DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Abca3 and abt-2

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_608445.2 Gene:Abca3 / 33103 FlyBaseID:FBgn0031170 Length:1714 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_490949.3 Gene:abt-2 / 171782 WormBaseID:WBGene00000020 Length:2146 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1820 Identity:483/1820 - (26%)
Similarity:833/1820 - (45%) Gaps:367/1820 - (20%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    58 YYNEQNLTDLN------LLQHSLHRSS---YLGKLIALIAPNRRRKNGGF--SKFEFILCYSPVN 111
            |.|.||  .||      .|:|....||   ..|.....|.....:..|.|  .:|.|:       
 Worm   489 YKNGQN--QLNTRTIHFFLEHLFAPSSDEYSFGTYTKNITEIANKYTGCFLLDRFRFV------- 544

  Fly   112 PVLKKLVEEAWQSLGKNKICESENATQLELDTVSKNAFAGVQFD-DAWANLTENDPLPNDFHFAL 175
                  .:|  :.|..|.:|        .:||  ...|.|:.|: |  :|.||.|....   :.:
 Worm   545 ------TDE--KELETNAVC--------LMDT--HQYFTGIVFNID--SNATEFDGFTT---YKI 586

  Fly   176 RFPAELRTATIAIANTWLT--MRLFPTIDLTGPRNEGDDDGGIPPGYLREGFLPLQHSLSMAYLR 238
            |...|:..:|.:..::...  .|..|.|||.               |:..||..||.|:..|.:.
 Worm   587 RHYPEMVDSTTSFMDSKSNPFSRDKPLIDLK---------------YITFGFSFLQESIDRAIMS 636

  Fly   239 QKSGEQDLP-NVVMKRYPFPAYIFDPLLEGMSSIMSLIILLSFIYPCTYITKYITAEKEKQLKEV 302
            :.:.:.|.. .|..::.|:|..:.|..  .::..|.|.:|:|||:|...:.|.|..|||:::||.
 Worm   637 ELTNQTDANLGVYAQQEPYPCTVKDTF--NVALFMPLFLLISFIFPSALLVKNIVYEKEQKIKEQ 699

  Fly   303 MKIMGLSNWLHWTAWFVKSFIMLTISAILIAILVKINWSEDVAVLTHANFTALVFFLIIYIVSSI 367
            |:.|||.:.:|:.:|.:.|.::..||.::|:|:.|:     ..:..:.::|.|:|.||:::.|||
 Worm   700 MRAMGLGDAVHFISWGLISLVLNFISVLIISIISKV-----AKIFDYTDYTLLLFVLILFLFSSI 759

  Fly   368 CFCFMMATFFSRASTAAAVTGLIWFIAYIPYSF----TINS--YDDLSLSSKLGWSLISNTAMGF 426
            ......:|.|:.|:.|.|.|.::||:.:||:..    .|:|  ::.:||       ::..||||.
 Worm   760 AMSIFFSTLFTNANIATAATCVLWFVFFIPFQLLRTDRISSPTFNRISL-------ILPPTAMGH 817

  Fly   427 GIKLILGFEGTGEGLQWSNFF---TPVSVDDTLTLGAVMIMMLVSCVIYMIICLYVEQVMPGSFG 488
            ..||:..|... |...||:.:   .||.   .:::...|||::|...:::|:..|:..|.||.||
 Worm   818 CFKLLESFNAM-ERATWSDLWEMNNPVL---GISVELCMIMLVVDTAVFLILAWYISAVAPGDFG 878

  Fly   489 VPRPWNFPFTREFWCGEREYTGVEDIPNGHVEQ-RDPKAFETEPEGKHIGLQMRHLKKRFGN-KM 551
            |.:|..||||.::|........||.:.:.|.:. .:..:|::||....:.:.:..:.|.:.| ..
 Worm   879 VRQPLWFPFTLKYWAPGLYKNRVEFVDDEHFDTIPNSDSFDSEPTNLTLAVHINSMSKVYENGTK 943

  Fly   552 VVKGLSMNMFEDEITVLLGHNGAGKTTTISMLTGMFPPTSGTAIINGSDIRTNIEGARMSLGICP 616
            .:..|::.::|.:||.||||||||||||:|:|.|::.|:||||.|...||||::...|..|||||
 Worm   944 ALDCLNLRLYEGQITGLLGHNGAGKTTTMSILCGLYAPSSGTAKIYQRDIRTDLRRVRDVLGICP 1008

  Fly   617 QHNVLFDEMSVSNHIRFFSRMKGLRGKAVEQEVAKYLKMIELEDKANVASSKLSGGMKRKLSVCC 681
            ||||||..::||..:|.|:.:||:....:..:|.:.|..:.|.:|||..:|.|||||||:|.:..
 Worm  1009 QHNVLFSHLTVSEQLRLFAALKGVPDSELTSQVDEILASVSLTEKANKLASTLSGGMKRRLCIGI 1073

  Fly   682 ALCGDTKVVLCDEPSSGMDPSARRQLWDLLQQEKVGRTLLLTTHFMDEADVLGDRIAI------- 739
            |..|.::.|:.|||::|:|.:||:.:|.|||:.|.|||:||:||.|||||||.|||||       
 Worm  1074 AFIGGSRFVILDEPTAGVDVTARKDIWKLLQRNKEGRTILLSTHHMDEADVLSDRIAILSQDFEK 1138

  Fly   740 --MCDGE------------------LKCQGT---------------SFFLKKQYGSGYRLICVKR 769
              :.||:                  ||.:.|               ..|:..|..:....:.|..
 Worm  1139 PDLLDGKRLIFQHFYALLVCRINYTLKSKRTFLFQVIIPLFLLALAELFVLLQVSTARPDLMVSM 1203

  Fly   770 ---------------------DDCETNEVTALLNKYI--PGLKPEC--DIGAELSYQLPDSASAK 809
                                 |..|.:....:|:...  ||..|.|  |:..:|           
 Worm  1204 PPLPLETSIMGNHSDFYVNSWDTAENSTANDILHAMFSSPGTGPRCAKDVPNDL----------- 1257

  Fly   810 FEEMFGQLEEQSDELHL-NGYGVGITSMEEVFMKVGAEKDNTGNIKDQHEIMNGGSGFRGEDDNE 873
                   |:....||.. |.||.|......     |.:||:..|   :::..|    .:||.|..
 Worm  1258 -------LDTMRRELMFRNRYGFGRNKPAP-----GVDKDSVDN---EYQCQN----IQGEFDYT 1303

  Fly   874 SVQSDGIFSENRRLLQGLQLLSNQWKAMLLKKFLYTWRNKLLLLIQNIMPVFFVVVTILIIKTQG 938
            ...|:..:  |..:..|.:...  |...     |..|:                           
 Worm  1304 EDISNATY--NAPIYCGCEDFG--WNCT-----LEDWK--------------------------- 1332

  Fly   939 TFQELKPITISLTQYPLAVTVLDRSNVQNGTGYEIANKYEDLARSYGSNY--GLEL--------- 992
             :.|...:.::.|.     .:.|.:. :|.|.:.:..::..||.:....:  |..|         
 Worm  1333 -WNETNWLRLNTTD-----RIFDLTG-RNLTQFRLITRFAQLANTTAPFFLGGFSLGHVNQRAQS 1390

  Fly   993 -----TGTQGFEDYILDLGKTIQ-VRINSRYLVAAT----------IT--------------ESK 1027
                 |..:|:.:.|.|:.:::: :.:|:..:..||          ||              ...
 Worm  1391 QADIDTSKRGWLETIKDIAQSMRIINLNTTGIEPATPKVLDPFAQNITLNQVVNDLLQNLDVREN 1455

  Fly  1028 ITAWLNNQALHTAPLTVNMVHNAIADK----LFGSSVKIQVTNAPLPYTTSTLLSQ--LSTGNNL 1086
            :..|.||:.....|:..|::.||:..:    :....:.|...|.|:..|.|..|.|  |.....|
 Worm  1456 VKVWFNNKIWPGFPIASNILSNALLRQEDYAIDPEDLGILTMNHPMNKTISQTLDQNALKFTQAL 1520

  Fly  1087 GTQLASNLCFCMCFVSSIYILFLIKERESRAKLLQFVGGVKVWTFWLSQFICDFASYIVTALIVV 1151
            .....:.|...:..:.:.:.::|:::|...|..||.|||::..|:|::.::.|...|.:..::::
 Worm  1521 AVFRITILLLVLSMIPAGFTVYLVEDRICEALHLQLVGGLRKVTYWVTSYLYDMVVYTLVIIVIM 1585

  Fly  1152 ITIVCFQETGLSTFGELGRYYLLLLLF---GFAVLPFIYIMSLFFREPATGFARVSIVNIFCGMA 1213
            :..:||:.:..:..|  ..::..||||   |.:.:.:.|:....|...|..|..::|.:.|.|:.
 Worm  1586 LIYLCFRVSDFTADG--ATFFAFLLLFFVHGMSTILYAYVFQKAFSVAALSFVLIAIGSYFVGIV 1648

  Fly  1214 LFIVVVVMSSELFDTKDTA-----DILGWIFRIFPHFSLAMSLNK---VYTNTATRNACAKAGAL 1270
            ..:.|:::.|.:  .:|.:     .:...:|.:.|.::|.:::.:   :|...|..:...:....
 Worm  1649 CALTVIMLESLM--VQDPSLIPAHTVCSIVFLVLPQYNLGIAIFRGLMIYQVRAIGSNFLQQMNR 1711

  Fly  1271 PPILLCELVPQCCNLKPYFAWEEPGVLPETVYMAVTGVVFFLIIIVLEFRLINELMFKIRQLISK 1335
            |.::  ..:|    |....|:::.|:....:::.|     .:..|.|.|..::|..|     :.|
 Worm  1712 PDMI--NQLP----LPSLLAFDQMGIHIMCLFIHV-----IIATICLIFSQMDEFGF-----VRK 1760

  Fly  1336 PPPPPTEGQL--------DDDVANERERI--LQMSSNE---LATKNLVLDRVTKYYGQFMAVNQV 1387
            .....|:..:        |:||..||:|:  :.|.|::   |..:||    ...|..:.:||..:
 Worm  1761 RERNLTDAMMLREPSTCDDEDVVKERQRVDAIPMDSSDNHALIVRNL----AKAYNPELLAVKGI 1821

  Fly  1388 SLCVQEVECFGLLGVNGAGKTTTFKMMTGDERISSGAAYVQGLSLESNMNS---IYKMIGYCPQF 1449
            |..|:..|||||||:|||||||||.|:|...|...|:..:|...:.:...|   .::.:||||||
 Worm  1822 SFAVEPGECFGLLGLNGAGKTTTFAMLTAKIRPGHGSIEMQNTRINTGSFSDVRNFQQLGYCPQF 1886

  Fly  1450 DALLDDLTGREVLRIFCMLRGVQESRIRQLSEDLAKSFGFMKHIDKQTHAYSGGNKRKLSTAIAV 1514
            |||...|:.||.|:.:..:||:..::|..:.:.|..:.....:.:.||.:.||||:||||.|:|:
 Worm  1887 DALNMKLSTRENLKFYARIRGIVPTQIDSIIDRLLIALHLRPYANTQTSSLSGGNRRKLSVAVAL 1951

  Fly  1515 IGSPSVIYLDEPTTGMDPAARRQLWNMVCRIRDSGKSIVLTSHSMEECEALCTRLAIMVNGEFKC 1579
            :..||:|:||||:.||||.:::.||.::.|:..|||::||||||||||||||||:|||..|..:|
 Worm  1952 VSQPSLIFLDEPSAGMDPGSQQFLWKVIERLCKSGKAVVLTSHSMEECEALCTRIAIMDRGRIRC 2016

  Fly  1580 IGSTQHLKNKFSKGLILKIKV-----RRNLEALRQARLSGGYARNPDEQTVPAQMSQRDIDAVKE 1639
            :|..||||:|:.||.:|.:|:     .:.:..:.:::|..|                       .
 Worm  2017 LGGKQHLKSKYGKGSMLTMKMGKDENAKEIAGIMRSKLGDG-----------------------S 2058

  Fly  1640 FVETEYPNSILQEEYQGILTFYIPLTGVKWSRIFGLMESNRDQLNVEDYSVSQTTLEEIFLEFAK 1704
            .||..:.::|.....||..:.         :|:..::...:...:|:|::::|:||:.:|...|:
 Worm  2059 RVEAIHCSTIFIHIEQGTASV---------ARVLEIVNQVKKMYDVDDFTLTQSTLDNVFQSIAE 2114

  Fly  1705  1704
             Worm  2115  2114

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Abca3NP_608445.2 rim_protein <137..1708 CDD:130324 463/1730 (27%)
abt-2NP_490949.3 rim_protein 39..2117 CDD:130324 483/1820 (27%)

Return to query results.
Submit another query.