Protein Alignment GluRIIA and Nmdar1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_730940.1
• Gene: Nmdar1 / 40665
• FlyBaseID: FBgn0010399
• Length: 997
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 928
• Identity: 196/928 - (21%)
• Similarity: 384/928 - (41%)
• Gaps: 195/928 - (21%)

  Fly    27 DDRNEITVGAIFYENEKE-------IELSFDQAF--REVNNMKFSELRFVTIKRYMPTNDSFLLQ 82
            |:.:...:|.:...::.|       ..|:|||.:  |:|....      .||:  |..|....:.
  Fly    34 DNPSTYNIGGVLSNSDSEEHFSTTIKHLNFDQQYVPRKVTYYD------KTIR--MDKNPIKTVF 90

  Fly    83 QITCELISNGVAAIFGPSSKAASDI-VAQIANATG---IPHIEYDLKLEATRQEQLNHQMSINVA 143
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  Fly    91 NVCDKLIENRVYAVVVSHEQTSGDLSPAAVSYTSGFYSIPVIGISSR-DAAFSDKNIHVSFLRTV 154

  Fly   144 PSLSVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDYVKLRNLADYADDYRIL 208
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  Fly   155 PPYYHQADVWLEML-SHFAYTKVIIIH------------------SSD----------TDGRAIL 190

  Fly   209 --WKETDETFHEQ-------RIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSGL--R 262
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  Fly   191 GRFQTTSQTYYDDVDVRATVELIVEFEPK-LESFTEHLIDMKTAQ--SRVYLMYASTEDAQVIFR 252

  Fly   263 DI--YNEDFKANITSVRLKVVDANPFERKKTRLTKVDQILGNQTMLPIL---------IYDAVVL 316
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  Fly   253 DAGEYNMTGEGHVWIVTEQALFSN---------NTPDGVLGLQ-----LEHAHSDKGHIRDSVYV 303

  Fly   317 FASSARNVIAAMQPFHPPNRHCGSSS-PWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMKLDEYGQRI 380
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  Fly   304 LASAIKEMISNETIAEAP-KDCGDSAVNWESGKRLFQYLKSRNITG-----ETGQVAFDDNGDRI 362

  Fly   381 HFNLEI-----------------------YKPTVNEPMMVWTPDNGIKK----------RLLNLE 412
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  Fly   363 YAGYDVINIREQQKKHVVGKFSYDSMRAKMRMRINDSEIIW-PGKQRRKPEGIMIPTHLRLLTIE 426

  Fly   413 LESAGTTQDFSEQRKVYTVVTHYEEPYFMMKEDHEN---FRGREK------YEGYAVDLISKLSE 468
                         .|.:..|....:..|..:.|...   |...:.      ..||.:||:.:||:
  Fly   427 -------------EKPFVYVRRMGDDEFRCEPDERPCPLFNNSDATANEFCCRGYCIDLLIELSK 478

  Fly   469 LMEFDYE-----------FMIVNGNGKYNPETKQWDGIIRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVD 522
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  Fly   479 RINFTYDLALSPDGQFGHYILRNNTGAMTLR-KEWTGLIGELVNERADMIVAPLTINPERAEYIE 542

  Fly   523 FTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIYMIFAQLIMTLAFVFIARLSYREWLPPN 587
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  Fly   543 FSKPFKYQGITILE-KKPSRSSTLVSFLQPFSNTLWILVMVSVHVVALVLYLLDRFS-------- 598

  Fly   588 P------AIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGC-DILPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTY 645
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  Fly   599 PFGRFKLSHSDSNE-EKALNLSSAVWFAWGVLLNSGIGEGTPRSFSARVLGMVWAGFAMIIVASY 662

  Fly   646 TANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDL---IEQDKVHFGSMRGGSTSLFFSESNDTDYQRAWNQMKDFN 707
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  Fly   663 TANLAAFLVLERPKTKLSGINDARLRNTMENLTCATVKGSSVDMYF--RRQVELSNMYRTMEANN 725

  Fly   708 PSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIERNCDLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRT 772
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  Fly   726 ----YATAEQAIQDVKKGK-LMAFIWDSSRLEYEASKDCELVTAGELFGRSGYGIGLQKGSPWTD 785

  Fly   773 NLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNV--TCDSYHEVDGDELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVIL 835
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  Fly   786 AVTLAILEFHESGFMEKLDKQWIFHGHVQQNCELF-EKTPNTLGLKNMAGVFILVGVGIAGGVGL 849

  Fly   836 GIFEFLWNVQNVAVEERV 853
            .|.|.::....|..::|:
  Fly   850 IIIEVIYKKHQVKKQKRL 867

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	78/430 (18%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	97/399 (24%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	65/284 (23%)
Nmdar1	NP_730940.1	PBP1_iGluR_NMDA_NR1	37..405	CDD:380602	77/429 (18%)
		PBP2_iGluR_NMDA_Nr1	417..818	CDD:270437	102/431 (24%)
		CaM_bdg_C0	854..882	CDD:402271	2/14 (14%)