Protein Alignment GluRIIA and grin3ba

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_021323058.1
• Gene: grin3ba / 566411
• ZFINID: ZDB-GENE-070912-354
• Length: 1118
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1021
• Identity: 223/1021 - (21%)
• Similarity: 390/1021 - (38%)
• Gaps: 226/1021 - (22%)

  Fly    32 ITVGAIF-YENEKEIELSFDQAF----REVNNMKFSELRFVTIKRYMPTNDSFLLQQITC-ELIS 90
            :.:||:. ...:..|:.:.::|.    :..||.....|....:.|.....|...:.:..| :::.
Zfish    44 VRLGALLPTRQQSRIQGALNRALVHLRQSGNNFLPYNLSLEVLSREPLNGDPESMFRCVCQDIVV 108

  Fly    91 NGVAAIFG-PSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEATR-QEQLNHQMSINVAPS-LSVLSRA 152
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Zfish   109 QGVSAVLAFPQSHEELIQVEFMSSFLEIPFISIIEQGEPLKTQNRFHLQMMTRMPPSGLSDLLLA 173

  Fly   153 YFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEG--LARLQDLMNIQALNSD--------YVKLRNLADYADDYRI 207
            .  :::..::....|:   .|.|  ...|::|.....|..|        .:.|..|.:...:.::
Zfish   174 V--LLRGGWQGGAATV---CPGGGNTGMLEELQQRGHLGLDGAHWHLWETLNLSRLEENISEDKV 233

  Fly   208 ------LWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQG--PFRNWFLTH---LDTHNS-- 259
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Zfish   234 MELLSQLLSRTPSAPASSVVLFGSDPECTATVLHCA--HQLSGTLPPMHWIMGYPLSLDSLHSIG 296

  Fly   260 ---GLRDIYNEDFKANITSVRLKVVDANP--FERKKTRLTKVDQILGNQTMLPILIYDAVVLFAS 319
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Zfish   297 SPLGLM-AYGE-------------VNRKPLNFYIRDTL-----QLIGR-----------AVYAAT 331

  Fly   320 SARNVIAAMQP----FHPPNRHCGSSSPWMLGAFIVNEMKT--ISEDDVEPHFKTENMKLDEYGQ 378
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Zfish   332 MVRPDLALIQNMVNCFDKPNKHELPSSGQYLARFLSNTSFTGLTGPVRVERSFSRVLT-----SQ 391

  Fly   379 RIHFNLEIYKPTVNEPMMV----WTPDNGIKKRLLNLELESAGTTQDFSEQRKV----------- 428
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Zfish   392 RFHI-WSLQRDPLGQPSWVTVASW--QSG------RLELEEQGLWPGVTQHQREDGPGIRLGGRW 447

  Fly   429 ----------YTVVTHYEEPYFMMKE-DHEN----------------------FRGREKYE---- 456
                      ..|||..|.|:...:| |.|.                      ||..|:..
Zfish   448 QAGLPVAGSRLRVVTLVEHPFVFTREVDEEGQCPAGQLCLDPQTNNSEVLNQLFRELEQTNSSSL 512

  Fly   457 ---------GYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKYNP-ETKQWDGIIRKLIDHHAQIGVCDL 511
                     ||.:||:.||:|.|.|:::..|| |:|||.. :..:|.|::..|:...|.:.|...
Zfish   513 PTDMRKCCYGYCIDLLEKLAEDMHFEFDLYIV-GDGKYGAWKGGRWSGLVGDLLSGVADMAVTSF 576

  Fly   512 TITQMRRSVVDFTVPFMQLGISIL-HYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIYMIFAQLIMTLAFVFI 575
            :|...|..|:|||.||....:.|| ..|....|..  ||:.|....:|: .||..|.:|..|:
Zfish   577 SINSARSRVIDFTSPFFSTSLGILVRSKDTAAPIG--AFMWPLHWSMWV-GIFVALHITALFI-- 636

  Fly   576 ARLSYREWLPPNPAIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGCDILPRGPHM---RILTGMWWFF 637
               :..||  .:|....|.....|...:.|:.|.:...:..|..:..:.|..   |.|..:|..|
Zfish   637 ---TLYEW--NSPFGMTPHGRNRIRVFSYSSALNLCYAILFGRTVASKTPKCWTGRFLMNLWAIF 696

  Fly   638 ALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVH-------FGSMRGGSTSLFFSESNDTD 695
            .|::||:|||||||.:...|....:..:.|:    |:|       ||::|         ||:..|
Zfish   697 CLLVLSSYTANLAAVMVGEKTFEEVSGIHDV----KLHHPSLGFRFGTVR---------ESSAED 748

  Fly   696 Y-QRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGY-AFLMETTSLTY--NIERNCDLTQIGEQIG 756
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Zfish   749 YVKKSFPEMHEYMRRFNKPTTPDGVSTLKTDPPQLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFA 813

  Fly   757 EKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNVTCDS--YHEVDGDELSIIELG 819
            .:.||:.:|..|....|:|..:.:....|.:..:.:||:|  .|.|..  :...:..::.|....
Zfish   814 IEGYGIGLPQNSPLTRNVSEYVSRYKSDGYMDMLHDKWYK--VVPCGKRVFAVTETLQMGIQHFS 876

  Fly   820 GVFLVLAGGVLIGVIL------GIFEFLWNVQNVAVEERVTPWQAFKAELIFALKFWVRKKPMRI 878
            |:|::|..|| .|.:|      ..|.|:  :.::..::|...|.....::..|:......:....
Zfish   877 GLFVLLCVGV-AGALLTLLGEHAFFRFI--LPHLRHQQRFKYWLHTSQKIHRAINMGCDDERKSE 938

  Fly   879 SSSSDK------------------SSSRRSSGSRRSSKEKSRSKTV 906
            :.|||:                  |||..|:.|..::..|..:::|
Zfish   939 AESSDRCPTLCLSENCNLHRLPPSSSSPPSTSSTSTTTTKWNNQSV 984

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	84/418 (20%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	108/442 (24%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	69/288 (24%)
grin3ba	XP_021323058.1	Periplasmic_Binding_Protein_type1	36..427	CDD:471960	89/433 (21%)
		PBP2_iGluR_NMDA_Nr3	457..852	CDD:270438	107/418 (26%)
		Lig_chan	618..885	CDD:459656	69/289 (24%)