Protein Alignment GluRIIA and Gria1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_113796.1
• Gene: Gria1 / 50592
• RGDID: 621531
• Length: 907
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 882
• Identity: 263/882 - (29%)
• Similarity: 444/882 - (50%)
• Gaps: 102/882 - (11%)

  Fly     8 IYAFIIIIGFLEGIIALGGDDRNEITVGAIFYENEKEIELSFDQAFREVNN--MKFSELRFVTIK 70
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  Rat     4 IFAF-FCTGFLGAVV--GANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNI- 64

  Fly    71 RYMPTNDSFLLQQITCELISNGVAAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEATRQEQLN 135
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  Rat    65 -----SDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDT------S 118

  Fly   136 HQMSINVAPSLSVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDYVKLRNLAD 200
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  Rat   119 NQFVLQLRPE---LQEALISII-DHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQRVLDTAAEKNWQVTAVNILT 179

  Fly   201 YADD-YRILWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSGLRDI 264
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  Rat   180 TTEEGYRMLFQDLEKK-KERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANL-----GFMDI 238

  Fly   265 YNEDFK---ANITSVRL----KVVDANPFERKKTR----LTKVDQILGNQTMLPILIYDAVVL-- 316
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  Rat   239 DLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDSRDHTRVDWKRPKYT--SALTYDGVKVMA 301

  Fly   317 --FASSARNVIAAMQPFHPPNRHCGSSSPWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMKLDEYGQR 379
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  Rat   302 EAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGL-----TGNVQFNEKGRR 361

  Fly   380 IHFNLEIYKPTVNEPMMVWTPDNGIKK--------RLLNLELESAGTTQDFSEQRKVYTVVTHYE 436
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  Rat   362 TNYTLHV----------IEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILE 416

  Fly   437 EPYFMMKEDHENFRGREKYEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKY---NPETKQWDGIIRK 498
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  Rat   417 DPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVS-DGKYGARDPDTKAWNGMVGE 480

  Fly   499 LIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIYMIF 563
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  Rat   481 LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVF 545

  Fly   564 AQLIMTLAFVFIARLSYREWLPPNPAIQDPDELE-----------NIWNVNNSTWLMVGSIMQQG 617
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  Rat   546 AYIGVSVVLFLVSRFSPYEW--------HSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQG 602

  Fly   618 CDILPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHFGSMRGG 682
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  Rat   603 CDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAG 667

  Fly   683 STSLFFSESNDTDYQRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIERN-C 746
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  Rat   668 STKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPC 732

  Fly   747 DLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNVTCDSYHEVDGD 811
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  Rat   733 DTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKG-ECGS---GGGD 793

  Fly   812 E------LSIIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLW 842
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  Rat   794 SKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCY 830

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	84/389 (22%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	151/384 (39%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	110/290 (38%)
Gria1	NP_113796.1	PBP1_iGluR_AMPA_GluR1	26..392	CDD:380613	86/404 (21%)
		PBP2_iGluR_AMPA_GluR1	406..787	CDD:270447	152/390 (39%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	857..881
		PDZ-binding	904..907