DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Polr1A and polr1a

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_523743.1 Gene:Polr1A / 36617 FlyBaseID:FBgn0019938 Length:1642 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_001922839.3 Gene:polr1a / 327078 ZFINID:ZDB-GENE-030131-5286 Length:1693 Species:Danio rerio


Alignment Length:1730 Identity:746/1730 - (43%)
Similarity:1063/1730 - (61%) Gaps:164/1730 - (9%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    16 LEFAVFTDQEIRKLSVVKVITGITFDALGHAIPGGLYDIRMGSYGRCMDPCGTCLK-LQDCPGHM 79
            :.|.:|:..|.|||||..:......|.:|:|...||||:.:|.... .:.|.||:: ...||||.
Zfish    15 MSFGLFSADETRKLSVKTITNPQLLDNVGNAAANGLYDLALGPADN-KEICSTCMQDFSSCPGHF 78

  Fly    80 GHIELGTPVYNPFFIKFVQRLLCIFCLHCYKLQMKDHECEIIMLQLRLIDAGYIIEAQELELFKS 144
            |||||..|||||.|...:..|:...||.|:.|:.......:::.||:|:|.|.:.|..|:|...:
Zfish    79 GHIELPLPVYNPLFFDKLYLLIRGSCLSCHILKCPRAAIHLLLCQLKLLDVGAMKEVFEIENVLN 143

  Fly   145 EIVCQNT----ENLVAIKNGDMVHPHIAAMYKLLE-KNEKNSSNSTKTSCSLRTAITHSALQ-RL 203
            :.:..|.    |.:....| |.|.|       :|| :.:|..::..|..|..::::..|..: .:
Zfish   144 QFLESNPSPPGEEIQETLN-DFVKP-------ILETRKDKQHTDPVKHICEKKSSLITSFWRIHM 200

  Fly   204 G-KKCRHCNKSMRFVRYMHR-RLVFYVTLADIKERVGTGAETGGQNKVIF--ADECRRYLRQIYA 264
            | |||::|..:...||..|. :|:...||   .::.....:.....|.||  ....|.::.:::.
Zfish   201 GPKKCQNCKANRMTVRKEHNSKLIVTQTL---HKKASEQDDDSQLTKRIFLTPSVAREHIIKLWE 262

  Fly   265 NYPELLKLLVPVLGLSNTDLTQGDRSPVDLFFMDTLPVTPPRARPLNMVGDMLKGNPQTDIYINI 329
            .....||.|.....:.|:|   ...:| ::||::.|.|.|.|.||:|.:||.:..|.||.....:
Zfish   263 TEGFFLKHLFSGFDMDNSD---NGFNP-EVFFLELLVVPPCRYRPINRLGDQMFTNGQTVNMQAV 323

  Fly   330 IENNHVLNVVL--------KYMKGGQEKLTEEAKAAYQT---------LKGETAHEKLYTAWLAL 377
            :::..::..:|        |.::|.|.:|.:.::|...|         ::|.|..:|||:.|:.|
Zfish   324 LKDGLIIQKLLTLIADEKTKAIEGTQTELEQSSEAPKVTEIDQSFLTSIQGVTLTDKLYSTWIHL 388

  Fly   378 QMSVDVLLDVNMSREM-KSGEGLKQIIEKKSGLIRSHMMGKRVNYAARTVITPDPNINVDEIGIP 441
            |..|:::.|.:|.:.: :...|::|::|||.||.|.|||||||:||||:||.||..|..:|||||
Zfish   389 QSLVNIVFDSDMDKLITEKFPGVRQLLEKKEGLFRKHMMGKRVDYAARSVICPDMYIGTNEIGIP 453

  Fly   442 DIFAKKLSYPVPVTEWNVTELRKMVMNGPDVHPGANYIQDKNGFTTYIPADNASKRESLAKLLLS 506
            .:||.||:||.|||.|||.|:|:.|:|||::||||..:.:::|..|.:.:.|.::||::||.||:
Zfish   454 MVFATKLTYPQPVTPWNVKEMRQAVLNGPNIHPGATMVVNEDGSRTILSSTNQTQREAVAKQLLT 518

  Fly   507 NPKDG-----IKIVHRHVLNGDVLLLNRQPSLHKPSIMGHKARILHGEKTFRLHYSNCKAYNADF 566
             |..|     :|||:||:.|||||||||||:||:|||..|.||||.|||..||||:|||||||||
Zfish   519 -PSTGQHRIPMKIVNRHIKNGDVLLLNRQPTLHRPSIQAHCARILPGEKVLRLHYANCKAYNADF 582

  Fly   567 DGDEMNAHYPQSEVARAEAYNLVNVASNYLVPKDGTPLGGLIQDHVISGVKLSIRGRFFNREDYQ 631
            ||||||||:||||::|||||.||:....|||||||.||.||||||::||..::|||.||.|:.|.
Zfish   583 DGDEMNAHFPQSELSRAEAYTLVSTDQQYLVPKDGKPLAGLIQDHMVSGTSMTIRGCFFTRDQYT 647

  Fly   632 QLVFQGLSQLKKDIKLLPPTILKPAVLWSGKQILSTIIINIIPEGYERINLDSFAKIAGKNWNVS 696
            .||::||:.....:||||||::||.:||:|||::||:::|:|||....:||...|||.||.|...
Zfish   648 ALVYRGLTDKIGRVKLLPPTLIKPVLLWTGKQVVSTLLLNVIPENSIPLNLTGKAKIPGKAWVKE 712

  Fly   697 RPRPPICGTNPEGNDLSESQVQIRNGELLVGVLDKQQYGATTYGLIHCMYELYGGDVSTLLLTAF 761
            .|| |:.|..||  .:.||||.||.||||:|||||..||::.|||:||.||||||:.|..||:..
Zfish   713 SPR-PVPGYVPE--SMCESQVVIRQGELLMGVLDKAHYGSSAYGLVHCCYELYGGETSGKLLSCL 774

  Fly   762 TKVFTFFLQL-EGFTLGVKDILVTDVADRKRRKIIRECRNVGNSAVAAALELEDEPPHDELVEKM 825
            .::||.:||| .||||||:||||.|.|:::|:|||::....|:.|:.||..|.......|..|:.
Zfish   775 ARLFTAYLQLYRGFTLGVEDILVKDGANKQRKKIIKKSVTCGSKALQAAFNLPASAEDTEARERW 839

  Fly   826 EAAYVK-DSKFRVLLDRKYKSLLDGYTNDINSTCLPRGLITKFPSNNLQLMVLSGAKGSMVNTMQ 889
            :.|::. |.:...::|.|:|..::...|:||..|:|.||...||.||||:||.||||||.|||||
Zfish   840 QDAHLNIDQRDFNMVDLKFKEEVNQVNNNINKVCMPLGLHRSFPENNLQMMVQSGAKGSTVNTMQ 904

  Fly   890 ISCLLGQIELEGKRPPLMISGKSLPSFTSFETSPKSGGFIDGRFMTGIQPQDFFFHCMAGREGLI 954
            ||||||||||||:|||||.||||||.|..:|..|:||||:.|||:|||:|.:||||||||||||:
Zfish   905 ISCLLGQIELEGRRPPLMPSGKSLPCFQPYEPQPRSGGFVTGRFLTGIKPPEFFFHCMAGREGLV 969

  Fly   955 DTAVKTSRSGYLQRCLIKHLEGLSVHYDLTVRDSDNSVVQFLYGEDGLDILKSKFFNDKFCADFL 1019
            |||||||||||||||:|||||||.|.|||||||||.||||||||||||||.|::|          
Zfish   970 DTAVKTSRSGYLQRCVIKHLEGLVVQYDLTVRDSDGSVVQFLYGEDGLDIPKTQF---------- 1024

  Fly  1020 TQNATAILRPAQLQLMKD-----------EEQLAKVQ-----RHEKHIRSWE-KKKPAKLR-AAF 1066
                   |:|.|...:||           :|.|||:.     .|.|.|:.|: |.:.|..| .||
Zfish  1025 -------LQPRQFPFIKDNYEVIRKSKCLDEVLAKMDPVAALNHFKAIKKWKAKHEHASPRDGAF 1082

  Fly  1067 THFSE----ELREEVEVKRPNEINSKTGRRRFDEGLLKLWKKADAEDKALYRKKYARCPDPTVAV 1127
            ..||:    :|:.:||   .:|:  ..||......|::.|:..|...:..|.||.:.||:|.:.:
Zfish  1083 LLFSQKKMSKLKAQVE---GHEL--VNGREEATLQLIERWRALDESGRMRYSKKTSHCPEPCLGL 1142

  Fly  1128 YKQDLYYGSVSERTRKLITDY-----------AKRKPALKETIADIMRVKTIKSLAAPGEPVGLI 1181
            |:.|:.:|||||....::..|           |..:....:.:.:::::|..::|..|||.|||:
Zfish  1143 YRPDISFGSVSETFDSIVESYLNQFNIKQEFSASSETTDADRLRNLLQLKWQRALCDPGEAVGLV 1207

  Fly  1182 AAQSIGEPSTQMTLNTFHFAGRGEMNVTLGIPRLREILMLASSNIKTPSMDIPIKPGQQ--HQAE 1244
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||||||.|.||:...::  .|.:
Zfish  1208 AAQSIGEPSTQMTLNTFHFAGRGEMNVTLGIPRLREILLVASSNIKTPMMSIPVVMNKKALKQVK 1272

  Fly  1245 KLRINLNSVTLANLLEYVHVSTGLTLDPE---RSYEYDMRFQFLPREVYKEDYGVRPKHIIKYMH 1306
            .||..:..|.|:.:|..|:|.....:..:   :|..:.:.|.|||.|.|::|..:.|..|:.||.
Zfish  1273 TLRKKITRVCLSEVLHKVNVIESFRMPKKETLKSRVFKITFHFLPPERYQQDKLLNPDEILHYME 1337

  Fly  1307 QTFFKQLIRAILKVS------NASRTTKIVVIDDKKD-----ADKEDDNDLDNGDEVGRSKAKAN 1360
            ||||:.|:.||.|::      :...|.:..|.|:.:|     ||:|     |||.|...:: :..
Zfish  1338 QTFFRMLLEAIKKLTAKLAAISLVETRRATVNDNDRDTSDGGADRE-----DNGGEDAENE-RIV 1396

  Fly  1361 DDDSSDDNDDDDATGVKLKQRKTDEKDYDDPDDVEELHDANDDDDEAEDEDDEEKGQDGNDNDGD 1425
            ||::::  .|.|||..|.|:::.:|.||:.    ||..:.:|.:.| |..:|:|..|:.:: :|.
Zfish  1397 DDEANE--GDADATDSKRKEKQEEEVDYES----EEGEEGSDQEQE-EVAEDQEASQEVSE-EGS 1453

  Fly  1426 DKAVERLLSND-------------------MVKAYTYDKENHLWCQVKLNLSVRYQKPDLTSIIR 1471
            .::.:|:.|..                   .::.|.||.:..|||::.|.:.:.....||||::.
Zfish  1454 TESQQRVNSEQPKGSSQGSVRINSVLQLSAAIEDYKYDTKKGLWCELTLVMPITKVHFDLTSVVV 1518

  Fly  1472 ELAGKSVVHQVQHIKRAIIYKGTDDD----QLLKTDGINIGEMFQHNKILDLNRLYSNDIHAIAR 1532
            :.|..:|:.:.:.|.|.::.:.|..|    .:|.|:||||.|||::..||||.|||||::||:|.
Zfish  1519 KQAQNAVIMETKGITRCLLNEVTRKDGSKEMMLNTEGINIHEMFKYADILDLKRLYSNEVHAMAS 1583

  Fly  1533 TYGIEAASQVIVKEVSNVFKVYGITVDRRHLSLIADYMTFDGTFQPLSRKGMEHSSSPLQQMSFE 1597
            |||||.|.:||.||:.:||.||||.||.|||||:||||.|:|.::||:|.|::.:|||||||:||
Zfish  1584 TYGIEVALRVIEKEIKDVFAVYGIEVDPRHLSLVADYMCFEGVYKPLNRFGIQSNSSPLQQMTFE 1648

  Fly  1598 SSLQFLKSAAGFGRADELSSPSSRLMVGLPVRNGTGAFEL 1637
            :|.:|||.|...|..|:|||||:.|:||..|:.|||.|:|
Zfish  1649 TSFKFLKQATMLGSYDKLSSPSACLVVGKVVKGGTGIFDL 1688

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Polr1ANP_523743.1 RNAP_I_RPA1_N 18..982 CDD:259844 458/999 (46%)
HMG-box_SF 1065..1119 CDD:438789 16/57 (28%)
RNAP_I_Rpa1_C 1166..1638 CDD:132722 219/511 (43%)
polr1aXP_001922839.3 None

Return to query results.
Submit another query.