Protein Alignment GluRIIA and Gria3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_058582.4
• Gene: Gria3 / 53623
• MGIID: 95810
• Length: 888
• Species: Mus musculus
• Alignment Length: 898
• Identity: 282/898 - (31%)
• Similarity: 448/898 - (49%)
• Gaps: 110/898 - (12%)

  Fly    11 FIIIIGFLEGIIALG---GDDRNEITVGAIFYENEKEIELSFDQAFREVN-NMKFSELRFVTIKR 71
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Mouse    10 FFLVLGL------LGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNTNQNTTEKPFHLNYH 68

  Fly    72 --YMPTNDSFLLQQITCELISNGVAAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEATRQEQL 134
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Mouse    69 VDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGALHTSFVTPSFPTDA------ 127

  Fly   135 NHQMSINVAPSL--SVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDYVKLRN 197
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Mouse   128 DVQFVIQMRPALKGAILS------LLGYYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEAAVQNNWQVTARS 186

  Fly   198 LADYAD--DYRILWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSG 260
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Mouse   187 VGNIKDIQEFRRIIEEMDRR-QEKRYLIDCEVERINTILEQVV---ILGKHSRGY--HYMLANLG 245

  Fly   261 LRDIYNEDFK---ANITSVRLKVVDANP----FERKKTRLTKVDQILGNQTML---PILIYDAVV 315
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Mouse   246 FTDIVLERVMHGGANITGFQI-VNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKNAPLKYTSALTHDAIL 309

  Fly   316 LFASSARNVIAAMQPFHPPNRHCGSSS--------PWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMK 372
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Mouse   310 VIAEAFRYL--RRQRVDVSRR--GSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKMVQVQGM-----TGNIQ 365

  Fly   373 LDEYGQRIHFNLEIYKPTVNEPMMVWTPDNGIKK--------RLLNLELESAGTTQDFSEQRKVY 429
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Mouse   366 FDTYGRRTNYTIDVYEMKV----------SGSRKAGYWNEYERFVPFSDQQISNDSSSSENRTI- 419

  Fly   430 TVVTHYEEPYFMMKEDHENFRGREKYEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKY---NPETKQ 491
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Mouse   420 VVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIV-GDGKYGARDPETKI 483

  Fly   492 WDGIIRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVE 556
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Mouse   484 WNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYE 548

  Fly   557 VWIYMIFAQLIMTLAFVFIARLSYREW-------LPPNPAIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIM 614
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Mouse   549 IWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDP--QSPPDPPNEFGIFNSLWFSLGAFM 611

  Fly   615 QQGCDILPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHFGSM 679
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Mouse   612 QQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTL 676

  Fly   680 RGGSTSLFFSESNDTDYQRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIER 744
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Mouse   677 DSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQR 741

  Fly   745 N-CDLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWW--KNHNVTCDSYH 806
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Mouse   742 KPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALRTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGS 806

  Fly   807 EVDGDELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLW-------------NVQN 846
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Mouse   807 KDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMMVALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQN 859

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	90/396 (23%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	165/382 (43%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	116/282 (41%)
Gria3	NP_058582.4	PBP1_iGluR_AMPA_GluR3	29..403	CDD:380610	92/411 (22%)
		PBP2_iGluR_AMPA	416..799	CDD:270433	166/386 (43%)