Protein Alignment Ube4B and ufd2

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_609597.1
• Gene: Ube4B / 34699
• FlyBaseID: FBgn0032467
• Length: 1217
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_593630.1
• Gene: ufd2 / 2542023
• PomBaseID: SPAC20H4.10
• Length: 1010
• Species: Schizosaccharomyces pombe
• Alignment Length: 935
• Identity: 284/935 - (30%)
• Similarity: 486/935 - (51%)
• Gaps: 109/935 - (11%)

  Fly   338 VLSIVATTKHHVLLYLIRCYQNYQTECSRKTPLTQ------------PALQLAFEQVMRMTVLVL 390
            :||.::||.::...||::.: ::..:..::.|..:            .:|.:::..:    |::|
pombe   128 LLSRLSTTGNNTFSYLLQSW-SFLYQYKKRLPKDENQDFKIHYLSLLKSLLVSYAGI----VVML 187

  Fly   391 TDRIYQNLNGHMDQSALLDLMYMAKVSEPFLIDLIAHTHQ--DREAFDTIFSQVLRGLF--AGMQ 451
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pombe   188 PDTF---------NSETIDLAEVLIGAEGIPLEFLSEFVQRFEHENLDELFIPVLESLSLKIGLM 243

  Fly   452 RNICTSKISVQQIEWLSKLVVIKVGSVRPIADLVSRQPNFLPPICTKISGREIVKCSFLGPFLSV 516
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pombe   244 -NVDTVQMNVMQI-------ILQLVSLKPIALLLPKLPSWNP---TNNAG-EIEYKTFLGRISSL 296

  Fly   517 SLFAEE-NIKFAEFTTKNKLEDASS--SRLRWELHSMRTNMHVVFHSLC-VNASSRPKTLEYIAS 577
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pombe   297 SVFTQDVASRYFSNSTERSAQNISSSISSLKLTMSTYQDVLFQIFNTLIRTSTSLRESVLDFFAM 361

  Fly   578 ILRHNDRRVQFASDEKLLARDGFMINLMSVLQQLSVKI------KLDRIEPNFHYYKNSLVNIEQ 636
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pombe   362 VVNANHKRQSIQVNHFDITSDACMLNFSHVLSRLSEPFLDIGCSKIDRVQVEY-FRRNPRVDIKE 425

  Fly   637 DTKIRYSEEEYRNFLARDFSQPVE-NTNFQTQCWFLTLQAHHLGYLPAIQRYRQKVRAIKELQKL 700
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pombe   426 ETKLNADQKASESF----YSKPAEGSNNFISDIFFLNLAFHHYGVNATFKALEQLVQSIRDSEKL 486

  Fly   701 IDELDRTKSHWMNSRYANRNNQFKERWEKQLRKLNRSKT-CCEITLLDPGLLQRCTEFYSTVCEF 764
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pombe   487 KERLETEQQNMSGSFQATRLTAQLSRLDQRL-DLDRSFVHCYEIMLTQTSDTSRSFSFLNFVAIW 550

  Fly   765 MLYQFEGR-------PIEGPFISKLPVQQLLPTDAFSALPEWYIDDIAEFI--LFTMQHANMDIR 820
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pombe   551 LSRLADGQSSTYPKMPLSLPFNENAP-------EAFKCLPEYFIETITDYMLSLFKTSSSTLTL- 607

  Fly   821 QGIDHSIITWLLTCV---CASHLIKNPYVTAKLVEVMFVFSLKPANSVNAAMWNHEL-------- 874
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pombe   608 ----HSLEPLCEFCVSFLTQANYIKNPYLRAKLAEILYF-------GVQTHVGRSELLLDVVRTS 661

  Fly   875 --AQNALVSSLMRFYVDVETTGQSTEFYDKFTIRYHISHLFKSMWENPIHRQAVICESRVGNQ-F 936
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pombe   662 KVATRWLLPALMAFYIEIESTGQSTQFYDKFNIRFYICEVFRTIWKQPAYFGKLEQEQKTNLPFF 726

  Fly   937 VKFVNMLMNDTTFLLDECLENLKRIHQTQQLLSDKANLSKMSAEQQQSRLTQLATDERQCRSYLT 1001
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pombe   727 VKFVALMLNDATYLLDEALLKLTEIHNLQSLLADAISNSNSNQNVQESQ-SNLAAAERQASTYCQ 790

  Fly  1002 LARETVDLFHYLTSDIKEPFMRDELVDRLSSMLNFNLKQLAGPKCNDLKVKNPAKYGWEPRSLLA 1066
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pombe   791 LGNETIFMLKLFTSSIPKAFCAVEIVDRLAAMLNYNLQALCGPKCSNLKVEDPTKYHFNAKTLLS 855

  Fly  1067 QIFDIYLHLDCDR--FAEALAADERSFDVQICNEAASRIKRLALRSAVEVERFKALTQRAHEIYV 1129
            .|||:||:| |:.  |.||:|.|.||:..:|...|.|.:.:..|:|:.::|..|....|.....:
pombe   856 IIFDVYLNL-CNEPAFVEAVAHDGRSYSKEIFERATSIMTKHNLKSSFDIEAIKEFVNRVEAFRL 919

  Fly  1130 TNLQTEDECADAPDEFKDPLMDTLMSDPVVLP-SGTVMDRAIITRHLLNSCTDPFNRQPLTEDML 1193
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pombe   920 QEATEEEDMGDIPDYFLDPLMFTIMKDPVVLPRSGISIDRSTIKAHLLSDATDPFNRTPLTLDDV 984

  Fly  1194 VANIELKQRIDAWRKEQRGK--RNN 1216
            ..|..|::.|:.:.|.:|.|  ||:
pombe   985 TPNDTLREEINTFLKSKRNKHSRNS 1009

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Ube4B	NP_609597.1	Ufd2P_core	510..1124	CDD:463080	200/650 (31%)
		RING-Ubox_UBE4B	1138..1211	CDD:438320	38/73 (52%)
ufd2	NP_593630.1	UFD2	76..1010	CDD:227444	284/935 (30%)