DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG1801 and Abca9

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_728408.3 Gene:CG1801 / 33104 FlyBaseID:FBgn0031171 Length:1655 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001417081.1 Gene:Abca9 / 287788 RGDID:1305931 Length:1653 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1835 Identity:347/1835 - (18%)
Similarity:692/1835 - (37%) Gaps:431/1835 - (23%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     7 LLFKRYIRIELNLWRRTLFEIVALVIMVLVIFLNPIAHSKRLLYTTTENENEQSIVSHKLQDINI 71
            ||.|.::| :..:.|.||.|.:...:::|            |.|..:.|       .|::.|...
  Rat    45 LLCKNWLR-KFRMRRETLLEWLLSFLLIL------------LAYQLSSN-------LHQVHDAPE 89

  Fly    72 LTRMADSKR----EKTKYILAFTPETTFTSEVTKNVAKT---LELSSTVGYESESEMQN-QFDER 128
            :: |.|..|    ..:.||:.|.||:..|.|: .|:|..   ::..:.|....||.|.. ..:..
  Rat    90 MS-MMDLGRVDDFNDSNYIIVFAPESETTHEI-MNIAALAPFMKGRTIVACPDESSMSELNLNYS 152

  Fly   129 TTLAGIVFNDLRDDGTPLTLSISIRFPSEFRTIAPFLTEDRLWITRCSGRINPGRDRAKHDK--- 190
            .....::|.|        |.|..::|.               |    ..||...::...|..   
  Rat   153 IDAVRVIFKD--------TFSYHLKFS---------------W----GQRIPKTKEHKDHTAPCE 190

  Fly   191 --------QQDIYIREGFLQLQHQ-----IFVEWYHQLRKDIVSTYPEPNVEVYNILLKAADEPC 242
                    :..::..:||:..|..     |.|...|.:.::::|...                  
  Rat   191 PFKNKMVCENSVFWEKGFVAFQTAINAGIIEVTTNHSVMEELMSVIG------------------ 237

  Fly   243 SVMS----VAQ--LPTFLYNFIYLLPFLNIIRNVAAQVED------GVMVHQWHYGYSFGMQWGI 295
            |||.    :||  :.|..:.|..::.|.:.|..::..|..      .:|........:|.:.||:
  Rat   238 SVMKMQPFIAQGGVATDFFIFFCVISFSSFIYYLSVNVTQERQSITTLMAMMGLRESAFWLSWGL 302

  Fly   296 KF--LVLFLRMCILGVIYTIMLLAFWGFGGREGEFSGTGTIAFVCFITLYTVEIIITGMVVAKLF 358
            .:  .:|.:...:..::.:..::...||           .:.|:.|: ||.:.:|....:::.|.
  Rat   303 MYAGFILVVATLMSLIVKSTQVVVLTGF-----------MVVFLLFL-LYGLSLITLSFLMSVLL 355

  Fly   359 ANPTNAVLFALMLWLF--------MYAAFCIILERYWDIHKYYVFFILVAFCNCQ---MHFSMSL 412
            ..|....|...:|.:|        :|......:|  |.:    .|....||.|..   :|....:
  Rat   356 KKPFLTGLAVFLLTVFWGSLGFTALYKHLPAFME--WIL----CFLSPFAFINGMAQLIHLDYDV 414

  Fly   413 FRNC-IEKPE---MVNTIDFVLIFTSAISSAL-IYFLILLAIQW---RMPGTFLSRRIVNNRPRK 469
            ..|. :..|.   ::....|:|:..:.:..|| :||..:|..::   |.|..||.......|   
  Rat   415 NSNVNLNSPNNSYLILATLFMLVLDALLYLALALYFDKILLSKYGHQRSPLFFLKSSYWFQR--- 476

  Fly   470 QQESDTTIM--YLGRAPSFQNF------EFGDVGSVELMRLRHVSTSHRDSERKILKNISMRIYR 526
             :.:|..::  .:..|||..:.      ||....::.:..||...|. :..:.:.|:.:...||.
  Rat   477 -RGADHVVLENEIDSAPSLNDSLEPVSPEFQGKEAIRIKNLRKEYTG-KHGKVEALRGLGFDIYE 539

  Fly   527 GEVFVILGHIGSGKLTLLRILAGLKFPLRGNVYIMGNPFEPNGEARRL-----------VDFRFD 580
            |::..:|||.|:||.||:..|:||..|..|::.|.........::..:           :.|.| 
  Rat   540 GQITALLGHSGAGKTTLINTLSGLSPPTTGSITIYNQTVSETEDSYAVPKLTGVCPQSNIQFGF- 603

  Fly   581 EHGLNKHLTVEQTIDYHVRLK-LSPSESDRYEIERRKWLAILDQHVES-RGVRIGKLSSGSMKLV 643
                   |||::.:....::| :.|.     |:|:.....:.|..:|: :......||.|..:.:
  Rat   604 -------LTVQENLRLFAKIKGILPQ-----EVEQEVRQVLRDLEMENIQDTLAQNLSGGQKRKL 656

  Fly   644 ALCCCLAGDTPIIILEEPTTQLTGREAQIFWSIVHAEKENRAFIIATYNVGEAEHVADRIGILSM 708
            .....:.||..:::|:|||..|........|:::...:..|..:.:|..:.||:.:|||...:|.
  Rat   657 TFGIAILGDPQVLLLDEPTAGLDPLSRHHIWNLLKERRSGRVIVFSTQFMDEADILADRKVFISN 721

  Fly   709 GVLEASGTPFFLRSKFSSSVDLVI-------------IKKPHVPDQPITDYINQFMQNIEPENEI 760
            |.|..:|:..||:.|:.....|.:             :.|.|:||..:|...::.:..|.|... 
  Rat   722 GRLRCAGSSLFLKKKWGIGYHLSLHLNETCDPESITSLVKKHIPDARLTAQSDEQLVYILPLER- 785

  Fly   761 GDSLTYRLPVIYRPRLQKLLIHLEIDR-KMLGIENVRVVGAELSDIYMTLV-----------TSF 813
                |.:.|.:||          ::|| ...|||:..|....|:::::.|.           ...
  Rat   786 ----TNKFPDLYR----------DLDRCSNHGIEDYDVSMTTLNEVFLKLEGKSMAEEPDAGVCG 836

  Fly   814 RLQQQMIPDVTQTFKYQ----------VVSQKQLTKQRMRAMF---YKKMIHTAPNVWPIIMIF- 864
            ||......||....:.:          .||...|.:|::.|:.   :.|:.:...::..::::| 
  Rat   837 RLLSDGAKDVESLVELERVLPLDSSGSSVSGMALWRQQLCAVAKVRFLKLKNERRSLMTMLLLFG 901

  Fly   865 TSFVLIAIIARLSVLLDMPKERQNSIHIGFRE------------------PEDVVKYLPNLKDCG 911
            .|||              |:..::.::..:.:                  |:|.:.:|..:...|
  Rat   902 ISFV--------------PQLLEHLVYKVYHKSYSWGLSPSMYFLSPGQLPQDPLTHLLVINKTG 952

  Fly   912 YIDIRSAVK--VNKKKSVGVSRTFDDDSFVCEKGSYRNNLRKKNELRSFGAVESDGDEHLNGYIS 974
                 |::.  ::..:..|::  .|.|:.....|        |.|....|||...|||       
  Rat   953 -----SSIDNFIHSLRQQGIA--LDVDALGTRNG--------KEEALYNGAVTVLGDE------- 995

  Fly   975 QDMFHSA----------PMMLNLLQNVILRL---SYPMQTDLVVLVENHPLPTQLSQKINVLDNK 1026
            :|:..|.          |::.::|.|.:|.:   |..:|||...:.|:|.|     .:...:.| 
  Rat   996 KDLRFSVACNAKRLNCFPVLADILSNGLLGIFNSSERIQTDRSTVFEDHML-----YEYGFMSN- 1054

  Fly  1027 IAHIHVPLVVGCIIPLTVSVFVIPLVEEEIYDVRFLQHM--AGLGLKVFWGINLFWDWFTFFVYS 1089
             |...:| |...:.|      .|.:.....:..:.|..:  :||....:|......|...:|   
  Rat  1055 -AFFWIP-VAASLTP------YIAMGSISDHKKKVLSQLWTSGLYPSAYWCGQALVDIPIYF--- 1108

  Fly  1090 VIIVVIMSLMGIGGFGFYE-----NAIMVVLLTTFGLAA--LPLTYLVSMFV------NKSIVRA 1141
             :|:::|.:|. ..|...|     .::::.:..:.|.|:  :.|||::| ||      |..|...
  Rat  1109 -LILLLMQIMD-SVFSSEEIMSVIESLLIQIPCSIGYASSLIFLTYVIS-FVFRNGRKNSGIWSF 1170

  Fly  1142 FLVSVLLQGVSGLVLYIIYWDVANSNTI-FFYAACMSPGFSLLDGVSNVYAQNLEQAICIDKCEA 1205
            |.:.|       .:.:|:..|:.....: ..:...:.|.|:|: |...::::     :..|..:.
  Rat  1171 FFLIV-------TIFFIVATDINEYGFLQLLFCTLLIPPFTLI-GSLLIFSE-----VSYDSVDY 1222

  Fly  1206 TDSCTEENMNEVVPNCKFDTFFKWAAPGILPPILYMVLSALIFLMLIFWIELHRREKK------F 1264
            ..| :|..:                   :...:|...|..|:|..::..:|.:.|:|.      |
  Rat  1223 LGS-SESQL-------------------VFLALLIPYLHFLLFFFILRCLERYIRKKTLRVDPVF 1267

  Fly  1265 HTSRDLRKMRTATYPFDDGDV-ADVKQKIAEADNTKAKQSVFLVDQVEARVPAAGKRIHTV---- 1324
            ..|.  |..|....|.|.|:. .||:.   |...|....:...:|:....:.:..::.:||    
  Rat  1268 RISP--RSCRAFPNPEDPGEEDEDVQM---ERVRTSGAMTTPQMDEKPVIIASCLRKEYTVKTKR 1327

  Fly  1325 --------------SFALNKYMSMGIFGPRNSGKSHLMRQLVGQRGFAFGEIYVRGLDFKYDLES 1375
                          ||.:.|...:|:.|...:|||..:..:.|......|:::::|......|  
  Rat  1328 CFSKTKKKIATRNISFCVKKGEVLGLLGHNGAGKSTTISMITGDTVPTAGQVFLKGSSGSAAL-- 1390

  Fly  1376 IHTYMGYSPQHRGLLNELTPREHIRLLCMIRGVPEAKIGEKMHDLCLMLNMTGWMHRKCSLLTAE 1440
              .::||.||...|...||.:||:.:...::|:.:.:....:..|...|.:...:......|:..
  Rat  1391 --GFLGYCPQENVLWPNLTVKEHLEVYAAVKGLRKKEAIVTITRLVNALKLQDQLKALVKTLSEG 1453

  Fly  1441 KRHKLKIALALVAYNKILVLDEPTCGMPATTRREIWNILR-YIRYCGKTIIFATNDELECKILAD 1504
            .:.||...|:::....:::||||:.||....::::|..:| ......:..:..|:...|.:.:.|
  Rat  1454 VKRKLCFVLSILGNPSVVLLDEPSTGMDPEGQQQMWQAIRATFTNTERGALLTTHYMAEAEAVCD 1518

  Fly  1505 FIILFQDSEMLAIGSLQYLRYKYSHGFYLEVRLIRDGATLAESEENLRKDVENLAKFVNFLHNRS 1569
            .:.:.....:..|||:|:|:.|:...:.||::|.......:.:.|.||            |..::
  Rat  1519 RVAIMVSGRLRCIGSIQHLKSKFGKDYLLEMKLKTPALVESLNTEILR------------LFPQA 1571

  Fly  1570 ELVGRLNNWFKFYVPVGHI-VYSFLYGAMEKNKLRLNVSDYCIYQADMMSVVAQV---------- 1623
            ....|.::...:.:||..: ..|..:..:|:.|...::.:|.:.|:.:..|..::          
  Rat  1572 ARQERYSSLMVYKLPVEDVRPLSEAFFKLERLKENFDLEEYSLSQSTLEQVFLELSKEQELGDFD 1636

  Fly  1624 QETRAQLKHHLVQTE 1638
            :|..:.:|..|:..|
  Rat  1637 EEGSSSVKWKLLPQE 1651

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG1801NP_728408.3 ABC2_membrane_3 <246..379 CDD:463674 25/154 (16%)
rim_protein <514..1537 CDD:130324 225/1149 (20%)
Abca9NP_001417081.1 None

Return to query results.
Submit another query.