Protein Alignment GluRIIA and Gria4

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_058959.2
• Gene: Gria4 / 29629
• RGDID: 61863
• Length: 902
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 931
• Identity: 294/931 - (31%)
• Similarity: 473/931 - (50%)
• Gaps: 82/931 - (8%)

  Fly     3 LCPVVIYAFIIIIGFLEGIIALGGDDRNEITVGAIFYENEKEIELSFDQA-FREVNNMKFSELRF 66
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  Rat     4 ICRQIVLLFSGFWGLAMGAFP------SSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNASEAPF 62

  Fly    67 VTIKRY--MPTNDSFLLQQITCELISNGVAAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEAT 129
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  Rat    63 NLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLITPSFPTEG- 126

  Fly   130 RQEQLNHQMSINVAPSL--SVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDY 192
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  Rat   127 -----ESQFVLQLRPSLRGALLS------LLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEKAGQNGWH 180

  Fly   193 VKLRNLADYAD-DYRILWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLK--VSIDFKLQGPFRNWFLTHL 254
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  Rat   181 VSAICVENFNDVSYRQLLEELDRR-QEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHVKG-------YHY 237

  Fly   255 DTHNSGLRDIYNEDF---KANITSVRLKVVDAN-PFERK-KTRLTKVDQ--ILGNQT---MLPIL 309
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  Rat   238 IIANLGFKDISLERFIHGGANVTGFQL--VDFNTPMVTKLMDRWKKLDQREYPGSETPPKYTSAL 300

  Fly   310 IYDAVVLFASSARNV----IAAMQPFHPPNRHCGSSSPWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTEN 370
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  Rat   301 TYDGVLVMAETFRSLRRQKIDISRRGNAGDCLANPAAPWGQGIDMERTLKQVRIQGL-----TGN 360

  Fly   371 MKLDEYGQRIHFNLEIYKPTVNEPMMV--WTPDNGIKKRLLNLELESAGTTQDFSEQRKVYTVVT 433
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  Rat   361 VQFDHYGRRVNYTMDVFELKSTGPRKVGYW---NDMDKLVLIQDMPTLGNDTAAIENRTV-VVTT 421

  Fly   434 HYEEPYFMMKEDHENFRGREKYEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKY---NPETKQWDGI 495
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  Rat   422 IMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIV-PDGKYGARDADTKIWNGM 485

  Fly   496 IRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIY 560
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  Rat   486 VGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMC 550

  Fly   561 MIFAQLIMTLAFVFIARLSYREWLPPNPAIQD-----PDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGCDI 620
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  Rat   551 IVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEP--EDGKEGPSDQPPNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDI 613

  Fly   621 LPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHFGSMRGGSTS 685
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  Rat   614 SPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTK 678

  Fly   686 LFFSESNDTDYQRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIERN-CDLT 749
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  Rat   679 EFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTM 743

  Fly   750 QIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNVTC---DSYHEVDGD 811
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  Rat   744 KVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEAGVLDKLKNKWWYDKG-ECGPKDSGSKDKTS 807

  Fly   812 ELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLWNVQNVAVEERVTPWQAFKAELIFALKFWVRKKPM 876
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  Rat   808 ALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKLTFSEAIRNKARLSITGSVGENGR 872

  Fly   877 RISSSSDK-----SSSRRSSG 892
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  Rat   873 VLTPDCPKAVHTGTAIRQSSG 893

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	101/395 (26%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	162/378 (43%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	115/281 (41%)
Gria4	NP_058959.2	PBP1_iGluR_AMPA_GluR4	28..400	CDD:380611	103/401 (26%)
		PBP2_iGluR_AMPA_GluR4	414..795	CDD:270445	163/385 (42%)