Protein Alignment Polr2A and rpoC

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_511124.1
• Gene: Polr2A / 32100
• FlyBaseID: FBgn0003277
• Length: 1887
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_418415.1
• Gene: rpoC / 948487
• ECOCYCID: EG10895
• Length: 1407
• Species: Escherichia coli
• Alignment Length: 1627
• Identity: 366/1627 - (22%)
• Similarity: 607/1627 - (37%)
• Gaps: 466/1627 - (28%)

  Fly    17 VQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETM--EGGRPKLGGLMDPR--------------------QG 59
            ::..:.|||.||..|.  |.|:..||:  ...:|:..||...|                    :|
E. coli    20 IKIALASPDMIRSWSF--GEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRG 82

  Fly    60 VIDRTSRCQTCAGNMTECP---GHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPK 121
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E. coli    83 VI-----CEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWF-------LKSLPSRIGLLLDMP---- 131

  Fly   122 IKEIVMKSRGQPRKRLAYVYDLCKGKTICEGG----EDMDLTKENQQPDPNKKPGHG-----GCG 177
            :::|         :|:.|.    :...:.|||    |...:..|.|..|..::.|..     |..
E. coli   132 LRDI---------ERVLYF----ESYVVIEGGMTNLERQQILTEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAE 183

  Fly   178 HYQPSIRRTGLD-----LTAEWKHQNEDSQEKKIVVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARP 237
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E. coli   184 AIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLT----------KRIKLLEAFVQSGN----KP 234

  Fly   238 DWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFGAAKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKML 302
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E. coli   235 EWMILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRML 299

  Fly   303 QFHVATLVDNDMPGMPRAMQKSGK-PLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLR 366
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E. coli   300 QEAVDALLDNGRRG--RAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLR 362

  Fly   367 IDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFNIDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLH 431
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E. coli   363 LHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKMVEREEAVVWDILDEV-IREHP------ 420

  Fly   432 LQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPTLHKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLH 496
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E. coli   421 ----------------VLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVH 469

  Fly   497 VPQSMETRAEVENIHITPRQIITPQANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPT 561
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E. coli   470 VPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMT-RDCVNAKGEGMVL------ 527

  Fly   562 WDAKMPQPCILKPRPLWTG-KQIFSLIIPGNVNM---IRTHSTHPDEEDEGP-YKWISPGDTKVM 621
                             || |:...|...|..::   ::...|..:::..|. ....|..||.|
E. coli   528 -----------------TGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAKTSLKDTTV- 574

  Fly   622 VEHGELIMGILCKK---------SLGTSA-GSLLHICFLELGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEG 676
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E. coli   575 ---GRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSG 636

  Fly   677 HSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHNMELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDAR 741
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E. coli   637 ASVGIDDMVI-PEKKHEI---ISEAEAEVAE-IQEQFQSGL-VTAGERY-----NKVIDIWAAAN 690

  Fly   742 DKTG----------------GSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACVGQQNVEGKRI 790
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E. coli   691 DRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVS-FNSIYMMADSGARGSAAQIRQL---AGMRGLMAK-- 749

  Fly   791 PYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRR 855
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E. coli   750 PDGSIIET----------PITANFRE-----GLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRR 799

  Fly   856 LIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEKRFKFDWSNER 920
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E. coli   800 LVDVAQDLVVTEDD-------------------CGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLR-------DR 838

  Fly   921 LMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPCN-LQRMIWNVQK 984
            ::.:|..:||:|.                               |.:.:::|.| |....|
E. coli   839 VLGRVTAEDVLKP-------------------------------GTADILVPRNTLLHEQW---- 868

  Fly   985 IFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLLFQCLIRSTLCTKYVSEE 1049
             ..:.:....|...:|.:....|....|....|.|                |.|
E. coli   869 -CDLLEENSVDAVKVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRD----------------LAR----------- 905

  Fly  1050 FRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGVSSKNV----- 1109
                        |.|        .|.||.:|.:||||:|||.||:|:.|||..|.:|:..
E. coli   906 ------------GHI--------INKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSI 950

  Fly  1110 ------TLGVPRLKEIINISKK----PKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTAN 1164
                  ::.:..:|.::|.|.|    .:...|.:....|..:::.|........:....:.....
E. coli   951 QVKNKGSIKLSNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGE 1015

  Fly  1165 TAIYYDPDPQRTVISEDQEFVNVYYEMPDFDPTRISPWLLRIELDRKRMTDK-----KLTMEQIA 1224
            |...:||... .||:|...||. :.:|  .|...|:           |.||:     .|.:...|
E. coli  1016 TVANWDPHTM-PVITEVSGFVR-FTDM--IDGQTIT-----------RQTDELTGLSSLVVLDSA 1065

  Fly  1225 EKINVGFGEDLNCIFNDDNADKLVLRIRIMNNEEN-----------KFQDEDEAVDKMED----- 1273
            |:  ...|:||.            ..::|::.:.|           ::....:|:.::||
E. coli  1066 ER--TAGGKDLR------------PALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQIS 1116

  Fly  1274 --DMFLRC-IEANMLSDMT-----------------------LQGIEAIGKVYMHLPQTDSKKRI 1312
              |...|. .|:....|:|                       :.||.:.||      :|..|:|:
E. coli  1117 SGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGK------ETKGKRRL 1175

  Fly  1313 VITETGEF----KAIGEW----LLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSSNDICEIFQVLGIEAVRKS 1369
            |||.....    :.|.:|    :.|.:......|:|:....|        .:|.::.|:.||.:.
E. coli  1176 VITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVISDGPEAP--------HDILRLRGVHAVTRY 1232

  Fly  1370 VEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKG--------------------------------- 1401
            :..|:..|.:..|:.:|.:|:.::...|..|.
E. coli  1233 IVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGK 1297

  Fly  1402 -------HLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMG 1459
                   .|:.||:..:..:  ..:...||:||..||.:||...:.|.:||:.||:|:|:|...|
E. coli  1298 VGATYSRDLLGITKASLATE--SFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG 1360

  Fly  1460 TG 1461
            ||
E. coli  1361 TG 1362

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Polr2A	NP_511124.1	RNAP_II_RPB1_N	15..868	CDD:259848	236/921 (26%)
		RNA_pol_Rpb1_6	890..1071	CDD:461511	23/181 (13%)
		RNAP_II_Rpb1_C	1050..1468	CDD:132720	107/522 (20%)
		Herpes_BLLF1	<1498..1862	CDD:282904
		PTZ00449	<1707..1880	CDD:185628
rpoC	NP_418415.1	PRK00566	16..1381	CDD:234794	366/1627 (22%)