DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and Abca8

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001417137.1 Gene:Abca8 / 303637 RGDID:1307069 Length:1620 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1790 Identity:468/1790 - (26%)
Similarity:805/1790 - (44%) Gaps:297/1790 - (16%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    13 LLWKNWTLQWNHKWQMVIELVLPAIFSLLLVLVRTLVDTEQKGVRYYNEQNLTDLNLLQHSLHRS 77
            ||.||..    .||::..|.::..:.||||:|....         |.:....||.:.:.     :
  Rat    15 LLQKNLL----KKWRLRRETLMEWMSSLLLLLFLCW---------YPHGHEATDFSSVP-----T 61

  Fly    78 SYLGKLIALIAPNRRRKNGGFSKFEFILCYSPVNPVLKKLVEE--AWQSLGKNKI---CESENAT 137
            ..||::            ..|::..|::.|:||....::::|:  |...:...|:   .:.||..
  Rat    62 KDLGRV------------DSFTQSGFMIGYTPVTSTTRQIMEKVAAVPFMAGRKVLGLLDEENIR 114

  Fly   138 QLELDTVSKNAFAGVQFDDAWANLTENDPLPNDFHFALRFPAELRTATIAIANTWLTMRLFPTID 202
            :|   |.|......|.|.|.::...:       |.|..|.|..                      
  Rat   115 EL---TESHQEVIRVIFSDTFSYHLK-------FQFGQRIPKS---------------------- 147

  Fly   203 LTGPRNEGDDDGGIPPGY----------LREGFLPLQHSLSMAYLRQKSGEQDLPNVV------M 251
                |..||.:......|          .::||:.||.:::.|.:...:....:..::      |
  Rat   148 ----REHGDHEAHCFEMYEDVDCLISIFWKKGFVALQAAINAAIIETTTNHSVMEKLLSVSGKFM 208

  Fly   252 KRYPFPAYIFDPLLEGMSSIMSLIILLSFIYPCTYITKYITAEKEKQLKEVMKIMGLSNWLHWTA 316
            |.:||...      ||:.:...:...:....|.||......|.:.|::|.:|.:|||.:...|.:
  Rat   209 KIHPFVRQ------EGILTDFFIFTCIVSFSPITYFVSISVARERKKMKGLMMMMGLRDSAFWLS 267

  Fly   317 W------FVKSFIMLTISAILIAILVKINWSEDVAVLTHANFTALVFFLIIYIVSSICFCFMMAT 375
            |      ||  |:|    |:.:|:::|   |....:||  :||.:....::|.:|.|...|:|:.
  Rat   268 WGLLYAGFV--FVM----ALSLALVIK---SVQFLILT--SFTVVFSLFLLYGLSMISLAFLMSV 321

  Fly   376 FFSRASTAAAVTGLIWFIAYI---PYSFT-INSYDDLSLSSKLGW--SLISNTAMGFGIKLILGF 434
            ...:    :.:|||..|:..|   ...|| :..|    |.:.|.|  ||.|..|...|:..:|..
  Rat   322 LVRK----SVLTGLTVFLLTIFWGSLGFTALYRY----LPAPLEWTLSLFSPFAFTLGMAQLLRV 378

  Fly   435 EGTGEGLQWSNFFTPVSVDDTLTLGAVMIMMLVSCVIYMIICLYVEQVMPGSFGVPRPWNFPFTR 499
            :     ...::...|.....:..:.|...|:....::|:.:.:|.|:|:|..:|..|...|....
  Rat   379 D-----YDLNSNAPPDPAGSSNLIAATNFMLAFDALLYLALTMYFEKVLPNEYGHQRSPLFFLKP 438

  Fly   500 EFWCGERE------YTGVEDIP--NGHVEQRDPKAFETEPEGKHIGLQMRHLKKRFGNK----MV 552
            .||...|:      ..|::..|  .|..|...|     |..||. .:::|::.|.:..|    ..
  Rat   439 SFWVQPRKPAHVILEDGIDPAPLSGGSFEPVSP-----EFHGKE-SIRIRNISKEYKGKPSKIEA 497

  Fly   553 VKGLSMNMFEDEITVLLGHNGAGKTTTISMLTGMFPPTSGTAII--NGSDIRTNIEGARMSLGIC 615
            :|.|:::::|.:||.||||:||||:|.:::|:|:..||.|:..|  |......::|......|:|
  Rat   498 LKDLTLDIYEGQITALLGHSGAGKSTLLNILSGLSVPTKGSVTIYNNRLSEMADLESVFRISGVC 562

  Fly   616 PQHNVLFDEMSVSNHIRFFSRMKGLRGKAVEQEVAKYLKMIELEDKANVASSKLSGGMKRKLSVC 680
            ||.||.||.::|..::|.|::::|:..:.||:||.:.|..:|:::..::.:..||||.||||:..
  Rat   563 PQSNVQFDFLTVRENLRLFAKIRGVPPQEVEKEVQRVLLELEMKNIQDILARNLSGGQKRKLTFG 627

  Fly   681 CALCGDTKVVLCDEPSSGMDPSARRQLWDLLQQEKVGRTLLLTTHFMDEADVLGDRIAIMCDGEL 745
            .|:.||:::.|.|||::|:||.:|.::|:||::.|..|.:|.:|.||||||:|.||...:..|:|
  Rat   628 TAILGDSQIFLLDEPTAGLDPFSRHRVWNLLKERKADRVVLFSTQFMDEADILADRKVFISRGKL 692

  Fly   746 KCQGTSFFLKKQYGSGYRLICVKRDDCETNEVTALLNKYIPGLKPECDIGAELSYQLPDSASAKF 810
            ||.|:|.||||::|.||.|....::.|....:|:|:.::||..|...:....|.|.||...:.:|
  Rat   693 KCAGSSLFLKKKWGVGYHLSLQLKEVCVPENITSLVKQHIPEAKLSAERERTLVYTLPLETTYRF 757

  Fly   811 EEMFGQLEEQSDELHLNGYGVGITSMEEVFMKVGAEKDNTGNIKD-QHEIMNGGSGFRGEDDN-- 872
            .|:...| :....|.::.|||.:|::.|||:|:    :....|:: :.:|:..|...|..|..  
  Rat   758 PELCQSL-DSCPGLGIDSYGVSMTTLNEVFLKL----EGKSAIEEPEVDIVGEGQTERSGDTERL 817

  Fly   873 -ESVQSDGIFSENRRLLQGLQLLSNQW----KAMLLKKFLYTWRNKLL--LLIQNI--MPVFFVV 928
             |..|:....:|.::....|.|...|.    ||.|||  |...|..||  ||:..:  .|:.|..
  Rat   818 MEMEQTLSTLTETKKKTGSLALWRQQTCAIAKARLLK--LKHERKTLLSVLLVLGVALCPLLFES 880

  Fly   929 VTILIIKTQGTFQELKPITISLTQYPLAVTVLDRSNVQNGTGYEIANKYEDLARSYGSNYGLELT 993
            :.:.|:::..|: :|.|.:..|........:|.:..:.|.|...|.:..:.:.|   .|..||:.
  Rat   881 IKMKILQSAYTW-DLSPHSYFLAPGQQPHGMLTQLLIINKTEASIDDFIQSVER---QNIALEVD 941

  Fly   994 GTQGFEDYILDLGKTIQVRINSRYLVAATITESKITAWLNNQALHTAPLTVNMVHNAIADKLFGS 1058
            .: |..|      .|.....|....|:........:...|.:.|:..|:.::::.|.:.. :...
  Rat   942 AS-GARD------GTDDPSFNGALTVSGGEKNHSFSLACNTKRLNCFPVLMDVLSNGLLG-MVKP 998

  Fly  1059 SVKIQVTNAPLPYTTSTLLSQLSTGNNLGTQLASNLCFCMCFVSSI--YI-LFLIKERESRAKLL 1120
            |.:|:...:  .|....:.:.|        |......|.:...|:.  || :..:.:.:::....
  Rat   999 SARIRTDRS--TYFVDEITNPL--------QQLGKTTFWLTLTSACPPYIAMSSVTDYKNKVWFQ 1053

  Fly  1121 QFVGGVKVWTFWLSQFICDFASYIVTALIVVITIVCFQETGLSTFGELGRYYLLLLLFGFAVLPF 1185
            ..|.|:....:|..|.:.|            |.:.||....:|         |:..|.||.....
  Rat  1054 LRVSGLFPSAYWFGQALVD------------IPLYCFVFLFMS---------LMDYLLGFPDATL 1097

  Fly  1186 IYIMSLFFREPATGFARVSIVNIFCGMALFIVVVVMSSELFDTKDTADILGWIFRIFPHFS-LAM 1249
            |.|..:.....:.|:|          ::|..:..|:|......|..:.|....|.|...|| :||
  Rat  1098 IVITHVLQIPCSVGYA----------ISLIFLTYVISFISRKGKKNSGIWSLCFYIITMFSVVAM 1152

  Fly  1250 SLNKVYTNTATRNACAKAGALPPILLCELVPQCCNLKPY-FAWEEPGVLPETVYMAVTGVVFFLI 1313
            .|:   .|......|. ...|||..|...:....:|..| .:.||..|.|..|::.....||..|
  Rat  1153 LLD---FNVDAILYCI-IFLLPPSTLIGCLILSMHLFIYRISREESIVEPFLVFLIPLLHVFIFI 1213

  Fly  1314 IIV--LEFRLINELM-----FKI---RQLISKPPPPPTEGQLDDDVANERERILQ-MSSNELATK 1367
            ..:  ||::...:.|     |:|   ...:.:.|..| ||: |:||..||.|... ::|.....|
  Rat  1214 FTLRCLEWKFGKKTMRKDPIFRISPRNNDVHQNPEEP-EGE-DEDVQMERMRTASALASTSFDEK 1276

  Fly  1368 NLVLDRVTK--YYGQF----------MAVNQVSLCVQEVECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERI 1420
            .:::....:  |.|::          :|...||.||::.|..||||.|||||:|:.||::||.:.
  Rat  1277 PVIVASCLRKEYAGKWKHCLSKKKAKIATRNVSFCVRKGEILGLLGHNGAGKSTSLKMISGDTKS 1341

  Fly  1421 SSGAAYVQGLSLESNMNSIYKMIGYCPQFDALLDDLTGREVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAK 1485
            ::|...::|    |........:|||||.:||..:||.:|.|.:|..:.|:.:|........||.
  Rat  1342 TAGQVLLKG----SREGDALGFLGYCPQENALWPNLTVKEHLEVFATVLGLSKSHAAVTITRLAD 1402

  Fly  1486 SFGFMKHIDKQTHAYSGGNKRKLSTAIAVIGSPSVIYLDEPTTGMDPAARRQLWNMV-CRIRDSG 1549
            :......:.......|.|.||||...::::|:||::.||||:||:||..::|:|..: ..|:::.
  Rat  1403 ALQLQDQLKSPVKTLSEGVKRKLCFVLSILGNPSILLLDEPSTGLDPEGQQQIWQAIRAIIKNTD 1467

  Fly  1550 KSIVLTSHSMEECEALCTRLAIMVNGEFKCIGSTQHLKNKFSKGLILKIKVRRNLEALRQARLSG 1614
            :..:||:|.|.|.||||.|:||:|:|..:||||.||||:||.|..:|::||:    .|.|.    
  Rat  1468 RGALLTTHYMAEAEALCDRVAILVSGRLRCIGSIQHLKSKFGKDYLLEMKVK----TLEQV---- 1524

  Fly  1615 GYARNPDEQTVPAQMSQRDIDAVKEFVETE----YPNSILQEEYQGILTFYIPLTGVK-WSRIFG 1674
                                    |.:.||    :|.:..||.|..::.:.:|:..|: .|:.|.
  Rat  1525 ------------------------ELLNTEVLRLFPQAARQERYSPLMVYKLPVEDVQPLSQAFF 1565

  Fly  1675 LMESNRDQLNVEDYSVSQTTLEEIFLEFAKYQRED 1709
            .:|..:...::|:||:||:|||::|||.:|.|..|
  Rat  1566 KLEKVKQTFDLEEYSLSQSTLEQVFLELSKEQEMD 1600

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 440/1658 (27%)
Abca8NP_001417137.1 None

Return to query results.
Submit another query.