DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and ced-7

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001255012.1 Gene:ced-7 / 176352 WormBaseID:WBGene00000421 Length:1758 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1851 Identity:518/1851 - (27%)
Similarity:855/1851 - (46%) Gaps:310/1851 - (16%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     3 KVTNWDKFVLLLWKNWTLQWNHKWQMVIELVLPAIF--SLLLVLVRTLVDTEQKGVRYYNEQ--- 62
            |:....:|.|||||:|.|...:|...:.||::|.:.  .|:.::|:....|......|.|.|   
 Worm    67 KMNRLRQFSLLLWKDWVLLRRNKVWTLFELIIPCLLLGPLVYLVVKNADHTSSPENIYDNFQVKG 131

  Fly    63 NLTDLNLLQHSLHRSSYLGKLIALIAPNRRRKNGGFSKFEFILCYSPVNPVLKKLVE-------E 120
            .:.|:.|      .|::       |.|..:|   ...:.:.::.|:..:...|:.|:       |
 Worm   132 TVEDVFL------ESNF-------IKPIYKR---WCLRSDVVVGYTSKDAAAKRTVDDLMKKFAE 180

  Fly   121 AWQSLGKNKICESENATQLELDTVSKNAF--------------AGVQFDDAWANLTENDPLPNDF 171
            .:|| .|.|:.....:::.:|.||.:|..              |||.||:  .::| |..|  ::
 Worm   181 RFQS-AKLKLSVKNESSEEQLLTVLRNDLPMLNETFCAINSYAAGVVFDE--VDVT-NKKL--NY 239

  Fly   172 HFAL-RFPAELRTATIAIANTW-LTMRLFPTIDLTGPRNEGDDDG---GIP--PGYLREGFLPLQ 229
            ...| :.|.|          || ||.        |.....|...|   .||  |.|....||..|
 Worm   240 RILLGKTPEE----------TWHLTE--------TSYNPYGPSSGRYSRIPSSPPYWTSAFLTFQ 286

  Fly   230 HSLSMAYLRQ-KSGEQDLPNVVMKRYPFPAYIFDPLLEGMSSIMSLIILLSFIYP------CTYI 287
            |::..::|.. :||..||| :.::..|.|.|       ..||:.:.|....||:.      ..:|
 Worm   287 HAIESSFLSSVQSGAPDLP-ITLRGLPEPRY-------KTSSVSAFIDFFPFIWAFVTFINVIHI 343

  Fly   288 TKYITAEKEKQLKEVMKIMGLSNWLHWTAWFVKSFIMLTISAILIAILVKINWSEDVAVLTHANF 352
            |:.|.||.. .:|..:..||||.::.:.|..|.:|:...:  |.:..::.:.:     |:...:.
 Worm   344 TREIAAENH-AVKPYLTAMGLSTFMFYAAHVVMAFLKFFV--IFLCSIIPLTF-----VMEFVSP 400

  Fly   353 TALVFFLIIYIVSSICFCFMMATFFSRASTAAAVTGLIWFIAYIPYSFTINSYDDLSLSSKLGWS 417
            .||:..:::|.:.::.|...:|:||:..::|.....:.|. |.|..|:.:....| .:||...:.
 Worm   401 AALIVTVLMYGLGAVIFGAFVASFFNNTNSAIKAILVAWG-AMIGISYKLRPELD-QISSCFLYG 463

  Fly   418 LISNTAMGFGIKLILGFEGTGEGLQWSNFFTPVSVDDTLTLGAVMIMMLVSCVIYMIICLYVEQV 482
            |..|.|....::.|..:......|..:|.|...|:.  .:||..::||:|..:...|..|.|:.:
 Worm   464 LNINGAFALAVEAISDYMRRERELNLTNMFNDSSLH--FSLGWALVMMIVDILWMSIGALVVDHI 526

  Fly   483 MPGS-FGVPRPWNFPFTREFWCGEREYTGVEDIPNGHVEQRDPKAF----------------ETE 530
            ...: |.:...::|....:   .|.:..||........||.:|.|.                .||
 Worm   527 RTSADFSLRTLFDFEAPED---DENQTDGVTAQNTRINEQMNPMASTSLNPPNADSDSLLEGSTE 588

  Fly   531 PEG----KHIGLQMRHLKKRFG--NKMVVKGLSMNMFEDEITVLLGHNGAGKTTTISMLTGMFPP 589
            .:|    ....:.:|:|.|.:.  .:..|.|||:.....:.::|||||||||:||.|.:.|:..|
 Worm   589 ADGARDTARADIIVRNLVKIWSTTGERAVDGLSLRAVRGQCSILLGHNGAGKSTTFSSIAGIIRP 653

  Fly   590 TSGTAIINGSDIRTNIEGARMSLGICPQHNVLFDEMSVSNHIRFFSRMKGLRGKAVEQEVAKYLK 654
            |:|...|.|.|:.......|..:|:|||:|.|:|:::||.|::....:||.|.|..:|::.:.|.
 Worm   654 TNGRITICGYDVGNEPGETRRHIGMCPQYNPLYDQLTVSEHLKLVYGLKGAREKDFKQDMKRLLS 718

  Fly   655 MIELEDKANVASSKLSGGMKRKLSVCCALCGDTKVVLCDEPSSGMDPSARRQLWDLLQQEKVGRT 719
            .::|:.|.|..:..|||||||||.||.||.||::|||.|||::||||.||:.:..|:::||..||
 Worm   719 DVKLDFKENEKAVNLSGGMKRKLCVCMALIGDSEVVLLDEPTAGMDPGARQDVQKLVEREKANRT 783

  Fly   720 LLLTTHFMDEADVLGDRIAIMCDGELKCQGTSFFLKKQYGSGYRLICVKRDDCETNEVTALLNKY 784
            :|||||:||||:.|||.:.||..|:|...||:.:||:::|:||.|..|...:.:..::..:|...
 Worm   784 ILLTTHYMDEAERLGDWVFIMSHGKLVASGTNQYLKQKFGTGYLLTVVLDHNGDKRKMAVILTDV 848

  Fly   785 IPGLKPECD----IGAELSYQLPDSASAKFEEMFGQLEEQSDE--------------------LH 825
            ......|.:    .|.::...||::...:|..:|..||...|.                    |.
 Worm   849 CTHYVKEAERGEMHGQQIEIILPEARKKEFVPLFQALEAIQDRNYRSNVFDNMPNTLKSQLATLE 913

  Fly   826 LNGYGVGITSMEEVFMKVGAEKD----NTGNIKDQHEIMNGG------SGFRGEDDNESVQSDGI 880
            :..:|:.:.::|:||:.:|.:.|    :..|.:..|...|..      :|:..:...:|..|   
 Worm   914 MRSFGLSLNTLEQVFITIGDKVDKAIASRQNSRISHNSRNASEPSLKPAGYDTQSSTKSADS--- 975

  Fly   881 FSENRRLL---------QGLQLLSNQWKAMLLKKFLYTWRNKLLLLIQNIMPVFF--VVVTILII 934
               .::|:         .|:..:..|:.:::.|||||:.||...|..|.::|:..  :|.::..:
 Worm   976 ---YQKLMDSQARGPEKSGVAKMVAQFISIMRKKFLYSRRNWAQLFTQVLIPIILLGLVGSLTTL 1037

  Fly   935 KTQGTFQ-ELKPITISLTQYPLAVTVLDRSNV----QNGTGYEIANKYEDLARSYGSNYGLELTG 994
            |:..|.| .::.:|.|         .::.|.|    :|||..|.|..:|.:.|..|         
 Worm  1038 KSNNTDQFSVRSLTPS---------GIEPSKVVWRFENGTIPEEAANFEKILRKSG--------- 1084

  Fly   995 TQGFEDYILDLG-KTIQVRINSRYL-------VAATITESKITAWLNNQALHTAPLTVNMVHNAI 1051
              |||  :|:.. |.....|....:       :..|:....:.|..|.:..|..|..::|::.| 
 Worm  1085 --GFE--VLNYNTKNPLPNITKSLIGEMPPATIGMTMNSDNLEALFNMRYYHVLPTLISMINRA- 1144

  Fly  1052 ADKLFGSSVKIQVTNAPLPYTTSTLLSQLSTGNNLGTQLASNLCFCMCFVSSIYILFLIKERESR 1116
              :|.| :|..::::....|:.||..|.|.....:...||..|......|:|.:::|||:||..:
 Worm  1145 --RLTG-TVDAEISSGVFLYSKSTSNSNLLPSQLIDVLLAPMLILIFAMVTSTFVMFLIEERTCQ 1206

  Fly  1117 AKLLQFVGGVKVWTFWLSQFICDFASYIVTALIVVITIVCFQETGLSTFGELGRYYLLLLLFGFA 1181
            ....||:.|:...||:.:..|.|...|.:..||.:...:.|.    ..:..|....|...|:.|:
 Worm  1207 FAHQQFLTGISPITFYSASLIYDGILYSLICLIFLFMFLAFH----WMYDHLAIVILFWFLYFFS 1267

  Fly  1182 VLPFIYIMSLFFREPATGFARVSIVNIFCGMALFIVVVVMSSELFDTKDTADILGWIFRIFPHFS 1246
            .:||||.:|..|:.|       |..|:.    |.|..||:|.        |.:|. :|.||..|:
 Worm  1268 SVPFIYAVSFLFQSP-------SKANVL----LIIWQVVISG--------AALLA-VFLIFMIFN 1312

  Fly  1247 LAMSLNKVYTNT--------ATRNACAKAGALPPILLCELVPQCCNLKPYFAWEEPGVLPETVYM 1303
            :...|..:..|.        |..:|.........||..|   :..|      |:..|  .....|
 Worm  1313 IDEWLKSILVNIFMFLLPSYAFGSAIITINTYGMILPSE---ELMN------WDHCG--KNAWLM 1366

  Fly  1304 AVTGVVFFLIIIVLEFRLINELMFKIRQL--ISKPPPPPTEGQLD--DDVANERERILQMSSNEL 1364
            ...||..|.:.::|:|:.:...:.::..:  .|.....|..|.|.  :.|:.||||:.:::|...
 Worm  1367 GTFGVCSFALFVLLQFKFVRRFLSQVWTVRRSSHNNVQPMMGDLPVCESVSEERERVHRVNSQNS 1431

  Fly  1365 ATKNLVLDRVTKYYGQFMAVNQVSLCVQEVECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERISSGAAYVQG 1429
            |   ||:..:||.:|:|.|||::.|.|.:.|||||||||||||||||.::||....|||.|.:.|
 Worm  1432 A---LVIKDLTKTFGRFTAVNELCLAVDQKECFGLLGVNGAGKTTTFNILTGQSFASSGEAMIGG 1493

  Fly  1430 LSLESNMNSIYKMIGYCPQFDALLDDLTGREVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAKSFGFMKHID 1494
            ..:...::     ||||||||||:.||||||.|.|...:.|.:..:.:  :|.:.:..|.:.|.|
 Worm  1494 RDVTELIS-----IGYCPQFDALMLDLTGRESLEILAQMHGFENYKAK--AELILECVGMIAHAD 1551

  Fly  1495 KQTHAYSGGNKRKLSTAIAVIGSPSVIYLDEPTTGMDPAARRQLWNMV--CRIRDSGKSIVLTSH 1557
            |....||||.|||:|..:|::....:|.|||||.|:||.|||::|.::  || ..|..:::||||
 Worm  1552 KLVRFYSGGQKRKISVGVALLAPTQMIILDEPTAGIDPKARREVWELLLWCR-EHSNSALMLTSH 1615

  Fly  1558 SMEECEALCTRLAIMVNGEFKCIGSTQHLKNKFSKGLILKIKVRRNLEALRQARLSGGYARNPDE 1622
            ||:||||||:|:|::..|....|||:|.||:.:.....:.:.:               |..|   
 Worm  1616 SMDECEALCSRIAVLNRGSLIAIGSSQELKSLYGNNYTMTLSL---------------YEPN--- 1662

  Fly  1623 QTVPAQMSQRDIDAVKEFVETEYPNSILQEEYQG---ILTFYIPLTGVK-WSRIFGLMESNRDQL 1683
                    |||:  |.:.|:|..|||:|:.....   .|.:.||..... ||..|.::::....|
 Worm  1663 --------QRDM--VVQLVQTRLPNSVLKTTSTNKTLNLKWQIPKEKEDCWSAKFEMVQALAKDL 1717

  Fly  1684 NVEDYSVSQTTLEEIFLEFAKYQRE--DTRA 1712
            .|:|:.::|::|||.||..|....:  ||.:
 Worm  1718 GVKDFILAQSSLEETFLRLAGLDEDQLDTHS 1748

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 483/1697 (28%)
ced-7NP_001255012.1 rim_protein 68..>115 CDD:130324 14/46 (30%)
rim_protein <219..1747 CDD:130324 480/1679 (29%)

Return to query results.
Submit another query.