DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Mhc and unc-54

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001162991.1 Gene:Mhc / 35007 FlyBaseID:FBgn0264695 Length:1962 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_493596.1 Gene:unc-54 / 259839 WormBaseID:WBGene00006789 Length:1963 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1954 Identity:1151/1954 - (58%)
Similarity:1475/1954 - (75%) Gaps:21/1954 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     8 QEDEDP-TPYLFVSLEQRRIDQSKPYDSKKSCWIPDEKEGYLLGEIKATKGDIVSVGLQGGEVRD 71
            :.::|| ..||..:.||...||||||||||:.||||.:||||.|||.|||||.|::....|....
 Worm     2 EHEKDPGWQYLRRTREQVLEDQSKPYDSKKNVWIPDPEEGYLAGEITATKGDQVTIVTARGNEVT 66

  Fly    72 IKSEKVEKVNPPKFEKIEDMADMTVLNTPCVLHNLRQRYYAKLIYTYSGLFCVAINPYKRYPVYT 136
            :|.|.|:::|||||||.|||::::.||...||||||.||.|.|||||||||||.||||||.|:||
 Worm    67 LKKELVQEMNPPKFEKTEDMSNLSFLNDASVLHNLRSRYAAMLIYTYSGLFCVVINPYKRLPIYT 131

  Fly   137 NRCAKMYRGKRRNEVPPHIFAISDGAYVDMLTNHVNQSMLITGESGAGKTENTKKVIAYFATVGA 201
            :.||:|:.|||:.|:|||:||:||.||.:||.:|.||||||||||||||||||||||.|||.|||
 Worm   132 DSCARMFMGKRKTEMPPHLFAVSDEAYRNMLQDHENQSMLITGESGAGKTENTKKVICYFAAVGA 196

  Fly   202 SKKTDEAA----KSKGSLEDQVVQTNPVLEAFGNAKTVRNDNSSRFGKFIRIHFGPTGKLAGADI 262
            |::...|.    |.|.:||||:||||||||||||||||||:|||||||||||||...|:||..||
 Worm   197 SQQEGGAEVDPNKKKVTLEDQIVQTNPVLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKFIRIHFNKHGRLASCDI 261

  Fly   263 ETYLLEKARVISQQSLERSYHIFYQIMSGSVPGVKDICLLTDNIYDYHIVSQGKVTVASIDDAEE 327
            |.|||||:|||.|...||.|||||||.|...|.:|...||...|.||..|:|.::.:..|||.||
 Worm   262 EHYLLEKSRVIRQAPGERCYHIFYQIYSDFRPELKKELLLDLPIKDYWFVAQAELIIDGIDDVEE 326

  Fly   328 FSLTDQAFDILGFTKQEKEDVYRITAAVMHMGGMKFKQRGREEQAEQDGEEEGGRVSKLFGCDTA 392
            |.|||:|||||.|:..||:|.||:.:|.||||.||||||.||||||.||.:|..:.|.::|....
 Worm   327 FQLTDEAFDILNFSAVEKQDCYRLMSAHMHMGNMKFKQRPREEQAEPDGTDEAEKASNMYGIGCE 391

  Fly   393 ELYKNLLKPRIKVGNEFVTQGRNVQQVTNSIGALCKGVFDRLFKWLVKKCNETLDTQQK---RQH 454
            |..|.|.|||:|||.|:|::|:|.:||..::||:.||::.|:|.|||||||.|||  ||   |.:
 Worm   392 EFLKALTKPRVKVGTEWVSKGQNCEQVNWAVGAMAKGLYSRVFNWLVKKCNLTLD--QKGIDRDY 454

  Fly   455 FIGVLDIAGFEIFEYNGFEQLCINFTNEKLQQFFNHHMFVLEQEEYKREGIDWAFIDFGMDLLAC 519
            |||||||||||||::|.||||.|||.||||||||||||||||||||.||||.|.|||||:||.||
 Worm   455 FIGVLDIAGFEIFDFNSFEQLWINFVNEKLQQFFNHHMFVLEQEEYAREGIQWVFIDFGLDLQAC 519

  Fly   520 IDLIEKPMGILSILEEESMFPKATDQTFSEKLTNTHLGKSAPFQKPKPPKPGQQAAHFAIAHYAG 584
            |:|||||:||:|:|:||.:.|||||.|.:.||.:.||||...|:||||||..|..||||:.||||
 Worm   520 IELIEKPLGIISMLDEECIVPKATDLTLASKLVDQHLGKHPNFEKPKPPKGKQGEAHFAMRHYAG 584

  Fly   585 CVSYNITGWLEKNKDPLNDTVVDQFKKSQ-NKLLIEIFADHAGQSGGGEQAK--GGRGK---KGG 643
            .|.||...||||||||||||||...|:|: |.||:||:.|:..|.....:||  ||.||   |.|
 Worm   585 TVRYNCLNWLEKNKDPLNDTVVSAMKQSKGNDLLVEIWQDYTTQEEAAAKAKEGGGGGKKKGKSG 649

  Fly   644 GFATVSSAYKEQLNSLMTTLRSTQPHFVRCIIPNEMKQPGVVDAHLVMHQLTCNGVLEGIRICRK 708
            .|.|||..|:|.||:|||.|..|.|||:|||||||.||.|::||.||::||||||||||||||||
 Worm   650 SFMTVSMLYRESLNNLMTMLNKTHPHFIRCIIPNEKKQSGMIDAALVLNQLTCNGVLEGIRICRK 714

  Fly   709 GFPNRMMYPDFKMRYKIMCPKLLQGVEKDKKATEIII-KFID---LPEDQYRLGNTKVFFRAGVL 769
            |||||.::|||..||.|:..|..:..:..||..|.|: |.::   |.|:.:|:|.|||||:||||
 Worm   715 GFPNRTLHPDFVQRYAILAAKEAKSDDDKKKCAEAIMSKLVNDGSLSEEMFRIGLTKVFFKAGVL 779

  Fly   770 GQMEEFRDERLGKIMSWMQAWARGYLSRKGFKKLQEQRVALKVVQRNLRKYLQLRTWPWYKLWQK 834
            ..:|:.|||:|..|::..|:..|.:|..|..|:..|||..|.:||||:|.:..||||.|:||:.|
 Worm   780 AHLEDIRDEKLATILTGFQSQIRWHLGLKDRKRRMEQRAGLLIVQRNVRSWCTLRTWEWFKLYGK 844

  Fly   835 VKPLLNVSRIEDEIARLEEKAKKAEELHAAEVKVRKELEALNAKLLAEKTALLDSLSGEKGALQD 899
            |||:|...:..:|:.::.:|.|..|:..|.|.|:|||||..:|||:.|||:|..:|...|..|.|
 Worm   845 VKPMLKAGKEAEELEKINDKVKALEDSLAKEEKLRKELEESSAKLVEEKTSLFTNLESTKTQLSD 909

  Fly   900 YQERNAKLTAQKNDLENQLRDIQERLTQEEDARNQLFQQKKKADQEISGLKKDIEDLELNVQKAE 964
            .:||.|||.||:.|...||.::.::|...||....:.:.|||.:.|:..|||.|:|||::::|||
 Worm   910 AEERLAKLEAQQKDASKQLSELNDQLADNEDRTADVQRAKKKIEAEVEALKKQIQDLEMSLRKAE 974

  Fly   965 QDKATKDHQIRNLNDEIAHQDELINKLNKEKKMQGETNQKTGEELQAAEDKINHLNKVKAKLEQT 1029
            .:|.:||||||:|.||:..|||.|.|||||||.|.|.|:|..|:||:.|||.||.||||||||||
 Worm   975 SEKQSKDHQIRSLQDEMQQQDEAIAKLNKEKKHQEEINRKLMEDLQSEEDKGNHQNKVKAKLEQT 1039

  Fly  1030 LDELEDSLEREKKVRGDVEKSKRKVEGDLKLTQEAVADLERNKKELEQTIQRKDKELSSITAKLE 1094
            ||:|||||||||:.|.|::|.||||||:||:.||.:.:..|.:.:||..:::|:.||.|::::||
 Worm  1040 LDDLEDSLEREKRARADLDKQKRKVEGELKIAQENIDESGRQRHDLENNLKKKESELHSVSSRLE 1104

  Fly  1095 DEQVVVLKHQRQIKELQARIEELEEEVEAERQARAKAEKQRADLARELEELGERLEEAGGATSAQ 1159
            |||.:|.|.|||||:.|:||.|||||:|.|||:|:||::.::||.||||||||:|:|.||||:||
 Worm  1105 DEQALVSKLQRQIKDGQSRISELEEELENERQSRSKADRAKSDLQRELEELGEKLDEQGGATAAQ 1169

  Fly  1160 IELNKKREAELSKLRRDLEEANIQHESTLANLRKKHNDAVAEMAEQVDQLNKLKAKAEKEKNEYY 1224
            :|:||||||||:||||||||||:.||:.|..|||||.|||||:.:|:|||||.|||.||:|.:..
 Worm  1170 VEVNKKREAELAKLRRDLEEANMNHENQLGGLRKKHTDAVAELTDQLDQLNKAKAKVEKDKAQAV 1234

  Fly  1225 GQLNDLRAGVDHITNEKAAQEKIAKQLQHTLNEVQSKLDETNRTLNDFDASKKKLSIENSDLLRQ 1289
            ....||.|.:|..|:.|...||:|||.:..|.|:|||.||.:|.|.||.:.|.:|..||.||:||
 Worm  1235 RDAEDLAAQLDQETSGKLNNEKLAKQFELQLTELQSKADEQSRQLQDFTSLKGRLHSENGDLVRQ 1299

  Fly  1290 LEEAESQVSQLSKIKISLTTQLEDTKRLADEESRERATLLGKFRNLEHDLDNLREQVEEEAEGKA 1354
            ||:|||||:||:::|..||:|||:.:|.||||:|||.|:..:.:|.:|:.:.|:|.:|||.|||.
 Worm  1300 LEDAESQVNQLTRLKSQLTSQLEEARRTADEEARERQTVAAQAKNYQHEAEQLQESLEEEIEGKN 1364

  Fly  1355 DLQRQLSKANAEAQVWRSKYESDGVARSEELEEAKRKLQARLAEAEETIESLNQKCIGLEKTKQR 1419
            ::.||||||||:.|.|::::|.:|:.:::|||:|||:...::.|.:|.:::.|.|...|||||.|
 Worm  1365 EILRQLSKANADIQQWKARFEGEGLLKADELEDAKRRQAQKINELQEALDAANSKNASLEKTKSR 1429

  Fly  1420 LSTEVEDLQLEVDRANAIANAAEKKQKAFDKIIGEWKLKVDDLAAELDASQKECRNYSTELFRLK 1484
            |..:::|.|::|:|||.:|:|.|||||.|||||.||:.|.||||||||.:|::.||.||:||:.|
 Worm  1430 LVGDLDDAQVDVERANGVASALEKKQKGFDKIIDEWRKKTDDLAAELDGAQRDLRNTSTDLFKAK 1494

  Fly  1485 GAYEEGQEQLEAVRRENKNLADEVKDLLDQIGEGGRNIHEIEKARKRLEAEKDELQAALEEAEAA 1549
            .|.||..|.:|.:|||||:|:.|:|||.||:|||||::||::|..:|||.||:|||.||:|||||
 Worm  1495 NAQEELAEVVEGLRRENKSLSQEIKDLTDQLGEGGRSVHEMQKIIRRLEIEKEELQHALDEAEAA 1559

  Fly  1550 LEQEENKVLRAQLELSQVRQEIDRRIQEKEEEFENTRKNHQRALDSMQASLEAEAKGKAEALRMK 1614
            ||.||:||||||:|:||:|.||::||||||||||||||||.|||:|||||||.|||||||.||:|
 Worm  1560 LEAEESKVLRAQVEVSQIRSEIEKRIQEKEEEFENTRKNHARALESMQASLETEAKGKAELLRIK 1624

  Fly  1615 KKLEADINELEIALDHANKANAEAQKNIKRYQQQLKDIQTALEEEQRARDDAREQLGISERRANA 1679
            ||||.|||||||||||||||||:||||:||||:|::::|..:|||||...|.|||...:|:||..
 Worm  1625 KKLEGDINELEIALDHANKANADAQKNLKRYQEQVRELQLQVEEEQRNGADTREQFFNAEKRATL 1689

  Fly  1680 LQNELEESRTLLEQADRGRRQAEQELADAHEQLNEVSAQNASISAAKRKLESELQTLHSDLDELL 1744
            ||:|.||.....|.|:|.|:|||.|.|||.:|.||.:||.:|:::||||||.|:|.:|:||||.|
 Worm  1690 LQSEKEELLVANEAAERARKQAEYEAADARDQANEANAQVSSLTSAKRKLEGEIQAIHADLDETL 1754

  Fly  1745 NEAKNSEEKAKKAMVDAARLADELRAEQDHAQTQEKLRKALEQQIKELQVRLDEAEANALKGGKK 1809
            ||.|.:||::|||:.||.|||:|||.||:|:|..::|||.||||:||:|||||||||.|||||||
 Worm  1755 NEYKAAEERSKKAIADATRLAEELRQEQEHSQHVDRLRKGLEQQLKEIQVRLDEAEAAALKGGKK 1819

  Fly  1810 AIQKLEQRVRELENELDGEQRRHADAQKNLRKSERRVKELSFQSEEDRKNHERMQDLVDKLQQKI 1874
            .|.||||||||||:||||||||..||.|||.:::|||:||.||.:||:||.||:|||:||||||:
 Worm  1820 VIAKLEQRVRELESELDGEQRRFQDANKNLGRADRRVRELQFQVDEDKKNFERLQDLIDKLQQKL 1884

  Fly  1875 KTYKRQIEEAEEIAALNLAKFRKAQQELEEAEERADLAEQAISKFRAKGRA-GSVGRGASPAPRA 1938
            ||.|:|:|||||:|.|||.|:::...:||:||||||.||.::||.|:|.|| .||..|...:..|
 Worm  1885 KTQKKQVEEAEELANLNLQKYKQLTHQLEDAEERADQAENSLSKMRSKSRASASVAPGLQSSASA 1949

  Fly  1939 TSVR 1942
            ..:|
 Worm  1950 AVIR 1953

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
MhcNP_001162991.1 Myosin_N 36..73 CDD:280832 19/36 (53%)
MYSc 81..777 CDD:214580 443/712 (62%)
MYSc_Myh1_insects_crustaceans 100..765 CDD:276874 425/681 (62%)
Myosin_tail_1 842..1897 CDD:279860 619/1054 (59%)
V_Alix_like 1557..1877 CDD:187408 218/319 (68%)
ATP-synt_B <1671..1771 CDD:304375 55/99 (56%)
TMPIT 1739..>1825 CDD:285135 61/85 (72%)
unc-54NP_493596.1 Myosin_N 31..68 CDD:280832 19/36 (53%)
Myosin_head 83..775 CDD:278492 430/693 (62%)
MYSc_class_II 95..775 CDD:276951 425/681 (62%)
Myosin_tail_1 855..1932 CDD:279860 632/1076 (59%)
Prefoldin 903..>969 CDD:298833 27/65 (42%)
YlqD 946..>1020 CDD:287979 40/73 (55%)
GluZincin 1649..>1784 CDD:301352 75/134 (56%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 1 1.000 1192 1.000 Domainoid score I3
eggNOG 1 0.900 - - E2759_KOG0161
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 00.000 Not matched by this tool.
Inparanoid 1 1.050 2227 1.000 Inparanoid score I15
Isobase 1 0.950 - 0 Normalized mean entropy S1242
OMA 00.000 Not matched by this tool.
OrthoDB 1 1.010 - - D41153at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000014
OrthoInspector 1 1.000 - - otm14456
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100110
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR45615
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 1 1.030 - avgDist Average_Evolutionary_Distance R2660
SonicParanoid 1 1.000 - - X58
SwiftOrtho 00.000 Not matched by this tool.
TreeFam 00.000 Not matched by this tool.
1312.850

Return to query results.
Submit another query.