DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment RpIIIC160 and Polr3a

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001096987.2 Gene:RpIIIC160 / 32524 FlyBaseID:FBgn0030687 Length:1383 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_341389.5 Gene:Polr3a / 361102 RGDID:1305574 Length:1390 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1384 Identity:795/1384 - (57%)
Similarity:1021/1384 - (73%) Gaps:19/1384 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     1 MPKEQFRASALNKKISHVQFGISGADEIQQEALVRIISKNLYQAQRQ--PVPYGVLDRRMGISTK 63
            |.|||||.:.:.|||||:.||:...:|::|:|.::::|||||.....  |:.|||||.|||.|.|
  Rat     1 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNNHAPLLYGVLDHRMGTSEK 65

  Fly    64 DAMCETCGQGLNECIGHFGYLDLALPVFHIGHFRSTINILQMICKVCAHVMLKPEDRQLYEKKLH 128
            |..|||||:.|.:|:||:||:||.||.||:|:||:.|.|||||||.|.|:||..|::|.:...|.
  Rat    66 DRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIMLSQEEKQQFLDFLK 130

  Fly   129 NPNFSYLGKKALHVQMLAKAKKVTKCPHCGSPNGGVKKGPGLLKILHDPYKGRK--MDSLFTSNM 191
            .|..:||.|:.|..::..|.:|.:.|.:||:.||.||| .|||||:|:.||..|  :|.:.::.:
  Rat   131 RPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKSTCHYCGAFNGTVKK-CGLLKIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFL 194

  Fly   192 NEMLRSTQTNRDLNSTLGNYSTAEELTPLMVLDLFEQIPQRDVALLGMCSHDAHPKHLIVTRVFV 256
            .....:.:.|:::...||.  ..|.|.||:||:||::||..||.||.|......|..||:||:.|
  Rat   195 QSFETAIEHNKEVEPLLGR--AQENLNPLVVLNLFKRIPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLV 257

  Fly   257 PPACIRPSVLSEVKAGTTEDDLTMKQSEILLINDVIQRHMATGGKIELIHEDWDFLQLHVALYFH 321
            ||.||||||:|::|:||.|||||||.:||:.:||||::|..:|.|.::|.||||||||..|||.:
  Rat   258 PPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFLNDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYIN 322

  Fly   322 SEISGIPINMAPKKTTRGIVQRLKGKQGRFRCNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLMINQVGVPVRVA 386
            ||:||||:||||||.|||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|::|.|||.||
  Rat   323 SELSGIPLNMAPKKWTRGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVA 387

  Fly   387 KILTYPERVNPANIRHMRELVRNGPSMHPGANYVQQRGSSFKKYLAYGNREKVAQELKCGDVVER 451
            ||||:||:||.|||..:|:||||||.:|||||::|||....|::|.||||||:|||||.||:|||
  Rat   388 KILTFPEKVNKANINFLRKLVRNGPDVHPGANFIQQRHMQMKRFLKYGNREKMAQELKFGDIVER 452

  Fly   452 HLRDGDIVLFNRQPSLHKMSIMCHRAKVQPQRTFRFNECACTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEARA 516
            ||.|||:|||||||||||:|||.|.|||:|.||||||||.|||||||||||||||||||||||:|
  Rat   453 HLIDGDVVLFNRQPSLHKLSIMAHLAKVKPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKA 517

  Fly   517 EALILMGNQSNLVTPKNGEILIAATQDFITGGYLLTQKEVFLTKEEAMQLAACFLANEDSTMHIK 581
            |||:|||.::|||||:|||.||||.|||:||.||||.|:.|..:.:|.|:.|..|..:|..:.::
  Rat   518 EALVLMGTKANLVTPRNGEPLIAAIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVR 582

  Fly   582 LPPPALLKPRRLWTGKQMFSLLMRPNDDSQVRLNMVNKGRNYT-RNKDLCSNDSWIHIRNSELMC 645
            ||||.:|||..||||||:||:::||:||:.||.|:..||:.|. :.:|||:|||::.|:||||||
  Rat   583 LPPPTILKPVTLWTGKQIFSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCTNDSYVTIQNSELMC 647

  Fly   646 GVMDKATMGSGTKQCIFYLLLRDFGESHATKAMWRLARIASYFLQNRGFSFGISDVTPSKKLLQH 710
            |.|||.|:|||:|..|||:||||:|::.|..||.||||:|..:|.|||||.||.||||.:.||:.
  Rat   648 GSMDKGTLGSGSKNNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQGLLKA 712

  Fly   711 KELLLNNGYAKCNEYIELLKAGTLQCQPGCTPEETLESVMLRELSAIREQAAKTCFAELHPTNSA 775
            |..|||.||.||:||||.|..|.||.|||||.|||||:::|:|||.||:.|...|..||..:||.
  Rat   713 KYELLNAGYKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACLRELDKSNSP 777

  Fly   776 LIMALSGSKGSNINISQMIACVGQQAISGKRVPNGFENRALPHFERHSAIPAARGFVQNSFYSGL 840
            |.|||.|||||.|||||||||||||||||.|||:|||||:|||||:||.:|||:|||.|||||||
  Rat   778 LTMALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLPAAKGFVANSFYSGL 842

  Fly   841 TPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYLQRRLVKCLEDLVVHYDGTVRNAVNEMVDTIYGGDGL 905
            ||||||||||||||||||||||||||||:||||||.||||...||.|||::..:::..|||||||
  Rat   843 TPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRSSTGDIIQFIYGGDGL 907

  Fly   906 DPVSMETRNKPVDLVHQYDNLRAQHPQGKDRPLNAEEMSEALETLLRTPEFAEARDDFKLDVRNH 970
            ||.:||.:::|::.....||::|.:|...:|.|:..|::...|.:::..||...:|.|..:::..
  Rat   908 DPAAMEGKDEPLEFKRVLDNIKAVYPCQSERALSKNELTLTTEAIMKKNEFLCCQDSFLQEIKTF 972

  Fly   971 INTVSKRIGQLQKRYEKCID--------LCHQIECLTTEQLLQFVRRINDRYNRAVTEPGTAVGA 1027
            |..||::|.:.:.:|.  |:        :.:|::.:|..|:.:|:....|:|.||..|||:||||
  Rat   973 IKGVSEKIKKTRDKYG--INDNGTTEPRVLYQLDRITRTQIEKFLETCRDKYMRAQMEPGSAVGA 1035

  Fly  1028 IAAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITQGVPRIVEIINATKTISTPIITAELENCHSMEFARQ 1092
            :.|||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||:|.||||||||:|:.....::||.
  Rat  1036 LCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIKEIINASKAISTPIITAQLDMDDDADYARL 1100

  Fly  1093 VKARIEKTTLAELSSYVEVVCGPYSCYLAIGVDMARIKLLGLHIDLDTIVFSILKSRMRVKPTQV 1157
            ||.|||||.|.|:|.|:|.|..|..|::.:.:.:.||:||.|.::.:|:.:||..|::||||..|
  Rat  1101 VKGRIEKTLLGEISEYIEEVFLPDDCFILVKLSLERIRLLRLEVNAETVRYSICTSKLRVKPGDV 1165

  Fly  1158 EVVASQSRIVVRVEATRTSTINAELARLALSLQNVVVAGLPNINRAVIAVDDARQPPTYKLCIEG 1222
             .|..::.:.|.......|::...|..|...|..|||.|:|.::||||.:|:......:||.:||
  Rat  1166 -AVHGEAVVCVTPRENSKSSMYYVLQFLKEDLPKVVVQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEKFKLLVEG 1229

  Fly  1223 YGLRDVIATYGVVGKRTRSNNICEIYQTLGIEAARTIIMSEITEVMEGHGMSVDWRHIMLLASQM 1287
            ..||.|:||:||.|.||.|||..|:.:|||||||||.|::||...|..||||:|.||:|||:..|
  Rat  1230 DNLRAVMATHGVKGTRTTSNNTYEVEKTLGIEAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLM 1294

  Fly  1288 TARGEVLGITRHGLAKMRESVFNLASFEKTADHLFDAAYYGQTDAINGVSERIILGMPACIGTGI 1352
            |.:||||||||.|||||:|||..||||||||||||||||:||.|::.||||.||:|:|..||||:
  Rat  1295 TYKGEVLGITRFGLAKMKESVLMLASFEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGL 1359

  Fly  1353 FKLLQQHEDKQVPPIEPTI 1371
            ||||.:......||..|.|
  Rat  1360 FKLLHKANRDPKPPRRPLI 1378

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
RpIIIC160NP_001096987.2 PRK08566 13..919 CDD:236292 564/910 (62%)
RNAP_III_RPC1_N 24..889 CDD:259847 543/869 (62%)
RNA_pol_Rpb1_5 839..1304 CDD:282807 238/472 (50%)
RNAP_III_Rpc1_C 1013..1353 CDD:132723 194/339 (57%)
Polr3aXP_341389.5 PRK08566 7..932 CDD:236292 568/927 (61%)
RNAP_III_RPC1_N 24..891 CDD:259847 543/869 (62%)
RNA_pol_Rpb1_5 841..1317 CDD:282807 243/478 (51%)
RNAP_III_Rpc1_C 1021..1360 CDD:132723 194/339 (57%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C166343751
Domainoid 1 1.000 449 1.000 Domainoid score I496
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG0086
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H5124
Inparanoid 1 1.050 1561 1.000 Inparanoid score I84
OMA 1 1.010 - - QHG53760
OrthoDB 1 1.010 - - D591636at2759
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000819
OrthoInspector 1 1.000 - - oto96692
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100210
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR19376
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X3228
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 1 0.960 - -
1615.770

Return to query results.
Submit another query.