Protein Alignment clumsy and grin2bb

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001036373.1
• Gene: clumsy / 35394
• FlyBaseID: FBgn0026255
• Length: 1002
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001121809.1
• Gene: grin2bb / 559976
• ZFINID: ZDB-GENE-061207-27
• Length: 1770
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1104
• Identity: 246/1104 - (22%)
• Similarity: 440/1104 - (39%)
• Gaps: 303/1104 - (27%)

  Fly    36 DESEIAFRTAVDRANILERNVELVP---IVVYANTDDSFIMEKMVCNLIS----QGVIAIFGPST 93
            :.||::....:::.:.|  :|.|.|   :|....||...|:.: :|.|:|    |||  :||..|
Zfish   118 NSSEVSLSEGLEKEDFL--HVPLPPKVELVTMNETDPKSIINR-ICALMSRNWLQGV--VFGDDT 177

  Fly    94 GSSSDIIASICDTLDIPHIVYDWIPNESIPDREHSTMTLNVHPDNLLLSQ----------GLAEI 148
              ..:.||.|.|.:.    ....||...|  |..|:|.:....|:.:..|          .:..|
Zfish   178 --DQEAIAQILDFIS----AQTHIPILGI--RGGSSMIMAAKDDHSMFFQFGPSIEQQASVMLNI 234

  Fly   149 VQSFAWRSFTVVYETDKELQQLQDILQVGEPISNPTTVKQLGPGDDHRPFLKEIKLSTDN----- 208
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Zfish   235 MEEYDWYIFSIV-----------------------TTYY---PG--HQDFVNRIRSTVDNSFVGW 271

  Fly   209 -----------------------------CLILHCAPDNLLKILQQANELKMLGEYQSVFIPLL- 243
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Zfish   272 ELEEVLLLDMSVDDGDSKIQNQMKKLQSPVILLYCTKEEATTIFEVAHSVGLTGYGYTWIVPSLV 336

  Fly   244 --DTHSIDFGELSGVEANITTVRLMDPSDFHVKNVVHDWE---EREKREGRYFKVDPNRVKSQMI 303
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Zfish   337 AGDTDNV---------PNVFPTGLISVS-------YDEWDYGLEARVRDA-----------VAII 374

  Fly   304 LLNDAVWLFSKG---LTELGIFEELTAPDLECRRKKPWPFGKRIIEFIKARSEETSTGR-IDFNE 364
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Zfish   375 AMATSTMMLDRGPHTLLKSGCH---GAPD-----KKGSKSGNP-NEVLRYLMNVTFEGRNLSFSE 430

  Fly   365 NGQRSFFTLRFMELNSD-GFLDLATWDPVNG-----------LDVLNDDEESEKRVGQKLSNKTF 417
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Zfish   431 DGFQMHPKLVIILLNKERQYERVGKWE--NGSLAMKYHVWPRFELYSDAEERE-------DDHLS 486

  Fly   418 IVSSRLGAPFLTLR--EPQEG---------------EILTGNSRY------EGYSIDLINEIAKM 459
            ||:.. .|||:.:.  :|..|               :.|||:|..      :|:.||::.:|||.
Zfish   487 IVTLE-EAPFVIVEDVDPLSGTCMRNTVPCRKQLKLQNLTGDSGIYIKRCCKGFCIDILKKIAKS 550

  Fly   460 LNFKFEFRMSPDGKYGALNKVTQTWDGIVRQLIDGNADLGICDLTMTSSRRQAVDFTPPFMTLGI 524
            :.|.::..:..:||:|  .|:..||:|:|.:::..||.:.:..||:...|.:.:||:.||:..||
Zfish   551 VKFTYDLYLVTNGKHG--KKINGTWNGMVGEVVLKNAHMAVGSLTINEERSEVIDFSVPFIETGI 613

  Fly   525 SILFSKP--PTPPTDLFSFLSPFSLDVWIYMGSAYLFISLLLFALARMAPDDWENP---HPC--- 581
            |::.|:.  ...|:   :||.|||.|||:.|     |:.||:.:...:...::.:|   :.|
Zfish   614 SVMVSRSNGTVSPS---AFLEPFSADVWVMM-----FVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLAD 670

  Fly   582 -KEPEEVENIWSIMNTTWLSIGSLMGQGCDIL-PKAASTRLVTGMWWFFALMMLNSYTANLAAFL 644
             :||....  ::|....||..|.:......:. ||..:::::..:|.|||::.|.|||||||||:
Zfish   671 GREPGGPS--FTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFM 733

  Fly   645 TNSRQANSINSAEDLAAQ------SKIKYGAMAGGSTMGFFRDSNFSTYQKMWTAMESASPSVFT 703
            ......:.:....|...|      ...::|.:..|||....|::    |::|.:.|.|     |.
Zfish   734 IQEEYVDQVTGLSDKKFQHPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNN----YKEMHSYMTS-----FH 789

  Fly   704 KTN-DEGVERVQKGKNLYAFLMESTTLEYNVERK--CDLVQIGGWLDYKS--YGIAMPFNSPYRK 763
            :.| :|.:..::.|| |.||:.::..|.|...|.  |.||.||....:.:  ||||:..:|.:::
Zfish   790 QKNVNEALHSLKSGK-LDAFIYDAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIAIQKDSGWKR 853

  Fly   764 QISAAVLKLGELGQLAELKRKWWKEMHGGGNCEKSDEDGGDTPELGLENVGGVFLVLGLGLLSAM 828
            .:..|:|:|...|::.||:..|..     |.|. ::::...:.:|.::|:.|||.:||..:..::
Zfish   854 AVDLAILQLFGDGEMEELEALWLT-----GICH-NEKNEVMSSQLDVDNMAGVFYMLGAAMALSL 912

  Fly   829 VLGCTE--FLWNVK--------------------------SVAIEEKISLKEAFKSEALFAARIW 865
            :....|  |.|.::                          .|.|||.   |.|..|.   :|.:.
Zfish   913 ITFIAEHLFYWQLRFCFMGVCSGKPGMTFSISRGIYSCIHGVQIEEN---KSALNSP---SATMK 971

  Fly   866 ITTKPVHTS----SESGSSNSSSSSSSRSKHSFKSQGLSMKSLKSSGYQDVEASVHSKLKKIGSM 926
            :.....|::    ..:..:.:|....:.|.||    .|.....:|:.|   :.|.|.:
Zfish   972 MNMNNTHSNILRLLRTAKNMTSVPGVNGSPHS----ALDYSHRESAVY---DISEHRR------- 1022

  Fly   927 FSLKSQKTVTPPPEIGWKLDKSTQIDVVPTSDVDQELIPEVEP-----HLPHRHHHHHHHRHHH 985
             ||.......|||             .:|..::..:.:.|||.     ||...:.:..|:.|||
Zfish  1023 -SLAGHSDCKPPP-------------YLPEDNMFSDYVSEVERTFGNLHLKDSNLYQDHYLHHH 1072

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
clumsy	NP_001036373.1	PBP1_iGluR_Kainate	27..397	CDD:380605	82/433 (19%)
		PBP2_iGluR_Kainate	414..787	CDD:270432	115/416 (28%)
grin2bb	NP_001121809.1	PBP1_iGluR_NMDA_NR2	107..465	CDD:380601	82/425 (19%)
		PBP2_iGluR_NMDA_Nr2	482..882	CDD:270436	117/428 (27%)
		NMDAR2_C	919..1770	CDD:463148	35/188 (19%)