DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Mhc and myo-3

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001162991.1 Gene:Mhc / 35007 FlyBaseID:FBgn0264695 Length:1962 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_506065.2 Gene:myo-3 / 179676 WormBaseID:WBGene00003515 Length:1969 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1965 Identity:1051/1965 - (53%)
Similarity:1421/1965 - (72%) Gaps:35/1965 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     9 EDEDPTPYLFVSLEQRRIDQSKPYDSKKSCWIPDEKEGYLLGEIKATKGDIVSVGLQGGEVRDIK 73
            |::...|:|.:|.|.|....::|:||||:|||||.::|::..||::|.|:.|:|....|....:|
 Worm     9 ENDPGFPFLGISREARAATAARPFDSKKNCWIPDPEDGFVAAEIQSTTGEQVTVVTVKGNQITVK 73

  Fly    74 SEKVEKVNPPKFEKIEDMADMTVLNTPCVLHNLRQRYYAKLIYTYSGLFCVAINPYKRYPVYTNR 138
            .::.:::|||||:|.||||::|.||...||.||:.||...:||||||||||.||||||.|:|:..
 Worm    74 KDQCQEMNPPKFDKTEDMANLTFLNEASVLGNLKDRYKDLMIYTYSGLFCVVINPYKRLPIYSES 138

  Fly   139 CAKMYRGKRRNEVPPHIFAISDGAYVDMLTNHVNQSMLITGESGAGKTENTKKVIAYFATVG--- 200
            ..|.:.||||||:|||:||:||.||.:|:.:..||||||||||||||||||||||:|||.||   
 Worm   139 VIKHFMGKRRNEMPPHLFAVSDEAYRNMVQDKENQSMLITGESGAGKTENTKKVISYFAIVGATQ 203

  Fly   201 -ASKKTDEAAKSKGSLEDQVVQTNPVLEAFGNAKTVRNDNSSRFGKFIRIHFGPTGKLAGADIET 264
             ||.|..:..|..|:||:|:||||||||||||||||||:||||||||||.||..:|||||.|||.
 Worm   204 AASGKEAKDGKKGGTLEEQIVQTNPVLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKFIRTHFSGSGKLAGGDIEH 268

  Fly   265 YLLEKARVISQQSLERSYHIFYQIMSGSVPGVKDICLLTDNIYDYHIVSQGKVTVASIDDAEEFS 329
            |||||:||:.|...||.||||||||||:.|.::....|:::|..||..||.::|:..:||.||..
 Worm   269 YLLEKSRVVRQAPGERCYHIFYQIMSGNDPSLRGKLKLSNDITYYHFCSQAELTIEGMDDKEEMR 333

  Fly   330 LTDQAFDILGFTKQEKEDVYRITAAVMHMGGMKFKQRGREEQAEQDGEEEGGRVSKLFGCDTAEL 394
            ||.:||||:||...|..|:||.||.:||||.||||||.||||||.||||:....:.:.|....|.
 Worm   334 LTQEAFDIMGFEDNETMDLYRSTAGIMHMGEMKFKQRPREEQAEPDGEEDALNAAAMLGIQAEEF 398

  Fly   395 YKNLLKPRIKVGNEFVTQGRNVQQVTNSIGALCKGVFDRLFKWLVKKCNETLDTQQ-KRQHFIGV 458
            .|.|.|||::||.|:|.:|:|::||..::..|.|.::.|:|||::.:||:|||.:: :|:|||||
 Worm   399 LKALTKPRVRVGTEWVNKGQNLEQVNWAVSGLAKAIYARMFKWIITRCNKTLDAKEIERKHFIGV 463

  Fly   459 LDIAGFEIFEYNGFEQLCINFTNEKLQQFFNHHMFVLEQEEYKREGIDWAFIDFGMDLLACIDLI 523
            |||||||||:.|.||||.|||.||:||||||||||||||||||||||.|.|||||:||.|||:||
 Worm   464 LDIAGFEIFDLNSFEQLWINFVNERLQQFFNHHMFVLEQEEYKREGIAWTFIDFGLDLQACIELI 528

  Fly   524 EKPMGILSILEEESMFPKATDQTFSEKLTNTHLGKSAPFQKPKPPKPGQQAAHFAIAHYAGCVSY 588
            |||:||:|||:||.:.|||||.|:::||.:.||||...||||||||..|..|||||.||||.|.|
 Worm   529 EKPLGIISILDEECIVPKATDMTYAQKLLDQHLGKHPNFQKPKPPKGKQGDAHFAIVHYAGTVRY 593

  Fly   589 NITGWLEKNKDPLNDTVVDQFKKS-QNKLLIEIFADHAGQSGGGEQAKGGR---GKKG--GGFAT 647
            |.|.:|||||||||||.|...|.| .|.|:::|:.|:..|....|.||.|:   ||:|  ..|||
 Worm   594 NATNFLEKNKDPLNDTAVALLKHSTDNSLMLDIWQDYQTQEEAAEAAKAGQTAGGKRGKSSSFAT 658

  Fly   648 VSSAYKEQLNSLMTTLRSTQPHFVRCIIPNEMKQPGVVDAHLVMHQLTCNGVLEGIRICRKGFPN 712
            ||..|:|.||:||..|..|.|||:|||||||.|..||:|:.||::||||||||||||||||||||
 Worm   659 VSMIYRESLNNLMNMLYQTHPHFIRCIIPNEKKASGVIDSALVLNQLTCNGVLEGIRICRKGFPN 723

  Fly   713 RMMYPDFKMRYKIMCPKLLQGVEKDKKATEIIIKF-ID--LPEDQYRLGNTKVFFRAGVLGQMEE 774
            ||:|||||.||.|:.....:..:..|.:..|:.|. :|  |.::::::|.||:||:||||.::|:
 Worm   724 RMLYPDFKHRYAILAADAAKESDPKKASVGILDKISVDGNLTDEEFKVGETKIFFKAGVLAKLED 788

  Fly   775 FRDERLGKIMSWMQAWARGYLSRKGFKKLQEQRVALKVVQRNLRKYLQLRTWPWYKLWQKVKPLL 839
            .|||.|.:|::..|:..|.||::...::..||:..|.|||||:|.:..||||.|:||:.||||:|
 Worm   789 LRDEILSRIVTMFQSRIRSYLAKAEVRRRYEQQTGLLVVQRNVRAWCTLRTWEWFKLFGKVKPML 853

  Fly   840 NVSRIEDEIARLEEKAKKAEE-LHAAEVKVRKELEALNAKLLAEKTALLDSLSGEKGALQDYQER 903
            ...:.::.:..|..|.:|.|| :...|: .|.:||:..|.|:.||.||..||..||..|.|.:||
 Worm   854 KAGKEQEAMGELAVKIQKLEEAVQRGEI-ARSQLESQVADLVEEKNALFLSLETEKANLADAEER 917

  Fly   904 NAKLTAQKNDLENQLRDIQERLTQEEDARNQLFQQKKKADQEISGLKKDIEDLELNVQKAEQDKA 968
            |.||...|..||::|.||..:|...::....|.:||||.|||:|..||.::||||:::||||:|.
 Worm   918 NEKLNQLKATLESKLSDITGQLEDMQERNEDLARQKKKTDQELSDTKKHVQDLELSLRKAEQEKQ 982

  Fly   969 TKDHQIRNLNDEIAHQDELINKLNKEKKMQGETNQKTGEELQAAEDKINHLNKVKAKLEQTLDEL 1033
            ::||.||:|.||:|:|||.:.|||||||.|.|:|:|..|:||:.|||:|||.|::.||||.:|||
 Worm   983 SRDHNIRSLQDEMANQDEAVAKLNKEKKHQEESNRKLNEDLQSEEDKVNHLEKIRNKLEQQMDEL 1047

  Fly  1034 EDSLEREKKVRGDVEKSKRKVEGDLKLTQEAVADLERNKKELEQTIQRKDKELSSITAKLEDEQV 1098
            |::::|||:.|||:||:|||||||||:.||.:.::.:.|.::|.|::||:::|....|||.:...
 Worm  1048 EENIDREKRSRGDIEKAKRKVEGDLKVAQENIDEITKQKHDVETTLKRKEEDLHHTNAKLAENNS 1112

  Fly  1099 VVLKHQRQIKELQARIEELEEEVEAERQARAKAEKQRADLARELEELGERLEEAGGATSAQIELN 1163
            ::.|.||.||||.||..|||||:||||.:|.|:::.|::..||||||.||||:.||||:||:|.|
 Worm  1113 IIAKLQRLIKELTARNAELEEELEAERNSRQKSDRSRSEAERELEELTERLEQQGGATAAQLEAN 1177

  Fly  1164 KKREAELSKLRRDLEEANIQHESTLANLRKKHNDAVAEMAEQVDQLNKLKAKAEKEKNEYYGQLN 1228
            ||||||::||||:.||.::.||:.:::|||:|.|:|||:.||::.|.|||||:|.||::....|.
 Worm  1178 KKREAEIAKLRREKEEDSLNHETAISSLRKRHGDSVAELTEQLETLQKLKAKSEAEKSKLQRDLE 1242

  Fly  1229 DLRAGVDHITNEKAAQEKIAKQLQHTLNEVQSKLDETNRTLNDFDASKKKLSIENSDLLRQLEEA 1293
            :.:...|.....:...||..|.::...:|:|:|.||.:|.|.||.|.|.:|:.|||||.|.|||.
 Worm  1243 ESQHATDSEVRSRQDLEKALKTIEVQYSELQTKADEQSRQLQDFAALKNRLNNENSDLNRSLEEM 1307

  Fly  1294 ESQVSQLSKIKISLTTQLEDTKRLADEESRERATLLGKFRNLEHDLDNLREQVEEEAEGKADLQR 1358
            ::|::.|.::|.:|.:||::|:|..|||||||..|....:||||:...|||.::||||.||||.|
 Worm  1308 DNQLNSLHRLKSTLQSQLDETRRNYDEESRERQALAATAKNLEHENTILREHLDEEAESKADLTR 1372

  Fly  1359 QLSKANAEAQVWRSKYESDGVARSEELEEAKRKLQARLAEAEETIESLNQKCIGLEKTKQRLSTE 1423
            |:||.|||.|.|:::::|:|:.:.||:|.||:.||.::.|..:|.|.|..|....||.:.:|..:
 Worm  1373 QISKLNAEIQQWKARFDSEGLNKLEEIEAAKKALQLKVQELTDTNEGLFAKIASQEKVRFKLMQD 1437

  Fly  1424 VEDLQLEVDRANAIANAAEKKQKAFDKIIGEWKLKVDDLAAELDASQKECRNYSTELFRLKGAYE 1488
            ::|.|.:|::|.|.....||.::.|:.||.|||.|.|||::||||:|::.|..||:||:.|.|.:
 Worm  1438 LDDAQSDVEKAAAQVAFYEKHRRQFESIIAEWKKKTDDLSSELDAAQRDNRQLSTDLFKAKTAND 1502

  Fly  1489 EGQEQLEAVRRENKNLADEVKDLLDQIGEGGRNIHEIEKARKRLEAEKDELQAALEEAEAALEQE 1553
            |..|.|::.|||||:||.|||||.||:|||||::.|::|..::||.||:|||.||:|||||||.|
 Worm  1503 ELAEYLDSTRRENKSLAQEVKDLTDQLGEGGRSVAELQKIVRKLEVEKEELQKALDEAEAALEAE 1567

  Fly  1554 ENKVLRAQLELSQVRQEIDRRIQEKEEEFENTRKNHQRALDSMQASLEAEAKGKAEALRMKKKLE 1618
            |.||||||:|:||:|.||::|||||||||||||:||||||:||||:||||.|.|.||||:|||||
 Worm  1568 EAKVLRAQIEVSQIRSEIEKRIQEKEEEFENTRRNHQRALESMQATLEAETKQKEEALRIKKKLE 1632

  Fly  1619 ADINELEIALDHANKANAEAQKNIKRYQQQLKDIQTALEEEQRARDDAREQLGISERRANALQNE 1683
            :|||:|||||||||:|.|:|||.||:|.:.::::|..:|||||.:|:.|||...||:|...||:|
 Worm  1633 SDINDLEIALDHANRAYADAQKTIKKYMETVQELQFQIEEEQRQKDEIREQFLASEKRNAILQSE 1697

  Fly  1684 LEESRTLLEQADRGRRQAEQELADAHEQLNEVSAQNASISAAKRKLESELQTLHSDLDELLNEAK 1748
            .:|.....|.|:|.||.||.|..:..||.|:::|..::::..:||||.||...|::|:|:.||.|
 Worm  1698 KDELAQQAEAAERARRNAEAECIELREQNNDLNAHVSALTGQRRKLEGELLAAHAELEEIANELK 1762

  Fly  1749 NSEEKAKKAMVDAARLADELRAEQDHAQTQEKLRKALEQQIKELQVRLDEAEANALKGGKKAIQK 1813
            |:.|:.:||..||||||:|||.||:|:...|::||.||.||||:|:|||:||..|||||||.|.:
 Worm  1763 NAVEQGQKASADAARLAEELRQEQEHSMHIERIRKGLELQIKEMQIRLDDAENAALKGGKKIIAQ 1827

  Fly  1814 LEQRVRELENELDGEQRRHADAQKNLRKSERRVKELSFQSEEDRKNHERMQDLVDKLQQKIKTYK 1878
            ||.|:|.:|.|||||||||.|.:||.||:||||||:.||..|::||.||:.:||||||.|:|.:|
 Worm  1828 LEARIRAIEQELDGEQRRHQDTEKNWRKAERRVKEVEFQVVEEKKNEERLTELVDKLQCKLKIFK 1892

  Fly  1879 RQIEEAEEIAALNLAKFRKAQQELEEAEERADLAEQAISKFRAKGRAGSVGRGASPAPRATSVRP 1943
            ||:|||||:||.||.|::....:.|:||||||:||.|:||.|.|.||     .||.||       
 Worm  1893 RQVEEAEEVAASNLNKYKVLTAQFEQAEERADIAENALSKMRNKIRA-----SASMAP------- 1945

  Fly  1944 QFDGLAFPPRFDLAP 1958
                   |..|.:.|
 Worm  1946 -------PDGFPMVP 1953

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
MhcNP_001162991.1 Myosin_N 36..73 CDD:280832 14/36 (39%)
MYSc 81..777 CDD:214580 423/709 (60%)
MYSc_Myh1_insects_crustaceans 100..765 CDD:276874 404/678 (60%)
Myosin_tail_1 842..1897 CDD:279860 550/1055 (52%)
V_Alix_like 1557..1877 CDD:187408 189/319 (59%)
ATP-synt_B <1671..1771 CDD:304375 44/99 (44%)
TMPIT 1739..>1825 CDD:285135 49/85 (58%)
myo-3NP_506065.2 Myosin_N 36..73 CDD:280832 14/36 (39%)
Myosin_head 88..779 CDD:278492 411/690 (60%)
MYSc_class_II 100..779 CDD:276951 404/678 (60%)
Myosin_tail_1 857..1937 CDD:279860 563/1080 (52%)
DUF4795 932..1090 CDD:292662 84/157 (54%)
SPEC 1186..1391 CDD:295325 93/204 (46%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 1 1.000 812 1.000 Domainoid score I24
eggNOG 1 0.900 - - E2759_KOG0161
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 00.000 Not matched by this tool.
Inparanoid 1 1.050 2227 1.000 Inparanoid score I15
Isobase 00.000 Not matched by this tool.
OMA 00.000 Not matched by this tool.
OrthoDB 1 1.010 - - D41153at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000014
OrthoInspector 1 1.000 - - otm14456
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100110
Panther 1 1.100 - - O PTHR45615
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 00.000 Not matched by this tool.
SonicParanoid 1 1.000 - - X58
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1312.830

Return to query results.
Submit another query.