Protein Alignment clumsy and gria3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001036373.1
• Gene: clumsy / 35394
• FlyBaseID: FBgn0026255
• Length: 1002
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001106494.1
• Gene: gria3 / 100127683
• XenbaseID: XB-GENE-1010483
• Length: 887
• Species: Xenopus tropicalis
• Alignment Length: 851
• Identity: 285/851 - (33%)
• Similarity: 449/851 - (52%)
• Gaps: 55/851 - (6%)

  Fly    27 VGSIFTSDKDESEIAFRTAVDRANILERNVE----LVPIVVYANTDDSFIMEKMVCNLISQGVIA 87
            :|.:|..:..:...||..||...|..:.|.|    |...|.:.::.:||.:....|:..|:||.|
 Frog    30 IGGLFMRNTIQEHSAFLFAVQLHNTNQNNTERPFQLFHHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYA 94

  Fly    88 IFGPSTGSSSDIIASICDTLDIPHIVYDWIPNESIPDREHSTMTLNVHPDNLLLSQGLAEIVQSF 152
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 Frog    95 IFGFYDQMSMNTLTSFCGALHTSFI------TPSFPTDADVQFVIQMRPP---LKGAILTLLNEY 150

  Fly   153 AWRSFTVVYETDKELQQLQDILQVGEPISNPTTVKQLGPGDDHRPF---LKEIKLSTDNCLILHC 214
            .|:.|..:|:|::....||.|::.....:...|.:.:|...|.:.|   ::|:....:...::.|
 Frog   151 DWQKFVYLYDTERGFSILQAIMEAAVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFKRIIEEMDRRQEKRFVIDC 215

  Fly   215 APDNLLKILQQANELKMLGEYQSVFIPLLDTHSIDFGELSGV---EANITTVRLMDPSDFHVKNV 276
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 Frog   216 EVERINTILEQ---VVILGKHTRGYHYMLANLGFTGFTLERVMHGGANVTGFQIVNNENPIVQQF 277

  Fly   277 VHDW---EEREKREGRYFKVDPNRVKSQMILLNDAVWLFSKGLTEL-----GIFEELTAPDLECR 333
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 Frog   278 LQRWVRLDEREFPEAR-----NTPLKYTSALTHDAVLVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLAN 337

  Fly   334 RKKPWPFGKRIIEFIKARSEETSTGRIDFNENGQRSFFTLRFMELNSDGFLDLATWDPVNGLDVL 398
            ...||..|..|...:|....:..||.|.|:..|:|:.:|:...|:.:.....:..|:........
 Frog   338 PAVPWSQGIDIERALKMVQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMTATKPRKVGHWNEYERFVPA 402

  Fly   399 NDDEESEKRVGQKLSNKTFIVSSRLGAPFLTLREPQEGEILTGNSRYEGYSIDLINEIAKMLNFK 463
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 Frog   403 PDQQPTNE--SSSVENKTIIVTTILENPY--VMKKKNHELLDGNDKYEGYCVDLASEIAKHVGIK 463

  Fly   464 FEFRMSPDGKYGALNKVTQTWDGIVRQLIDGNADLGICDLTMTSSRRQAVDFTPPFMTLGISILF 528
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 Frog   464 YKLSIVEDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMI 528

  Fly   529 SKPPTPPTDLFSFLSPFSLDVWIYMGSAYLFISLLLFALARMAPDDW--ENPHPCKEPE---EVE 588
            .||......:||||.|.:.::|:.:..||:.:|::||.::|.:|.:|  |:....::|:   :..
 Frog   529 KKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDTDEARDPQNPPDPP 593

  Fly   589 NIWSIMNTTWLSIGSLMGQGCDILPKAASTRLVTGMWWFFALMMLNSYTANLAAFLTNSRQANSI 653
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 Frog   594 NEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPI 658

  Fly   654 NSAEDLAAQSKIKYGAMAGGSTMGFFRDSNFSTYQKMWTAMESASPSVFTKTNDEGVERVQKGKN 718
            .||||||.|::|.||.:..|||..|||.|..:.|:|||:.|:||.|||||||.|:||.||:|.|.
 Frog   659 ESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTDDGVARVRKSKG 723

  Fly   719 LYAFLMESTTLEYNVERK-CDLVQIGGWLDYKSYGIAMPFNSPYRKQISAAVLKLGELGQLAELK 782
            .:|||:|||..||..:|| ||.:::||.||.|.||:|.|..|.....::.|||||.|.|.|.:||
 Frog   724 KFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLK 788

  Fly   783 RKWWKEMHGGGNCEKSDEDGGD-TPELGLENVGGVFLVL--GLGLLSAMVLGCTEFLWNVKSVAI 844
            .|||   :..|.|...|....| |..|.|.||.|||.:|  ||||  ||::...||.:  ||.|.
 Frog   789 NKWW---YDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGL--AMMVALIEFCY--KSRAE 846

  Fly   845 EEKISL 850
            .:::.|
 Frog   847 SKRMKL 852

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
clumsy	NP_001036373.1	PBP1_iGluR_Kainate	27..397	CDD:380605	83/387 (21%)
		PBP2_iGluR_Kainate	414..787	CDD:270432	175/378 (46%)
gria3	NP_001106494.1	PBP1_iGluR_AMPA_GluR3	29..403	CDD:380610	83/389 (21%)
		PBP2_iGluR_AMPA	416..798	CDD:270433	177/386 (46%)