Protein Alignment CLIP-190 and clip1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001368962.1
• Gene: CLIP-190 / 35042
• FlyBaseID: FBgn0020503
• Length: 1795
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_009300267.2
• Gene: clip1a / 797680
• ZFINID: ZDB-GENE-060526-282
• Length: 1569
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1870
• Identity: 497/1870 - (26%)
• Similarity: 846/1870 - (45%)
• Gaps: 431/1870 - (23%)

  Fly    52 QPSKMKAPSSFGSTGSVSKIGRPCCNHTTPKSGPPPREATSMSRESDDNLSSINSAYTDNSSAVL 116
            :||.:|||         ||||||.  :|.|....|...|:             .:|.:|.|||..
Zfish     5 KPSGLKAP---------SKIGRPA--NTGPTKTSPSAGAS-------------KAAQSDKSSAEA 45

  Fly   117 TANTEQFIIGQRVWLGGTRPGQIAFIGDTHFAAGEWAGVVLDEPNGKNDGCVSGKRYFQCEPKRG 181
            ....|||.:|.|||:.|.:||.:.|:|:|.||.|:|||:|||||.|||||.|||.||||||..||
Zfish    46 PDAGEQFKVGDRVWVNGNKPGVVQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVSGVRYFQCEALRG 110

  Fly   182 IFSRLTRL----------TTYPLAGAQTPTSPLAKSSPDRSRTVSPT--ASIRSSMLRSPGIG-- 232
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Zfish   111 IFTRPSKLSSTEGEADGTTTAPPSRAASPTPSTTSVSASSKKPASPTKAAAPTSDLVRSKSESVS 175

  Fly   233 ----------GKNGMAVGDRVIVSSGFGSRPGILRYLGETQFAPGNWCGVELDEPSGKNDGTVDD 287
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Zfish   176 NLSESGSVKKGERELKINDRVLVA---GSKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAG 237

  Fly   288 IRYFECKPKYGVFVPIAKV------SLSPSSKKTRLSRTGSRESLT-----------SIGTMNSI 335
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Zfish   238 TRYFQCQPKYGLFAPVHKVTRIGFPSTTPAKAKTTVRKTTATTAATPSALKRSPSASSISSMSSV 302

  Fly   336 ATTATSRMRMNAQQRKSSTPV-KPILATPKSQFSMQDLLREKQQHVEKLMVERDLDREDAQNQAL 399
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Zfish   303 ASSASCKPSRTGLLTETSTRYSRKISGTT----ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERA----EVA 359

  Fly   400 QLQKNINEVIIFTDTMYAPLPYADRSRPYRPSKKSRVKVPQQQHIWVPTTLSSSITTSTSTRPTI 464
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Zfish   360 KATNHVGEV--------------------------------EQEL---TLLREG----------- 378

  Fly   465 AAATAAAAAAAACNRQPLQQQQQPHLHQKQQQAKPKKVWFCDKKKLFPLKARIVELESALDNERK 529
                              |:|....::.|..|.: ..|...|::|        |||.:.|:.|::
Zfish   379 ------------------QEQYASEVNDKMDQLR-ALVEAADREK--------VELLNQLEEEKR 416

  Fly   530 KTEELQCSIDEAQFCGDELNAQSQVYKEKIHDLESKITKLVSATPSLQSILPPDLPSDDGALQEE 594
            |.|:||..::||.....:|..|:|:....:.:||..:....:....||..|.          ...
Zfish   417 KVEDLQFRVEEACITKGDLETQTQLEHALLKELEQSLLFEKTKAEKLQRELE----------DSR 471

  Fly   595 IAKLQEKMTIQQKEVESRIAEQLEEEQRLRENVKYLNEQIATLQSELVSKDEALEKFSLSECGIE 659
            :|.:.||..|  .|:|..::.:.:|...||::::.|:.|.....|.:.:
Zfish   472 VATVSEKSRI--LELERDLSMKDKESAALRKSLEALSSQDGVCDSAVAA---------------- 518

  Fly   660 NLRRELELLKEENEKQAQEAQAEFTRKLAEKSVEVLRLSSELQNLKATSDSLESERVNKTDECEI 724
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Zfish   519 -LQEQLSLIRSQQAEQSHSHQAELSSMREKLEAQEKAHREALMHLQAS-----SSRLSKDNE-QL 576

  Fly   725 LQTEVRMRDEQIRELNQQLDEVTTQLNVQKADSSALDDMLRLQKEGTEEKSTLLEKTEKELVQSK 789
            |....:.::|....:.|..|::.   :|:.:...||:::...::....|.|..||:.:.......
Zfish   577 LAELAKSKEENSNVVEQWSDKLK---SVEASHQQALEELKTSREASKAELSDALERLKSTHKLEL 638

  Fly   790 EQAAKTLNDK------EQLEKQISDLKQLAEQEKLVREMTENAINQIQLEKESIEQQLALKQNEL 848
            |:.||..:.:      |.:|.:...||...|.|:.| ||..:::.:.:      ||.|.    ||
Zfish   639 EELAKKHSSEAAGWVGEGMEHKAQLLKVAEENERQV-EMLRSSLEKAE------EQHLV----EL 692

  Fly   849 EDFQKKQSESEVHLQE-------IKAQNTQKDFELVESGESLKKLQQQLEQKTLGHEKLQAALEE 906
            ||...|...:|:.::|       |..|..:|..|.:|..|:|:.||.|..|   |::::|..|.:
Zfish   693 EDAMGKLHAAELRVKELEDSGVKISEQLKEKVQEALEQSEALQSLQTQHSQ---GNQEMQRLLSQ 754

  Fly   907 LKKEKETIIKEKEQELQQLQSKSAESESALKVVQVQLEQLQQQAAASGEEGSKTVAKLHDEISQL 971
            :::.|.   |.:.||     .|..|..|.|:|.|.:|..|.|:.::           |..|:|.|
Zfish   755 VEEAKS---KARSQE-----EKVTELNSVLEVKQQELSGLLQEKSS-----------LEQEVSLL 800

  Fly   972 KSQAEETQSELKSTQSNLEAKSKQLEAANGSLEEEAKKSGHLLEQITKLKSEVGETQAALSSCHT 1036
            |...|:|        :|.:|||.|   .|..|:||.:...   ::.|.|.:|:.:|::.|:...
Zfish   801 KQNLEKT--------TNDQAKSSQ---TNQELQEELRNKE---DKCTSLSAELQDTKSQLAGLQ- 850

  Fly  1037 DVESKTKQLEAANAALEKVNKEYAESRAEASDLQDKVKEITDTLHAELQAERSSSSALHTKLSKF 1101
                  :.|:|:......:.|:  :::.| :|:.|..|...|            ||.|.|||
Zfish   851 ------RSLKASEERCLLLTKD--KTKLE-NDIMDMTKSSGD------------SSTLITKL--- 891

  Fly  1102 SDEIATGHKELTSKADAWSQEMLQKEKELQELRQQLQDSQD---------SQTKLKAEGERKE-- 1155
                              ::|..:||..|:||::||::.::         |.|:::.|.|.|.
Zfish   892 ------------------NEENKRKEGRLEELQKQLEEEREKTAQTEEKLSHTRVQTENEAKSLM 938

  Fly  1156 KSFEESIKNLQEEVTKAKTENLELSTGTQTTIKDLQ---ERLEITNAELQHKEKMASEDAQKIAD 1217
            :..:..:.||||:: |...:::|   ......|||.   |:.....|||..|||.         :
Zfish   939 QKHQAELANLQEKI-KLLEKSIE---DNHAKAKDLHASGEKALTDAAELHSKEKQ---------E 990

  Fly  1218 LKTLVEAIQVANANISATNAELSTVLEVLQAEKSETNHIFELFEMEADMNSERLIEKVTGIKEEL 1282
            |::..|.:|...:.....:.||...:|.|...|.:| .:.|..|..|..:.|::.:....::::.
Zfish   991 LQSKYEKVQQELSASQDESLELRKQIEELMTFKEKT-AVLEKAEEAARASLEKMTQDNLQLQKDK 1054

  Fly  1283 KETHLQLDERQKKFEELEEKLKQAQQSEQKLQQESQTSKEKLTEIQQSLQELQDSVKQKEELVQN 1347
            .::..|:...:...:|::.||...:|...:.::...:..::::.:.:.:::|:.:|.:|.:.|.:
Zfish  1055 SDSEAQVTALRNTVQEMQSKLDALKQQNTQYEESLSSDGQRISSLSKEIEDLKQAVAEKSQAVDD 1119

  Fly  1348 LEEKVRESSSIIEAQNTKLNESNVQLENKTSCLKETQDQLLESQKKEKQLQEEAAKLSGELQQ-V 1411
            |  |..:...:::..|:. .:||:.|..|..| ....:||.|::.:|...:.|:.|....||| :
Zfish  1120 L--KNEKEKLVVDLANSH-KDSNIILNLKKEC-DSLNEQLKEAKTRESSFRSESEKEKAALQQTL 1180

  Fly  1412 QEANGDIKDSLVKVEELVKVLEEKLQAATSQLDAQQATNKELQELLVKSQENEGNLQGESLAVTE 1476
            |..:|           ||...:.:|.:..::|||.:..|.:.||.|....|...:|       ::
Zfish  1181 QTQSG-----------LVSEKDNELNSLRNELDALKQQNSQYQESLSSDSERINSL-------SK 1227

  Fly  1477 KLQQLEQANGELKEAL----CQKENGLKELQGKLDESNTVLESQKKSHNEIQDKLEQAQQKERTL 1537
            ::::|:||..|..:|:    .:||....:|...|.:||.:|..:|:..| :.|:|::.:::|.||
Zfish  1228 EIEELKQAAVEKSQAVDDLKNEKEKLTMDLANSLKDSNILLNLKKECDN-LNDQLKEMKKRESTL 1291

  Fly  1538 QEETSKLAEQLSQLKQANEELQKSLQ-QKQLLLEKGNEFDTQLAEYQKVIDEMDDAASVKSALLE 1601
            ..|:.|          ....||:||| |..|:.||..|.|:...|.:|..|.:       ::.|:
Zfish  1292 TSESEK----------EKAALQQSLQTQSALISEKDKELDSVRNELKKERDSL-------NSQLK 1339

  Fly  1602 QLQNRVAELETALRQANDAQKTAYLETKELRRQLESLELEKSREVLSLKAQMNG---------AS 1657
            :::.|    |:.|.:..:.:|.|..::.:.:..|.|   ||.:|:.|::.:|.|         :|
Zfish  1340 KMEMR----ESTLTKETEKEKAALQQSLQTQSALIS---EKDKELDSMRNEMGGLRDQTQTLQSS 1397

  Fly  1658 SRSGKGDEVESLD----IETSLA-----------------------------KINFLNSIIADMQ 1689
            .:|.|.:.::..:    :|.|||                             ::.||||:|.::|
Zfish  1398 LKSQKSENIQLQERLKGLERSLADAQIPSKGDNASDDSALRMWKEAKENAEHQVEFLNSVIVELQ 1462

  Fly  1690 QKNDALKAKVQTLE--------TLPMDFTKPHAFDALTKRKPAPRLFCDICDEFDQHDTEDCPIQ 1746
            :||:.||:|::.:.        ...||.......:...|:||.|||||||||.||.|||||||.|
Zfish  1463 RKNEDLKSKLEKMAEAALNGNGAAEMDSRNNSHTEPAIKKKPPPRLFCDICDCFDLHDTEDCPTQ 1527

  Fly  1747 GS-EDQDYSTPSSESNNNEKERKLPAPRKYCDSCEVFGHDTSECADDETY 1795
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Zfish  1528 DQMEDSPPHTTYHGSPNDE--------RPYCDICEVFGHWTDSCNDDQTF 1569

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
CLIP-190	NP_001368962.1	PHA03307	<2..>118	CDD:223039	20/65 (31%)
		CAP_GLY	125..189	CDD:460154	40/63 (63%)
		CAP_GLY	239..306	CDD:460154	40/66 (61%)
		SMC_prok_B	<546..912	CDD:274008	81/378 (21%)
		SMC_prok_B	743..1596	CDD:274008	209/885 (24%)
		COG4913	<1534..>1703	CDD:443941	51/211 (24%)
		CLIP1_ZNF	1726..1743	CDD:465212	14/16 (88%)
		CLIP1_ZNF	1773..1789	CDD:465212	11/15 (73%)
clip1a	XP_009300267.2	None