Protein Alignment GluRIIC and grid1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_608557.4
• Gene: GluRIIC / 33275
• FlyBaseID: FBgn0046113
• Length: 940
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_021323097.2
• Gene: grid1a / 793756
• ZFINID: ZDB-GENE-120411-28
• Length: 1044
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 900
• Identity: 231/900 - (25%)
• Similarity: 390/900 - (43%)
• Gaps: 126/900 - (14%)

  Fly    11 MWSAFFMCRSRGQQ--INIGAFFYDDELELEKEFMTVVNAIN-GPESEQTMRFYPLIKRLKPEDG 72
            :|  ...|||....  |:|||.|..:.:..::.|...::.:: ..:..|:.|....||.::|.:.
Zfish    10 LW--ILQCRSARADSIIHIGAIFEQNAIRDDEVFQLAISDLSLNDDILQSERITHSIKLIEPNNP 72

  Fly    73 SVTMQEHACDLIDNGVAAIFGPSSKAASDIVALVCNSTGIPHIEFDISDEGIQAEKPNHQMTLNL 137
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Zfish    73 FQAVQE-ACELMNQGILALVSSTGCAAANALQSLTDAMHIPHLFIQRNGDG----TPRAECQLNP 132

  Fly   138 YP----------AQAILSKAYADIVQNFGWRKFTIVYDAD-DARA-------AARLQDLLQLREV 184
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Zfish   133 SPDGERYTLAARPPVRLNDVMITLVSELRWHKFIVFYDSEYDVRGLRGFLDQASRMGLDVSLQQV 197

  Fly   185 HNDVVRVRKFHKDDDFRVMWKSIRGE---------RRVVLDCEPNMLVELLNSSTEFGLTGQYNH 240
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Zfish   198 DRNVTKV--------FSTLFSTMRMEELNRYRDTLRRAILLLSPRTAQVFIHQAVETNLASKDSH 254

  Fly   241 IFLTNLETYTDHLEELAADNETFAVNITAARLLVNPDPPPYSLPYGYVTQRDNIVYES--SDPPR 303
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Zfish   255 WVYANEEVSDTEIMEL--------VHSALGRMTVIRQIFPLWRDTNIRCMRNNHRISSLLCDPQE 311

  Fly   304 TLIHDLIHDALQLFAQSWRNASFFYPDRMVVPRITCDFAA-----------SGGRTWAMGRYLAR 357
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Zfish   312 GYLQSLEVSSLYLYDSVLMLANAFY--RKLEDRKWHSMASLNCMRKSTKPWNGG--WSM---LDT 369

  Fly   358 LMKG-TSGVNNTNFRTSILQFDEDGQRITFNIEV----YDPLDGIGI---AIWDP----RGQITQ 410
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Zfish   370 IQKGRISGL------TGLMDFRSNGANSHVQFEILGTSYSETFGKDVKRLATWDSDRGLNGSLRE 428

  Fly   411 LNVDVKAQKKMIYRVATRIGPPYFSYNETARELNLTGN-ALYQGYAVDLIDAIARHVGFEYVFVP 474
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Zfish   429 NRAD-HGMQGITLKVVTLLEEPFVMVAE-----NILGQPKRYKGFSIDVLDALAKILGFKYEMYQ 487

  Fly   475 VADQQYGKLDKETKQWNGIIGEIINNDAHMGICDLTITQARKTAVDFTVPFMQLGVSILAYKSPH 539
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Zfish   488 VADAKYGS-PQANGSWNGMIGELIGKRADVAISAITITPERENVVDFSKRYLDYSVGILMTKT-- 549

  Fly   540 VEKTLDAY--LAPFGGEVWIWILISVFVMTFLKTIVARISKMDWENPHPCNRDPEVLENQWRIHN 602
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Zfish   550 -EERLNIFSLLAPFDLAVWACIAAAIPVVGVMVFLLRRVQSVRSQNP-PGPHQPASVTTSFQ--S 610

  Fly   603 TGWLTVASIMTAGCDILPRSPQVRMFEATWWIFAIIIANSYTANLAAFLTSSKMEGSIANLKDLS 667
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Zfish   611 AIWIVYGAFVQQGGESFMSSMALRIAMGSWWLFTLIVCSSYTANLAAYLTVSRMDNAIRTFQDLS 675

  Fly   668 AQKKVKFGTIYGGSTYNLL-------ADSNETVYRLAFNLMNNDDPSAYTKDNLEGVDRVRKNRG 725
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Zfish   676 KQSEINYGTVRESAVFEYFRVKGTNPLEQDSTFAELWRTINKNQGQDNSVTSPAEGIRKVK--RD 738

  Fly   726 DYMFLMETTTLEYH--REQNCDLRSVGEKFGEKHYAIAVPFGAEYRSNLSVAILKLSERGELYDL 788
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Zfish   739 PYAFLWDMAVLEYAALTDDDCTLVVTGNGMSSKGYGLALQHGSPYRDLFSQKILDLQEKGDLDIL 803

  Fly   789 KQKWWKNPNASCFEEPDPDATPDMTFEELR-----GIFYTLYAGILIAFLIGITE 838
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Zfish   804 KQKWWPR-KGRC--DLDKHAEPQTEGRALRLHSFAGVFCILAAGLLLACLVAALE 855

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
GluRIIC	NP_608557.4	Periplasmic_Binding_Protein_type1	26..409	CDD:471960	93/435 (21%)
		PBP2_iGluR_Kainate	423..794	CDD:270432	116/382 (30%)
		Lig_chan	554..827	CDD:459656	80/286 (28%)
grid1a	XP_021323097.2	None