Protein Alignment Polr1A and rpoC

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523743.1
• Gene: Polr1A / 36617
• FlyBaseID: FBgn0019938
• Length: 1642
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_418415.1
• Gene: rpoC / 948487
• ECOCYCID: EG10895
• Length: 1407
• Species: Escherichia coli
• Alignment Length: 1751
• Identity: 370/1751 - (21%)
• Similarity: 604/1751 - (34%)
• Gaps: 625/1751 - (35%)

  Fly    52 YDIRMGSYGR-------CMDPCG---TCLKLQDCPGHMGHIELGTPVYNPFFIKFVQRLLCIFCL 106
            |:...|.|.|       | :.||   |..|::  ...||||||.:|..:.:|:|.:...:.:.
E. coli    68 YECLCGKYKRLKHRGVIC-EKCGVEVTQTKVR--RERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLL-- 127

  Fly   107 HCYKLQMKDHECEIIMLQLRLIDAGYIIEAQELELFKSEIVCQNTENLVAIKN-GD-----MVHP 165
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E. coli   128 ----LDMPLRDIERVL----YFESYVVIEGGMTNLERQQILTEE-QYLDALEEFGDEFDAKMGAE 183

  Fly   166 HIAAMYKLLEKNEKNSSNSTKTSCSLRTAITHSALQRLGKKCRHCNKSMRFVRYMHRRLVFYVTL 230
            .|.|:.|.::                           |.::|....:.:.
E. coli   184 AIQALLKSMD---------------------------LEQECEQLREELN--------------- 206

  Fly   231 ADIKERVGTGAETGGQNKVIFADECRRYLRQIYANYPELLKLLVPVLGLSNTDLTQGDRSPVDLF 295
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E. coli   207 -----------ETNSETK-----------RKKLTKRIKLLEAFV-----------QSGNKP-EWM 237

  Fly   296 FMDTLPVTPPRARPL-NMVGDMLKGNPQTDIYINIIENNHVLNVVLKYMKGGQEKLTEEAKAAYQ 359
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E. coli   238 ILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDL-------------AAPD 289

  Fly   360 TLKGETAHEKLYTAWLALQMSVDVLLD---------VNMSREMKSGEGLKQIIEKKSGLIRSHMM 415
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E. coli   290 II---VRNEK-----RMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKS---LADMIKGKQGRFRQNLL 343

  Fly   416 GKRVNYAARTVITPDPNINVDEIGIPDIFAKKLSYPVPVTEWNVTELRKMVMNGPDVHPGANYIQ 480
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E. coli   344 GKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPF---IYGKLELR----------------- 388

  Fly   481 DKNGFTTYIPADNASKRESLAKLLLSNPKDGIKIVHRHVLNGDVLLLNRQPSLHKPSIMGHKARI 545
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E. coli   389 ---GLATTIKA---------AKKMVEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVL 441

  Fly   546 LHGEKTFRLHYSNCKAYNADFDGDEMNAHYPQSEVARAEAYNLVNVASNYLVPKDGTPLGGLIQD 610
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E. coli   442 IEG-KAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQD 505

  Fly   611 HVI------------SGVKLSIRGRFFNREDYQQLVFQGLSQLKKDIK-------------LLPP 650
            .|:            .|..:.:.|    .::.::|...||:.|...:|             |:..
E. coli   506 VVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTG----PKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAK 566

  Fly   651 TILKP-----AVLWSGKQILSTIIINIIPEG--YERINLDSFAKIAGKNWNVSRPRPPICGTNPE 708
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E. coli   567 TSLKDTTVGRAILWM-----------IVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLN-------------- 606

  Fly   709 GNDLSESQVQIRNGELLVGVLDKQQYGATTYGLIHCMYELYGGDVSTLLLTAFTKVFTFFLQLEG 773
                                        |.|.::.....:...|  .::.|.|.     :....|
E. coli   607 ----------------------------TCYRILGLKPTVIFAD--QIMYTGFA-----YAARSG 636

  Fly   774 FTLGVKDILVTDVADRKRRKIIRECRNVGNSAVAAALELEDE---------PPHDELVEKMEAAY 829
            .::|:.|:::.:    |:.:||.|       |.|...|::::         ..::::::...||.
E. coli   637 ASVGIDDMVIPE----KKHEIISE-------AEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAAN 690

  Fly   830 VKDSKFRVLLDRKYKSLLDGYTNDINSTCLPR-GLITKFPS-NNLQLMVLSGAKGSMVNTMQISC 892
                      ||..|:::|....:   |.:.| |...|..| |::.:|..|||:||.....|::.
E. coli   691 ----------DRVSKAMMDNLQTE---TVINRDGQEEKQVSFNSIYMMADSGARGSAAQIRQLAG 742

  Fly   893 LLGQIELEGKRPPLMISGKSLPSFTSFETSPKSGGFIDGRFMTGIQPQDFFFHCMAGREGLIDTA 957
            :.|          ||    :.|..:..||.      |...|..|:....:|......|:||.|||
E. coli   743 MRG----------LM----AKPDGSIIETP------ITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTA 787

  Fly   958 VKTSRSGYLQRCLIKHLEGLSVHYDLTVRDSDNS------VVQFLYGEDGLDILKSKFFNDKFCA 1016
            :||:.||||.|.|:      .|..||.|.:.|..      :...:.|.|..:.|:.:........
E. coli   788 LKTANSGYLTRRLV------DVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAE 846

  Fly  1017 DFLTQNATAILRPAQLQLMKDEEQLAKVQRHEKHIRSWEKKKPAKLRAAFTHFSEELREEVE--- 1078
            |.|......||.|....|            ||:    |                .:|.||..
E. coli   847 DVLKPGTADILVPRNTLL------------HEQ----W----------------CDLLEENSVDA 879

  Fly  1079 VKRPNEINSKTGRRRFDEGLLKLWKKADAEDKALYRKKYARCPDPTVAVYKQDLYYGSVSERTRK 1143
            ||..:.::..|     |.|:.                  |.|       |.:||..|.:..:
E. coli   880 VKVRSVVSCDT-----DFGVC------------------AHC-------YGRDLARGHIINK--- 911

  Fly  1144 LITDYAKRKPALKETIADIMRVKTIKSLAAPGEPVGLIAAQSIGEPSTQMTLNTFHFAGRGEMNV 1208
                                           ||.:|:|||||||||.||:|:.|||..|
E. coli   912 -------------------------------GEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGG------ 939

  Fly  1209 TLGIPRLREILMLASSNIKTPSMDIPIKPGQQHQAEKLRINLNSVTLANLLEYVHVSTGLTLDPE 1273
                         |:|.....| .|.:|            |..|:.|:|:...|: |:|..:...
E. coli   940 -------------AASRAAAES-SIQVK------------NKGSIKLSNVKSVVN-SSGKLVITS 977

  Fly  1274 RSYEYDMRFQF-LPREVYKEDYGVRPKHIIKYMHQTFFKQLIRAILKVSNASRTTKIVVIDDKKD 1337
            |:.|..:..:| ..:|.||..||                    |:|.
E. coli   978 RNTELKLIDEFGRTKESYKVPYG--------------------AVLA------------------ 1004

  Fly  1338 ADKEDDNDLDNGDEVGRSKAKANDDDS--------------SDDNDDDDATGVKLKQRKTDEKDY 1388
              |.|      |::|...:..||.|..              :|..|....|      |:|||.
E. coli  1005 --KGD------GEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDMIDGQTIT------RQTDEL-- 1053

  Fly  1389 DDPDDVEEL--HDANDDDDEAEDEDDEEKGQDGNDND----GDD---------KAVERLLSNDMV 1438
               ..:..|  .|:.:.....:|.....|..|...||    |.|         ||:.:|  .|.|
E. coli  1054 ---TGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQL--EDGV 1113

  Fly  1439 KAYTYD------KENHLWCQVKLNLS-----VRYQKPDLTSIIRELAG-KSVVHQVQHIKRAII- 1490
            :..:.|      :|:.....:...|.     ...::|...:|:.|::| .|...:.:..:|.:|
E. coli  1114 QISSGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVIT 1178

  Fly  1491 -YKGTD--DDQLLKTDGINI--GEMFQHNKILDLNRLYSND----IHAIARTYGIEAASQVIVKE 1546
             ..|:|  ::.:.|...:|:  ||..:...::       :|    .|.|.|..|:.|.::.||.|
E. coli  1179 PVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVI-------SDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNE 1236

  Fly  1547 VSNVFKVYGITVDRRHLSLIADYM------TFDGTFQPLSRKGMEHS------------------ 1587
            |.:|:::.|:.::.:|:.:|...|      ...|:...|..:.:|:|
E. coli  1237 VQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGKVGAT 1301

  Fly  1588 ---------------SSPLQQMSFESSLQFLKSAAGFGRADELSSPSSRLMVGLPVRNGTG 1633
                           .|.:...||:.:.:.|..||..|:.|||......::||..:..|||
E. coli  1302 YSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAGTG 1362

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Polr1A	NP_523743.1	RNAP_I_RPA1_N	18..982	CDD:259844	221/998 (22%)
		HMG-box_SF	1065..1119	CDD:438789	8/56 (14%)
		RNAP_I_Rpa1_C	1166..1638	CDD:132722	119/559 (21%)
rpoC	NP_418415.1	PRK00566	16..1381	CDD:234794	370/1751 (21%)