DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Rab3-GEF and madd

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001259560.1 Gene:Rab3-GEF / 32442 FlyBaseID:FBgn0030613 Length:2154 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_073764767.1 Gene:madd / 100150917 ZFINID:ZDB-GENE-030131-8076 Length:1651 Species:Danio rerio


Alignment Length:1932 Identity:752/1932 - (38%)
Similarity:1015/1932 - (52%) Gaps:420/1932 - (21%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     5 QKASLCPRLVDYMAIVGAHTTPPMPKGLQGLKAPPVQVPDLLRRYPPSDHADFPLPLDMVYFCQP 69
            :|..:||||:||:.:|||.         |.......|.|.||||||..||.|||||.|:|:||||
Zfish     2 EKKKMCPRLLDYLVVVGAR---------QPSNDSVAQTPQLLRRYPLEDHNDFPLPPDVVFFCQP 57

  Fly    70 EGCTSVGPRRTGSAIRDMTSFVFALTDKDSGKTRYGICVNFYRPIERPSSAAGSAGAGNDRPGNG 134
            |||.|:..||.  ::||.|||||.|||||||.||||||:||||..::          .:.||...
Zfish    58 EGCLSIRQRRV--SLRDDTSFVFTLTDKDSGITRYGICLNFYRSFQK----------AHHRPRAE 110

  Fly   135 GPGGHGGGAGGGAGGGGRGGRRSSAFRRESWRKSMERSSDSAFSSDYRSNVAPSDSDRELTSRRD 199
            |.|                                             ...|.:|:..|.|.:.|
Zfish   111 GKG---------------------------------------------EKPAHTDTAVEATEKSD 130

  Fly   200 SDQQRLHSHHSHHQPHHPSASPAVPKLGLMAPSADSESGGSHSP-SPRASRKRTKLRNQSLTSLC 263
            .....|...|        ||.||..  |.:.|.....||  .|| |.|:.|...:.||..|||||
Zfish   131 PSTLTLSGEH--------SAPPAGD--GTLLPGEPGSSG--KSPRSKRSGRIAPQNRNSMLTSLC 183

  Fly   264 IISHHPFFTTFRECLFILKKLIDACNESSSPKRVGASQKINRDNVWTVLTGHVS---DATPSIVL 325
            |:||:|||:||||||:|||:::|.|::..: :|.||.:...||.:|.|.||.:|   ....|.||
Zfish   184 ILSHYPFFSTFRECLYILKRMVDCCSQRLN-QRPGAPKSTQRDTMWRVFTGALSVEEKEKGSQVL 247

  Fly   326 HDVREIETWILRLLSTPVPVPGSTRVEVEVLSPTVHEPLLFALPDHTRFSLVDFPLHLPLELLGV 390
            .|:||||:|:.|||.:||||.|..||:||||...:...|.|||||.:|||:||||||||||||||
Zfish   248 QDLREIESWVYRLLRSPVPVAGQRRVDVEVLPHELQPALTFALPDPSRFSIVDFPLHLPLELLGV 312

  Fly   391 ETCLKVWTLIMQENKVLFQSRDYNALSMSVMAFVTMLYPLEYMFPVIPLLPTCLSCAEQLLLAPT 455
            :.||:|...|:.|:||:.||||||||||||||||:|:||||||||||||||||::.|||||||||
Zfish   313 DACLQVLACILLEHKVVLQSRDYNALSMSVMAFVSMIYPLEYMFPVIPLLPTCMASAEQLLLAPT 377

  Fly   456 PFVIGVPASFLVYKKNFRLPDDIWVVDLDSTKLTPPTGGYEEIPPLPEPEGTILKNHLKQAMLLM 520
            |:||||||||.:||.:|::|||:|:||||..|:..|:.. |.:|||||||.:.||.|||||:..|
Zfish   378 PYVIGVPASFFLYKCDFKMPDDVWLVDLDCNKVIVPSNA-ELLPPLPEPEASELKKHLKQALASM 441

  Fly   521 DEAGLGALTSMTATNTAVSSQQLLPSVRDSLQEPPLLGVSQVRLPLQTPPHSAQASQRNSMSAQG 585
                                         ||...|:|.:.:.           |..|..|:...|
Zfish   442 -----------------------------SLNTQPILNLEKF-----------QDGQELSLLPPG 466

  Fly   586 TISSRQPSPMNSPALNPFVYGTDVDSVDVATRVAMVRFFNAQNTLANFAEHTRTLRLYPRPVVAF 650
                |..:..:|...||.:||.||||||||||||||||||:.|.|..|..|||||||:|||||||
Zfish   467 ----RDKASPSSTEFNPLIYGNDVDSVDVATRVAMVRFFNSPNVLQGFQMHTRTLRLFPRPVVAF 527

  Fly   651 QINSFLRSRPRASQFLNQFARTQAVEFLAEWSLTPTNVAFLRVQTGVMDPMQVGDKPKWFAHALT 715
            |..|||.||||.:.|..:.:.|||||:..||:|.|||:||.|:...|.||..:||||||:||.|.
Zfish   528 QSTSFLASRPRRNGFTEKLSHTQAVEYYGEWALNPTNLAFQRIHNNVYDPSLIGDKPKWYAHQLQ 592

  Fly   716 PIRFSVWDDGSSLNGALRSLKQLE---CQPTDESGSDSEGADSSSSSYSSLSDFVSEMASSDLSP 777
            |:.:.|:|..|.|..||....|.|   ..|||:||||||..|.||||||||.|||:||...|:..
Zfish   593 PVFYRVYDGNSHLAEALSGPLQDETNDSDPTDDSGSDSEAYDDSSSSYSSLGDFVNEMIKGDIQG 657

  Fly   778 SLHDVFGSYNRPHVVPQTLSS--NLDPALVYHPPSKLQYPEGIADAVASKEEEDEERADS-PVSS 839
                     :.|:|.|.|.::  :.|...::      .:.|...|:...:.|...|.||| |:.|
Zfish   658 ---------DTPNVDPLTHAALGDADEVEIH------DFHEYKGDSGEPEPEGPTEAADSQPLRS 707

  Fly   840 SSSRSDLSSPSFNRDSEFDFQPKGGQTLGSTTVGSGAAAPSFELATPLAMRLEATIKMASIEQES 904
            |||.:..||||                    ||..|.   :.|...|:               |.
Zfish   708 SSSTTASSSPS--------------------TVIQGV---NHEQKEPV---------------EV 734

  Fly   905 DTVSTATGKTIAAGSKLQRHPSDSESRPEKKIPPPLTPPVKQPGVSNILARTGSSGSSSSSPGRQ 969
            :.::..|            .||   |.|... |||.|.|...|.:.:              |..:
Zfish   735 EPIANVT------------FPS---SAPVLG-PPPFTRPTPDPTLVD--------------PANK 769

  Fly   970 SSQ--SSLFENFASHAKELVRETTRQSSQEGLLAHVDKFTLHAKKAAGEASKQALEVSKQAAGVS 1032
            ..:  :..||.......|...||..|..     ::..:|            .|.|..:|.:..:.
Zfish   770 KREYDNPYFEPQYGFPTEEDAETDEQEE-----SYTPRF------------NQNLNGNKPSRPLR 817

  Fly  1033 KNTLEDLTYVGKSTLGDLTKTAKEAATKKGIIKIEEHSAGGAGPPPKSPGSQLATHKQVQQSGGQ 1097
            .::|                            |:...|.|.......||.|.::.:    .|.|.
Zfish   818 PSSL----------------------------KLPGESDGEGDSRNSSPNSTISNN----SSDGF 850

  Fly  1098 GG----GNNFFSAIGTDFNGLASSTSTMFSGMFGKKSQQKQVPVQQKQPNVSAGKAKSGINFDPF 1158
            ||    .:|.:...||.|        ::.|.....|:::|..|....:.:........|..    
Zfish   851 GGLMSFASNLYKNHGTSF--------SLSSLALPNKAREKNTPFPSLKDDADDSPESPGAR---- 903

  Fly  1159 PGRKGLV-ERTPLIKHSGPRQTQEELTRQQNQERSHSNAENQTFLKDVTNQVLAGEGVGWLKLNR 1222
             ..:.|| :::.:|||| |...:|.   ...|.|:::.:|||.|||:|...||.|:|||||.:.:
Zfish   904 -APRALVDQKSSVIKHS-PTVKRES---PSPQGRANNTSENQQFLKEVVQSVLEGQGVGWLNMKK 963

  Fly  1223 FKKLMEDESYRTLVLSKLNKTL-DKKIAPDDHIDDVCVTKPVWKGMLKCIQAIAGGLDVTFANFG 1286
            .::|:|:|..|..||||||:.: .::.|..:.|.||.:.:.|:||||..::.....|:.::.|.|
Zfish   964 VRRLLENEQLRVFVLSKLNRAVQSEEDAQQEVIRDVEINRKVYKGMLDILKCTVSSLEHSYTNAG 1028

  Fly  1287 LGGMASVFQLMEVAHTHYWSKEINEGSDMSSSLLSSHAA--SPMGSRENLRS------------- 1336
            ||||||||.|:|:|.|||.:|:..:.....:..|||..:  ||.|..|:.|:             
Zfish  1029 LGGMASVFSLLEIARTHYQTKDPEKRKRSPTEGLSSPGSKESPSGRMESARAAGVLLVPRIQLPP 1093

  Fly  1337 PSSPNGSHS----ALGSE--------WASPQESRKSST----QLAHGGPGGSHSGAPINRRLSSA 1385
            |||...|..    :|..|        |:..|::||...    |.|.|          :.:|:...
Zfish  1094 PSSGKSSRQFDTRSLNEENFIASIELWSKHQDNRKQKALEKEQRADG----------VKQRVEGG 1148

  Fly  1386 DSQD---------GQSTT----EMFKDMLSQKRSALKNMLTSFDSDTTTSKDSKKSSGNLWSGKS 1437
            |:::         |.|.|    :...|.|:..........||.||:.:|...:  |||......|
Zfish  1149 DTEEKKSQISADSGLSVTSGSQKSDTDSLASSEPPALTRSTSQDSEASTVVSN--SSGETLGADS 1211

  Fly  1438 TLS--AGFRYTG--GHLINTS-------------------------------------SSPSPD- 1460
            .||  ||...||  |..:|.|                                     ::|:|. 
Zfish  1212 DLSSTAGDGLTGRHGQHLNLSRGTLSDSEIETNPATSSVFGKTHKLKPGVKEPVGVNKAAPAPPV 1276

  Fly  1461 ---SPRVYLFEGLLGKD---------------------RLNLWNQMQFWEDAFLDAVSQERDMIG 1501
               |.|:||.|||||:|                     |..||:|||||||||||||..||:.:|
Zfish  1277 EDVSMRIYLCEGLLGRDKSSVWDQLEDAAMETFSLSKERSTLWDQMQFWEDAFLDAVMLEREGMG 1341

  Fly  1502 MDQGPIEMMERYKSLSESERKRLEHDEDRLLSTMLYNLTAILVMLNVAKDEIRRKIRRLLGKSHI 1566
            |||||.||::||.||.:.:|||||.||||||:|:|:|:.|.::|:.|.|::||:|:|||:|||||
Zfish  1342 MDQGPQEMIDRYLSLGDHDRKRLEDDEDRLLATLLHNMIAYMLMMKVGKNDIRKKVRRLMGKSHI 1406

  Fly  1567 GLVYSQEVHNVVDQINNLNGNDIDLKPLGSRLLHRQSFTVHQGTDVNGPLRFMEVRDDGLVLRSV 1631
            ||.:|||::.|:|::.:|:|.::.::|.|||.:.:|:|.||.|||..|.:.||||.||.:||||.
Zfish  1407 GLTHSQEINEVLDRLAHLSGRELSIRPSGSRHIKKQTFVVHAGTDTTGDIFFMEVCDDCIVLRSN 1471

  Fly  1632 DGTIVERWWYERLVNMTYSPKTKLLCLWRRNGGQTQLHKYYTRKCKELYNCIKEAMERGGTPTNV 1696
            .||:.||||||:|:||||.||||:||||||||.:|||:|:||:||:|||.|:|::|||.......
Zfish  1472 IGTVYERWWYEKLINMTYCPKTKVLCLWRRNGQETQLNKFYTKKCRELYYCVKDSMERAAARQQS 1536

  Fly  1697 ----PELGGEFPVQDMNTGEGGLLQVCLEGVGLLFSNSKFFVRLDHIRKCFTQKGGIFVLEEYNP 1757
                ||||||||||||.|||||||||.|||:.|.|.:|:.|:.|:||:||.|.| |:|||||:.|
Zfish  1537 IKPGPELGGEFPVQDMKTGEGGLLQVTLEGINLKFMHSQVFIELNHIKKCNTVK-GVFVLEEFVP 1600

  Fly  1758 KTRNLIQRKYQSSMSDQICYSVLCVFSYVAA--GQDQKKNPVVITPQ 1802
            :|:.::..||::.|:.||||||||:|||:||  |::.:..|.:::|:
Zfish  1601 ETKEVVIHKYKTPMAHQICYSVLCLFSYMAAVKGKESEGKPKMLSPR 1647

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Rab3-GEFNP_001259560.1 uDENN 10..111 CDD:214824 58/100 (58%)
DENN 260..486 CDD:214823 146/228 (64%)
dDENN 613..681 CDD:129037 44/67 (66%)
maddXP_073764767.1 None

Return to query results.
Submit another query.