DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment RpII215 and RPO21

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_511124.1 Gene:RpII215 / 32100 FlyBaseID:FBgn0003277 Length:1887 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_010141.1 Gene:RPO21 / 851415 SGDID:S000002299 Length:1733 Species:Saccharomyces cerevisiae


Alignment Length:1913 Identity:947/1913 - (49%)
Similarity:1250/1913 - (65%) Gaps:222/1913 - (11%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     7 SKAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETME--GGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQT 69
            |.||||.||.||||:.||:|:|.:||.:  ::|.|||:  ..|.|:|||.|||.|.|||..:|||
Yeast     7 SSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAK--IRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQT 69

  Fly    70 CAGNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKE-IVMKSRGQP 133
            |...|.|||||||||||||||||:|||.|..|:..|||.:|.|:|:..||..::: :.:|   ..
Yeast    70 CQEGMNECPGHFGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIK---DS 131

  Fly   134 RKRLAYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQPDPNKKPGHGGCGHYQPSIRRTGLDLTAEWKHQN 198
            :||.|.::.|||.|.:||    .|:..|:   ||.:....||||:.||:||:.||.|...||...
Yeast   132 KKRFAAIWTLCKTKMVCE----TDVPSED---DPTQLVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDR 189

  Fly   199 E--DSQEKKI-VVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFG 260
            .  |:.|.:: |:|.|.:..|.|||:.::...||.:..::||:|||:|.|||||..|||::....
Yeast   190 ATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLPVPPPPVRPSISFNE 254

  Fly   261 AAKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKMLQFHVATLVDNDMPGMPRAMQKSG 325
            :.:.:||||.||:||:|||..|...|.:||..|.|:|...:|||||||.:|||:.|.|:|:||||
Yeast   255 SQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSG 319

  Fly   326 KPLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFN 390
            :|:|:|:|||||||||||||||||||||||||||:.||||.:||||||:|||:.||:||:|||:|
Yeast   320 RPVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYN 384

  Fly   391 IDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPT 455
            |||:.:|||.|.:::|||||::||:|:|||||:..::.|:.||.|:|||||:.|:|.|:|||||:
Yeast   385 IDRLTQLVRNGPNEHPGAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPS 449

  Fly   456 LHKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITP 520
            |||||||.|||||:|:||||:|||.||||||||||||||||||||.|||||:..:...|.||::|
Yeast   450 LHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSP 514

  Fly   521 QANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQIFS 585
            |:|||.||||||||..:||:|.||.||..:||:|:|.::|.||..:|.|.|:||:|||:||||.|
Yeast   515 QSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVIPTPAIIKPKPLWSGKQILS 579

  Fly   586 LIIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHICFL 650
            :.||..:::.|.        |||. ..:||.|..:::..|::|.|::.||::|:|.|.|:|:...
Yeast   580 VAIPNGIHLQRF--------DEGT-TLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTR 635

  Fly   651 ELGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHNM 715
            |.|..:..:.:||||.|:|.|||..|.|.||||||||..|..||.:.|.:||..|::|.::|...
Yeast   636 EKGPQVCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQAN 700

  Fly   716 ELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDARDKTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACV 780
            .|....|.|||::||:.|.|.||:||||.|..|:.:|.:.||:|.||::|||||.|||:|:.|||
Yeast   701 LLTAKHGMTLRESFEDNVVRFLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACV 765

  Fly   781 GQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVK 845
            |||:||||||.:||..||||||.||||.|||:||||||||.||||.||:||||||||||||||||
Yeast   766 GQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVK 830

  Fly   846 TAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEK 910
            |||||||||||:||:|.:||:||.|.|||:|.:||..|||||:....:|.|::.|:..|:.:|||
Yeast   831 TAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEKQSLDTIGGSDAAFEK 895

  Fly   911 RFKFDWSNERLMKKVFTDDVIKE--MTDSSEAIQE------LEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGES 967
            |::.|..|        ||..:..  :...||.:.:      |:.|:.:||.||..||::|.:||:
Yeast   896 RYRVDLLN--------TDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEA 952

  Fly   968 KVVLPCNLQRMIWNVQKIFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLL 1032
            ...||.|::|:|.|.|:.|||:...|:||:...::.|||.|.|..:::.|.:.|.:.|..:|..|
Yeast   953 NWPLPVNIRRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTL 1017

  Fly  1033 FQCLIRSTLCTKYVSEEFRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLN 1097
            |.||:||.|.|:.|.:|:||:.:||:|::..||.:|.::..:||||||.|||||:||||||||||
Yeast  1018 FCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQAFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLN 1082

  Fly  1098 TFHFAGVSSKNVTLGVPRLKEIINISKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVT 1162
            |||||||:||.||.||||||||:|::|..|.|||||:|..|.|.|.|:||.:...:|||||:.||
Yeast  1083 TFHFAGVASKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYLEPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVT 1147

  Fly  1163 ANTAIYYDPDPQRTVISEDQEFVNVYYEMPD------FDPTRISPWLLRIELDRKRMTDKKLTME 1221
            ..:.|||||||:.|||.||:|.:.:::.:.|      ||  :.||||||:||||..|.||.|||.
Yeast  1148 IASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLLDEEAEQSFD--QQSPWLLRLELDRAAMNDKDLTMG 1210

  Fly  1222 QIAEKINVGFGEDLNCIFNDDNADKLVLRIRIMNNEENKFQDEDEAVDKMEDDMFLRCIEANMLS 1286
            |:.|:|...|..||..|:::||.:||::|.|::  .......|.||    |:|..|:.||..||.
Yeast  1211 QVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVV--RPKSLDAETEA----EEDHMLKKIENTMLE 1269

  Fly  1287 DMTLQGIEAIGKVYMHLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSS 1351
            ::||:|:|.|.:|.|  .:.|.|   |.:.|||:....||:|||||.::.:|::...:||.|..:
Yeast  1270 NITLRGVENIERVVM--MKYDRK---VPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYT 1329

  Fly  1352 NDICEIFQVLGIEAVRKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDT 1416
            |...:|.:||||||.|.::.||:..|:...|.||||||:|||.||||.:|.|.::||||.||.:|
Yeast  1330 NSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDGSYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNT 1394

  Fly  1417 GALMRCSFEETVDVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLLLDAEKCRFGIEIPNT 1481
            ||||||||||||::|.:|.|.||.|..||||||:|:||:..:|||.||:::|.|          :
Yeast  1395 GALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGAFDVMIDEE----------S 1449

  Fly  1482 LGNSMLGGAAMFIGGGSTPSMTPPMTPWANCNTPRYFSPPGHVSA--------MTPGGPSFSP-- 1536
            |...|.......|..|....:||            |.:..|.|:|        |      |||  
Yeast  1450 LVKYMPEQKITEIEDGQDGGVTP------------YSNESGLVNADLDVKDELM------FSPLV 1496

  Fly  1537 -SAASDA-SGMSPSWSPAHPGSSPSSPGPSMSPYFPASPSVSPSYSPTSPNYTASSPGGASPNYS 1599
             |.::|| :|...::..|..|.:             .||..:...:||||.:..||||     :|
Yeast  1497 DSGSNDAMAGGFTAYGGADYGEA-------------TSPFGAYGEAPTSPGFGVSSPG-----FS 1543

  Fly  1600 PSSPNYSPTSPLYASPRYASTTPNFNPQSTGYSPSSSGYSPTSPVYSPTVQFQSSPSFAGSGSNI 1664
            |:||.||||||                          .||||||.||||     |||        
Yeast  1544 PTSPTYSPTSP--------------------------AYSPTSPSYSPT-----SPS-------- 1569

  Fly  1665 YSPGNAYSPSSSNYSPNSPSYSPTSPSYSPSSPSYSPTSPCYSPTSPSYSPTSPNYTPVTPSYSP 1729
                  |||:|.:|||.|||||||||||||:|||||||||.|||||||||||||:|:|.:|||||
Yeast  1570 ------YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP 1628

  Fly  1730 TSPNYSASPQYSPASPAYSQTGVKYSPTSPTYSPPSPSYDGSPGSPQYTPGSPQYSPASPKYSPT 1794
            |||:                    ||||||:|||.||||  ||.||.|:|.||.|||.||.||||
Yeast  1629 TSPS--------------------YSPTSPSYSPTSPSY--SPTSPSYSPTSPAYSPTSPSYSPT 1671

  Fly  1795 SPLYSPSSPQHSPSNQYSPTGSTYSATSPRYSPNMSIYSPSSTKYSPTSPTYTPTARNYSPTSPM 1859
            ||.|||:||                                  .||||||:|:||:.|||||||.
Yeast  1672 SPSYSPTSP----------------------------------SYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPS 1702

  Fly  1860 YSPTAPSHYSPTSPAYSPSSPTFEESED 1887
            ||||:|. |||.||||||.....:.:|:
Yeast  1703 YSPTSPG-YSPGSPAYSPKQDEQKHNEN 1729

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
RpII215NP_511124.1 PRK08566 14..887 CDD:236292 492/878 (56%)
RNAP_II_RPB1_N 15..868 CDD:259848 479/858 (56%)
RNA_pol_Rpb1_5 822..1420 CDD:282807 295/611 (48%)
RNA_pol_Rpb1_6 890..1071 CDD:282801 65/188 (35%)
RNAP_II_Rpb1_C 1050..1468 CDD:132720 216/423 (51%)
TCRP1 1602..1880 CDD:291605 140/277 (51%)
RCR <1789..1864 CDD:304939 31/74 (42%)
RPO21NP_010141.1 RNAP_II_RPB1_N 15..853 CDD:259848 479/858 (56%)
RNA_pol_Rpb1_6 873..1056 CDD:398590 65/190 (34%)
RNAP_II_Rpb1_C 1035..1446 CDD:132720 216/423 (51%)
RNA_pol_Rpb1_R 1698..1709 CDD:398599 8/10 (80%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C157346078
Domainoid 1 1.000 534 1.000 Domainoid score I37
eggNOG 1 0.900 - - E1_COG0086
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H721
Inparanoid 1 1.050 1656 1.000 Inparanoid score I6
Isobase 1 0.950 - 0 Normalized mean entropy S300
OMA 1 1.010 - - QHG53835
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000819
OrthoInspector 1 1.000 - - oto100218
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100210
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR19376
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 1 1.030 - avgDist Average_Evolutionary_Distance R1183
SonicParanoid 1 1.000 - - X2195
TreeFam 1 0.960 - -
1615.740

Return to query results.
Submit another query.