Protein Alignment GluRIIB and grid1b

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523485.3
• Gene: GluRIIB / 33789
• FlyBaseID: FBgn0020429
• Length: 913
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_009304811.1
• Gene: grid1b / 557511
• ZFINID: ZDB-GENE-121214-84
• Length: 1048
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 971
• Identity: 225/971 - (23%)
• Similarity: 406/971 - (41%)
• Gaps: 149/971 - (15%)

  Fly     7 LVLLALAI--ASGANEDTLVIKIGAIFFDTEMKLADAFSAALEEVNAINPALKLDAIK---RYVT 66
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Zfish     5 IICLSFGILQCSSAGADS-IIHIGAIFEENAARDDEVFQLAISDLSLNDDILQSEKITHSIKYIE 68

  Fly    67 VDDSIVLQDISCDLIGSGVAAIFGPSSKTNSDIVEVLCNMTGIPHLQFDWHPQQSNRERMNHQLT 131
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Zfish    69 PNNPFQAVQEACELMTQGILALVTSTGCASASALQSLTDAMHIPHLYVQRNAEGSPRTACQ---- 129

  Fly   132 VNVAP-MELFLSAA-----FSDILASKTFD--WKSFTIAYERSSHLIRLQHILAWKQLHKAGIKM 188
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Zfish   130 LNPSPDGERYTLAARPPVRLGDVMLTLVGELRWQKFIVFYDSDYDIRGLQVFLDQTSRQGLDVSL 194

  Fly   189 QEFERGDD--YRILW-----KRINNARE---KFVLLDCPSDILVDVINASIGYNMTGSFNHLFLT 243
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Zfish   195 QRVDRNISGVFSSLFTSMRTEELNRYRDTLRRAILLLSPRGAQV-FIHQAVETNLASKDSHWVFV 258

  Fly   244 N---LDTHLSGIDGFYSRDFTVAVAAVRIRTYVPPPVHDEIDVFDNSVDTRFSSL---------- 295
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Zfish   259 NEEISDTEILELAHSSLGRMTV------VRQIFPLWRDSSVSCMRNS--HRISSLLCDPQEGYLQ 315

  Fly   296 ----GSQLVYDSIVLFYNALL-EISQRPGFYIPNFSCGRGF---WQPGPRLVE--QMKQITPKMV 350
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Zfish   316 SLEVSNLYLYDSVLMLANAFYRKLEDRKWHSMASLNCIRKSTKPWNGGWSMLETIQKGRITGLTG 380

  Fly   351 KPPFKTQRLQINADGQREDFNL------EVYNPIIDRVTHIWNKEFQLVDFEKLRENSTQALKQK 409
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Zfish   381 IMDFME-----NGSNSHVQFEILGTSFSETFGKDIKRLA-TWDSVHGL----------NGSLKES 429

  Fly   410 RLQNKEDFSQKPIRYTVATRVGKPYFSWREEPEGVHYEGNERFEGYAVDLIYMLAQECKFDFNFE 474
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Zfish   430 RIEN----GMQGVTVKVVTLLEDPFVMVAENILG----QPKRYKGFSIDVLEALAKILGFKYDIY 486

  Fly   475 PVRDNKYGSYDANTDEWDGIIRQLIDNNAQIGICDLTITQARRSVVDFTVPFMQLGISILSYKEP 539
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Zfish   487 QVADSKYGSQLSN-GSWNGMIGELINKRADLAVSAITITPERENVVDFSKRYMDYSVGIL-HRKP 549

  Fly   540 PPKADIYAFLNPYNAEVWLFVMIAMMITAFALIFTGRIDQYEWDQPVENVNREMERQNIWHLSNA 604
            ..|.:|::...|::..||..:..|:.:....:....|:.......| ...:......|..|  :|
Zfish   550 EEKINIFSLFAPFDLAVWACIAAAIPVVGVLIFLLTRMQMLRSQNP-PGAHHASSMSNSLH--SA 611

  Fly   605 LWLVLGSMLNQGCDLLPRGLPMRLLTAFWWIFALLISQTYIAKLAAFITSSKIAGDIGSLHDLVD 669
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Zfish   612 IWIVYGAFVQQGGDSVVGSVALRIVMGSWWLFTLIVCSSYTANLAAFLTVSRMDNTIRTFQDLAR 676

  Fly   670 QNKVQFGTIRGGATSVYFSESN----DTDNRMA--WNKMLSFKPDAFTKNN---------EEGVD 719
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Zfish   677 QMDFAYGTVRDSAVYDYFKAKGTNPLEQDSTYAELWR--------TISKNNGQDFSVSSPSEGIR 733

  Fly   720 RVKLSKGTYAFLMETTNLQY--YVQRNCELTQIGESFGEKHYGIAVPLNADFRSNLSVGILRLSE 782
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Zfish   734 KAK--KGPYAFLWDMAVVEYAALTDDDCTITVSGNSMSSKGYGIAMQHGSPYRDLISQKILELQE 796

  Fly   783 RGELFKLRNKWFNSNESTCDSNVPT---IDDGQFDMDSVGGLFVVLIVGVVVGLVIGVAEFLWHV 844
            :|:|..|:.||: .....||.|..:   .|.....:.|..|:|.:|..|:::..::...|..|:.
Zfish   797 KGDLDVLKQKWW-PRTGRCDLNSHSNAQPDGRSLKLHSFAGVFCILAAGLLLACLVAALEMWWNS 860

  Fly   845 QRISVKEKIPPMLALKAEFYFVIRFWLTRKPLHTYRQSRDSTSTGYSSLEQITSASSAKKK 905
            .|  .:::.|                  ::....||.:|.|....|:   .|.:|||...|
Zfish   861 NR--CRQEQP------------------KEVTKDYRLARVSGPLTYN---DIATASSEGSK 898

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIB	NP_523485.3	PBP1_iGluR_Kainate	26..387	CDD:380605	78/410 (19%)
		PBP2_iGluR_Kainate	422..795	CDD:270432	112/389 (29%)
grid1b	XP_009304811.1	PBP1_iGluR_delta_1	25..426	CDD:380615	80/429 (19%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	437..809	CDD:473866	112/391 (29%)