Protein Alignment GluRIIA and gria3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001106494.1
• Gene: gria3 / 100127683
• XenbaseID: XB-GENE-1010483
• Length: 887
• Species: Xenopus tropicalis
• Alignment Length: 890
• Identity: 277/890 - (31%)
• Similarity: 444/890 - (49%)
• Gaps: 108/890 - (12%)

  Fly    21 IIALGGDD----RNEITVGAIFYENEKEIELSFDQAFREVN-NMKFSELRFVTIKR--YMPTNDS 78
            :::|.|:.    .|.|.:|.:|..|..:...:|..|.:..| |...:|..|.....  ::.:::|
 Frog    13 LLSLVGESCGGFPNTINIGGLFMRNTIQEHSAFLFAVQLHNTNQNNTERPFQLFHHVDHLDSSNS 77

  Fly    79 FLLQQITCELISNGVAAIFGPSSKAASDIVAQIANATGIPHIEYDLKLEATRQEQLNHQMSINVA 143
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 Frog    78 FSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGALHTSFITPSFPTDA------DVQFVIQMR 136

  Fly   144 PSL--SVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDYVKLRNLADYAD--D 204
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 Frog   137 PPLKGAILT------LLNEYDWQKFVYLYDTERGFSILQAIMEAAVQNNWQVTARSVGNIKDVQE 195

  Fly   205 YRILWKETDETFHEQRIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSGLRDIYNEDF 269
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 Frog   196 FKRIIEEMDRR-QEKRFVIDCEVERINTILEQVVILGKHTRGYHYMLANLGFTGFTLERVMHGG- 258

  Fly   270 KANITSVRLKVVDANP----FERKKTRLTKVDQILGNQTML---PILIYDAVVLFASSARNVIAA 327
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 Frog   259 -ANVTGFQI-VNNENPIVQQFLQRWVRLDEREFPEARNTPLKYTSALTHDAVLVIAEAFRYL--R 319

  Fly   328 MQPFHPPNRHCGSSS--------PWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMKLDEYGQRIHFNL 384
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 Frog   320 RQRVDVSRR--GSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKMVQVQGM-----TGNIQFDTYGRRTNYTI 377

  Fly   385 EIYKPTVNEPMMV--W--------TPDNGIKKRLLNLELESAGTTQDFSEQRKVYTVVTHYEEPY 439
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 Frog   378 DVYEMTATKPRKVGHWNEYERFVPAPD-------------QQPTNESSSVENKTIIVTTILENPY 429

  Fly   440 FMMKEDHENFRGREKYEGYAVDLISKLSELMEFDYEFMIVNGNGKY---NPETKQWDGIIRKLID 501
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 Frog   430 VMKKKNHELLDGNDKYEGYCVDLASEIAKHVGIKYKLSIVE-DGKYGARDPETKIWNGMVGELVY 493

  Fly   502 HHAQIGVCDLTITQMRRSVVDFTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIYMIFAQL 566
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 Frog   494 GRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYI 558

  Fly   567 IMTLAFVFIARLSYREWL---------PPNPAIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGCDILP 622
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 Frog   559 GVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDTDEARDPQNP----PDP-PNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISP 618

  Fly   623 RGPHMRILTGMWWFFALMMLSTYTANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDLIEQDKVHFGSMRGGSTSLF 687
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 Frog   619 RSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEF 683

  Fly   688 FSESNDTDYQRAWNQMKDFNPSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIERN-CDLTQI 751
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 Frog   684 FRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTDDGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKV 748

  Fly   752 GEQIGEKHYGLAVPLGSDYRTNLSVSILQLSERGELQKMKNKWW--KNHNVTCDSYHEVDGDELS 814
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 Frog   749 GGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALS 813

  Fly   815 IIELGGVFLVLAGGVLIGVILGIFEFLW-------------NVQN 846
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 Frog   814 LSNVAGVFYILVGGLGLAMMVALIEFCYKSRAESKRMKLTKNAQN 858

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	90/403 (22%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	165/384 (43%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	116/284 (41%)
gria3	NP_001106494.1	PBP1_iGluR_AMPA_GluR3	29..403	CDD:380610	88/398 (22%)
		PBP2_iGluR_AMPA	416..798	CDD:270433	166/387 (43%)