Protein Alignment clumsy and gria3b

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001036373.1
• Gene: clumsy / 35394
• FlyBaseID: FBgn0026255
• Length: 1002
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_938174.1
• Gene: gria3b / 368416
• ZFINID: ZDB-GENE-030616-53
• Length: 883
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 860
• Identity: 293/860 - (34%)
• Similarity: 453/860 - (52%)
• Gaps: 61/860 - (7%)

  Fly    23 SQFMVGSIFTSDKDESEIAFRTAVDRANILERNVELVPIVVYANTD-----DSFIMEKMVCNLIS 82
            :|..:|.:|.....:...|||.||...| ..:|:...|..:..|.|     :||.:....|:..|
Zfish    22 NQINIGGLFMRSTVQEHSAFRFAVQLYN-TNQNMTEKPFHLNYNVDNLESSNSFSVTHAFCSQFS 85

  Fly    83 QGVIAIFGPSTGSSSDIIASICDTLDIPHIVYDWIPNESIPDREHSTMTLNVHPDNLLLSQGLAE 147
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Zfish    86 RGVYAIFGFYDKKSMNTLTSFCGALHTSFV------TPSYPIDSDVQFVIQMRPP---LKGAVLS 141

  Fly   148 IVQSFAWRSFTVVYETDKELQQLQDILQVGEPISNPTTVKQLGPGDDHRPF---LKEIKLSTDNC 209
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Zfish   142 LLSHYKWDKFVYLYDTDRGFSILQAIMEAAVANNWQVTARSVGSITDPQEFRRIIEEMDRRQEKR 206

  Fly   210 LILHCAPDNLLKILQQANEL-KMLGEYQSVFIPLLDTH-SIDFGELSGVEANITTVRLMDPSDFH 272
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Zfish   207 YLIDCEVDRINVILEQVVTLGKNSRGYHYIIANLGFTNISLDKVFLGG--ANISGFQIINPENLV 269

  Fly   273 VKNVVHDWEEREKREGRYFKVDPNRVKSQMILLNDAVWLFSKGLTEL-----GIFEELTAPDLEC 332
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Zfish   270 VQQFLQRWDRLDEREFPEAKNTP--LKYTSALSYDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLA 332

  Fly   333 RRKKPWPFGKRIIEFIKARSEETSTGRIDFNENGQRSFFTLRFMELNSDGFLDLATWDP----VN 393
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Zfish   333 NPAVPWSQGIDIERALKMVQVQGMTGNIQFDSFGRRTNYTIDVYEMKTGGPRKIGYWNEFERFVN 397

  Fly   394 GLD--VLNDDEESEKRVGQKLSNKTFIVSSRLGAPFLTLREPQEGEILTGNSRYEGYSIDLINEI 456
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Zfish   398 IMDQQFTNDSSSVE--------NRTIVVTTIMEAPYVMYKKNHMH--LEGNEKYEGYCVDLASEI 452

  Fly   457 AKMLNFKFEFRMSPDGKYGALNKVTQTWDGIVRQLIDGNADLGICDLTMTSSRRQAVDFTPPFMT 521
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Zfish   453 AKHVGIKYRLSIVMDGKYGARDPETKSWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMS 517

  Fly   522 LGISILFSKPPTPPTDLFSFLSPFSLDVWIYMGSAYLFISLLLFALARMAPDDW--ENPHPCKEP 584
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Zfish   518 LGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWQLDETDEVKDP 582

  Fly   585 E---EVENIWSIMNTTWLSIGSLMGQGCDILPKAASTRLVTGMWWFFALMMLNSYTANLAAFLTN 646
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Zfish   583 QTPPDPPNDFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTV 647

  Fly   647 SRQANSINSAEDLAAQSKIKYGAMAGGSTMGFFRDSNFSTYQKMWTAMESASPSVFTKTNDEGVE 711
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Zfish   648 ERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFAKTTPDGVA 712

  Fly   712 RVQKGKNLYAFLMESTTLEYNVERK-CDLVQIGGWLDYKSYGIAMPFNSPYRKQISAAVLKLGEL 775
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Zfish   713 RVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALRNAVNLAVLKLNEQ 777

  Fly   776 GQLAELKRKWWKEMHGGGNCEKSDEDGGD-TPELGLENVGGVFLVL--GLGLLSAMVLGCTEFLW 837
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Zfish   778 GLLDKLKNKWW---YDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGL--AMMVALIEFCY 837

  Fly   838 NVKSVAIEEKISLKE 852
              ||.|..:::.|::
Zfish   838 --KSRAEAKRLKLEK 850

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
clumsy	NP_001036373.1	PBP1_iGluR_Kainate	27..397	CDD:380605	92/390 (24%)
		PBP2_iGluR_Kainate	414..787	CDD:270432	171/378 (45%)
gria3b	NP_938174.1	Periplasmic_Binding_Protein_type1	25..398	CDD:471960	90/386 (23%)
		PBP2_iGluR_AMPA	412..794	CDD:270433	173/386 (45%)