DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG8908 and Abca8

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_611464.3 Gene:CG8908 / 37293 FlyBaseID:FBgn0034493 Length:1626 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001417137.1 Gene:Abca8 / 303637 RGDID:1307069 Length:1620 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1707 Identity:408/1707 - (23%)
Similarity:711/1707 - (41%) Gaps:332/1707 - (19%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    64 VKYPPVNITTKVPYIYYSPENLVLAAVIEDVVHDLKAVGSKAFASASELNKALIGKDTYGYVGIE 128
            :.|.||..||:              .::|.|.......|.|......|.|...:.:.....:.:.
  Rat    77 IGYTPVTSTTR--------------QIMEKVAAVPFMAGRKVLGLLDEENIRELTESHQEVIRVI 127

  Fly   129 FDDSFSDINELPINVTVGLRFPLHLRKNPKMVWDNTSILKHSKMDVD----YYQVEGFLVVQAKL 189
            |.|:||    ..:....|.|.|     ..:...|:.:.......|||    .:..:||:.:||.:
  Rat   128 FSDTFS----YHLKFQFGQRIP-----KSREHGDHEAHCFEMYEDVDCLISIFWKKGFVALQAAI 183

  Fly   190 SEALIRAKNEAVVLPEVI------LQHYPDVAEVDRL-DNRVALGGVLFLPVTISAAYLAQMIVM 247
            :.|:|.......|:.:::      ::.:|.|.:...| |..:....|.|.|:|    |...:.|.
  Rat   184 NAAIIETTTNHSVMEKLLSVSGKFMKIHPFVRQEGILTDFFIFTCIVSFSPIT----YFVSISVA 244

  Fly   248 ERRDHLRDMLELMGVRAWIYWLSWFLVAFLLLSIPTVFMVLLLKWRYFSLSDSSLVLFFL-LVYN 311
            ..|..::.::.:||:|...:||||.|:....:.:..:.:.|::|...|.:..|..|:|.| |:|.
  Rat   245 RERKKMKGLMMMMGLRDSAFWLSWGLLYAGFVFVMALSLALVIKSVQFLILTSFTVVFSLFLLYG 309

  Fly   312 LEVLTSAFMISSFFSDTV--GVQVAIVIVHLIGCLPWRLL----LMGYVPTLPRTIFVCLFLNSS 370
            |.:::.||::|.....:|  |:.|.::.:.      |..|    |..|:|. |....:.||...:
  Rat   310 LSMISLAFLMSVLVRKSVLTGLTVFLLTIF------WGSLGFTALYRYLPA-PLEWTLSLFSPFA 367

  Fly   371 LAMGLQQFIKSENLRLGLHWTYLFERTDWDEFVHLGP----------ILLFML-FGCLLRILVLA 424
            ..:|:.|.:                |.|:|...:..|          ...||| |..||.:.:..
  Rat   368 FTLGMAQLL----------------RVDYDLNSNAPPDPAGSSNLIAATNFMLAFDALLYLALTM 416

  Fly   425 YMEQL--RSY-QNRKWYFPVQPSFWCRWNRRPRSDDFDVEGQETGIRGHPL-------------- 472
            |.|::  ..| ..|...|.::||||.    :||.....:  .|.||...||              
  Rat   417 YFEKVLPNEYGHQRSPLFFLKPSFWV----QPRKPAHVI--LEDGIDPAPLSGGSFEPVSPEFHG 475

  Fly   473 --IVRARNIEKVF----NEWIAVKDLNLNFYQDEITVFLGHNDSGKSTILMLLAGFLRPSAGEIT 531
              .:|.|||.|.:    ::..|:|||.|:.|:.:||..|||:.:||||:|.:|:|...|:.|.:|
  Rat   476 KESIRIRNISKEYKGKPSKIEALKDLTLDIYEGQITALLGHSGAGKSTLLNILSGLSVPTKGSVT 540

  Fly   532 INGYDLATNQRKARQSMC----ICPQPNVLFEKVNARWHLQFYCRLKGLNRQEASAETDKY---L 589
            |  |:...::....:|:.    :|||.||.|:.:..|.:|:.:.:::|:..||...|..:.   |
  Rat   541 I--YNNRLSEMADLESVFRISGVCPQSNVQFDFLTVRENLRLFAKIRGVPPQEVEKEVQRVLLEL 603

  Fly   590 EIGRLQDFANTKVKNLPSGIKRMLMLCCNLCGNSKILLLDEPGTSMDPAMRSNMWDLLRRERKGR 654
            |:..:||..   .:||..|.||.|.....:.|:|:|.|||||...:||..|..:|:||:..:..|
  Rat   604 EMKNIQDIL---ARNLSGGQKRKLTFGTAILGDSQIFLLDEPTAGLDPFSRHRVWNLLKERKADR 665

  Fly   655 CIIMATHNMNEAEVVADQIVVLCDAQVIGYGTTGFLTQIAGTGSSYLLICTKMDTCIVAEVTNFL 719
            .::.:|..|:||:::||:.|.:...::...|::.||.:..|.|  |.|.....:.|:...:|:.:
  Rat   666 VVLFSTQFMDEADILADRKVFISRGKLKCAGSSLFLKKKWGVG--YHLSLQLKEVCVPENITSLV 728

  Fly   720 QIRFPDIKLHNEFSIYVTYELPTKYVQQYAALFLELEEALGELNLAEISVCAPTLGSVFLQM--- 781
            :...|:.||..|....:.|.||.:...::..|...|:...| |.:....|...||..|||::   
  Rat   729 KQHIPEAKLSAERERTLVYTLPLETTYRFPELCQSLDSCPG-LGIDSYGVSMTTLNEVFLKLEGK 792

  Fly   782 -----------GEEMRQSWNRISSFDLLSSPSPMLSLLNLLPTFEVREDDGRVKCCNQWRAIVEK 835
                       ||...:   |....:.|......||.|.     |.::..|.:....|....:.|
  Rat   793 SAIEEPEVDIVGEGQTE---RSGDTERLMEMEQTLSTLT-----ETKKKTGSLALWRQQTCAIAK 849

  Fly   836 KRLFTLRHQK--FYCMIIATPIIIC-LLIISFSIFIFLVDHHLSELLVTDLSIYPKAVFVIDSPA 897
            .||..|:|::  ...:::...:.:| ||..|..:.|      |......|||  |.:.|:  :|.
  Rat   850 ARLLKLKHERKTLLSVLLVLGVALCPLLFESIKMKI------LQSAYTWDLS--PHSYFL--APG 904

  Fly   898 EGNRFERHYMANVIGQGGTVRSTSGTPIDDYLLA-EMESDQVKVQHTFLAGATFDSNANSIIAWS 961
            :    :.|.|...:    .:.:.:...|||::.: |.::..::|..:.....|.|.:.|..:..|
  Rat   905 Q----QPHGMLTQL----LIINKTEASIDDFIQSVERQNIALEVDASGARDGTDDPSFNGALTVS 961

  Fly   962 NNKLKHG-----------------SALSMGLVYAAIGQELAKLDIRIVNKPYQDTVQQAVRGLIY 1009
            ..:..|.                 ..||.||    :|.......||.....|  .|.:....|..
  Rat   962 GGEKNHSFSLACNTKRLNCFPVLMDVLSNGL----LGMVKPSARIRTDRSTY--FVDEITNPLQQ 1020

  Fly  1010 ASTIEFAVLVFHYLVLGTA---IFAVLPIVERRSKVQHQQFSSGMSRSTYWLSHLSWD---YCFY 1068
            .....|      :|.|.:|   ..|:..:.:.::||..|...||:..|.||......|   |||.
  Rat  1021 LGKTTF------WLTLTSACPPYIAMSSVTDYKNKVWFQLRVSGLFPSAYWFGQALVDIPLYCFV 1079

  Fly  1069 IAMILPLIVVAGITIGSVLPV--IVQL---LAFGFSAISFTYLLCLMSNDFGK----MFSIILY- 1123
            ...:..:..:.|....:::.:  ::|:   :.:..|.|..||::..:|.. ||    ::|:..| 
  Rat  1080 FLFMSLMDYLLGFPDATLIVITHVLQIPCSVGYAISLIFLTYVISFISRK-GKKNSGIWSLCFYI 1143

  Fly  1124 INMIGVLALFIHPKSPQTRYAVIESVLLVHPHYSLCC---GMYEAI-RMSTFSLKQLPYLIFSGA 1184
            |.|..|:|:.:........|.:|   .|:.|...:.|   .|:..| |:|.......|:|:|. .
  Rat  1144 ITMFSVVAMLLDFNVDAILYCII---FLLPPSTLIGCLILSMHLFIYRISREESIVEPFLVFL-I 1204

  Fly  1185 AYLTIVVFAWVPRRLNYVF--KSIRNEKIY---------------PSYKDEDKEVDKMRRRLAYL 1232
            ..|.:.:|.:..|.|.:.|  |::|.:.|:               |..:|||.::::||...|..
  Rat  1205 PLLHVFIFIFTLRCLEWKFGKKTMRKDPIFRISPRNNDVHQNPEEPEGEDEDVQMERMRTASALA 1269

  Fly  1233 TTAHYAFFPLILKN-LSKRYG-----------SFVAVRSLTLDLNPFECVGLLGRNGSGKSSIFR 1285
            :|: :...|:|:.: |.|.|.           :.:|.|:::..:...|.:||||.||:|||:..:
  Rat  1270 STS-FDEKPVIVASCLRKEYAGKWKHCLSKKKAKIATRNVSFCVRKGEILGLLGHNGAGKSTSLK 1333

  Fly  1286 MIVGMESITVGSIHIKGYSLKTRPKDASRHVGFCPRELMLLSFMTGKDALRFCCLINGIRREYIK 1350
            ||.|....|.|.:.:||    :|..||...:|:||:|..|...:|.|:.|.....:.|:.:.:..
  Rat  1334 MISGDTKSTAGQVLLKG----SREGDALGFLGYCPQENALWPNLTVKEHLEVFATVLGLSKSHAA 1394

  Fly  1351 SLVASLAECFELVPHMNKRISTYSNGTKRKLMIAMGTLA-PSLMCLDEPTAGVDMHAKYEIWSIL 1414
            ..:..||:..:|...:...:.|.|.|.||||...:..|. ||::.||||:.|:|...:.:||..:
  Rat  1395 VTITRLADALQLQDQLKSPVKTLSEGVKRKLCFVLSILGNPSILLLDEPSTGLDPEGQQQIWQAI 1459

  Fly  1415 DG-IRQGGRSILLTTHNLEECEFLCTNVGIMDHGSLLCYGSLSRLKHRFNMGIFVKVKMGTRAEM 1478
            .. |:...|..|||||.:.|.|.||..|.|:..|.|.|.||:..||.:|.....:::|:.|..::
  Rat  1460 RAIIKNTDRGALLTTHYMAEAEALCDRVAILVSGRLRCIGSIQHLKSKFGKDYLLEMKVKTLEQV 1524

  Fly  1479 DDERDNWMQITMMPPNDSEMGSTVGARRMMLAHLLRHHNPPVEPVKKSRTSRAQPDTTNSELNMR 1543
                                                                             
  Rat  1525 ----------------------------------------------------------------- 1524

  Fly  1544 KDYEALLQELEEVFKKDHPYSTVSEKYSYRGMITFCIPRGQIK-WSAIFEYMENLKDEMQILYYS 1607
               |.|..|:..:|    |.:...|:||  .::.:.:|...:: .|..|..:|.:|....:..||
  Rat  1525 ---ELLNTEVLRLF----PQAARQERYS--PLMVYKLPVEDVQPLSQAFFKLEKVKQTFDLEEYS 1580

  Fly  1608 VSHTTFQDVFMKFVRKQ 1624
            :|.:|.:.||::..::|
  Rat  1581 LSQSTLEQVFLELSKEQ 1597

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG8908NP_611464.3 rim_protein <124..1626 CDD:130324 397/1647 (24%)
Abca8NP_001417137.1 None

Return to query results.
Submit another query.