Protein Alignment APOB and apolpp

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_000375.3
• Gene: APOB / 338
• HGNCID: 603
• Length: 4563
• Species: Homo sapiens
• Sequence 2: NP_524634.2
• Gene: apolpp / 43827
• FlyBaseID: FBgn0087002
• Length: 3351
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 3774
• Identity: 737/3774 - (19%)
• Similarity: 1343/3774 - (35%)
• Gaps: 1020/3774 - (27%)

Human     9 LALLALPALLLLLLAGARAEEEMLENVSLVCPK-DATRFKHLRKYTYNYEAES------SSGVPG 66
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  Fly     8 IALIGILASVLLTIA-VNAENA----CNLGCPKSDNGLLKYIPGNYYDYSFDSILTIGASSDVPN 67

Human    67 TADSRSATRINCKVELEVPQLCSFILKTSQCTLKEVYGFNPEGKALLKKTKNSEEFAAAMSRYEL 131
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  Fly    68 DSDDTS-LKVSGSAKIFAKGNCGYTLQLS--SVKVTNTKESVEKKILNSIQKPVQFTLVSGILEP 129

Human   132 KLAIPEGKQVFLYPEKDEPTYILNIKRGIISALLVPPETEEAKQVLFLDTVYGNCSTHFTVKTRK 196
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  Fly   130 QIC----------SDSSDLDYSLNIKRAVVSLLQSGIEAEHEVD------VFGMCPTH-TSTSKV 177

Human   197 GNVATEISTERDLGQCDRFKPIRTGISPLALIKGMTRPLSTLISS-SQSCQYTLDAK-RKHVAEA 259
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  Fly   178 GN-ANIITKARNLNSCSHREQINSG-----LVSGKVNEKAGITSSLLLQANYIKESRIVNHLIEN 236

Human   260 I-CKEQHLFLPFSYKNKYGMVAQVTQTLKLEDTPKINSRFFGEGTKKMGLAFESTKSTSPPKQAE 323
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  Fly   237 VQLTETYKFIGNTKRNS-DISAKVVTILKLKNPSGTKANSPGTGSTVRSLIFQRPE-TYTSKNIN 299

Human   324 AVLKTLQELKKLTISEQNIQRANLFNKLVTELRGLSDEAVTSLL----PQLIEVSSPITLQALVQ 384
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  Fly   300 ALKTILSDLVDSTGDYVKKETAKKFVEFIRLLRQSDSETLLELAAFPHPNKV-LARKVYLDGLFR 363

Human   385 CGQPQCSTHILQWLKRVHANPLLIDVVTYLVALIPEPSAQQLREIFNMARDQ---RSRATLY-AL 445
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  Fly   364 TSTAESARVILKQLSKFDEKEKLLAILSLNIVKSVD------KETLNQAASQLLPNAPKELYIAV 422

Human   446 SHAVNNYHKTNPTGTQELLDIANYL---MEQIQDDCTGDEDYTYLILRVIGNMGQTMEQLTPELK 507
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  Fly   423 GNLVAKYCLKNYCQGPEIDAISKKFSDGLKHCKPNTKREEERIVYILKGLGN----AKSLSGNTV 483

Human   508 SSILKCVQSTKPSLMIQKAAIQALRKMEPKDKDQEVLLQTFLDDASPGDKRLAAYLMLMRSPSQA 572
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  Fly   484 AALSECA-STGRSNRIRVAALHAFSKVKCEETLQSKSLELLKNRNEDSELRIEAYLSAISCPNAE 547

Human   573 DINKIVQILPWEQNEQVKNFVASHIANILNSEELDIQDLKKLVKEALKESQLPTVMDFRKFSRNY 637
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  Fly   548 VANQISEIVNSETVNQVGGFISSNLKAIRDSTDVSRDQQKYHLANIRVTKTFP--VDYRRYSFNN 610

Human   638 QL-YKSVSLPSLDPASAKIEGNLIFDPNNYLPKESMLKTTLTAFGFASADLIEIGLEGKGFEPTL 701
            :: ||..||    ...|..:..:|:..:.:||:.|.:..|...|| .:.::.|..:..:..|..|
  Fly   611 EVSYKLESL----GVGASTDYQIIYSQHGFLPRSSRINVTTEFFG-TNYNVFEASVRQENVEDVL 670

Human   702 EALFGKQGFFPDSVNKALYWVNGQVPDGVSKVLVDHFGYTKDDKHEQDMVNGIMLSVEKLIKDLK 766
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  Fly   671 EYYLGPKGL-----------VNKDFDEIVKLIEVGNNGVAAGGRARRSIVD----DVSKISKKYK 720

Human   767 SKEVPEAR-----AYLRILGEELGFASLHDLQLLGKLLLMGARTLQGIPQMIGEVIRKGS----- 821
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  Fly   721 MYGVKNVQDLNLDVSLKLFGSELAFLSLGD----------------NIPSSLDDIINYFSTSFEK 769

Human   822 --------KNDFFLHYIFMENAFELPTGAGLQLQISSSGVIAPGAKAGVKLEVANMQAELVAKPS 878
                    :..|..|::|::.....||..|:.|::.:.|..|......|.|::..:..:...|..
  Fly   770 AKQELSSFEKQFSSHHLFLDTDLAYPTSIGVPLELVAQGFAATKVDLAVSLDINAILEQNWQKAK 834

Human   879 VSVEFVTNMGIIIPDFARSGVQMNTNF-FHESGL----EAHVALKAGKLKFIIPS---------- 928
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  Fly   835 YRLKFVPSVDI------NANVQIGFNAQVLSTGLRVVSSAHSATGSDITVAVISDGEGFNVDLEL 893

Human   929 PKRPVKLLSGG--NTLHLVSTTKTEVIP----PLIENRQSWSVC--KQVFPGLNYCTSGAYSNAS 985
            |:..::|::..  ..|::....|.:.|.    ...:|.|...:|  :....|||.|
  Fly   894 PREKLELINFNVDTELYVAEQDKQKAIALKGNKKNKNSQPSEICFNQLELVGLNIC--------- 949

Human   986 STDSASYYPLTGDTRLELELRPTGEIEQ--YSVSATYELQREDRALVDTLKFVTQAEGAKQTEAT 1048
                     :...|.|.......|.:.:  .|||..:.|.|.....|    ::|       ||..
  Fly   950 ---------IKSSTSLSEVQAGNGNVAERGLSVSEKFHLSRPFNFAV----YLT-------TERK 994

Human  1049 MTFKYNRQSMTLSSEVQI----PDFDVDLGTILRVNDESTEGKTSYRLTLD-----------IQN 1098
            .|||........|.:.::    |...|...|.: |.:...:.||..||:.|           |.|
  Fly   995 FTFKGIHTQEAFSQKWKLDYSTPGSKVSHDTTV-VYELGNKPKTFSRLSFDNSQCHFAVEGGINN 1058

Human  1099 KKITEVALMGHLSCDTKEERKIKGVISIPRLQAEARSEILAHWSPAKLLLQMDSSATAYGSTVSK 1163
            .| .|:.:.|....| ||.:|.|...|             .:.:..|.|:::..:     :.:|.
  Fly  1059 DK-NELVVYGQYEQD-KEIKKSKIGFS-------------KNGNEYKPLIEIQDN-----NGISN 1103

Human  1164 RVAWHYDEEKIEFEWNTGTNVDTKKMTSNFPVDLSDYPKSLHMYANRLLDHRVPQTDMTFRHVGS 1228
            .:..::.:.||..:.|: .|::.... .||.|..|:   :.|
  Fly  1104 SINGYHADGKIVVKKNS-NNIERYNF-ENFQVSNSN---NAH----------------------- 1140

Human  1229 KLIVAMSSWLQKASGSLPYTQTLQ---DHLNSLKEFNLQ--------NMGLPDFHIPENLF---- 1278
               ||::.|....:.||  |..|:   ||...|.:.||:        ...:.|.|.|||::
  Fly  1141 ---VAVNGWSDVGTNSL--TSELRISLDHQTFLIKENLKLENGLYEAGFFINDEHSPENIYGSSI 1200

Human  1279 ----------LKSDGRV---------KYTLNK---------NSLKIEIPLPFGGKSSRDLKMLET 1315
                      ||::|:.         .:...|         .||...:.:.:..|....:|::..
  Fly  1201 HLTIADQSYALKTNGKAAAWSIGSDGSFNFQKLADSNSARAGSLVENVEIQYKNKQVGGIKIMSN 1265

Human  1316 VRTPALHFKSVGFHLPSREFQVPTFTI-----------------PKLYQLQVPLLGVLDLSTNVY 1363
            .....:   .|...: |||.::.:..:                 .|:.:..:.::...|.:.|||
  Fly  1266 FDVNKM---DVDVEI-SREQKIGSIIVKYESNQRHAQDYSLEASAKINKHSIDVISKCDFNGNVY 1326

Human  1364 ----SNLYNWSASYSGGNTSTDHFSLRARYHMKADSVVDLLSYNVQGSGET-----------TYD 1413
                |.:.:|....|........:|        |..:...:..|||.||:.           |.|
  Fly  1327 VVDNSLVTSWGTLLSAKGEIGQRYS--------AQDININIQGNVQISGKDKVTQWILKVIGTPD 1383

Human  1414 HKNT-FTLSCDGSLRHKFLDSN------IKFSHVEKLGNNPVS---------KGLLIFDAS---- 1458
            ..|: |.:|.|.|...|....:      |.|:.:..:..|.::         .|...|.||
  Fly  1384 KTNSDFRISRDTSELIKLTSESQHPQDKISFAKLNLIVKNQLTAKGEFRVAKNGKGDFTASIDTL 1448

Human  1459 -----------SSWGPQ-----MSASVHLDSKKKQHL----FVKEVKI------DGQFRVSSFYA 1497
                       |.:..|     :.||:.||.|:|.||    .::::|.      :...::.:|.|
  Fly  1449 KTEPKHKLEIESKFHIQSPKYDIDASLTLDGKRKVHLKSENTIEKLKFSTKNIGEANDKIIAFEA 1513

Human  1498 KGTYGLSCQRDPNTGRLNGESNLRFNSSYLQGT---NQITGRYEDGTLSLTSTSDLQSGIIKNT- 1558
            .|:             |.||  ||.|.. :|||   |...||..||:::...:::.:||:.:..
  Fly  1514 NGS-------------LKGE--LRGNGE-IQGTFIFNAPDGRVIDGSINRKISTNAKSGLSQGNI 1562

Human  1559 ---------ASLKYENYELTLKSD-TNGKYKNF-ATSNKMDMTFSKQNA----LLRSEYQADYES 1608
                     .|.|..:..|..|.| .|.|.|.| |.||.:...|:.:.:    .::.:...|.::
  Fly  1563 DAQLSDTPFGSNKKRSISLIGKLDRLNTKTKEFSANSNLVYTAFNGEKSEISYQIKQQPNGDAKN 1627

Human  1609 LRFFSLLSGSLNSHGLELN-----ADILGTDKINSGAHKATLRIGQDGISTSATTN--------- 1659
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  Fly  1628 IDF------SLKAYGNPLPQPFEIAFALGDYSAQHAVVSITSKYGEI-FSVSANGNYNNNQALEY 1685

Human  1660 -LKCSLLVLENELNA-ELGLSGASMKLTTNGRFREHNAKFSLDGKAALTELSL------GSA--- 1713
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  Fly  1686 GLQANIEIPKSTLKSLEINSHGKVLKSLIGNENAAYNVEFFLDSKTSLGQYARVNTVWNGTANDG 1750

Human  1714 ---YQAMILGVDSKNIFNFKV--SQEGLKLSNDMMG--------SYAEMKFDHTNSLNIAGLSLD 1765
               ::|....::|...||.|.  .|.|.....|:.|        .|.........||......:|
  Fly  1751 SYDFEAQTNNMESPLKFNGKYHRKQTGNIKDGDLTGKQTYVLNAQYGAQYVKMDASLGYGAEKVD 1815

Human  1766 FSSKLDNIYSSDKFYKQTVNLQ-LQPYS----LVTTL--NSDLKYNALDLT-------NNGKLRL 1816
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  Fly  1816 IAYVIDSSFDSVKDIK--VNIRTFKPLDDSTYVVTALFKQTDKSY-GLDTTFYHSAHKKGVDIRL 1877

Human  1817 EPLK---------LHVAGNLKGAYQ-------------NNEIKHIYAISSAALSASYKADTVAKV 1859
            :.||         ..:.|:.||...             |:|..:: :|....:..::.:..: |:
  Fly  1878 DLLKEKPIIISSIAELLGDRKGKVLFEILNLADLDIKINSEASYV-SIDEFYIIVNWSSKKL-KL 1940

Human  1860 QGVEFSHRLNTDIAGLASAIDMSTNYNSDSLHFSNVFRSVMAPFTMTIDAH---TNGNGKLALWG 1921
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  Fly  1941 DGYELEARA------------QSKNIKIQLKNENGIIFSGTATYALKKELNKTIIDGQGKVQYQG 1993

Human  1922 EHTGQLYSKFLLKAEPLAF------TFSHDYKGSTSHHLVSRKSISAALEHKVSALLTPAEQTGT 1980
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  Fly  1994 K---ALSGNFKLTRQHFDFGTDREVGFSYTFMG----NLGSKNGL------------------GT 2033

Human  1981 WKLKTQFNNNEYSQDLDAYNTKDKIGVELTGRTLADLTLLDSPIKVPLLLSEPINIIDALEMRDA 2045
            .|:    .|.|       :|||              .::.:...:...|:.:.|..||..:: ||
  Fly  2034 LKI----TNKE-------FNTK--------------FSVCEEKRQCTNLIVQSIVSIDEQKL-DA 2072

Human  2046 VEKPQEFTIVAFVKYDKNQDVHSINLPFFETLQEYFERNRQTIIVVLENVQRNLKH-INIDQFVR 2109
            |    |.|.:..|      |:.....|:      .||...|       |.::.||: .::|.|:
  Fly  2073 V----EHTTLIIV------DLRDFGYPY------EFELKSQ-------NTRQGLKYQYHLDSFI- 2113

Human  2110 KYRAALGKLPQQANDYLNSFNWERQVSHAKEKLTALTKKYRITENDIQIALDDAKINFNEKLSQL 2174
                      ...|::...|....|.:.:..|| ||.|:..:.|...:|..|.:...   :..|.
  Fly  2114 ----------ITGNNFKYQFTANVQPTSSTIKL-ALPKRQILFETTQKIPADGSLFG---RYEQT 2164

Human  2175 QTYMIQFDQYIKDSYDLHDLKIAIANIID----EIIE-----KLKSLDEHYHIR----------- 2219
            .::.|       |.....|.....:.|:|    |.:.     |||.  ||..||
  Fly  2165 ASFFI-------DKLQKPDDVARFSAIVDVTGTERVAFNANGKLKF--EHPTIRPLSISGQLNGD 2220

Human  2220 ----VNLVKTIHDLHLFIE-----NIDFNKSGSSTASWIQNVDTKYQIRIQIQEKLQ-----QLK 2270
                :...:.|.|:....|     |.:...|.|.....|..:.|.....:|.|.::.     .::
  Fly  2221 VNQQIASAEVIFDIFRLPEQKVVGNSELRNSRSQNGFNIAYITTVKSAGLQFQYQINSNAAVDIE 2285

Human  2271 RHIQNIDIQHLAGKLKQHIEAIDVRVL--LDQLGTTISFERINDILEHVKHFVINLIGDFEVAEK 2333
            .|..||.::...|:       |||:.:  |::....||....|      || :|.::|||.....
  Fly  2286 AHEYNIGLELNNGE-------IDVKAISFLNKEKFEISLSESN------KH-IIYIVGDFSKQNH 2336

Human  2334 INAFRAKVHELIER--YEVDQQIQVLMDKL-------------VELAHQYKL------KETIQ-- 2375
            ......|| :::::  .|:..::|....|:             |:|..::|:      |:...
  Fly  2337 YAKLNTKV-QILDKNPIEITSEVQPNSAKIILKRQDFIDGTAEVKLGKEFKVDVIGSGKQLFNGR 2400

Human  2376 ---KLSNVLQQVKIKDYF---EKLVGF---IDDAVKKLNEL---SFKTFIEDVNKFLDMLIKKLK 2428
               ..:|.||    .:||   :.|.||   ::..:.|.:|.   :.|..::...:..|.::|..|
  Fly  2401 VALDATNFLQ----TNYFINEDHLNGFWHIVESEINKDSEYISENIKERLKKSRQVTDKIVKLAK 2461

Human  2429 SF--DYH----QFVDETNDKIREVTQRLNGEIQALELPQKAEALKLFLEETKATVAVYLESLQD- 2486
            ..  |:.    :.:|..||.::|:                         |...::|..::.::.
  Fly  2462 EAGPDFSKLQGKLLDYKNDIVQEL-------------------------EADQSIAPIIDGIRTL 2501

Human  2487 -TKITLIINWLQEALSSASLAHMKAKFRETLEDTRDR---MYQMDIQQELQRYLSLVGQVYSTLV 2547
             .||..|::.:.:|:|     .:..|.::::.|..|:   :::..:.:..:.::..|.::.|||.
  Fly  2502 FKKIAGIVDDINKAIS-----EILEKAQKSIVDIYDKLQALWKDSLLKAWEDFIITVQKLISTLK 2561

Human  2548 TYISDWWTLAAKNLTDFAEQY--SIQDWAKRMKALVE-----------------QGFTVPEIKTI 2593
            |......|.:.|:|....|:|  :::::.|.:..:|:                 :|.| .|.|..
  Fly  2562 TEFIKICTQSFKDLLSALEKYGPALKNYGKAIGEIVKPINDAAQEVIKIVVNAAEGVT-HEFKQY 2625

Human  2594 LGTMPAFE----------VSLQALQKATF-------------QTP---DFIVPLTDLRIPSV--- 2629
            :.::|:||          ..|:..:|||.             |||   :|:..|.|..|..:
  Fly  2626 VASLPSFESIRNEFNDKVKVLKLFEKATELTNSLFDQINILPQTPETSEFLQKLHDYLIAKLKQE 2690

Human  2630 ------------QINFKDLKNIKIPSRFSTPEFTILNTFHIPSF---------TIDFVEMKVKII 2673
                        |:..|.:::|.:..|.:.|.    ::.|:..|         :.|.:.:...|:
  Fly  2691 HIDNEKYIEELGQLLIKAVRSIWVSIRSTYPG----SSDHVIDFQSWIGSLTHSFDSLAVLPSIL 2751

Human  2674 RTIDQMLNSEL--QWPVPDIYLRDLKVEDIPLARITLPDFRLPEIAIPEFIIPTLNLNDFQVP-- 2734
            .....:||..|  .|.|  ::.:.|.     .:.|...||.|....:....|.|.:..:|..|
  Fly  2752 SFRSSILNCLLNENWDV--VFNKKLL-----YSWIFFNDFELRGHVVDGKHIFTFDGLNFAYPGN 2809

Human  2735 -DLHIPEFQLPHISHTIEVPTFGKLYSI-----------------LKIQSPL------------- 2768
             ...:.:..:.:....|...|.|||.||                 ||:...|
  Fly  2810 CKYILAQDSVDNNFTIIGQLTNGKLKSITLIDREGSYFEVADNLALKLNGNLVEYPQHLSGLHAW 2874

Human  2769 ---FTLDANADIGNGTTSANEAGIA-ASITAKGESKLEVLNFDFQANAQLSNPKINP----LALK 2825
               :|:...::.|.|....::..:. .:|.....||...|         |.|....|    |.:.
  Fly  2875 RRFYTIHLYSEYGVGIVCTSDLKVCHININGFYTSKTRGL---------LGNGNAEPYDDFLLID 2930

Human  2826 ESVKFSSKYLRTEHGSEMLFFGNAIEGKSNTVASLHTEKNTLELSNGVIVKINNQLTLDSNTKYF 2890
            .::..:|..|..::|....   .|||..:|...|...::...||.........|.:||||. .|.
  Fly  2931 GTLAENSAALGNDYGVGKC---TAIEFDNNQFKSSKRQEMCSELFGIESTLAFNFITLDSR-PYR 2991

Human  2891 HKLNIPKLDFSSQADLRNEIKTLLKAGHIAWTSSGKGSWKWAC--PR------------FSDEGT 2941
            ...:|.   .:..|:...|......|  :|:.|:.|...||..  ||            |.||.|
  Fly  2992 KACDIA---LAKVAEKEKEATACTFA--LAYGSAVKQINKWVLLPPRCIKCAGPAGQHDFGDEFT 3051

Human  2942 -----HESQISFTIEGPLTSFGLSNKINSKHLRVNQNLVYESGSLNFSKLEIQSQVDSQHVGHSV 3001
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  Fly  3052 VKLPNNKVDVVFVVDINVTPGVLSNLIAPAINDIRESL----RSRGFSDVQV------------- 3099

Human  3002 LTAKGMALFGEGKAEFTGRHDAHL---NGKVIGTLKNSLFFSAQPFEITASTNNEGNLKVRFPLR 3063
                |:.:|.|     |.|:.|.|   .||:                     |.:||:.   .::
  Fly  3100 ----GVIVFEE-----TKRYPALLTSDGGKI---------------------NYKGNVA---DVK 3131

Human  3064 LTGKIDFLNN--------------------YALFLSPSAQQASWQVSARFNQYKYNQNFSAGNNE 3108
            |.|...|.:|                    ....::|.|.:.::|::..:       .|.||..:
  Fly  3132 LAGIKSFCDNCVEQIITEKRILDIYNSLKEIVKGIAPQADEKAFQLALDY-------PFRAGAAK 3189

Human  3109 NIMEAHVGINGEANLD------FLNIPLTIPEMRLPYTII-TTPPLKDFSLWEKTGLKEFLKTTK 3166
            :|    :|:..: :|:      |:...||....:....:| ...|:|..||  :..|.|.|....
  Fly  3190 SI----IGVRSD-SLEYKNWWKFVRAQLTGSITKFDGALIHLIAPVKGLSL--EGVLSEKLIGFN 3247

Human  3167 QSFDLSVKAQYKKNKHRHSITNPLAVLCEFISQ------SIKSFDRHFEKNRNNALDFVTKSYNE 3225
            .....:|..:..|.:.:....|.:.:  :|:..      :.::|::....::...|:.:|.|..:
  Fly  3248 SRLVATVDGKDSKKRTKLQFDNDMGI--DFVLNNGGWVFATQNFEKLKASDQKKMLNQITSSLAD 3310

Human  3226 TKIK 3229
            |..|
  Fly  3311 TLFK 3314

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
APOB	NP_000375.3	Heparin-binding	32..126		22/100 (22%)
		Vitellogenin_N	46..597	CDD:460170	123/570 (22%)
		Heparin-binding	232..306		15/76 (20%)
		Vit_open_b-sht	632..937	CDD:462702	69/338 (20%)
		Heparin-binding	902..959		12/77 (16%)
		DUF1081	960..1071	CDD:461916	23/118 (19%)
		OM_channels	1448..>1865	CDD:473880	116/548 (21%)
		Heparin-binding	2043..2178		28/135 (21%)
		235kDa-fam	<2060..>2490	CDD:130673	93/509 (18%)
		Heparin-binding	3161..3236		11/75 (15%)
		Basic (possible receptor binding region)	3174..3184		1/9 (11%)
		LDL receptor binding	3373..3393
		Heparin-binding	3383..3516
		Basic (possible receptor binding region)	3386..3394
		ApoB100_C	4494..4550	CDD:463606
apolpp	NP_524634.2	Vitellogenin_N	43..573	CDD:460170	122/569 (21%)
		Vit_open_b-sht	605..902	CDD:462702	69/338 (20%)
		DUF1081	931..1044	CDD:461916	30/142 (21%)
		VWD	2789..2931	CDD:214566	25/150 (17%)