Protein Alignment nAChRalpha5 and pHCl-2

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001356885.1
• Gene: nAChRalpha5 / 34826
• FlyBaseID: FBgn0028875
• Length: 837
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_651861.1
• Gene: pHCl-2 / 43703
• FlyBaseID: FBgn0039840
• Length: 526
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 561
• Identity: 111/561 - (19%)
• Similarity: 198/561 - (35%)
• Gaps: 152/561 - (27%)

  Fly   241 LFRRIAASTIAFISYLG---SFAAQLRSSSSSSSNSSNSGNSSSTQILNGLNKHSWIFLLIYLNL 302
            |.:.:||:....:|.|.   :|:..:..|.|:.:|..:..|:.|..::
  Fly    26 LQQNLAANGSVVVSPLNTTDAFSVSINLSQSTVNNCPSLKNAESMALM----------------- 73

  Fly   303 SAKVCLAGYHEKRLLHDLLDP--YNTLERPVLNESD----PLQL--SFGLTLMQIIDVDEKNQLL 359
                        .||..|..|  |:.:..||::..|    |:.:  .|.:.:|:.:|..:. |..
  Fly    74 ------------ELLTRLTAPCRYDRMVPPVVHNKDGEEVPMDIYARFYIYVMKNLDSSDL-QFT 125

  Fly   360 VTNVWLKLEWNDMNLRWNTSDYGGVKDLRIPPHR------------IWKPDVLMYN--------- 403
            |..: |:|.:.|..|.:  |.|       :|..|            :|.|.:.:.|
  Fly   126 VQGL-LQLRYLDPRLAF--SSY-------LPNRRQPIMGESELKKMLWVPHIFLTNEQASTVLGT 180

  Fly   404 SADEGFDGTYQTNVVVRNN--GSCLYVPPGIFKSTCKIDITWFPFDDQRCEMKFGSWTYDGFQLD 466
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  Fly   181 SAKDELTSIYPNGTVLTSTRLQATLY---------CWMNFQKFPFDEQKCKTTLESWMYNTTLVQ 236

  Fly   467 LQLQDETGGDISSYVLNGEWELLGVPGKR-----NEIY--YNCCPEPYIDITFAIIIRRRTLYYF 524
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  Fly   237 LHWETDNPVSFDKQLQLTEYNLIGSLYNESIRVSNESYMSHGSLEGNYSIISFTVLLTREVGYYV 301

  Fly   525 FNLIIPCVLIASMALLGFTLPPD-SGEKLSLGVTILLSLTVFLNMVAETMPATSDAVPLLGTYFN 588
            .:..:|.::|.:::.:.|.|..| :..:.:||.|.|||. :.|::..|........|.:...:|.
  Fly   302 IDYFLPSIMIVTISWVSFWLQADQTPARTTLGCTTLLSF-ITLSLSQENNLMKVSYVTMSEVWFL 365

  Fly   589 CIMFMVASSVVSTILILNYHHRNADTHEMSEWIR-IVFLCWLPWILRMSRPG------------- 639
            .....:..|:|....:.....||.|........: ||...::|.:.:..|.|
  Fly   366 VCTIFIFGSLVEFAFVNTIWRRNNDLQLKKRTTKYIVKSTFVPHLKKHRRHGYRRTDSTMSTMST 430

  Fly   640 -----------------RPLIL-----------------EFPTTPCSDTSSERKHQILSDVELKE 670
                             .|:|:                 |..|:..||:|.|:..|..:.:..||
  Fly   431 TSMDKTCGPNNTVITIETPIIIGGSLSREDSAISLDEQDETSTSESSDSSKEKPAQTFATMTPKE 495

  Fly   671 RSSKSLLANVLDIDDDFRHNCRPMTPGGTLPHNPAFYRTVY 711
            .|        |.||...|.    :.|...:..|..|:..||
  Fly   496 VS--------LWIDRKMRF----VFPLSFIVFNALFWTLVY 524

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
nAChRalpha5	NP_001356885.1	LIC	313..802	CDD:455710	100/486 (21%)
pHCl-2	NP_651861.1	LIC	46..522	CDD:455710	104/537 (19%)