DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Nup153 and npp-14

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001097002.1 Gene:Nup153 / 32630 FlyBaseID:FBgn0061200 Length:1929 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_492568.1 Gene:npp-14 / 172813 WormBaseID:WBGene00003800 Length:1390 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1615 Identity:342/1615 - (21%)
Similarity:553/1615 - (34%) Gaps:489/1615 - (30%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly   532 RLFSRSNLSSS----------AASSMLGLN--SAGSSPAHQLHASMTGGIGYGMKAVDMRPSDSG 584
            ||||..:...|          |.||.||:.  :..|:.....|....  :||.:...:|....:.
 Worm    25 RLFSSKSDGYSQNEINIRNRVATSSQLGVTFVTVNSNQLSCFHTKSL--LGYKITRENMNVEVTD 87

  Fly   585 SLAET-------SVGQGGSKKPGTGLSNTTMRILNLLES----YSTPLIDAKRM--GSSIKEHQS 636
            ...:|       .:...|....||        :|.:|.:    .|..:.|.|::  .|||:..:.
 Worm    88 LPIKTIRLHGVVLINDMGVNSDGT--------VLGVLHTKNNDVSVDVFDIKKICTSSSIEPFKP 144

  Fly   637 SRQQRQGT------------PATP-YLRSTSASRNVSVPNHINELAELRSNKLLV---------- 678
            ....|.||            ||.| ...::|..|::.|.. ||  .:..:|:.||          
 Worm   145 LCTTRVGTEQINQGSCLEWNPAFPDTFAASSTDRSILVAK-IN--VQSPANQKLVGIGKFGAVTT 206

  Fly   679 -----PTMQQLLERRRLHRVTQ--NSRDVVHSQNVRAGGENNQEKPK----------PTAPYVAP 726
                 |..:||.....|.::.|  ...:||.||:   |.||   ||.          .|..::..
 Worm   207 AISWSPKGKQLTIGDSLGKIVQLKPELEVVRSQH---GPEN---KPNYGRITGLCWLATTEWLVS 265

  Fly   727 IDQSANHTQHTNKMRSRLSHQT---RNKETRTAEEEAPPPLDLPQISFPDMASAPKFDLIIKPTV 788
            ::...:  |....||.:....|   :..|...:..:.|.|   ||:       .|...|::...|
 Worm   266 LENGTD--QDAYLMRCKKDKPTEWIQFHELSYSSSKWPLP---PQL-------FPATQLLVDWNV 318

  Fly   789 PVVSKPSTTD-----------------------PIQSSKSSNTNLSTTNSKQMPN-FLANP---- 825
            .:|....|::                       |..||......:.....:.|.: .|.||    
 Worm   319 VIVGNSKTSEISTVGKRDDWQTWVPVEGESIYLPTTSSGKDTVPIGVAVDRSMTDEVLLNPDGSQ 383

  Fly   826 --QPAAPIVNFAANGNVSA---ISKPSKRTFTFSEPTPLSNFQENCIPKPKIN--RKYTFSAPAP 883
              :|:..::....:|.::|   ||       ||:...|.....:|.    .||  :|..|.:..|
 Worm   384 RHRPSPLVLCLTNDGILTAHHIIS-------TFAAHIPCQMSSQNL----AINDLKKLQFDSQKP 437

  Fly   884 LDDLRITNKQSQPTINGTPSSKEWECDTCMVRNKPEINKCVACETAKP--VASAAPVQAPLPPST 946
            :         |.|..:.||.:|    .:.:...|||      .||.|.  |.|.:.||.|.|.|:
 Worm   438 I---------SAPPSDQTPVTK----PSTVFGQKPE------AETLKSSLVGSPSSVQTPKPSSS 483

  Fly   947 --------AAIDTQSFVGFGDRFKKSTTAWECDACMLSNKAEASKCIACETPRKTVAPKVNNFSP 1003
                    :.|:|....    ..|.||.|           |.:|:.....||:....||:::   
 Worm   484 LFNPKSIASNIETSQLT----ESKPSTPA-----------APSSQPKIASTPKSEAIPKISD--- 530

  Fly  1004 LITNAKSNEW-ECSVCLVRNKVEVSKCVACESAKPGATMALPATSNIAVATPSIITDGFGDRFKK 1067
                 |:.|. :..:...:.:|.:.:......:..||.   .||..::.|...:.|         
 Worm   531 -----KTLEHKKAELIATKKQVLIERMDKINDSMAGAK---DATMKLSFAVGKVKT--------- 578

  Fly  1068 SATAWECDACMLSNKAEASKCIACETPRKSSTPIANSSYPSINNNLPAGSGFDISFTRKANMWEC 1132
              |..||...:.::..::.:.:                 ..:.|.:       :|..|.::..: 
 Worm   579 --TIMECADVVRASLGDSKEVM-----------------DELKNLI-------LSIERMSDRTQ- 616

  Fly  1133 QTCLVMNKSSDE--ECIACQTPNSQA----RNSNSESALI--SSISSSSASFSGSLSRPSSRSSS 1189
            .|...|:...||  |.:|.....:|.    ||.:....|:  :.:.:::...:|....       
 Worm   617 HTVKEMDFEIDEKMELVAGVEDGNQVLEKLRNMSETEKLMRFNKLETAADLLNGKYEE------- 674

  Fly  1190 GSTSTCGSVCSGSIVSISSTTESAKALSAKKV--PPKPDAGFQQLVAAQKTSTWECEACLAKNDM 1252
                     ||..|..:..:....::|..:.:  |.:..:...||.:..:|.       ||...|
 Worm   675 ---------CSDLIKKLRMSLSEKESLRKQAILSPLRLSSNLNQLRSGSETE-------LALKVM 723

  Fly  1253 SRKTCICCEQMMPEAFNPAATTANSAASSVPKFRFGFSHVKEVVKPSVETTTTPAPTSAQFSFGF 1317
            ...:.|..:           |......:.:...||......:..|...|......|  .:.|...
 Worm   724 RNVSKIIMD-----------TREQIQRTELEFVRFQRDVKFQNFKKGKENLNFTQP--LEMSSLD 775

  Fly  1318 GQSNQGKDVADSKKTEAPKTFMFGVSKVEEPKTVSFGTGIKETTATSSTEATAPTPAAAAPAPVQ 1382
            |.:.|||.:.|::..:..:..:..:.|          .||.:|....                |:
 Worm   776 GDAPQGKSLTDAESIKVRQALVNQIQK----------RGIVKTRNVI----------------VE 814

  Fly  1383 FVFKAPTTATTASSLTTTISTTSNA------------PALGGFSFGAPSSSSTVSSSTTSTSANP 1435
            ...|:..:|...:.|..| |..|||            |:...|| .:||:.||.|.:.|... .|
 Worm   815 SYKKSENSAAMKNDLLDT-SNLSNAILKLSMTPRRVMPSSSLFS-ASPSTPSTKSDAATQAD-EP 876

  Fly  1436 AAVKPMFSWSGAGSAVSSTSSSQQPVAKAPTLG---FGVSSSTVTTTTTSTKVFAFTPASG--LD 1495
            ..||         :.|.:..|..:|:|.||.:.   ..::::|.|||.|:.||......:.  .|
 Worm   877 PIVK---------TVVVTVESPAKPIASAPAVSSPLIKLNTTTATTTMTTPKVTVPKEEANKTQD 932

  Fly  1496 PAAATSAPAAGAGFS----FGSQSK-PATTQNTGTFFFGQPTAVAPATPTNPSVSSIFGAPATST 1555
            .....|.||:.:.||    ||:::: |..::...|...|.|:.:      |.|:|.   :|....
 Worm   933 QKPIISTPASSSIFSSGSLFGTKTQTPLVSKEESTLTTGVPSLI------NSSLSI---SPQEIE 988

  Fly  1556 TASTSVSATTST------STANAIASSFAPTSTPQLFGNWGEKKTDLTTFGASSGSGTTTTPSFG 1614
            .||:.|.....|      .:.|.:        ||.|   ..|:...|.|...........||...
 Worm   989 KASSKVETLNKTEEVKDEKSENEV--------TPDL---KSEEPKSLETKVKEEPKPAVQTPVKE 1042

  Fly  1615 WSSNGDAAKSNSAAVGSAAVPSSSASTMATPIFGSSSMFGPSSSSNNTTSTSTTSLPFGSAATTA 1679
            ..:..:..|:.|.:..|...|.|::||        ||:||....:...:|:::|:: ||:..||.
 Worm  1043 EETGSNIQKTPSFSFNSTTTPKSTSST--------SSIFGGGLKTQTPSSSNSTNI-FGARTTTT 1098

  Fly  1680 AT-TPA--------GGNAALTGLFGNVGNSLAGVGAPVATTPAATAAAPLTNIFGNPTPVAAAAP 1735
            || |||        ||:.|.:..||:.|.  ||. .|..|:..||:.|.:|..|......|:|.|
 Worm  1099 ATPTPASNTSSIFGGGSKAASSPFGSFGQ--AGC-QPAKTSNPATSTASVTFSFNTGATSASAKP 1160

  Fly  1736 V-FGSGSTIPSAGFGAPAAAAP-------LAAPALPGA---------FNFGGA------------ 1771
            . |||        |||.|:|.|       :.||.:|..         .|.||:            
 Worm  1161 AGFGS--------FGAGASAKPSSVFGGSVTAPTVPNVDDGMEDDSMANGGGSGGFMSGLGNART 1217

  Fly  1772 -------------TAATPAASSAPFVFGSSTN---EPLAKPSFNF-TGSAASSTAPAPAFNFTAN 1819
                         |:...:|||:.::||...|   :...||||:| |..:::..|.|||      
 Worm  1218 SNTSGGNNPFAPKTSTGTSASSSSWLFGGGGNQQQQQQQKPSFSFNTAGSSAQQASAPA------ 1276

  Fly  1820 TAATNNPSGGDSHPRIFQFGSSQPAANNQFGGA------------GGA----TNNSA-GGMPMFN 1867
             ..|::..||..     :|||........|||.            |||    |||.| ||...|.
 Worm  1277 -TGTSSVFGGAP-----KFGSQPAFGAKPFGGGANAGLSKNASIFGGATSSTTNNPATGGFAQFA 1335

  Fly  1868 --------FSPGAPQMQSTPNANALFQFSATSTAPA---NIFAFNPPAAGNSAQS 1911
                    |..||     ||..|........:|.||   ::|.....|..|...|
 Worm  1336 SGQKTSSLFGGGA-----TPQTNTSIFGGGANTTPAPTSSVFGGGASANANKPTS 1385

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Nup153NP_001097002.1 RanBP2-type Zn finger 864..883 CDD:275375 5/20 (25%)
zf-RanBP 903..931 CDD:395516 6/27 (22%)
RanBP2-type Zn finger 907..926 CDD:275375 3/18 (17%)
zf-RanBP 968..992 CDD:395516 4/23 (17%)
RanBP2-type Zn finger 968..987 CDD:275375 2/18 (11%)
zf-RanBP 1009..1038 CDD:395516 3/29 (10%)
RanBP2-type Zn finger 1013..1032 CDD:275375 1/19 (5%)
zf-RanBP 1072..1097 CDD:395516 2/24 (8%)
RanBP2-type Zn finger 1072..1091 CDD:275375 2/18 (11%)
zf-RanBP 1126..1155 CDD:395516 6/30 (20%)
RanBP2-type Zn finger 1130..1149 CDD:275375 5/20 (25%)
ZnF_RBZ 1239..1261 CDD:197784 4/21 (19%)
RanBP2-type Zn finger 1241..1260 CDD:275375 4/18 (22%)
npp-14NP_492568.1 HEC1 <489..847 CDD:444066 75/482 (16%)
Nucleoporin_FG2 1147..>1385 CDD:435043 67/262 (26%)
Nucleoporin_FG 1289..1373 CDD:463941 25/88 (28%)

Return to query results.
Submit another query.