DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and abt-4

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_503175.1 Gene:abt-4 / 178559 WormBaseID:WBGene00000022 Length:1802 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1870 Identity:586/1870 - (31%)
Similarity:909/1870 - (48%) Gaps:298/1870 - (15%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    12 LLLWKNWTLQWNHKWQMVIELVLPAI-----FSLLLVLVRTLVDTEQKGVRYYNEQNLTDLNLLQ 71
            |||||||..|....|..:.|||:|.|     |.||:            |.....|...|:.....
 Worm     9 LLLWKNWLQQLRSPWFALFELVVPLILIGASFGLLI------------GFSGQFETTYTERKYAA 61

  Fly    72 HSLHRSSYLGKLIALIAPNRRRKNG----------------------GFSKF--EFILCYSPVNP 112
            ..:..|:|  .||....|:...|:.                      |.:|:  :.|..|:|:..
 Worm    62 WPVSGSAY--DLIMPTDPDDPIKSAIVEPYFLFNSQLTCQFLNTYTIGVNKYRMDIIFAYAPMTD 124

  Fly   113 VLKKLVEEAWQSLGKNKICESENA------------------------TQLELDTVSKNAF---- 149
            ..|:::::.......|.:.....|                        |:.|:.:..:..|    
 Worm   125 ATKQIMDKIQNRYTANDLLNPVAAYIKGLYNITAVPVLNTNMTYKGFTTEGEMVSWMQGQFQSEC 189

  Fly   150 -----AGVQFDDAWANLTENDPLPNDFHFALRFPAELRTATIAIANT---WLTMRLFPTIDLTGP 206
                 ||:.|||:.|...:| |...||.:.:|.....|.:..|..:.   |.|...|....::||
 Worm   190 DNPLLAGIVFDDSIAKDLKN-PDKRDFTYTIRLSNTHRRSRNAFGDNSYPWDTSVSFAVQYVSGP 253

  Fly   207 RNEGDDDGGIPPGYLREGFLPLQHSLSMAYLRQKSGEQD-----LPNVVMKRYPFPAYIFDPLLE 266
            .|..|:||| .|||.:|||:.:|.::.:|.....:||..     |.:..:.|:|||.| ...::|
 Worm   254 INPDDNDGG-SPGYWQEGFMTVQRAVDVAITEIITGEDAQLTPLLDSYQVSRFPFPGY-STKIIE 316

  Fly   267 GMSSIMSLIILLSFIYPCTYITKYITAEKEKQLKEVMKIMGLSNWLHWTAWFVKSFIMLTISAIL 331
            ..:..|.:|::.||:....||.:.:..|||.:|||.|::||||.:::|.|.|:.::..||.:.|:
 Worm   317 IGAFFMPVIVIFSFMTSVIYIVRAVVVEKEDRLKEYMRVMGLSQFINWVAHFIINYAKLTFAVIV 381

  Fly   332 IAILVKINWSEDVAVLTHANFTALVFFLIIYIVSSICFCFMMATFFSRASTAAAVTGLIWFIAYI 396
            :.||:..       |...::.|.:..||:||....:.|.||:::|.:.|::|..::.:.|.:.|.
 Worm   382 LTILMHF-------VALKSDMTLMFVFLMIYAFDVVYFAFMISSFMNSATSATLISVVFWMLLYF 439

  Fly   397 PYSFTINSYDDLSLSSKLGWSLIS----NTAMGFGIKLILGFEGTGEGLQWSNFFTPVSVDDTLT 457
            .|:| .:|.|..: ...||:.||:    :.|:.:|::|:..:|...:||:|...|||.|.|:.||
 Worm   440 WYAF-FSSIDQTN-PYPLGYRLINCINPDIALNYGLQLLAAYETQADGLKWGELFTPPSPDNNLT 502

  Fly   458 LGAVMIMMLVSCVIYMIICLYVEQVMPGSFGVP-RPWNFPFTREFWCGEREYTGVEDIPNG---- 517
            .|..:|.::|..:|.:|:..|:|.|:||..||| :||.|... .:|           .||.    
 Worm   503 FGHALIALIVDGIIMIILTWYIEAVIPGGEGVPQKPWFFVLP-SYW-----------FPNSGSKT 555

  Fly   518 --------HVEQRDPKAFETEPEGKHIGLQMRHLKKRF----------------GNKMVVKGLSM 558
                    .::..|....|.||......:.:.:|.|.:                |.|..|..|::
 Worm   556 VDSSDQFQQIQYADHVKLEKEPTDLIPTINVVNLTKTYGTSFFKKLFDCKFGKSGEKRAVSNLNL 620

  Fly   559 NMFEDEITVLLGHNGAGKTTTISMLTGMFPPTSGTAIINGSDIRTNIEGARMSLGICPQHNVLFD 623
            .|:..:.|||||||||||:||.|||||:..|:||:|.:|..||||::...|..:|:|||:|.||.
 Worm   621 KMYPGQCTVLLGHNGAGKSTTFSMLTGVASPSSGSAYVNDFDIRTSLPKIRREMGLCPQYNTLFG 685

  Fly   624 EMSVSNHIRFFSRMKGLRGKAVEQEVAKYLKMIELEDKANVASSKLSGGMKRKLSVCCALCGDTK 688
            .|:|..|:.||:::|.....  .:|..:.|..:.::.||:..:..||||.|||||:..||.|.::
 Worm   686 FMTVMEHLEFFAKLKERTWD--PEEAREILARLRIDFKADFMAGALSGGQKRKLSLAIALIGGSE 748

  Fly   689 VVLCDEPSSGMDPSARRQLWDLLQQEKVGRTLLLTTHFMDEADVLGDRIAIMCDGELKCQGTSFF 753
            ||:.|||:|||||.||.:.|.|:|:||..||:|||||||:|||:||||||||..|:|:|.|:..|
 Worm   749 VVMLDEPTSGMDPGARHETWTLIQREKERRTILLTTHFMEEADLLGDRIAIMAHGQLECCGSPMF 813

  Fly   754 LKKQYGSGYRLICVKRDDCETNEV---TALLNKYIPGLKPECDIGAELSYQLPDSASAKFEEMFG 815
            ||:|||.||.|..| .|...|.:|   |.::.:|||.......||.|.:|.|..:....|.::|.
 Worm   814 LKQQYGDGYHLTIV-YDTTSTPDVSKTTDIIREYIPEAHVFSYIGQEATYLLSATHRPIFPKLFK 877

  Fly   816 QLEEQSDELHLNGYGVGITSMEEVFMKVGAEKDNTGNIKDQHEIMNGGSGFRGEDDNESVQSDGI 880
            :||:...:..:..:||.||:|||||:|||...|...|.  :|.|.|        |.:|.::.|..
 Worm   878 ELEDHQTQCGITSFGVSITTMEEVFLKVGHTADERYNY--EHGIEN--------DISEMIEKDDP 932

  Fly   881 FSENRRL---LQGLQLLSNQWKAMLLKKFLYTWRNKLLLLIQNIMPVFFVVVTILIIKTQGTFQE 942
            ..::.|.   :.|..|.....|||..|:.::.:|.....|.|.:.||.::|:.:...:...:.:|
 Worm   933 ILQDLRAQVRVTGFTLQMQHAKAMFYKRAIFFFRKWTQFLPQLVFPVAYLVLMVFTSQVLPSVKE 997

  Fly   943 LKPITISL-------------------------------------TQYPLAVTVLD-RSNVQ--- 966
            ..|.||||                                     ||..:..||:| .|||:   
 Worm   998 QDPQTISLAPFSDTKKAGHLVSDSGNYVTLLGGSQNLSSMVQGTVTQLGVTQTVVDITSNVEKFI 1062

  Fly   967 ----NGTGYEIANKYEDLARSYGSNYGLELTGTQGFEDYILDLGKTIQVRINSRYLVAATITESK 1027
                |..|          :|::|.:|.|      ||...:.:.               :|::...
 Worm  1063 MDQTNAMG----------SRTFGLHYAL------GFVPSMFNF---------------STVSVPS 1096

  Fly  1028 ITAWLNNQALHTAPLTVNMVHNAIADKLFGSSVKIQVTNAPLPYTTSTLLSQLSTGNNLGTQLAS 1092
            :..:.||..|:|..|.:....:.|..:...........|.|||.:|...|...:..:.....:|.
 Worm  1097 LKTFFNNFGLYTPALAITFTDSMILSQKQKKQYSFTAVNHPLPPSTQDTLKNTNRSDGAAFLIAY 1161

  Fly  1093 NL--CFCMCFVSSIYILFLIKERESRAKLLQFVGGVKVWTFWLSQFICDFASYIVTALIVVITIV 1155
            .|  .|.:|...  |..|||.||:.::|.:|.:.|::.|.|||:.||.|.|.:::..|.......
 Worm  1162 GLIVSFAVCVAG--YSQFLITERKKKSKHMQLLSGIRPWMFWLTAFIWDAAWFVIRILCFDAIFY 1224

  Fly  1156 CFQETGLS-TFGELGRYYLLLLLFGFAVLPFIYIMSLFFREPATGFARVSIVNIFCGMALFIVVV 1219
            .|..|..: .||.:....|..||:|:..|||.|....||.....||..|::.:|..||...|.|.
 Worm  1225 IFNITAYTHDFGVMLILTLSFLLYGWTALPFTYWFQFFFESAPKGFMMVTMYHILTGMIGSIAVP 1289

  Fly  1220 VMSSELFDTKDTADILGWIFR-IFPHFSLAMSLNKVYTNTATRNACAKAGALPPILLCELVPQCC 1283
            ::|..  .:.|...:...||. :||.::::......:.|...|.||.|.....|:.  :.|..||
 Worm  1290 IISQT--SSLDAGYLWSIIFAWLFPTYNISQIATVTFQNENVRIACKKLDCTIPMF--KAVTACC 1350

  Fly  1284 NL--------KPYFAWEEPGVLPETVYMAVTGVVFFLIIIVLEFRLINELMFKIRQLI-SKPPPP 1339
            ..        ...|.....|:|...:::||.|.::::.:.:.|    |:...|:..|| .:....
 Worm  1351 GTASERLYVDNVLFVGNRKGILVYVIFLAVQGFIYWIWVFMRE----NDQFTKLFALIRCRKADN 1411

  Fly  1340 PTEGQLDDDVANERE----------RILQMSSNELATKNLVLDRVTKYYGQFMAVNQVSLCVQEV 1394
            |.....|.|..:||:          .::|..:|...|. ||.:.:.|:||.|.||..|:..|...
 Worm  1412 PIWDITDTDKVDERDVEDSDVIAEKSVVQRLANNNKTA-LVSNNLVKWYGNFNAVKGVNFHVNSK 1475

  Fly  1395 ECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERISSGAAYVQGLSLESNMNSIYKMIGYCPQFDALLDDLTGR 1459
            :|||||||||||||:||:|:||:..||||.|||.|.|:::|........|||||:||::.:::|.
 Worm  1476 DCFGLLGVNGAGKTSTFQMLTGENSISSGDAYVNGWSVKNNWREAGANTGYCPQYDAIIKEMSGE 1540

  Fly  1460 EVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAKSFGFMKHIDKQTHAYSGGNKRKLSTAIAVIGSPSVIYLD 1524
            |.|.:|..:||:.|..|.:....:..:.|...:..:|...|||||||:||..||::|.|.|:.||
 Worm  1541 ETLYMFARIRGIPEKDIPKKVNAVIHAIGIGMYASRQIKTYSGGNKRRLSLGIAIVGLPDVLLLD 1605

  Fly  1525 EPTTGMDPAARRQLWNMVCRIRDSGKSIVLTSHSMEECEALCTRLAIMVNGEFKCIGSTQHLKNK 1589
            |||:|:||.|||.:||::.|:||.|.::|||||||:|||||||.|||||.|:|:|.||.||:|::
 Worm  1606 EPTSGVDPKARRIIWNILNRLRDLGTALVLTSHSMDECEALCTELAIMVYGKFRCYGSCQHIKSR 1670

  Fly  1590 FSKGLILKIKVRRNLEALRQARLSGGYARNPDEQTVPAQMSQRDIDAVKEFVETEYPNSILQEEY 1654
            :..|..|.|:::.               ||..|:|             |..::..:..|:::||:
 Worm  1671 YGSGYTLLIRLKN---------------RNDAEKT-------------KSTIKQTFRGSVIKEEH 1707

  Fly  1655 QGILTFYIPLTGVKWSRIFGLMESNRDQLNVEDYSVSQTTLEEIFLEFAK 1704
            ...|.|.||..|..|||:|..:|:....||.:|||:||||||::|:||::
 Worm  1708 VLQLNFDIPRDGDSWSRLFEKLETVSTSLNWDDYSLSQTTLEQVFIEFSR 1757

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 552/1692 (33%)
abt-4NP_503175.1 rim_protein <270..1764 CDD:130324 522/1593 (33%)

Return to query results.
Submit another query.