Protein Alignment GluRIIA and grid1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_021323097.2
• Gene: grid1a / 793756
• ZFINID: ZDB-GENE-120411-28
• Length: 1044
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 887
• Identity: 225/887 - (25%)
• Similarity: 399/887 - (44%)
• Gaps: 126/887 - (14%)

  Fly    32 ITVGAIFYENEKEIELSFDQAFREV---NNMKFSELRFVTIKRYMPTNDSFLLQQITCELISNGV 93
            |.:||||.:|....:..|..|..::   :::..||....:||...| |:.|...|..|||::.|:
Zfish    24 IHIGAIFEQNAIRDDEVFQLAISDLSLNDDILQSERITHSIKLIEP-NNPFQAVQEACELMNQGI 87

  Fly    94 AAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEAT-RQE-QLN-----HQMSINVAPSLSVLSR 151
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Zfish    88 LALVSSTGCAAANALQSLTDAMHIPHLFIQRNGDGTPRAECQLNPSPDGERYTLAARPPVR-LND 151

  Fly   152 AYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLM----------NIQALNSDYVK----------LR 196
            ....:: |...|..|.:.|::...:..|:..:          ::|.::.:..|          :.
Zfish   152 VMITLV-SELRWHKFIVFYDSEYDVRGLRGFLDQASRMGLDVSLQQVDRNVTKVFSTLFSTMRME 215

  Fly   197 NLADYADDYRILWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSGL 261
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Zfish   216 ELNRYRDTLR-------------RAILLLSPRTAQVFIHQAVETNLASKDSHWVYANEEVSDTEI 267

  Fly   262 RDIYNEDFKANITSVRLKVV--------DAN-PFERKKTRLTKV-----DQILGNQTMLPILIYD 312
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Zfish   268 MELVHSALG------RMTVIRQIFPLWRDTNIRCMRNNHRISSLLCDPQEGYLQSLEVSSLYLYD 326

  Fly   313 AVVLFASSARNVIAAMQPFHPPNRHC--GSSSPWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMKLDE 375
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Zfish   327 SVLMLANAFYRKLEDRKWHSMASLNCMRKSTKPWNGGWSMLD---TIQKGRISG--LTGLMDFRS 386

  Fly   376 YGQRIHFNLEIYKPTVNEP-------MMVWTPDNGIKKRLLNLELESAGTTQDFSEQRKVYTVVT 433
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Zfish   387 NGANSHVQFEILGTSYSETFGKDVKRLATWDSDRGLNGSLRE-------NRADHGMQGITLKVVT 444

  Fly   434 HYEEPYFMMKEDHENFRGREK-YEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKY-NPETK-QWDGI 495
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Zfish   445 LLEEPFVMVA---ENILGQPKRYKGFSIDVLDALAKILGFKYEMYQV-ADAKYGSPQANGSWNGM 505

  Fly   496 IRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIY 560
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Zfish   506 IGELIGKRADVAISAITITPERENVVDFSKRYLDYSVGILMTKT-EERLNIFSLLAPFDLAVWA- 568

  Fly   561 MIFAQLIMTLAFVFIAR--LSYREWLPPNPAIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGCDILPR 623
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Zfish   569 CIAAAIPVVGVMVFLLRRVQSVRSQNPPGP--HQPASVTT--SFQSAIWIVYGAFVQQGGESFMS 629

  Fly   624 GPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHFGSMRGGSTSLFF 688
            ...:||..|.||.|.|::.|:|||||||:||.::..::|::.|||.:|.::::|::|..:...:|
Zfish   630 SMALRIAMGSWWLFTLIVCSSYTANLAAYLTVSRMDNAIRTFQDLSKQSEINYGTVRESAVFEYF 694

  Fly   689 SE------SNDTDYQRAW-----NQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYN- 741
            ..      ..|:.:...|     ||.:|   ::.||. .||:.:|:::.  ||||.:...|.|.
Zfish   695 RVKGTNPLEQDSTFAELWRTINKNQGQD---NSVTSP-AEGIRKVKRDP--YAFLWDMAVLEYAA 753

  Fly   742 -IERNCDLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNVTCD-- 803
             .:.:|.|...|..:..|.||||:..||.||...|..||.|.|:|:|..:|.|||.... .||
Zfish   754 LTDDDCTLVVTGNGMSSKGYGLALQHGSPYRDLFSQKILDLQEKGDLDILKQKWWPRKG-RCDLD 817

  Fly   804 --SYHEVDGDELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLWN 843
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Zfish   818 KHAEPQTEGRALRLHSFAGVFCILAAGLLLACLVAALESWWN 859

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	80/424 (19%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	126/387 (33%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	91/291 (31%)
grid1a	XP_021323097.2	None