Protein Alignment Xpd and Rtel1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_726036.2
• Gene: Xpd / 37414
• FlyBaseID: FBgn0261850
• Length: 769
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_006500696.1
• Gene: Rtel1 / 269400
• MGIID: 2139369
• Length: 1266
• Species: Mus musculus
• Alignment Length: 830
• Identity: 205/830 - (24%)
• Similarity: 351/830 - (42%)
• Gaps: 140/830 - (16%)

  Fly     2 KLSVDGLLVYFPYEYIYPEQYAYMLELKRSLDAKGHCLLEMPSGTGKTATLLSLIVAYM------ 60
            ::.::|:.|.||:: .||.|..||.::...|..|.:.:||.|:|||||..||...:|:.
Mouse     3 RVVLNGVTVDFPFQ-PYPCQQEYMTKVLECLQKKVNGILESPTGTGKTLCLLCSTLAWQQHLRDA 66

  Fly    61 ---------------------------------VEHPETVRKLIYCSRTVPEIEKVIAELQNLMV 92
                                             :|....:.|:||.|||..::.:||.||:| ..
Mouse    67 VSSLKIAERVQGELFASRTLSSWGSAAAASGDSIECYTDIPKIIYASRTHSQLTQVIRELRN-TA 130

  Fly    93 YYERHCPNPPPFTGLVLSSRKNMCIHPEVSKEREGKAVDGKCYGLTASYIRERHEMDTETPICQY 157
            |..:.|         ||.||:.:||||||.|:.........|....||            ..|.:
Mouse   131 YRPKVC---------VLGSREQLCIHPEVKKQESNHMQISLCRKKVAS------------RSCHF 174

  Fly   158 FEGFSLEGKESTLPVGVYSIDDLKEYGRSRNWCPYFLARYAIAHAHIVVYSYHYLLDPKIAQVVS 222
            :.....:..|..|...:..|:||.:.|..:..|||:|:|.....|.|:...|:||||.|..:..|
Mouse   175 YNNVEAKFLEQDLATPILDIEDLVKNGSKQKMCPYYLSRNMKQQADIIFMPYNYLLDAKSRKAHS 239

  Fly   223 KEMSRESCVVFDEAHNIDNVCIDSMSVKINRRTVERSTNALNHLTKLVQDIREEDTNRLNEEY-- 285
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Mouse   240 IDL-KGTVVIFDEAHNVEKICEESASFDLTPRDVASGLEIINQV--LEEQARVTQQGELQQEFIV 301

  Fly   286 ----QRMVQGLKDASVQRDTDMILANPVLPNDVLTEVVPGNIRNADHFLSFLRRFIEYIKTRLRV 346
                ..:...|:|.:..:   |||..  |...:....:||:.|......|::.......:...:.
Mouse   302 DTSSSGLNMELEDIAKLK---MILLR--LEEAIDAVQLPGDDRGVTKPGSYIFELFAEAQITFQT 361

  Fly   347 HHVVQESPAGFLKDISSKICIERKPLRFCAERLSSLLRTLEISDLTEYGALTL----ITHFATLV 407
            ...:.||....::.::.:..:.......  ::|..:::.:...|..|....:|    |:|
Mouse   362 KGCILESLDQIIQHLAGRTGVFTNTAGL--QKLMDIIQIVFSVDPPEGSPGSLVGLGISH----- 419

  Fly   408 STYTKGFTIIIEP----------FDDKTPTVS---NPILHFSCLDSSIAMAP-VFSRFQTVVITS 458
                 .:.:.|.|          .|..:.|.|   ..:|.:.|...|.:|.. |....:|:::||
Mouse   420 -----SYKVHIHPETSHRRAAKRSDAWSTTASRKQGKVLSYWCFSPSQSMRELVCQGVRTLILTS 479

  Fly   459 GTLSPMDMYPKILDFDPVVMSSFTMTLARPCLLPM------IVSKGNDQVTISSKFETREDTAVI 517
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Mouse   480 GTLAPLS------SFALEMQIPFPVCLENPHIIDKNQLWVGIVPRGPDGVQLSSAYDKRFSEECL 538

  Fly   518 RNYGQLLVEVAKTVPDGIVCFFTSYLYLESVVASWYDQGIVDTLLRYKLLFIETQDNAETSYALM 582
            .:.|:.|..:|:.||.|::.||.||..:|..:..|..||:...:...|.||:|.::....|..:.
Mouse   539 SSLGKALSNIARVVPHGLLVFFPSYPVMEKSLEFWQVQGLARKVEALKPLFVEPRNKGSFSEVID 603

  Fly   583 NYVK--ACDCGRGAVLLAVARGKVSEGVDFDHHYGRAVLMFGIPYVYTQSRILKARLDYLRDQFQ 645
            .|.:  |.....||..|||.|||.|||:||....||.|::.|:||.......:..::.:| |:.:
Mouse   604 AYYQQVASPASNGATFLAVCRGKASEGLDFSDMNGRGVIVTGLPYPPRMDPRVVLKMQFL-DEMR 667

  Fly   646 IRE---------NDFLTFDAMRHAAQCVGRALRGKTDYGIMIFADKRFSRHDKRSRLPKWIQEHL 701
            .|.         .::....|.|...|.:||.:|.:.|||.:...|.||:..|.|::||.|::.:|
Mouse   668 GRSGVGGQCLSGQEWYQQQASRAVNQAIGRVIRHRHDYGAIFLCDHRFAYADARAQLPSWVRPYL 732

  Fly   702 --VDSFCNLSTEEAVQLARRWLRRMAQPFTR-------EDQLGISLLTLA 742
              .|:|.:: ..:..|..|...:.|..|..:       |.::.:...||:
Mouse   733 KVYDNFGHV-IRDVAQFFRVAQKTMPLPVPQAVTSSVSEGEIALKDATLS 781

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Xpd	NP_726036.2	rad3	7..717	CDD:273169	199/791 (25%)
Rtel1	XP_006500696.1	rad3	10..743	CDD:273169	197/783 (25%)
		HN_RTEL1	877..976	CDD:259826
		HN_RTEL1	1038..1126	CDD:259826
		COG2888	1209..1250	CDD:442134