Protein Alignment SMC3 and smc1al

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_523374.2
• Gene: SMC3 / 32627
• FlyBaseID: FBgn0015615
• Length: 1200
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_997975.2
• Gene: smc1al / 403060
• ZFINID: ZDB-GENE-040426-57
• Length: 1233
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1320
• Identity: 313/1320 - (23%)
• Similarity: 563/1320 - (42%)
• Gaps: 267/1320 - (20%)

  Fly     2 HIKQIIIQGFKSYKDQTVVEPFDKRHNVVVGRNGSGKSNFFYAIQFVLSDEFTHLRPEQRQSLLH 66
            ::|.|.|:.|||||.:.::.||.| ...::|.|||||||...||.|||:::.::||.:..:.|:|
Zfish     3 YLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFHK-FTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLAEKTSNLRVKTLKDLIH 66

  Fly    67 EGTGARV-----ISAYVEIIFDNSDNRVPIDKEEIFLRRVIGAKKDQYFLNKKVVPRNEVVNLLE 126
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Zfish    67 ---GAPVGKPAANRAFVTMVYQQDGG------QELSFSRIIIGSSSEYRINNKVVGLSDYSEELE 122

  Fly   127 SAGFSSSNPYYIVKQGKINQMATAADSYRLKLLREVAGT----RVYDERKEESLNLLRETDSKVE 187
            ..|.......::|.||.:..:|......|..|..|::.:    :.||..|:|.:....:|.....
Zfish   123 KLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDRCKKEMVKAEEDTQFNYH 187

  Fly   188 KISEYLKTIEDRLQTLEEEKEELKEYQKWDKTRRTLEYIRYETELKDTKKALDELQLQRKSSSDK 252
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Zfish   188 R----KKNIAAERKEAKQEKEEAERYQ-----RLKDEVVRAHVQLQLFKLYHNESEIEKLNRELA 243

  Fly   253 KKIYNIEIQKAQEKIKDVQKNLKEAKKKVQSTKEERSVLMTEQQQLLREKTKLDLTIVDLNDEVQ 317
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Zfish   244 HR--NKEIDKDRKRMDRVEEELKDKKK-------ELGRMMRDQQMIEKEIKEKD---AELNQKRP 296

  Fly   318 GDNKSKERADQELKNLKVTIAEREKELDDVKPKYEAMKRKEEDCSRELQLKEQKRKELYAK---- 378
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Zfish   297 LYIKAKENTAHKIKKLEAA----RKSLQNAQKCYKKRKGDMDELDREQGAVEMARQEFEERMEEE 357

  Fly   379 -QGRGSQFSSREDRDKWITNELKSISKQTRDKIAHHAKLVEDLKK---DATSEKDL-----GQKI 434
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Zfish   358 AQSQGQDLQLEE-------NQVKAYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKI 415

  Fly   435 EEHSSELEQLRLQIDEHNKKYYELKKTKD----QHQSMRNELWRKETQMTQQLQTHKEELSRADQ 495
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Zfish   416 ETEAKIKQKIR-EIEENQKR---IEKLEDYITTSRQSL-DEQKRMEEELTEEVEQAKRRIDEINM 475

  Fly   496 ALRSMAGKPILNGCDSVRKVLDSFVERGGQSAE---------IARAY----YGPVIENFSC---D 544
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Zfish   476 ELNQV-----------MEQLGDARIDRQENSRQQRKAEILESIKRLYPGSVYGRLID--LCQPTQ 527

  Fly   545 KTIYTAVEVTAANRLFHHIVESEYEG---TQILKEMNKLKLPGE-VTFMPLNRLQVKIHDYPDDP 605
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Zfish   528 KKYQIAVTKVLGKNMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQR-----GEPETFLPLDYLEVK----PTDE 583

  Fly   606 ------DSIPMISKLKYD-EQHDKALRYIFGKTLICRNLERATELA-------KSTGLDCVTLDG 656
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Zfish   584 KLRELRGAKLVIDVIRYEPPQIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGPYRHKT-----VALDG 643

  Fly   657 DQVSSKGSLTGGYFNTSRSRLEMQKKRTEYTSQIAEFEKKLSKLRNELKSTENNINSIVSEMQKT 721
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Zfish   644 TLFQKSGVISGG-----ASDLKAKARRWD--------EKAVDK----LKDRKEKLTDELKEQMKA 691

  Fly   722 ETKQGKSKDVFEKVQGEIRLMKEELVRIEQYRAPKERSLA---QCKASLESMTSTKSSLEAELKQ 783
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Zfish   692 KRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLEQ---TKTRHLSLNMQEKSKLESELANFGPRINDIKR 753

  Fly   784 ELMSTLSSQDQREI-DQLN----------------DDIRRLNQE----NKEAFTQRMQFEVRKNK 827
            .:.|  ..:|.::: |::|                .:||...:|    ..|...:|::||.:|.:
Zfish   754 IIQS--RERDMKDLKDRMNVVEDEVFVEFCKEIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFETQKTR 816

  Fly   828 LDNLL---INNLFRRRDELIQALQEIS-------------------VEDRKRKLNNCKTELVSAE 870
            |...|   .|.|...:::::...|.:.                   :::...:|.:.|.:.::.:
Zfish   817 LAIQLDYEKNQLKEDQEKVVMWEQTVKKDENEIEKLKKEEQRNMKIIDETMAQLQDLKNQHLTKK 881

  Fly   871 KRIKKVNSDLEEIEKRV----MEAVQLQKELQQELETHVRKEKEAEENLNKDSKQ---------- 921
            ..:...|.::|||.|::    .|..|||||: ..:||.:.:::....||.:..|.
Zfish   882 SEVNDKNHEMEEIRKKLGGANKELTQLQKEV-TAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLRSG 945

  Fly   922 -LEKWSTKENMLNEKIDE---CTEKIAS--LGAVPLVDPSYTRMS--LKN------IFKELEKAN 972
             ::..|.:|.  |.:.:|   .::|.:|  |....|::..|..:|  ||:      |..|:....
Zfish   946 TMDDISQEEG--NSQAEESLSSSQKTSSTVLAKEALIEIDYNSLSEDLKDSLSDEEIKAEMNTLQ 1008

  Fly   973 QHLKKYNHV-------NKKAL-------DQFLSFSEQKEKLYRRKEELDIGDQKIHMLIQSLEMQ 1023
            |.|.:...:       |.||:       |:|...|::.|...:|.       :|.....:.::.:
Zfish  1009 QRLNEQQSILQRISAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRA-------KKAKQAFEQIKKE 1066

  Fly  1024 KVEAIQFTFRQVAQNFTKVFKKLVPMGAGFLILKTKDNEGDEMEKEVENSDAFTGIGIRVSFTGV 1088
            :.:.....|..||.|..:::|.|....:....|..::.|...::            ||..:....
Zfish  1067 RFDRFHACFESVATNIDEIYKALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLD------------GINYNCVAP 1119

  Fly  1089 EAEMREMNQLSGGQKSLVALALIFSIQKCDPAPFYLFDEIDQALDAMHRKAVANMIHELS-DTAQ 1152
            ....|.|:.||||:|::.||||:|:|....||||::.||||.|||..:...|||.|.:.| ...|
Zfish  1120 GKRFRPMDNLSGGEKTVAALALLFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKDQSVQNFQ 1184

  Fly  1153 FITTTFRPELLENAHKFYGV 1172
            .|..:.:.|....|....||
Zfish  1185 AIVISLKEEFYTKADSLIGV 1204

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SMC3	NP_523374.2	SMC_N	2..1180	CDD:426784	313/1320 (24%)
smc1al	NP_997975.2	SMC_N	3..1211	CDD:426784	313/1320 (24%)