DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and Abca16

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_038957107.1 Gene:Abca16 / 293444 RGDID:1563534 Length:1680 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1776 Identity:585/1776 - (32%)
Similarity:936/1776 - (52%) Gaps:184/1776 - (10%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     8 DKFVLLLWKNWTLQWNHKWQMVIELVLPAIFSLLLVLVRTLVDTEQKGVRYYNEQNLTDLNLLQH 72
            ::..:|||||:||:.......|:|::...:|.::|::.|.|.|....|..::..|.:..:     
  Rat     7 NQLTVLLWKNFTLKKRQVLSTVMEVLAALLFVIMLLIFRALTDMNIAGPYHFTPQPIATM----- 66

  Fly    73 SLHRSSYLGKLIALIAPNRRRKNGGFSKFEFILCYSPVNPVLKKLVEEAWQSLG-----KNKICE 132
                .|::             |:.  .::|.|...|.:: |:.:::|:..::|.     :....|
  Rat    67 ----PSFI-------------KDA--QEWELIYIPSEID-VVTEIIEDVKRNLNITIKVRGFPSE 111

  Fly   133 SENATQLELDTVSKNAFAGVQFDDAWANLTENDPLPNDFHFALRFPAELRTATIAIANTWLTMRL 197
            .|....:..|..|:...|.:.||..:.|.|  ||||....:.|||....||........|.|..|
  Rat   112 VEFEEYILFDYTSQKVLAAIVFDCDFKNKT--DPLPLQVKYHLRFVGAQRTIWWPDKIGWKTRLL 174

  Fly   198 FPTIDLTGPRNEGDDDGGIPPGYLREGFLPLQHSLS---MAYLRQKSGEQDLPNV--VMKRYPFP 257
            ||......|||....||| .|||::||||.:||::.   |.|...::|::...|:  :::|:|:|
  Rat   175 FPNHPSLKPRNPNYLDGG-SPGYIKEGFLAVQHAVDKSIMLYHESRAGKELFENIDTLVQRFPYP 238

  Fly   258 AYIFDPLLEGMSSIMSLIILLSFIYPCTYITKYITAEKEKQLKEVMKIMGLSNWLHWTAWFVKSF 322
            ::..|.||...|..:.|:.:|.|......|.:.|..||||:|||...||||.||:.|..:|...|
  Rat   239 SHPQDKLLWISSPFIPLMFILMFSSIVLSIMRSIVFEKEKRLKEYQLIMGLRNWIIWMGYFFTFF 303

  Fly   323 IMLTISAILIAILVKINWSEDVAVLTHANFTALVFFLIIYIVSSICFCFMMATFFSRASTAAAVT 387
            .:......||.||:.|...|: .:|.:::.:.:..||..|.::||||.||::||||:...||:..
  Rat   304 PLYVAIIFLICILLFIQIVEE-PILRYSDCSFIFVFLTCYAIASICFAFMVSTFFSKTRLAASAG 367

  Fly   388 GLIWFIAYIPYSFTINSYDDLSLSSKLGWSLISNTAMGFGIKLILGFEGTGEGLQWSNFFTPVSV 452
            .|::|.::.||:|....|..|.|::|:...|.:|.|:..||.:::..|....|::|.|.:||.::
  Rat   368 NLLFFASFFPYNFISEYYGMLDLTTKITACLSANVALALGINILIKLEIQEIGVKWDNLWTPANL 432

  Fly   453 DDTLTLGAVMIMMLVSCVIYMIICLYVEQVMPGSFGVPRPWNFPFTREFWCGEREYTGV----ED 513
            :|.|..|.::.|:|:...:|.::..|||.|.||..|||:||.|...|.:|.|:.:...:    :.
  Rat   433 EDNLNFGYMLGMLLLDAFLYSLVTWYVEAVFPGQCGVPQPWYFFIMRSYWFGKPKIRKIGEEAKS 497

  Fly   514 IPNGHVEQRDPKAFETEPEGKHIGLQMRHLKKRFGNKMVVKGLSMNMFEDEITVLLGHNGAGKTT 578
            ||..|      ..:|.||.....|:|::||.|.|..|..:..||:|::|.::|||||||||||||
  Rat   498 IPVVH------NCYEAEPSNLEAGIQIKHLHKEFKTKPAINNLSLNIYEGQVTVLLGHNGAGKTT 556

  Fly   579 TISMLTGMFPPTSGTAIINGSDIRTNIEGARMSLGICPQHNVLFDEMSVSNHIRFFSRMKGLRGK 643
            |:|:|||.|..|.|.|.|||.:|..|:...|..||.||||::|||::::|.|:.|:..:||....
  Rat   557 TLSVLTGRFAATRGEAYINGYNISDNMAEIRKDLGFCPQHDLLFDDLTLSEHLFFYCMIKGHPQN 621

  Fly   644 AVEQEVAKYLKMIELEDKANVASSKLSGGMKRKLSVCCALCGDTKVVLCDEPSSGMDPSARRQLW 708
            ....|:.:.|.:..|::..:..|..:|||::||||:..||.|.:|||:.|||||||||.:||..|
  Rat   622 INCVEINRMLSVFNLQENYHTLSGSVSGGVRRKLSIILALMGGSKVVILDEPSSGMDPMSRRATW 686

  Fly   709 DLLQQEKVGRTLLLTTHFMDEADVLGDRIAIMCDGELKCQGTSFFLKKQYGSGYRLICVKRDDCE 773
            |:||..|..||:|||||:||||||||||||||..|.|.|.|:|.|||:.||:||.::..|...|:
  Rat   687 DILQHYKQNRTILLTTHYMDEADVLGDRIAIMVRGTLHCCGSSVFLKQIYGAGYHIVLEKEPYCD 751

  Fly   774 TNEVTALLNKYIPGLKPECDIGAELSYQLPDSASAKFEEMFGQLEEQSDELHLNGYGVGITSMEE 838
            .:.:.|::.:::||...|.|||.|||:.||....::||.:|.:||.:...|.:..:|..||:|||
  Rat   752 VDNIIAMIQQHVPGSMLENDIGNELSFILPKKYVSRFETLFTELEMRQKALGIANFGASITTMEE 816

  Fly   839 VFMKV---GAEKDNTGNIKD---QHEIMNGGSGFRGEDDNESVQ-----SDGIFSENRRLL---- 888
            ||:||   .|.:.:...|:.   .::.|.       :|:.::|.     :..||...|.:.    
  Rat   817 VFLKVNKLAAPQRSIQTIQPYYLTYKKMR-------QDEQQNVNILRNYNKPIFPYLREIATVKF 874

  Fly   889 -QGLQLLSNQWKAMLLKKFLYTWRNKLLLLIQNIMPVFFVVVTILIIKTQGTFQELKPITISLTQ 952
             .|:.|...|:.:|.:|:.|:..||..|:.:|.|  |..||.|.|::.......::....::|:.
  Rat   875 NTGVPLYRQQFYSMFIKRALFIGRNWKLMFLQII--VVLVVTTYLLLSLHLDDNDIPERELNLSH 937

  Fly   953 YPLAVTVLDRS-------NVQNGTGYEIANKYEDLARSYG--SNYGLELTGTQGFEDYILDLGKT 1008
            |...:.....|       |:.......:.:|.:.|.:..|  :||.||....:.|  .|:.|  :
  Rat   938 YGKTIVPYSISGNSDLALNLIKNLKIFLKSKNQSLKKIKGDMNNYILENKDCRTF--CIIAL--S 998

  Fly  1009 IQVRINSRYLVAATITESKITAWLNNQALHTAPLTVNMVHNAIADKLFGSSVKIQVTNAPLP--- 1070
            |:|..|          ::.:|.:.||:|.|:..::::::.|.:...|.|....|...|.|.|   
  Rat   999 IKVERN----------KTVLTIFFNNEAYHSPAISLSILDNILFMTLSGRDASITAFNKPQPLPH 1053

  Fly  1071 YTTSTLLSQLSTGNNLGTQLASNLCFCMCFVSSIYILFLIKERESRAKLLQFVGGVKVWTFWLSQ 1135
            |.::|:...       |.|:...|.|.:..|...:.:..:.||.|:||.:||:.||.|.|:|||.
  Rat  1054 YGSNTVPVN-------GLQIVQCLAFGISVVVGSFSIQTVTERISQAKHIQFLTGVCVLTYWLSA 1111

  Fly  1136 FICDFASYIVTALIVVITIVCFQETGLSTFGELGRY---------YLLLLLFGFAVLPFIYIMSL 1191
            .:||         ::.....|....|:..|.:|..:         .|:.:|:|:.|:|..|:.|.
  Rat  1112 LLCD---------LIFFFFACCVLLGIFRFCQLEAFVVHYNFLDTILIFMLYGWCVVPLTYLGSF 1167

  Fly  1192 FFREPATGFARVSIVNIFCGMALFIVVVVMSSELFDTKDTADIL-GWIFRIFPHFSLAMSLNKVY 1255
            .|......:.::::.|.|..|...|:..::.....|......|| ..|....|.::||||::|.:
  Rat  1168 LFNSSTAAYIKITLFNYFSTMFSIIIYTIVQFYGEDFPALIHILIKTILMALPSYNLAMSISKYF 1232

  Fly  1256 TNTATRNACAKAGALPPILLCELVPQCCNLKPY-----FAWEEPGVLPETVYMAVTGVVFFLIII 1315
            .:...:..||:.       ...:...|.  :|:     :.:.|.|:....:.:|..|:||.|:::
  Rat  1233 DDYEVKRLCARE-------FRSIYMDCS--EPFIQNNVYGFGEHGIGKFLITLATMGLVFLLLLL 1288

  Fly  1316 VLE--------FRLINELMF---KIRQLISKPPPPPTEGQLDDDVANERERILQMSSNELATKNL 1369
            .||        |...|.|.:   |||:.........|:...|:|:..|:.::..:.. .|....|
  Rat  1289 SLESVSSSLKNFVFRNVLFYFYNKIRKGRHGVHSKSTKEDEDEDIRKEKRKVFTLLL-RLQNTPL 1352

  Fly  1370 VLDRVTKYYGQ---FMAVNQVSLCVQEVECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERISSGAAYVQGLS 1431
            ||:.|||.|.:   ..||..:||.|::.|||||||:|||||||||||:||:|.|:||.|::.|.|
  Rat  1353 VLNEVTKIYFKCPVVKAVKNISLVVRKSECFGLLGLNGAGKTTTFKMLTGEETITSGIAFIDGNS 1417

  Fly  1432 LESNMNSIYKMIGYCPQFDALLDDLTGREVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAKSFGFMKHIDKQ 1496
            :..|...|...||||||.:::|:.:||||.|.::..|.||.|..|.:..|....|.......|:.
  Rat  1418 VTKNPRKIRSRIGYCPQSESVLNHMTGRESLIMYARLWGVPEQDINEYVEAFLHSVHLEPIADQI 1482

  Fly  1497 THAYSGGNKRKLSTAIAVIGSPSVIYLDEPTTGMDPAARRQLWNMVCRIRDSGKSIVLTSHSMEE 1561
            .:.||.|:||:||||||::|..||::||||:|||||.|:..||:.|..:..:||:|::|||.|||
  Rat  1483 IYTYSAGSKRRLSTAIALMGKSSVVFLDEPSTGMDPVAQHLLWDTVTWVCKTGKAIIITSHRMEE 1547

  Fly  1562 CEALCTRLAIMVNGEFKCIGSTQHLKNKFSK--GLILKIKVRRNLEALRQARLSGGYARNPDEQT 1624
            |||||:||||||.|:|.|:|:.||::.:|.:  .|.:||.:.::.|.:::               
  Rat  1548 CEALCSRLAIMVKGKFTCLGTPQHVRKRFGQVYTLTVKINIAKDEEKVKE--------------- 1597

  Fly  1625 VPAQMSQRDIDAVKEFVETEYPNSILQEEYQGILTFYIPLTGVKWSRIFGLMESNRDQLNVEDYS 1689
                        .|:|:::.:|.:|..:|:.|.:.:|||.|.:.|.::|.::|..:....:||||
  Rat  1598 ------------FKDFIKSTFPGNIKFQEFHGTIGYYIPSTEICWGKVFEILEEAKVLFKLEDYS 1650

  Fly  1690 VSQTTLEEIFLEFAKYQREDT 1710
            |.|.|||:|||.||...:..|
  Rat  1651 VKQVTLEQIFLTFANTDKMKT 1671

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 558/1638 (34%)
Abca16XP_038957107.1 rim_protein <163..1664 CDD:130324 540/1584 (34%)

Return to query results.
Submit another query.