Protein Alignment Polr2A and Polr1A

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_511124.1
• Gene: Polr2A / 32100
• FlyBaseID: FBgn0003277
• Length: 1887
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_523743.1
• Gene: Polr1A / 36617
• FlyBaseID: FBgn0019938
• Length: 1642
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 1755
• Identity: 492/1755 - (28%)
• Similarity: 768/1755 - (43%)
• Gaps: 437/1755 - (24%)

  Fly    17 VQFGILSPDEIRRMSVTE--GGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDR-TSRCQTCAGNMTECP 78
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  Fly    16 LEFAVFTDQEIRKLSVVKVITGITFDAL---GHAIPGGLYDIRMGSYGRCMDPCGTCL-KLQDCP 76

  Fly    79 GHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCV-CFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRKRL----- 137
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  Fly    77 GHMGHIELGTPVYNPFFI-KFVQRLLCIFCLHCYKLQMKDHE---CEIIML-----QLRLIDAGY 132

  Fly   138 ---AYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQPDP-----------NKKPGHGG------------- 175
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  Fly   133 IIEAQELELFKSEIVCQNTENLVAIKNGDMVHPHIAAMYKLLEKNEKNSSNSTKTSCSLRTAITH 197

  Fly   176 ---------CGHYQPSIRRTGLDLTAEWKHQN------------------EDSQEKKIVVSAE-- 211
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  Fly   198 SALQRLGKKCRHCNKSMR------FVRYMHRRLVFYVTLADIKERVGTGAETGGQNKVIFADECR 256

  Fly   212 ----RVW----EILKHITDEECFILGM------DPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFGAA 262
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  Fly   257 RYLRQIYANYPELLKLLVP----VLGLSNTDLTQGDRSPVDLFFMDTLPVTPPRARPLNMVGDML 317

  Fly   263 KN--QDDL-------THKLSDII---KANNELRKNEA-------SGAAAHVIQENI----KMLQF 304
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  Fly   318 KGNPQTDIYINIIENNHVLNVVLKYMKGGQEKLTEEAKAAYQTLKGETAH---EKLYTAWLALQM 379

  Fly   305 HVATLVDNDMPGMPRAMQKSGKPLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQ 369
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  Fly   380 SVDVLLD---VNMSREM-KSGEGLKQI---IEKKSGLIRSHMMGKRVNYAARTVITPDPNINVDE 437

  Fly   370 VGVPRSIAQNLTFPELVTPFNIDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNG-------------ERID- 420
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  Fly   438 IGIPDIFAKKLSYPVPVTEWNVTELRKMVMNGPDVHPGANYIQDKNGFTTYIPADNASKRESLAK 502

  Fly   421 -LRFHPKSSDLHLQCGYK-VERHLRDDDLVIFNRQPTLHKMSMMGHRVKVLPW-STFRMNLSCTS 482
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  Fly   503 LLLSNPKD-------GIKIVHRHVLNGDVLLLNRQPSLHKPSIMGHKARILHGEKTFRLHYSNCK 560

  Fly   483 PYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITPQANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFI 547
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  Fly   561 AYNADFDGDEMNAHYPQSEVARAEAYNLVNVASNYLVPKDGTPLGGLIQDHVISGVKLSIRGRFF 625

  Fly   548 TREQVMNLL---MFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQIFSLIIPG------------------- 590
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  Fly   626 NREDYQQLVFQGLSQLKKDIKLLPPTILKPAVLWSGKQILSTIIINIIPEGYERINLDSFAKIAG 690

  Fly   591 -NVNMIRTH----STHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHICFL 650
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  Fly   691 KNWNVSRPRPPICGTNPEGND--------LSESQVQIRNGELLVGVLDKQQYGATTYGLIH-CMY 746

  Fly   651 EL-GHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHN 714
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  Fly   747 ELYGGDVSTLLLTAFTKVFTFFLQLEGFTLGVKDILVTDVADRKRRKIIRECRNVGNSAVAAALE 811

  Fly   715 MELEPTPGNTLRQTFE-----NKVNRILNDARDKT---GGS--------AKKSLTEY--NNLKAM 761
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  Fly   812 LEDEP-PHDELVEKMEAAYVKDSKFRVLLDRKYKSLLDGYTNDINSTCLPRGLITKFPSNNLQLM 875

  Fly   762 VVSGSKGSNINISQVIACVGQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPS 826
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  Fly   876 VLSGAKGSMVNTMQISCLLGQIELEGKRPPLMISGKSLPSFTSFETSPKSGGFIDGRFMTGIQPQ 940

  Fly   827 EFYFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGE 891
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  Fly   941 DFFFHCMAGREGLIDTAVKTSRSGYLQRCLIKHLEGLSVHYDLTVRDSDNSVVQFLYGEDGL--D 1003

  Fly   892 LVEFQNMPTVKLSNKSFEKRFKFDWSNERLMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRD 956
            :          |.:|.|..:|..|:                 :|.::.||  |.....:|:.|.:
  Fly  1004 I----------LKSKFFNDKFCADF-----------------LTQNATAI--LRPAQLQLMKDEE 1039

  Fly   957 SLRQIFPNGESKVVLPCNLQR-----MIWNVQK-------IFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLL 1009
            .|.::              ||     ..|..:|       ..|.::.|..::.    :|....:.
  Fly  1040 QLAKV--------------QRHEKHIRSWEKKKPAKLRAAFTHFSEELREEVE----VKRPNEIN 1086

  Fly  1010 ERCVIVTGNDRIS-------KQANENATLLFQ-----------CLIRSTLCTKYVSEEFR-LSTE 1055
            .:    ||..|..       |:|:.....|::           .:.:..|....|||..| |.|:
  Fly  1087 SK----TGRRRFDEGLLKLWKKADAEDKALYRKKYARCPDPTVAVYKQDLYYGSVSERTRKLITD 1147

  Fly  1056 ------AFEWLVGEI-ETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGVSSKNVTLGV 1113
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  Fly  1148 YAKRKPALKETIADIMRVKTIKSLAAPGEPVGLIAAQSIGEPSTQMTLNTFHFAGRGEMNVTLGI 1212

  Fly  1114 PRLKEIINI-SKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRK----VTANTAIYYDPDP 1173
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  Fly  1213 PRLREILMLASSNIKTPSMDIPIKPGQQHQAEKLR---INLNSVTLANLLEYVHVSTGLTLDPER 1274

  Fly  1174 QRTVISEDQEFV----NVYYEMPDFDPTRISPW--------LLR--------------IELDRKR 1212
            .   ...|..|.    .||.|.....|..|..:        |:|              :.:|.|:
  Fly  1275 S---YEYDMRFQFLPREVYKEDYGVRPKHIIKYMHQTFFKQLIRAILKVSNASRTTKIVVIDDKK 1336

  Fly  1213 MTDKKLTMEQIAEKINVGFGEDLNCIFN-----------------DDNAD------KL------- 1247
            ..||                ||.|.:.|                 |||.|      ||
  Fly  1337 DADK----------------EDDNDLDNGDEVGRSKAKANDDDSSDDNDDDDATGVKLKQRKTDE 1385

  Fly  1248 --------VLRIRIMNNEENKFQDEDE---------------AVDK-MEDDM----------FLR 1278
                    |..:...|:::::.:|||:               ||:: :.:||          .|.
  Fly  1386 KDYDDPDDVEELHDANDDDDEAEDEDDEEKGQDGNDNDGDDKAVERLLSNDMVKAYTYDKENHLW 1450

  Fly  1279 C-IEANM-----LSDMTLQGIEAIGKVYMHLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMK 1337
            | ::.|:     ..|:|....|..||..:|  |....||.:|.:..:    .:.||:|||.::.:
  Fly  1451 CQVKLNLSVRYQKPDLTSIIRELAGKSVVH--QVQHIKRAIIYKGTD----DDQLLKTDGINIGE 1509

  Fly  1338 VLSERDV-DPIRTSSNDICEIFQVLGIEAVRKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKG 1401
            :.....: |..|..||||..|.:..||||..:.:.||::.|.:.||:.|:.|||:|:.|.||..|
  Fly  1510 MFQHNKILDLNRLYSNDIHAIARTYGIEAASQVIVKEVSNVFKVYGITVDRRHLSLIADYMTFDG 1574

  Fly  1402 HLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLL 1466
            ....::|.|: ...:..|.:.|||.::..|..||.....|.:...|..:::|...:.|||.|:||
  Fly  1575 TFQPLSRKGM-EHSSSPLQQMSFESSLQFLKSAAGFGRADELSSPSSRLMVGLPVRNGTGAFELL 1638

  Fly  1467  1466
              Fly  1639  1638

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Polr2A	NP_511124.1	RNAP_II_RPB1_N	15..868	CDD:259848	302/1015 (30%)
		RNA_pol_Rpb1_6	890..1071	CDD:461511	34/218 (16%)
		RNAP_II_Rpb1_C	1050..1468	CDD:132720	148/527 (28%)
		Herpes_BLLF1	<1498..1862	CDD:282904
		PTZ00449	<1707..1880	CDD:185628
Polr1A	NP_523743.1	RNAP_I_RPA1_N	18..982	CDD:259844	302/1013 (30%)
		HMG-box_SF	1065..1119	CDD:438789	9/61 (15%)
		RNAP_I_Rpa1_C	1166..1638	CDD:132722	141/500 (28%)