Protein Alignment CG1494 and Abca6

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_608444.2
• Gene: CG1494 / 33102
• FlyBaseID: FBgn0031169
• Length: 1695
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_006247716.1
• Gene: Abca6 / 303639
• RGDID: 1308998
• Length: 1630
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 1847
• Identity: 384/1847 - (20%)
• Similarity: 721/1847 - (39%)
• Gaps: 444/1847 - (24%)

  Fly     4 RSYIRKFLLMNWKNHKLQLANPLELLVILLVPPLFTLVAVLMRFFIPVNHRSDTVYDPIDLDRSW 68
            |..:.|.||..|:..:       |.|:...:|.:..|...|..:|...|...:.  .|.||..
  Rat    17 RVLLHKNLLKKWRMKR-------ESLLEWSIPVVIGLYMGLFSYFKENNQVPEV--PPQDLGS-- 70

  Fly    69 MQMVEKLEKARQVADTYNVKGNPFTPHLVIGWAPKRYGIFQAMMRRVQKQIEPMTSVGF------ 127
                         .|.:|...      :::.:.|    |.....:.:.|.|...|..|.
  Rat    71 -------------IDEFNGSS------IMVVYTP----ISNVTQQIMNKTITAPTMKGTRIVGVP 112

  Fly   128 --EDCEEMRESVIENGLFAGLCFDGSPFVEDQVFEEDTLESYSNIQPMLNYTILLPSELRMLDGD 190
              :|.:||....:....  |:.|:.:.|.:.:|:     ..|.|  |.|...:|...
  Rat   113 SEKDLDEMLLDHVPRAF--GIVFNDTFFYKLKVY-----LMYGN--PFLKEDLLAHC-------- 160

  Fly   191 FRMANWMTLYNDDPNTFV-LTRLNQPYEGGFVGYVREGFIRLQKSVSESFL-VLTSH------KS 247
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  Rat   161 -----WDTY----PHVFCSLTR-----------YWKRGFVALQTAINAAIIEVTTKHPVMEELMS 205

  Fly   248 LPTIQIRRFPITGREQDPLMGNLNYGMPFIIIIGFLFPAQL-FVWQVVSEKQSQVRQFLINMNIG 311
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  Rat   206 VNAFNMKTLPFISKD------IFQYEI-FILFCLLYFSSFIYFASRSVTKERKHSKEFMKVMGLQ 263

  Fly   312 NLIHFVSWYLKGLIYE---MISSLIIAALLKIRWDQDHGVLTQTPWYILILVLFCYNCAAVAFAI 373
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  Rat   264 DSAFWLSW---GLIYVGFIFIFSVFIAVII-----TSTRIIVMTGFLVIFTLFFLYGLSVIAVTF 320

  Fly   374 MVAAFFRNAL--NAVRVL----------TIL---------WIMSYVPTFILSNNLEGNIHALRYV 417
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  Rat   321 LMAVLLQKAIITNLFVFLFNLFWGCVGFTVLHKELPSSLEWVLSICSPFAFTSGMTKII----FL 381

  Fly   418 SYALPNVVATLVIEFLIERESIVHITWEDSGYRLNYDGGHITVTASSWIFMLNALVYCAIGLYVD 482
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  Rat   382 EYNLNGVV------------------FPDP------SGESYVMIAVFFILAFDGLLYLVLALYFD 422

  Fly   483 --MWRGGDR------------------SGKKMKKPNTNASVQEDPYHERGDSFTHQG-QAIGVNS 526
              :..|.||                  |..|:.:.:.:..:..|.|.|..|. .:|| :||.:.:
  Rat   423 KILPCGADRRAAPLFFLNPVSCFRKRTSRNKVTERDIDPELPSDEYFEPVDP-EYQGKEAIRIRN 486

  Fly   527 TKIYEVEPSHRRFKLKIKKLCKRFATNDRPALNLFSWNVYENEVTVLMGHNGCGKSTLLKILAGL 591
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  Rat   487 IR--------KEYKGKSGKV---------EALKGLFFDVYESQITAVLGHGGAGKSSLLNILNGL 534

  Fly   592 VEPSRGTVMISSHNI--QTERKAASMELGIAFGHDMLLTGFTVIDYLRFICRVKGLHNNIEIDGQ 654
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  Rat   535 SVPTSGLATVYNKNLSEMQDLKEIRKMIGVCPQHNVQFDALTVKENLTLFANIKGIVPQ-SVAQE 598

  Fly   655 SNYFLNVLQIGGLKTKRIRTLTDRDLCLVSICCAFVGNSPIILIDDVHSDLDKRTQSLVWNLINE 719
            ....|:.|.:..::.:....|::.....::...|.:|:..|:|:|:..:.||..::..||..:.|
  Rat   599 VQQILSELDMQTIQDELAEHLSEGQKRKLTFGVAILGDPRILLLDEPTAGLDPFSRQRVWGFLKE 663

  Fly   720 EKSKRTIILVSNSPALAENIADRMAIMSNGELKCTGTKPFLKNMYGHGYRLTCVKGKNYKRDELF 784
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  Rat   664 RRADRVILFSTQFTDEADILADRKVILSNGALKCTGSSVFLKRKWGLGYHLSLFMNETCDSEQLT 728

  Fly   785 GMMNSYMPNMSIERDIGYKVTFVLENKFEDQFPMLIDDLEENMQQLGVVSFRIRDTSMEEIFLRF 849
            ..:|.::|...::.....|:.:.|..:...:||....||::...| |::::.:..:::.|:|:..
  Rat   729 SFINHHIPGAKLKAKTKEKLVYTLPLEKTSKFPEFFSDLDKYSGQ-GLMNYEVSMSTLNEVFMNL 792

  Fly   850 GCEDNDQSGAFQSHENAQVLLEEYYSTLAEAN------EKGRRT--GWKLFFLHGRAVIYKRWIA 906
                ..:....|..|..:.|.:.  .:|.|..      .|.::|  ...|:.:...|:...|.:.
  Rat   793 ----EGEPSTTQDFEKGETLTDS--DSLNEMEVAPPSLSKAQKTMSAMSLWRMQVCAIARLRVLK 851

  Fly   907 AHRH--------------WIVLIFEVLAMALVAVCTFSSIFIYGKNYELEPLTFNLS--QL---- 951
            ..|.              .|.||.|.:|.||:.|.|         |:|.:...:.||  ||
  Rat   852 LRRERKAFLTFLPLLGISLIPLITEYMANALIEVKT---------NWEFKTDLYFLSPGQLPQGL 907

  Fly   952 -----------HTVDAFVE------LFSEEEDVKDMHAYYTELLYWYDAHVATLTKNRHNAYALL 999
                       ..::.||:      :..|.:|.::.:|  ||.|.:   :.|.:...|...|
  Rat   908 RTSLLVINNTESNIEDFVQSLKHQNIVLEVDDFENRNA--TESLSY---NGAIIVSGRQKDY--- 964

  Fly  1000 TQNQFTAHVNSRYIFGATFDQKIVTAWFNNIPLHSAPYALNVVHNAVAR------HLFDEEATID 1058
               :|:|..|::                   .||..|..:||:.|.:.|      |:..||..:.
  Rat   965 ---RFSAVCNTK-------------------RLHCFPILMNVISNGILRMLNHTQHIRLEEDVLS 1007

  Fly  1059 VTLAPLPFRTAINTFPPSSHTFGGCL--AFGICFVLTFIWPAFAIYMITERGSLLKKQQFLAGVR 1121
            ..:..:.|               |.|  :..|.|::..:.|..|:..|::.......|.:::|:.
  Rat  1008 SGIVVVWF---------------GILEASLSILFIVCSVSPHIAMSSISDFKKKADSQLWISGLY 1057

  Fly  1122 VCSYWTFTVLYDLLFLLIFCACVVVMVALYENPNHDVMLYGYISVTLMLGGFW----VILLAYLM 1182
            ..:||....|.|:  .|:....:...:.||......:.|.|.|.::::|..|.    ::.|.|::
  Rat  1058 PSAYWCGQALVDI--TLLSGILLTGYITLYTTKLMHIYLTGEIVLSIVLLAFGCAASLVFLTYVI 1120

  Fly  1183 ASLCRNPCYGFLWLCGINSIGL--VCFSQFYRTHPESMLLEPTFMAMYTVATVICKLFMIYEFKL 1245
            :         |::.....:.||  :||........:::|::|     :..|.:|..:.::..|.|
  Rat  1121 S---------FVFGKKRKNSGLWSICFFIVITIMFDTVLMDP-----FNEALLISAMMLVPSFSL 1171

  Fly  1246 ICMDPVVNFTSVEVFKCNSIPNCCIKSNYGTFTAGIYHDLVIL------TLLDIILLACL----- 1299
            ..:..|:...:.:.::...      :|.||  .:|:  ||::.      |||.|.:|.||
  Rat  1172 NALLIVLEMRAYQYYREFG------ESKYG--LSGV--DLLLCLIPYFHTLLFIFVLRCLELKYG 1226

  Fly  1300 -FVSEYHSILGFADCRLDTRTN-ESP-DSNQESRA----------------FPGILSNDTAALVD 1345
             .|.....:...|...|..:.| |.| |.:::.:|                .|.|:    |:.:.
  Rat  1227 KNVVRKDPLFRIAPQSLHVQPNPEEPVDEDEDVQAERMRTSDALSTVNLDEKPAII----ASCLH 1287

  Fly  1346 KEHTSRLNEEERSKYAAVGIGIVSKYRRNRVLRDLDFTLAKSECLSITGANNSGKTTLLKVVVNE 1410
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  Rat  1288 KEYTG------QKKWCC------SKRRKKIAVRNISFCVNKGEILGLLGPEGAGKSSSLRMIAGI 1340

  Fly  1411 TKMNAGQLWIHDY-SVNTHRVQCY--RMVGYCPQKDSLPSEFTPRELLYIHAMLQGHRHRIGREL 1472
            .|..||::.:.:. |...|:.:.:  ..:|||||::.|....|.:|.|.::|.::|.|.   ::.
  Rat  1341 MKPTAGEVELKELSSAVAHQGEGHGAAKLGYCPQENVLWPILTVKEHLEVYAAVKGLRK---KDA 1402

  Fly  1473 SEALLRLVG---LTPCWNRSVRMCTTGQIRRLYFAYAVLGSPDLICVDGVPAGLDPTGKRIILMM 1534
            ..|:.|||.   |....|...|....|..|:|.||.::||:..::.:|....|||.:||:   .|
  Rat  1403 VIAISRLVNAFKLHDQLNVQARNLVVGLTRKLCFALSILGNSPVLILDEPSTGLDVSGKQ---QM 1464

  Fly  1535 TSTMQAM----GSSFLYTMLTGLDAERLSLRTPLLLEGQLWMIRPMDTETENYKSGYQLEVRFKR 1595
            ...:||.    ....|.:.....:||.|..|..:::.|:|.:|..:......:...|.||:|.|.
  Rat  1465 WQAIQAAVKDNKKGVLLSTHDLAEAEALCDRAAIMVSGRLRLIGSIQHLKRRFGKDYILELRVKE 1529

  Fly  1596 ------------KVNPNVSMSRATWNLINH-------FPMSPNKKFSAFMEIKFPDAVLTIER-- 1639
                        ::.|..:.....::|:.:       .|:|     .||.:::      .::|
  Rat  1530 ISQEPLVHKEILRLFPQAARQDRCFSLLTYKLPVTDVHPLS-----QAFHKLE------AVKRGF 1583

  Fly  1640 --DDSMVFVLPLGTTTFSEIFLTLRKD 1664
              ||     ..|...|...:||.|.|:
  Rat  1584 NLDD-----YSLSQCTLDRVFLELSKE 1605

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
CG1494	NP_608444.2	rim_protein	<223..1689	CDD:130324	342/1619 (21%)
		ABC_subfamily_A	541..761	CDD:213230	60/221 (27%)
Abca6	XP_006247716.1	rim_protein	<173..1606	CDD:130324	343/1631 (21%)