DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and Abca13

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_063129860.1 Gene:Abca13 / 289797 RGDID:1305895 Length:4981 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2026 Identity:569/2026 - (28%)
Similarity:916/2026 - (45%) Gaps:467/2026 - (23%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    26 WQMVIELV-LPA--IFSLLL----------VLVRTLVDTEQKGVRYYNEQNLTDL-----NLLQH 72
            |....||. ||.  :||||:          ::.:||:.:|..|:.    ::|.|:     :::..
  Rat  3057 WFATRELCSLPGSQVFSLLVMMGQNLNLRSLIYKTLIPSEANGLL----KSLLDVIASLSSIVAR 3117

  Fly    73 SLHRSSYLG------KLIAL--------IAPNRRRKNGGFSKFEFI---LCYSP----------- 109
            :.|...||.      |:..|        ::.|...::..||.|:.:   ||...           
  Rat  3118 ARHTLEYLPEFLHTFKITTLLGMSDFQQVSTNGPARSSAFSSFQSVMKLLCKDQESFLSNSNMFI 3182

  Fly   110 ----VNPVLK-----------------KLVEE---------AWQSL-----GK----------NK 129
                ||.:|:                 ||.:|         .|..|     ||          |:
  Rat  3183 NLPRVNELLEDDKEKFNIPQDSTPFCLKLYQEILQSPNGALVWSFLKPVLHGKILYTPNSPEINE 3247

  Fly   130 ICESENATQLELDTV----------------SKNAFAGVQFDDAWAN-----------------L 161
            :.:..|.|...:|.:                |.|.....|..||..|                 |
  Rat  3248 VIQKANYTFYFVDKIKILSETFLKMSSLFQESGNGQMFKQLQDALRNKFIRNFVESQLHIDMDKL 3312

  Fly   162 TEN--------DPLPN-----DFHF-------------ALRFPA-------ELRTATIAIANTWL 193
            ||:        |.:.|     :|.|             ..||.|       |.:...:...|::|
  Rat  3313 TEDLQTYGQKLDKMFNHMEAGNFQFLGGILANLSSCVLLDRFQAVETVDTLETKAHELMQQNSFL 3377

  Fly   194 TMRLFPTIDLTGPRNEGDDDGGIPP--------------------------------------GY 220
            ...:|.:  ..|.|:.......:||                                      .|
  Rat  3378 ASIIFNS--SLGHRHIRSAPHKLPPHVTYTIRTNILYSMRTDMIKNPSWKFHPQNLPASGFKYNY 3440

  Fly   221 LREGFLPLQHSLSMAYLRQKSGEQDL-PNVVMKRYPFPAYIFDPLLEGMSSIMSLIILLSFIYPC 284
            :   |:|||..:..|.:..::|::.| |....:..|:|.:..|..|..:.....||::|:::...
  Rat  3441 I---FVPLQDMIERAIIVVQTGQESLEPTAQAQAAPYPCHTSDLFLNNVGFFFPLIMMLTWMVSV 3502

  Fly   285 TYITKYITAEKEKQLKEVMKIMGLSNWLHWTAWFVKSFIMLTISAILIAILVKINWSEDVAVLTH 349
            ..:.:.:..|:|.|::|.|:||||...:|:.:||:::...|.:|:..:|:::|::     .:..|
  Rat  3503 ASMVRKLVYEREIQIEEYMRIMGLHPVIHFLSWFLENMATLALSSAALALILKMS-----GIFMH 3562

  Fly   350 ANFTALVFFLIIYIVSSICFCFMMATFFSRASTAAAVTGLIWFIAYIPYSFTINSYDDLSLSSKL 414
            ::...:..:|:.:.||::...:.::.||::|:|||..|.|.:.|:::||...:..::.||.:.:.
  Rat  3563 SDAFIIFLYLLNFGVSAVMLSYFLSVFFNKANTAALCTSLGYMISFLPYVVLLVLHNQLSFALQT 3627

  Fly   415 GWSLISNTAMGFGIKLILGFEGTGEGLQWSNFFTPVSVDDTLTLGAVMIMMLVSCVIYMIICLYV 479
            ...|:|.||.|.|:..|...||..||:||.|.:. ......:|.|.|..|:|...::|.:...|.
  Rat  3628 LLCLLSTTAFGQGVFFITFLEGQEEGIQWGNMYR-APEPGGMTFGWVCWMILFDSILYFLGGWYF 3691

  Fly   480 EQVMPGSFGVPRPWNFPFTREFW---CG--EREYTGV--------EDIPN-GHVEQRDPKAFETE 530
            ..::||:||:.:||.||||..:|   ||  ||....:        ||..| |..:|..|    .|
  Rat  3692 SNLVPGTFGLGKPWYFPFTASYWKSICGLMERRRCSLSSGLFFFNEDFGNKGLSQQNGP----GE 3752

  Fly   531 PEGKHIGLQMRHLKKRF-GNKMVVKGLSMNMFEDEITVLLGHNGAGKTTTISMLTGMFPPTSGTA 594
            .||...|:.:..:.|.: .:|:.|:.|::....|:||.|||.|||||||.||||.|:|||||||.
  Rat  3753 MEGGSPGVALISVTKEYEDHKVAVQELTLTFHRDQITALLGTNGAGKTTIISMLMGLFPPTSGTI 3817

  Fly   595 IINGSDIRTNIEGARMSLGICPQHNVLFDEMSVSNHIRFFSRMKG--LRGKAVEQEVAKYLKMIE 657
            |:||.:::|:....|..||:||||:||.|.::|..|:..|:.:|.  ...|.:.|:|.|.|:.:|
  Rat  3818 IVNGKNLQTDFSKVREELGVCPQHDVLLDNLTVREHLMLFASIKAPWWTNKELRQQVNKTLEEVE 3882

  Fly   658 LEDKANVASSKLSGGMKRKLSVCCALCGDTKVVLCDEPSSGMDPSARRQLWDLLQQEKVGRTLLL 722
            |....:..:..||||||||||:..|..|.:|.|:.||||||:||.:||.||::|.:.:.|||::.
  Rat  3883 LTQHQHKPARVLSGGMKRKLSIGIAFMGMSKTVVLDEPSSGVDPCSRRSLWNILLKYRKGRTIIF 3947

  Fly   723 TTHFMDEADVLGDRIAIMCDGELKCQGTSFFLKKQYGSGYRLICVKRDD-CETNE------VTAL 780
            |||.:|||:||.|.:|::..|.|:|......||:.||.|..|...|:.. .|:.|      ||:|
  Rat  3948 TTHHLDEAEVLSDHVAVLQQGRLRCYAPPAGLKETYGQGLTLTLSKQPSVLESQEPKDVARVTSL 4012

  Fly   781 LNKYIPGLKPECDIGAELSYQLP-DSASAKFEEMFGQLEEQSDELHLNGYGVGITSMEEVFMKVG 844
            :..|||....:...|.||:|.:| |:....|:.:...|::....|||.|||:..|::||||:.:.
  Rat  4013 IQVYIPQAFLKDSNGGELTYTIPKDADKTCFKGLCQALDQNLQHLHLTGYGISDTTLEEVFLMLL 4077

  Fly   845 AEKDNTGNIKDQHEIMNGGSGFRGEDDNES-----VQSDGIFSENRRL-------LQGLQLLSNQ 897
            .:.:....|...:::         |..||.     ::..|  |..|.|       :.|.|||..|
  Rat  4078 QDTNKKSYITPDNKL---------ESQNEKPVGPCLRHCG--SLMRTLPDSLPEPMGGCQLLLGQ 4131

  Fly   898 WKAMLLKKFLYT---WRNKLLLLIQNIMPVFFVVVTILIIKTQGTFQELKPITISLTQYPLAVTV 959
            ..|:|.|:.|:|   |::....|   .:||.||.:.:      |.|. ::|:.|  |..||.:| 
  Rat  4132 AGALLRKRLLHTLRAWKSTTSDL---FLPVLFVALAM------GLFM-VQPLAI--TYPPLKLT- 4183

  Fly   960 LDRSNVQNGTG-YEIANKY--------EDLA---------------------------------- 981
                     .| ||.|..|        .||.                                  
  Rat  4184 ---------PGHYETAEAYFFSSGNHDPDLTHVLLRRFGDQDPVCSDAQWVNSSSWHRDPYSGPE 4239

  Fly   982 ------------RSYGSNY-----GLELTGTQGF--EDYILDL-------GKTIQVRI-NSRYLV 1019
                        :|.|:.|     |..|....|:  |:|:|..       |.:..|:| |....|
  Rat  4240 FQDSCGCLKCPNKSAGAPYLTNCLGHTLLNLSGYDVEEYLLVPSAKPRLGGWSFGVQIPNEAEDV 4304

  Fly  1020 AATITESKITA--WLNNQALHTAPLTVNMVHNAI---------AD-KLFGSSVKIQVTNAPLPYT 1072
            ....::.|..|  |.|.:..|:.|..:|.::|.|         || :.:|      :|....|| 
  Rat  4305 KTNTSKPKTLAKVWYNQKGFHSLPSYLNHLNNLILWQNLPAHAADWRQYG------ITLYSHPY- 4362

  Fly  1073 TSTLLSQLSTGNNLGTQLASNLCFC---MCFVSSIYIL------FLIKERESRAKLLQFVGGVKV 1128
            ...||::        .::..::..|   :|.|....||      .::|:|.:.||.||.:.|:..
  Rat  4363 GGALLNE--------DRILESIRQCGVALCIVLGFSILSASIGSSVVKDRVTGAKRLQHISGLGY 4419

  Fly  1129 WTFWLSQFICDFASYIVTALIVVITIVCFQETGLSTFGELGRYYLLLLLFGFAVLPFIYIMSLFF 1193
            .|:||..|:.|...|:|:..:.|..|..||.|..:....|....|||.|||:|::|::|::|..|
  Rat  4420 RTYWLINFLYDMLFYLVSVCLCVAIIAAFQLTAFTFRENLAATALLLALFGYAMIPWMYLISRIF 4484

  Fly  1194 REPATGFARVSIVNIFCGMALFIV-----VVVMSSELFDTKDTADILGWIFRIFPHFSLAMSLNK 1253
            ......|.....:|...|:...::     ::.:.|:....:...|:|.|:|.|||.|.|...|.:
  Rat  4485 SSSDVAFISYISLNFIFGLCTMLMTTMPRLLAIISKAQSLQKIYDVLKWVFTIFPQFCLGQGLIE 4549

  Fly  1254 VYTNTATRNACAKAGALPPILLCELVPQCCNLKPYFAWEEPGVLPETVYMAVT--GVVFFLIIIV 1316
            :..|....:.....|....:...|:        .:..|         :::.:|  |....|:.|:
  Rat  4550 LCYNQIKYDLTHNFGIDSYVSPFEI--------NFLGW---------IFVELTLQGTFLLLLRIL 4597

  Fly  1317 LEFRLIN-ELMFKIRQLISKPPPPPTEGQLDDDVANERERILQMSSNELATKNLVLDRVTKYY-- 1378
            |....:. .......|.|.||..       |.||..|:.|:|:   .......|||..::|.|  
  Rat  4598 LHGDCLRWPRGHSALQDIVKPVK-------DIDVEKEQMRVLE---GRTGGDMLVLCNLSKSYRG 4652

  Fly  1379 ---GQFMAVNQVSLCVQEVECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERISSGAAYV---QGLSLE-SNM 1436
               |:..||:.:||.:...|||||||||||||:||||::.|:...|||.|.:   ||..:: ::.
  Rat  4653 VCRGKTTAVHGISLGISRGECFGLLGVNGAGKSTTFKILNGETPPSSGYATIRTPQGDMVDLASA 4717

  Fly  1437 NSIYKMIGYCPQFDALLDDLTGREVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAKSFGFMKHIDKQTHAYS 1501
            ..:..:||||||.|||.:.|||.|.|:.:|.|||:.:..|.:::.||.:......|:||....||
  Rat  4718 GKVGVLIGYCPQQDALDELLTGWEHLQYYCRLRGIPKQNIPEVAADLVRRLHLELHVDKPVATYS 4782

  Fly  1502 GGNKRKLSTAIAVIGSPSVIYLDEPTTGMDPAARRQLWNMVCR-IRDSGKSIVLTSHSMEECEAL 1565
            ||.:||||||:|::|.|.::.||||::||||.::|.||..:.: :|| |.:.|||||||||||||
  Rat  4783 GGTRRKLSTALALVGKPDILLLDEPSSGMDPCSKRYLWQTITQEVRD-GCAAVLTSHSMEECEAL 4846

  Fly  1566 CTRLAIMVNGEFKCIGSTQHLKNKFSKGLILKIKVRRNLEALRQARLSGGYARNPDEQTVPAQMS 1630
            ||||||||:|.|:|:||.||:||:|..|..:|:.:.:                   |.:.|:   
  Rat  4847 CTRLAIMVDGSFRCLGSPQHIKNRFGDGYTVKVWLHK-------------------EGSQPS--- 4889

  Fly  1631 QRDIDAVKEFVETEYPNSILQEEYQGILTFYIPLTGVKWSRIFGLMESNRDQLNVEDYSVSQTTL 1695
                 ||.:.::..:|....:.:...:|.:::..:......:|.::|:|:..|.:|.||:|||.|
  Rat  4890 -----AVSDCLKLHFPGIQFKGQRLNLLEYHVQKSWECLPDLFRVLETNKSLLKIEHYSISQTAL 4949

  Fly  1696 EEIFLEFAKYQ 1706
            |::|:.||..|
  Rat  4950 EQVFVNFATEQ 4960

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 531/1824 (29%)
Abca13XP_063129860.1 None

Return to query results.
Submit another query.