Protein Alignment CG1801 and Abca1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_728408.3
• Gene: CG1801 / 33104
• FlyBaseID: FBgn0031171
• Length: 1655
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_038965774.1
• Gene: Abca1 / 313210
• RGDID: 631344
• Length: 2263
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 2007
• Identity: 390/2007 - (19%)
• Similarity: 722/2007 - (35%)
• Gaps: 602/2007 - (29%)

  Fly    20 WRRTL--FEIVALVIMVLVIFL--NP--IAHSKRLLYTTTE--NENEQSI--VSHKLQDINILTR 74
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  Rat   449 WERKLDGLDWTAQDIMA---FLAKNPEDVQSPNGSVYTWREAFNETNQAIQTISRFMECVNL--- 507

  Fly    75 MADSKREKTKYILAFTPETTFTSEVTKNVAKTLELSSTVGYESESEMQNQFDERTTLAGIVFNDL 139
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  Rat   508 ---NKLE------------PIPTEV-RLINKSMEL---------------LDERKFWAGIVFTGI 541

  Fly   140 RDDGTPLTLSISIRFPSEFRTI-APFLTEDRLWITRCSGRINPGRDRAKHDKQQDI-YIREGFLQ 202
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  Rat   542 TPDSVELPHHVKYKIRMDIDNVERTNKIKDGYW--------DPG---PRADPFEDMRYVWGGFAY 595

  Fly   203 LQ---HQIFVEWYHQLRKDIVSTYPEPNVEVYNILLKAADEPCSVMSV------AQLPTFLYNFI 258
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  Rat   596 LQDVVEQAIIR---------VLTGTEKKTGVY---VQQMPYPCYVDDIFLRVMSRSMPLFM-TLA 647

  Fly   259 YLLPFLNIIRNVAAQVEDGVMVHQWHYGYSFGMQWGIKFLVLFLRMCILGVIYTIMLLAFWGFGG 323
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  Rat   648 WIYSVAVIIKSIVYEKEARLKETMRIMGLDNGILWFSWFISSLIPLLVSAGLLVIIL-------- 704

  Fly   324 REGEF--SGTGTIAFVCFITLYTVEIIITGMVVAKLFANPTNAVLFALMLWLFMYAAF--CIILE 384
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  Rat   705 KLGDLLPYSDPSVVFV-FLSVFAVVTILQCFLISTLFSRTNLAAACGGIIYFTLYLPYVLCVAWQ 768

  Fly   385 RY--WDIHKYYVFFILVAF-CNCQMHFSM-----------SLFRNCIEKP--EMVNTIDFVLIFT 433
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  Rat   769 DYVGFSIKIFASLLSPVAFGFGCE-YFALFEEQGIGVQWDNLFKSPVEEDGFNLTTSVSMMLFDT 832

  Fly   434 SAISSALIYFLILLAIQWRMPGTFLSRRIVNNRPRKQQESDTTIMYLGRAPSFQNFEFGD----- 493
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  Rat   833 ------FIYGVMTWYIEAVFPGQY-------GIPRP--------WYF---PCTKSYWFGEEIDEK 873

  Fly   494 -------VGSVEL------------MRLRHVSTSHRDSERKILKNISMRIYRGEVFVILGHIGSG 539
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  Rat   874 SHPGSSQKGASEICMEEEPTHLKLGVSIQNLVKVYRDGMKVAVDGLALNFYEGQITSFLGHNGAG 938

  Fly   540 KLTLLRILAGLKFPLRGNVYIMGNPFEPNGEARRLVDFRFDEHGLNKH-------------LTVE 591
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  Rat   939 KTTTMSILTGLFPPTSGTAYILGK------------DIRSEMNSIRQNLGVCPQHNVLFDMLTVE 991

  Fly   592 QTIDYHVRLKLSPSESDRYEIERRKWLAILDQHV----ESRGVRIG-----------KLSSGSMK 641
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  Rat   992 EHIWFYARLK-----------------GLSEKHVKAEMEQMALDVGLPPSKLKSKTSQLSGGMQR 1039

  Fly   642 LVALCCCLAGDTPIIILEEPTTQLTGREAQIFWSIVHAEKENRAFIIATYNVGEAEHVADRIGIL 706
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  Rat  1040 KLSVALAFVGGSKVVILDEPTAGVDPYSRRGIWELLLKYRQGRTIILSTHHMDEADILGDRIAII 1104

  Fly   707 SMGVLEASGTPFFLRSKFSSSVDLVIIK--------------------KPHVPDQP--------- 742
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  Rat  1105 SHGKLCCVGSSLFLKNQLGTGYYLTLVKKDVESSLSSCRNSSSTVSCLKKVVPELPAAGQSGGRG 1169

  Fly   743 ---------------ITDYINQFMQNIEPENEIGDSLTYRLPVIYRPRLQKLLIHL--EIDRKM- 789
                           |::.|.:.:.......:||..|||.||  |....:...:.|  |||.::
  Rat  1170 GEVQRLVALTQDVSAISNLIRKHVSEARLVEDIGHELTYVLP--YEAAKEGAFVELFHEIDDRLS 1232

  Fly   790 -LGIENVRVVGAELSDIYMTLV--------------------TSFRLQQQMI------------- 820
             |||.:..:....|.:|::.:.                    .:|..:|..:
  Rat  1233 DLGISSYGISETTLEEIFLKVAEESGVDAETSDGTLPARRNRRAFGDKQSCLHPFTEDDAVDPND 1297

  Fly   821 ----PDVTQT---------FKYQVVSQKQLTKQRMRAMFYKKMI---HTAPNVWPIIMIFTSFVL 869
                |:..:|         ..||:...| ||:|:..|:.:|:::   .:....:..|::...||.
  Rat  1298 SDLDPESRETDLLSGMDGKGSYQLKGWK-LTQQQFVALLWKRLLIARRSRKGFFAQIVLPAVFVC 1361

  Fly   870 IAIIARL-----------------------SVLLDMPKE--RQNSIHIGFREP------------ 897
            ||::..|                       .|..|.|::  .|..::...::|
  Rat  1362 IALVFSLIVPPFGKYPNLELQPWMYNEQYTFVSNDAPEDMGTQELLNALTKDPGFGTRCMEGNPI 1426

  Fly   898 ---------ED----------------------------------VVKYLP-------------- 905
                     ||                                  :.|.||
  Rat  1427 PNTPCLVGEEDWTTGPVPQTLMDLFQNGNWTMKNPSPSCQCSSDKIKKMLPVCPPGAGGLPPPQR 1491

  Fly   906 --------------NLKDC---GYIDI-----RSAVKVNK------------------------- 923
                          |:.|.   .|:.|     ::.|.||:
  Rat  1492 KQKTADILQNLTGRNISDYLVKTYVQIIAKSLKNKVWVNEFRYGGFSLGVSDSQALPPSQEVNNA 1556

  Fly   924 ----KKSVGVSRTFDDDSFVCEKGSYRNNLRKKNELRSFGAVESDGDEHLNGYISQDMFHSAPMM 984
                ||.:.:::....|.|:...|.:...|..||.::.              :.:...:|:....
  Rat  1557 IKQMKKLLKLTKDSSADRFLSSLGRFMTGLDTKNNVKV--------------WFNNKGWHAISSF 1607

  Fly   985 LNLLQNVILRLSY-----PMQTDLVVLVENHPL---PTQLSQ------KINVLDNKIAHIHVPLV 1035
            ||::.|.|||.:.     |.|..:...  ||||   ..|||:      .::||        |.:.
  Rat  1608 LNVINNAILRANLQKGENPSQYGITAF--NHPLNLTKQQLSEVALMTTSVDVL--------VSIC 1662

  Fly  1036 VGCIIPLTVSVFVIPLVEEEIYDVRFLQHMAGLGLKVFWGINLFWDWFTFFVYSVIIVVIMSLMG 1100
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  Rat  1663 VIFAMSFVPASFVVFLIQERVSKAKHLQFICGVKPVIYWLSNFVWDMCNYVVPATLVVIIFICFQ 1727

  Fly  1101 IGGFGFYEN-AIMVVLLTTFGLAALPLTYLVSMFVNK--SIVRAFLVSV-LLQGVSGLVLYIIYW 1161
            ...:....| .::.:||..:|.:..||.|..| ||.|  |.....|.|| |..|::|.|...:..
  Rat  1728 QKSYVSSTNLPVLALLLLLYGWSITPLMYPAS-FVFKIPSTAYVVLTSVNLFIGINGSVATFVLE 1791

  Fly  1162 -----------DVANSNTIFFYAACMSPGFSLLDGVSNVYAQNLEQAICIDKCEATDSCTEENMN 1215
                       |:..|..:.|...|:..|  |:|.|.|       ||:       .|:......|
  Rat  1792 LFTNNKFNDINDILKSVFLIFPHFCLGRG--LIDMVKN-------QAM-------ADALERFGEN 1840

  Fly  1216 EVVPNCKFD----TFFKWAAPGILPPILYMVLSALIFLMLIFWIELHRREKKFHTSRDLRKMRTA 1276
            ..|....:|    ..|..|..|    :::.:::.||             :.:|.......|.|..
  Rat  1841 RFVSPLSWDLVGRNLFAMAVEG----VVFFLVTVLI-------------QYRFFIRPRPVKARLP 1888

  Fly  1277 TYPFDDGDVADVKQKIAEADNTKAKQSVFLVDQV-----EARVPAAGKRIHTVSFALNKYMSMGI 1336
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  Rat  1889 PLNDEDEDVRRERQRILEGG---GQNDILEIKELTKIYRRKRKPA----VDRICVGIPPGECFGL 1946

  Fly  1337 FGPRNSGKSHLMRQLVGQRGFAFGEIYVRGLDFKYDLESIHTYMGYSPQHRGLLNELTPREHIRL 1401
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  Rat  1947 LGVNGAGKTSTFKMLTGDTAVTRGDALLNKNSILSNIHEVHQNMGYCPQFDAITELLTGREHLEF 2011

  Fly  1402 LCMIRGVPEAKIGEKMHDLCLMLNMTGWMHRKCSLLT-AEK---------RHKLKIALALVAYNK 1456
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  Rat  2012 FALLRGVPEKEVGK----------VGEWAIRKLGLVKYGEKYASNYSGGNKRKLSTAIALIGGPP 2066

  Fly  1457 ILVLDEPTCGMPATTRREIWNILRYIRYCGKTIIFATNDELECKILADFIILFQDSEMLAIGSLQ 1521
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  Rat  2067 VVFLDEPTTGMDPKARRFLWNCALSIIKEGRSVVLTSHSMEECEALCTRMAIMVNGRFRCLGSVQ 2131

  Fly  1522 YLRYKYSHGFYLEVRLIRDGATLAESEENLRKDVENLAKFVNFLHNRSELVGRLNNWFKFYVPVG 1586
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  Rat  2132 HLKNRFGDGYTIVVRI-----------AGSNPDLKPVQEFFGLAFPGSVLKEKHRNMLQYQLPSS 2185

  Fly  1587 HIVYSFLYGAMEKNKLRLNVSDYCIYQADMMSVVAQVQETRAQLKH------HLVQT 1637
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  Rat  2186 LSSLARIFSILSQSKKRLHIEDYSVSQTTLDQVFVNFAKDQSDDDHLKDLSLHKNQT 2242

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
CG1801	NP_728408.3	ABC2_membrane_3	<246..379	CDD:463674	21/140 (15%)
		rim_protein	<514..1537	CDD:130324	267/1340 (20%)
Abca1	XP_038965774.1	rim_protein	1..2238	CDD:130324	387/2001 (19%)