Protein Alignment GluRIIA and grik2

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001410875.1
• Gene: grik2 / 556013
• ZFINID: ZDB-GENE-080414-1
• Length: 908
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 940
• Identity: 294/940 - (31%)
• Similarity: 473/940 - (50%)
• Gaps: 118/940 - (12%)

  Fly    12 IIIIGFLEGIIALGGDDRNEITVGAIFYENEK----EIELSFDQAFREVNN----MKFSELRFVT 68
            ::.:|:..|:       .:.:..|.||...|.    ..||:|..|...:|.    :..:.|.: .
Zfish    23 LLCVGYSHGM-------PHVLRFGGIFESIESGPSGAEELAFKFALNTINRNRTLLPNTTLTY-D 79

  Fly    69 IKRYMPTNDSFLLQQITCELISNGVAAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEATRQEQ 133
            |:| :..:|||...:..|:.:|.|||||||||..::::.|..|.||.|:|||          |.:
Zfish    80 IQR-INIHDSFEASRKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHI----------QTK 133

  Fly   134 LNHQMS-------INVAPSLSVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSD 191
            ..||:|       :|:.|..|.||||..:::.. ::|:|.|::|:...||.|||:|:...:..:.
Zfish   134 WKHQVSDNRDSFYVNLYPDFSSLSRAILDLVHF-FKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNI 197

  Fly   192 YVKLRNLADYADDYRILWKE--TDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHL 254
            .:|:|.|.....|.:.|.||  ..:.||   :|.||..:....:||.::...:...:.::..|.|
Zfish   198 RLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFH---VIFDCGHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTL 259

  Fly   255 DTHNSGLRDIYNEDFKANITSVRLKVVDANPFERKKTRLTKVDQIL------------------- 300
            |.            |..::...|...|:...|....|..::|..|:
Zfish   260 DL------------FALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENSQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLL 312

  Fly   301 -GNQTMLPILIYDAV----VLFASSARNVIAAMQPFHPPNRHCGSSSPWMLGAFIVNEMKTISED 360
             |..|....|:||||    |....|.:..::::|        |....||..|...:..:|....|
Zfish   313 DGFMTTDAALMYDAVHVVAVAVQQSPQITVSSLQ--------CNRHKPWRFGNRFMTLIKEAHWD 369

  Fly   361 DV--EPHFKTENMKLDEYGQRIHFNLEI--YKPTVNEPMMVWTPDNGIKKRLLNLELESAGTTQD 421
            .:  ..:|...|      |.|..|:|::  .|....|.:..|.|.:|     ||:.....|.|.:
Zfish   370 GLTGRINFNRTN------GLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASG-----LNMTENQKGKTAN 423

  Fly   422 FSE--QRKVYTVVTHYEEPYFMMKEDHENFRGREKYEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGK 484
            .::  ..:...|.|..||||.|.|:..:...|.:::|||.|||:.:|:.::.|.||..:|. :|:
Zfish   424 VTDSLSNRSLVVSTILEEPYVMFKKSDKPLYGNDRFEGYCVDLLRELAAILGFGYELRLVE-DGR 487

  Fly   485 YNPETK---QWDGIIRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQ 546
            |..:.:   ||:|::|:|:||.|.:.|..|.||.:|..|:||:.|||.||||||:.|........
Zfish   488 YGAQDESSGQWNGMVRELMDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGV 552

  Fly   547 FAFLEPFAVEVWIYMIFAQLIMTLAFVFIARLSYREWLPPNPAIQDPDELENIWNVNNSTWLMVG 611
            |:||.|.:.::|:|::.|.|.::.....|||.|..||..|:|...|.|.:||.:.:.||.|..||
Zfish   553 FSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVG 617

  Fly   612 SIMQQGCDILPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHF 676
            ::||||.:::|:....||:.|:||||.|:::|:||||||||||..:.:|.|.|..||.:|.|:.:
Zfish   618 ALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEY 682

  Fly   677 GSMRGGSTSLFFSESNDTDYQRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYN 741
            |.:..|||..||.::..:.|.:.|..|.....|....:.:||:.||.  ...||||||:|::.:.
Zfish   683 GVVEDGSTMTFFKKTKISTYDKMWEFMSSRRHSVMVKSIEEGIERVL--TSDYAFLMESTTIEFV 745

  Fly   742 IERNCDLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNVTCDSYH 806
            .:|||:|||||..|..|.||:..|:||.||..::::||||.|.|:|..||.|||:.:.  |....
Zfish   746 TQRNCNLTQIGGLIDSKAYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNG--CPEEE 808

  Fly   807 EVDGDELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLW-NVQNVAVEERVTPWQAFKAELIFALKFW 870
            ..:...|.:..:||:|:|||.|:::.|.:.:.|||: :.||..:|:| :...|...||..:||..
Zfish   809 NKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKQNAQLEKR-SFCSAMVDELRVSLKCQ 872

  Fly   871 VRKK-----PMRISSSSDKSSSRRSSGSRR 895
            .|.|     |:.:  .:|:..:..:...||
Zfish   873 RRLKHKPQPPVMV--KTDEVINMHTFNDRR 900

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	106/416 (25%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	153/372 (41%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	110/272 (40%)
grik2	NP_001410875.1	PBP1_iGluR_Kainate	37..414	CDD:380605	108/423 (26%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	430..800	CDD:473866	153/372 (41%)