DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment pcm and Xrn1

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001162796.1 Gene:pcm / 32935 FlyBaseID:FBgn0020261 Length:1613 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_006243656.1 Gene:Xrn1 / 300944 RGDID:1309713 Length:1728 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1855 Identity:599/1855 - (32%)
Similarity:874/1855 - (47%) Gaps:385/1855 - (20%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     1 MGVPKFFRYISERYPCLSELAREHCIPEFDNLYLDMNGIVHNCSHPDDNNIHFHLEEEQIFQEIF 65
            ||||||:|:||||||||||:.:||.||||||||||||||:|.||||:|:::||.:.:::||.:||
  Rat     1 MGVPKFYRWISERYPCLSEVVKEHQIPEFDNLYLDMNGIIHQCSHPNDDDVHFRISDDKIFTDIF 65

  Fly    66 NYVDKLFYLIKPQRLFFLSVDGVAPRAKMNQQRSRRFRTAREAEQQEAKAAQRGE-LREHERFDS 129
            :|::.||.:|||:::||::||||||||||||||.||||:|:|||.:..||.::|| |....||||
  Rat    66 HYLEVLFRIIKPRKVFFMAVDGVAPRAKMNQQRGRRFRSAKEAEDKIKKAIEKGETLPTEARFDS 130

  Fly   130 NCITPGTEFMVRLQEGLRAFLKTKISTDPLWQRCTVILSGQEAPGEGEHKIMDYIRYMKTQPDYD 194
            ||||||||||.||.|.|:.|:..|||||..||..|:..||.|.|||||||||::||..|.:||:|
  Rat   131 NCITPGTEFMARLHEHLKYFVNMKISTDKSWQGVTIYFSGHETPGEGEHKIMEFIRSEKAKPDHD 195

  Fly   195 PNTRHCLYGLDADLIILGLCTHELHFVVLREEVKF-GRNVKRT-SVEETRFFLLHLGLLREYLEL 257
            |||||||||||||||:|||.:||.||.:|||||:| |:..:|. :.|||.|.||||.|:|||::.
  Rat   196 PNTRHCLYGLDADLIMLGLTSHEAHFSLLREEVRFGGKKTQRVCAPEETTFHLLHLSLMREYIDY 260

  Fly   258 EFDALRTD-EHKLDIAQLIDDWVLMGFLVGNDFIPHLPCLHISSNALPLLYRTYIGIYPTLGGNI 321
            ||.||:.. ..|.||.::||||:|||||||||||||||.|||:.:||||||.|||.|.|.|||.|
  Rat   261 EFSALKEKITFKYDIEKIIDDWILMGFLVGNDFIPHLPHLHINHDALPLLYGTYIAILPELGGYI 325

  Fly   322 NENGKLNLRRLQIFISALTEVELDHFKEHADDLKYMNNKSEAFDMDVGEITESQNLDSDLGALIN 386
            ||:|.|||.|.:.::..|::.:.:||.|...|||:       |:..||    ::.|:...||...
  Rat   326 NESGHLNLPRFERYLVKLSDFDREHFSEVFVDLKW-------FESKVG----NKYLNEAAGAAAE 379

  Fly   387 KSMLLYDD--------------------------DSEEDCSDENAVLLKEFQNYKRNFYRNKFKR 425
            ::....|.                          |:.||.::::.:...||:.|||.:|..|...
  Rat   380 EAKSCKDKRKVKGQENSLSWAALDKREGEGVASRDNFEDETEDDDLFETEFRQYKRTYYMTKMGV 444

  Fly   426 D-PNDELIEELCHHYVNALQWVLDYYYRGVQSWDWYYPFHYTPFISDLKNIEQVEIAFHMGTPFL 489
            | .:||.:.:....||.|:||:|.|||.|||||.||||:||.||:||::||..::|.|.:|.||.
  Rat   445 DVVSDEFLADQAACYVQAIQWILHYYYHGVQSWSWYYPYHYAPFLSDIRNISTLKIHFELGKPFK 509

  Fly   490 PFQQLLAVLPAASAKLLPVAYHDLMLLPTSPLAEFYPLEFESDLNGKKHDWEAVVLIPFIDEGRL 554
            ||:|||||||:||..|||..|..||....||:.|:||.:|::|||||:.:||||||||||||.||
  Rat   510 PFEQLLAVLPSASKTLLPTCYQHLMTSEDSPIIEYYPPDFKTDLNGKQQEWEAVVLIPFIDEKRL 574

  Fly   555 LAAMLPCEAQLSLEERERNRHGPMYVYKYSTVAQ----GPMP-AYPPLRALPVLY-CTEVAKWSH 613
            |.||..|...|..|||:||:|....:..|.:..:    .|.| .:|.:......| ...:..|..
  Rat   575 LEAMETCNHSLKKEERKRNQHSECLMCWYDSDTEFTYSSPWPEKFPAIERCSTRYKIISLDAWRV 639

  Fly   614 EIAVNLPYSVCIELPNAARTVFFPGFPTMQHLPFDFELRNDRVKVFEQVSRNQNIVL------KP 672
            :|..|....|      ..:.::|.||||::|:...|.|:...|:||:|.||.:|::|      :|
  Rat   640 DINKNKITRV------DQKALYFCGFPTLKHIKHKFFLKKSGVQVFQQSSRGENMMLEITVNAEP 698

  Fly   673 RKRQLEDTLTAVASQYLGKVIHVGWPHLVKAIVVRVATRDQRVDSEG------------------ 719
            .:..:|:    :||..|||.:.|.||||.:|.||.|:..:.:...|.                  
  Rat   699 DELSIEN----IASSVLGKSVFVNWPHLEEARVVAVSDGETKFYMEEPPGTQKVYLGKTAPPCKV 759

  Fly   720 ITLNDSRR--FDSECKALQEHFINRMGIQFANYDVLVYVRTFAGNSTEFRDKGALMVRDSWSSSV 782
            |.|:|..:  :..|.:.:.|.::.|.||.......:||.:...|...:....|.:.:...||...
  Rat   760 IQLSDKEQSNWTKEIQGISEQYLRRKGIMINETSAVVYAQLLTGRRYQVNQNGEVRLEKQWSKQS 824

  Fly   783 TGYPAQGVVADLTVWERMRKNFLNVEHYFPVGSTIFLITDPYYGSEGTVQDPRLAYTNGRIQVSI 847
            ..:..|.:|.|:..::....|...::..||..|.:|::..||||..|.|||.....|.|||:|..
  Rat   825 LPFVYQTIVKDVRAFDSRFSNIKTLDDLFPPRSVVFMLGTPYYGCTGEVQDSGDVITEGRIRVVF 889

  Fly   848 MVRPEPKVNAARQLQEERDRDYLSTFQVCNLLRISGRTLGRLSGTVWVVLGPRRQKMENVTKHNI 912
            .:..||.::|..|.|.:....|...:.:...|.:||..:.|.:|::::..|.||.. ....|.|:
  Rat   890 SIPCEPNLDALIQNQHKYSIKYNPGYVLAGRLGVSGYLVSRFTGSIFIGRGSRRNP-HGDHKANV 953

  Fly   913 GLQLKYPRQNEERAGYCFRTNNQWYYSSLAVDLMRNYCQRYPDVIDFFGDSNDRAEFVFEQDVFP 977
            ||.||:.::|||..||..|..::|.|||.|..|:..|.:|.|::..:.. .|.:.:..:|.|::|
  Rat   954 GLNLKFNKKNEEVPGYTKRVGSEWMYSSAAEQLLAEYIERAPELFSYIA-QNSQEDVFYEDDIWP 1017

  Fly   978 --NAVGHRRVEELANWVRQQPHMKVERISCGSKTVCRETIELLIAAVDDLRSLP-VKHVKLQVKP 1039
              :..|..:|:|:..|::..|...:.|.||....:....:|.:...|:..:... .|.|::.|||
  Rat  1018 GESESGAEKVQEIITWLKGHPVSTLSRSSCDLHILDAAIVEKIEEEVEKCKQRKNNKKVRVTVKP 1082

  Fly  1040 HLLIKP----NVTLPDVYRSKRPVRLFDRVVIVRTIYMVPVGTKGTVIGIHPVTDPNPVRLECVH 1100
            |||.:|    :..:||   .....|||||||.||..:.||||.:||:|||....          .
  Rat  1083 HLLFRPLEQQHGAIPD---RDAEFRLFDRVVNVRENFSVPVGLRGTIIGIKGAN----------R 1134

  Fly  1101 AVDTFCKVLFDSPVPNCNNIHGIAEDRVYKVPEIALVIIKTDEEGKKQNDCELPVRDPQPNQAQD 1165
            ..|...:||||...|....|. .:..|.|::|..|||.:......:..|.....:..|||..:..
  Rat  1135 EADVLFEVLFDEEFPGGLTIR-CSPGRGYRLPTSALVNLSHGSRCETGNQKLTAIVKPQPAVSHC 1198

  Fly  1166 EPVRATSSRYVTAAGSTSVPITMKTQI----SDEF--VKTRSDPIARTDSYKPSSEPK-----PV 1219
            ....:.||.::.....:...:.:.||:    .|||  :........:....:|:.:.|     ..
  Rat  1199 SVNSSVSSGHMGGLNHSPQSLFLPTQVPTKGDDEFCNIWQSLQGSGKIQHLQPTVQEKNFNFQGA 1263

  Fly  1220 PVPEQIT---------------NWRERVSTPTNK-------PQPAPNNWRINRSSSRQQGG---- 1258
            .:|::|:               ..::|...|..|       |:....|.::   |::|..|    
  Rat  1264 VLPQEISQVTESHKSGFNDHSVRHQQRKHDPHRKFKEEYKSPKAECQNQKL---SNKQTSGASAR 1325

  Fly  1259 -SIFVAPPTKTPDAAASTASTAFTAASSATLTP---LDQTLALMSVLGVGEDQ---SSPP----- 1311
             :|.:....::|  ..|.|....|:..:|...|   ::..||.:::....|.|   ..||     
  Rat  1326 CNIKLLKRNESP--GTSEAQKVVTSYPNAVHKPHSGIESFLASLNISKESEVQLPHGEPPDEAHL 1388

  Fly  1312 ------------LQEAVQQQRPPLL-------------------QQQRAP--------------- 1330
                        |:|.::...|...                   :.:..|               
  Rat  1389 SPQSFAMKGTRMLKEILKIDSPDTTDSKNDVKKFDNEVMVSSSRRDEHGPSSHPKPSKKLASHVS 1453

  Fly  1331 ---------------FPGQMP----------------NLPKPPLFWQQEAQKQEALQ-------- 1356
                           :||.||                .:|:|...:.:..|.....|        
  Rat  1454 QPHSTNEYQSVDSVCWPGHMPPVSTPVTELSRICSLVGMPQPDFSFLRTTQTMTVCQVKLSNGLL 1518

  Fly  1357 ----QEAQQQEAQKK------QQ--------------------------------QAHAQMEPER 1379
                |...:.||:::      ||                                |..|.|.|  
  Rat  1519 VHGPQCHSESEAKERAALFALQQLGSLGVNFPLPPPIFTNYPPAVPPGAVPPVFPQPTANMMP-- 1581

  Fly  1380 INSQHFYRSGQTGAALNQPPLGAPSKRQWHEWVHPRMQHANAFHAGVNNGYQMRP----KKNIAA 1440
             :|.|.:     |:...:||:..|.....:......|..|.....||:|  |..|    ||.:|.
  Rat  1582 -SSSHLF-----GSVPWRPPVPVPGNAYHYPSYPATMPLAGGMPGGVHN--QFIPLQVTKKRVAN 1638

  Fly  1441 QSTFNNNVHMHLQQPYYPNQQQQQQQQQPLQLTEINNAPPRYSTIQDFVPIQAYRPKKLNRVQPA 1505
            :..|.             |::.|..|..|||                                  
  Rat  1639 KKNFE-------------NKEAQSSQATPLQ---------------------------------- 1656

  Fly  1506 GRQDVDATKNPSRSPVLQQPTNETIDTKASSSLPVQSAGEQVIGLMQTLEIKQPAASQSE--SDG 1568
                   |..|..|...:....|        ..|..||..|.         .||.:|..|  |.|
  Rat  1657 -------TNKPGSSEATRMTPQE--------GSPASSASSQA---------TQPVSSHVETASQG 1697

  Fly  1569 -VSTGSANAPTATTSSQAVNRRKHRVPRIGAKFDL 1602
             |.:...:||::       :|||.|  ::...|.:
  Rat  1698 HVVSHQRSAPSS-------SRRKSR--KLAVNFSV 1723

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
pcmNP_001162796.1 XRN1 1..843 CDD:227382 403/904 (45%)
XRN_N 1..225 CDD:281193 148/224 (66%)
Xrn1XP_006243656.1 XRN1 1..735 CDD:227382 370/754 (49%)
XRN_N 1..226 CDD:281193 148/224 (66%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C166353513
Domainoid 1 1.000 329 1.000 Domainoid score I1126
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG5049
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H5894
Inparanoid 1 1.050 889 1.000 Inparanoid score I371
OMA 1 1.010 - - QHG54191
OrthoDB 1 1.010 - - D150649at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0006565
OrthoInspector 1 1.000 - - oto95584
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100417
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR12341
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X4804
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1615.770

Return to query results.
Submit another query.