Protein Alignment Pms2 and pms1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_477023.1
• Gene: Pms2 / 36705
• FlyBaseID: FBgn0011660
• Length: 899
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001136373.2
• Gene: pms1 / 548373
• XenbaseID: XB-GENE-959881
• Length: 921
• Species: Xenopus tropicalis
• Alignment Length: 987
• Identity: 224/987 - (22%)
• Similarity: 403/987 - (40%)
• Gaps: 214/987 - (21%)

  Fly    34 TVHKICSGQVVLSLAVAVKELVENSIDAGATLVEIKLKDQGLQSVEVSDNGSGVEEMNLEGMTAK 98
            |:..:.|.||:.|:...|||||||::||.||.:||||::.|...:||.|||.|::..:...|..|
 Frog     8 TIRLLSSSQVITSVVSVVKELVENALDANATSIEIKLENFGFDKIEVRDNGKGIKSDDTPVMGVK 72

  Fly    99 YHTSKIREFVDLLGVETFGFRGEALSSLCALSDMVIQTRHKSTDVGVKVELDHEGRIKKRSPCAR 163
            ::||||....||..:||:|||||||:|:|:::::.|.|:....|......||..|.:..:.|...
 Frog    73 HYTSKINSHDDLETLETYGFRGEALASICSVAEVHIATKTLEDDFSKLYILDSSGHVVSQKPSHL 137

  Fly   164 GVGTTVLLANLFSTLPVRRRDFT--RNIKKEFTKMCQILQAYCLVTKGVRILCSNHTPKGAKTIV 226
            |.||||.:..||..||||::.::  :..|:|...:.::|.||.:||..:|||.:|:     |.:|
 Frog   138 GQGTTVSVHKLFKNLPVRKQYYSTIKKCKEEIRNIQELLMAYGIVTPNLRILFTNN-----KALV 197

  Fly   227 LQTHGDQEVMANISAIFGARQAADLVPLKSPFGQGQLTEAELRADLESGADLADTTSPQISTEDV 291
            .|.....:......::.|:.....:||:     |.|..:.::..:.......||.|:..:
 Frog   198 WQKSKTSDHKMAFMSVVGSAIMNCMVPI-----QYQSEDPKIFINGYLPKPYADNTTTSL----- 252

  Fly   292 ERLNQADFQLEGFISSCRHGAGRSSRDRQFFFVNSRPCDPKNIAKVMNEVYHRYNVQQ-----QP 351
                                   ||.::.|.|:|.||...|.|.| |...||..::.:     .|
 Frog   253 -----------------------SSSEKSFLFINRRPIYHKEILK-MVRWYHNQSLNKGTPRCYP 293

  Fly   352 FIYLNIITARSDVDVNLTPDKRQLLINNERILLLALKKSLLDTF--GQTPATFQ----------- 403
            ..::||....|.:||||||||.|:::.|:..:|.|::..|...:  .|...|.:
 Frog   294 VFFMNIELPASCLDVNLTPDKTQIMLQNKEFVLHAVENVLRSVYPDSQILETHKDAMPEDTVTNN 358

  Fly   404 --MQNTTIV---------SMLEPKTNSGKTKFPKESSKDDQHEEVSEEDVP-----------TTS 446
              ..||.:|         .:..|.|.:...:..|:|....:::::..:.:|           :.|
 Frog   359 TDNSNTHLVGNKITRNDGELFSPCTVTNSIQEEKQSENSLEYQKLERDKIPYSDNGEVAYSVSES 423

  Fly   447 TQRFM----DVLTQWRRTGD----------------TKGTAPSVPVKRRCSESEELVTRTLK--- 488
            |..|:    ....|.:.:.|                :..|..||   .:..|.:...|:||.
 Frog   424 TDGFLLNNESSTLQGKASADFGLQFAVRNSNLMDVQSNNTLDSV---HQVLEKDTWKTKTLTKVP 485

  Fly   489 ------MQKIHTF---------------LSQESPNEQSSKCEAESDAASDVDMAKKDKTQ----V 528
                  ..|..||               ||.|:|..::      :...|::..:|.:.|:    :
 Frog   486 DIGDDIWSKGSTFKDSLGDNLEPIKILNLSAETPFVKN------TGEDSNIHNSKNENTKPLNVI 544

  Fly   529 SLDNSFLNLKELAKESEAYDLLT-----KP----------QNTPRIDCKVLTPIKSRRSIFEFKT 578
            |..:.|:.         ||||::     ||          :.:..||.   .|:.|...|.....
 Frog   545 SEKSGFVT---------AYDLISEKAIKKPLSAVGYFIQAERSKLIDD---NPVASVEEISSKGK 597

  Fly   579 DAMALDKQESPAELNSQPPSFTQLSEETDIASDEDDHIELPTRIEFDEEMEEGLPSNFSSGEITT 643
            |......|:..::...:..:..: .....||....:||:.|..||...::..| ||.....::.|
 Frog   598 DLWGKLSQDKKSKYEEKAANNLE-RYNLQIAMATGEHIQKPKDIEKRHKLSSG-PSPSRKVKLKT 660

  Fly   644 SL--EEIASSLKAHEQQQRDR-----RTRTKLQRLRFKTEINPNQNTSAEAELQREIDKEDFARM 701
            .|  ::|...|...:::::::     :...||.:|:        |..|...:.|..: ||:|.
 Frog   661 PLCNQQILDKLFLSQEKKKNKPISSVQVAFKLSKLK--------QQISRLTDQQNSV-KEEFC-- 714

  Fly   702 EIIGQFNL-GFIIVKLEDDLFIVDQHATDEKYNFETLQRTTQLEYQRLAVPQNLELTAVNEMVLL 765
             .|.:.:. |..||....::.:::.:..:|...|:.|.:..::..::|..|..:..:.:.....|
 Frog   715 -FINKLSFPGAWIVASGSEIALLNPYRAEEALIFKQLLKNHKISAEKLDSPIVITDSLLGGSQYL 778

  Fly   766 NHIDVFEK------------------NGFKFEV-DHEAPATKKVRLLGKPHSKRWEFGKEDIDEL 811
            :.:...:|                  |||..:: ..::|....:.:.|......: :|..|:.|:
 Frog   779 DALLSMQKDSPKPNGETYFSDPRLTANGFLIKIMPGKSPVENHIAIEGMASGLPF-YGVSDLKEI 842

  Fly   812 I--FMLQDAPEGTICRPSRVRAMFASRACRKSVMIGTALSR---NTTMRRLITQMGEIEQPWNCP 871
            :  .::..:.:...|||.:|.......|.|.|..:...||:   :..|.||..|.|  .:...|.
 Frog   843 LSFILINKSNKLCDCRPIKVWNYLEGEAVRLSRQLPINLSKEDVHDIMHRLNNQCG--SETKACL 905

  Fly   872 HGRPTMRHLINI 883
            ||.....||.::
 Frog   906 HGHLFFHHLADV 917

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Pms2	NP_477023.1	mutl	25..376	CDD:273155	112/348 (32%)
		mutL	33..880	CDD:234630	222/982 (23%)
pms1	NP_001136373.2	mutl	1..318	CDD:273155	112/348 (32%)
		HMG-box_SF	562..625	CDD:469606	9/66 (14%)