME------------------VQMM 937

  Fly   965 NKEAEDYAKLDLRNEIKKLDEIIMASKDKLRKL------EAEISLKTDELETIKTEC-SNQQTVE 1022
            .||               ||:.|...|...:|:      |.::..|.:.:.|:.... .|||..:
 Worm   938 KKE---------------LDQKIFHRKSLFKKVQEGGLCERQLMDKENNIATLNASLEENQQRQK 987

  Fly  1023 RDLKDNRELKQLEDKEAKLRE---------SCQVLDKQLGNLDFHSVSKEKVNLTKQRDKATVRK 1078
            |..:|.|.......:|:.|::         ..:.|.:.|...| ..::::::...||.......:
 Worm   988 RFEEDLRSFDSSHQRESILKDQLTRMIIENKIKELKRTLATFD-GQINEDRITEQKQAYNKLQNE 1051

  Fly  1079 GELLG--------QLGEIHSQVNKLQREIDEPRFKESLKNFRKANYEIEVTRLCIEDLGQYRLAL 1135
            ..|:|        |:.|...|....:.::.....:.:..|:|.|..|:.:|:..|.||.:||..|
 Worm  1052 LRLIGNEEVKIYTQMQEYEKQKKIAEAKLSTKECQNAESNYRDAIIELAITKESISDLTKYRNCL 1116

  Fly  1136 EWALIQFHSEKMEMINRLIREYWRKIYRGNDIDYIQVKTDEVSSDASADRRKTYNYRVVQ-SKNY 1199
            :.:|||||||||..:|.:|.:.|||:|...||..|::::|..|..:|  ::..|.|.|:. .:..
 Worm  1117 DASLIQFHSEKMGRVNGIIDDLWRKVYNSTDITTIRIRSDATSETSS--KKVAYEYNVMMVHETG 1179

  Fly  1200 SEIEMRGRCSAGQRVLASLIIRLALAETFSSNCGVLALDEPTTNLDRANINSLCEALNCIVEERQ 1264
            :|:||||||||||::||||:||:||||.|..:|.::||||||||||.:.:..:...|..|:.||:
 Worm  1180 TEVEMRGRCSAGQKMLASLLIRIALAEVFGGSCSMIALDEPTTNLDESKVEGMAIVLADIIAERR 1244

  Fly  1265 S--------QSNFMLIIITHDENFVSSL 1284
            .        ..:..:::|||||..|:.:
 Worm  1245 GFDENGKLRGRDMQMVVITHDERLVNRI 1272

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
rad50	NP_726199.3	rad50	2..1295	CDD:129694	354/1392 (25%)
rad-50	NP_001122999.1	rad50	16..1307	CDD:129694	354/1392 (25%)